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肾性封藏，为先天之本 在五脏之中，肾的位置最下，在生理功能方面，主藏阴精，而肾精有主宰生长发育和生殖的功能，故为人体的先天之本。肾精宜封藏，最忌耗泄无度，所以古人说“肾以闭藏为职”。正是由于肾的封藏固精作用，使体内精微物质得以保留，人体正常的生长发育和生殖功能得以维持。肾精充足，人的生命力才能旺盛，身体才能健康。若肾脏亏虚，使肾的封藏、固摄功能失职，就会引起阴精过度耗损的病证，表现为遗精、带下、滑胎、崩漏、二便失禁等。
肾与冬气相通 在五脏之中，肾属阴中之阴，而冬季寒重阴盛，故肾与冬气相通应。冬天，天气寒冷，寒邪首先侵袭人的肾。所以冬天要养肾。中医认为“春夏养阳，秋冬养阴”。即是说借助冬天肾主封藏的本领进行封藏肾精，可以收到养精蓄锐的功效。又说“冬不藏精，春必病温”，这个意思是说，冬天如果没很好地养肾精，春天就易得病。
肾藏精，肾精化生肾气，肾精充足，则肾气旺盛；肾精亏损，则肾气衰弱。肾精与肾气互为体用，故有时将二者合称为精气。肾中精气是机体生命活动的根本，对机体各种生理活动均起着极为重要的作用，故肾被看做先天之本。
从阴阳属性来分，精属有形，为阴；气属无形，为阳。所以亦称肾精为肾阴或元阴，称肾气为肾阳或元阳。肾阴是人体阴液的根本，对各脏腑组织起着濡润，滋养的作用。肾阳是一身阳气的根本，它对机体各脏腑组织器官起着温煦和推动作用。肾之阴阳是人体各脏腑阴阳的根本。由于肾中阴阳如同水火一样内寄于肾，故前人又有肾为水火之宅的理论。
肾脏所藏的精气称为“肾精”，肾藏精，即是把人体最宝贵的精华物质储存起来，封藏起来。肾精是构成人体的基本物质，也是人体生长发育及其各种功能活动的物质基础。肾的精气盛衰，关系到生殖和生长发育的能力。人从幼年开始，肾的精气逐渐充盛，就有牙齿发育、头发长长等变化；发育到青春时期，肾的精气充盛，产生了一种“天癸”的物质，于是男子就产生精子，女子就开始按期来月经，性功能逐渐成熟，而有生殖的能力；待到老年，肾的精气逐渐衰退，生殖能力随之减退至消失，形体也就逐渐衰老。
肾中所藏精气，既有来源于父母遗传下来的精气（称为先天之精），又有来源于饮食营养，经脾胃消化吸收而成的精气（称为后天之精），由于肾脏中原本就藏有先天由父母遗传的精气，现在又接受脾胃消化吸收的营养精华，所以肾脏的精气具有非常强大的功能，这是肾脏掌管人体生长、发育、生殖、调节水液、调节二便、主骨生髓等功能的物质基础。我们可以把肾脏理解为一个“银行”，它吸收了人体各个脏器存放于其中的“物质精华”，因而肾脏可以支持许多“项目”的正常运作。
肾脏不但要接受五脏六腑的物质精华，而且要把这些物质精华藏起来，才可以保持生命活动的正常。如果肾脏只是前面接受五脏六腑的物质精华，后面马上流失掉了，而不能封藏，就会出现滑精、遗尿，甚至二便失禁以及女子的崩漏、滑胎等病证。
主生殖是肾精的主要功能之一。人生长过程中，随着肾精的不断充盛，化生出一种能够促进生殖功能成熟的物质，叫做“天癸”。于是，男子就能产生精液，女性则月经按时来潮，性功能逐渐成熟，具备了生殖能力。以后，随着人从中年进入老年，肾精也由充盛而逐渐趋向亏虚，天癸的生成亦随之减少，甚至逐渐耗竭，生殖能力亦随之下降，以致消失。这充分说明肾精对生殖功能起着决定性的作用，为生殖繁衍之根本。
由于肾主管着人的生殖功能，当肾中精气不足时，就会导致人体生殖功能的异常，一般表现为不孕不育、阳痿、早泄、遗精等。
由此可知，人生殖功能需要肾中精气来维持。如果生殖功能使用过度，如性生活过度、生育过多或未成年男女过早地发生性行为和过早生育，都会导致肾中精气消耗太过，进而导致肾虚证，有损于身体的健康。现实生活中，早婚者早衰而寿短是显而易见的。据历史资料统计，能查出生卒年份的封建皇帝，在我国有209人，平均寿命仅有39岁，而不到20岁驾崩的就有31人。这与历代皇帝设有三宫六院，生活放荡、恣情纵欲是有一定关系的，也有因乱用壮阳药伤身甚至被毒死的。但凡能注意清心寡欲、修身养性的皇帝，则多能健康长寿，如清代乾隆皇帝吸取了短命皇帝的前车之鉴，总结出“酒勿醉，色勿迷”的养生术，结果活了88岁，成为历代帝王中的佼佼者。
人体的整个生长、发育过程，均和肾中精气的盛衰存在着极其密切的内在联系。人从幼年开始，肾中精气开始充盛，人体生长、发育迅速，生机活泼，在七八岁时，由于肾中精气的逐渐充盛，出现了齿更发长的生理变化。到了青壮年，肾中精气更加充盛，不仅具备了生殖能力，而且身体强壮，筋骨坚强，精神饱满，牙齿坚固，头发黑亮，处于人生中身体最强壮的时期。进入老年，由于肾中精气开始衰减，人的形体逐渐衰老，不仅生殖功能丧失，而且头发斑白，牙齿动摇，弯腰驼背，步履不稳，耳聋失聪，面憔无华。
既然肾中精气的盛衰，决定着人体的生长、发育，那么在肾中精气不足时，往往出现生长发育方面的异常。如在幼年时期，肾中精气不足，则可致生长、发育迟缓，智力低下，囟门迟闭，或五迟（立迟、行迟、齿迟、语迟、发迟）、五软（手足软、头软、颈软、肌肉软、口软）；在成年时期，如肾中精气亏虚，则可未老先衰，表现为头发脱落或早白，精力减退，腰脊酸软无力，齿摇松动，头晕耳鸣，记忆力减退，性功能衰弱等。因此，临床上常采用补肾精的方法治疗，能获得一定疗效。另外，在肾主生长发育这一理论的指导下，对于抗衰老的预防，历代医家都极为重视调补肾脏，目前研制的抗衰老药物，尤以补肾者为多。
肾主水液的含义是水液在人体内的输布和排泄，主要是依靠肾阳的推动。人体水液代谢的调节，与肺、脾、肾等多个脏腑有关，但起主导作用的是肾，肾对水液代谢的调节作用，主要是通过肾的气化作用来实现的。所谓气化，是指肾中阳气的蒸化水液作用。中医认为，脾能运化水液，肺能通调水道。通过脾、肺的输送和通调，水液下归于肾，再通过肾阳的气化作用分为清、浊两部分。清者由肾再吸收并加以利用；浊者注入膀胱并贮存，贮存到一定程度则作为尿液排出体外。膀胱贮藏尿液的功能，要依靠肾气的固摄能力，排尿也要依靠其控制能力，故称此作用为肾司膀胱开合。开，则使尿液顺利排出体外；合，则使水津保留于体内，维持体内水液量的相对恒定。一旦肾阳不足、气化失常，就会引起水液代谢障碍的病变。如气化不利可导致小便短少、水肿等病理表现。若肾阳不足，失去温化蒸腾作用，则表现为小便清长或尿量明显增多等。在小儿，由于肾气不足，可表现为遗尿；在老年人则可表现为夜尿频多或想尿又尿不出的癃闭现象。
“肺主呼气，肾主纳气”。中医认为呼吸不单是肺的事，也有肾的参与，吸气靠肾，呼气靠肺。肺和肾两脏密切配合才能正常平和地呼吸。
肾主纳气，是指肾有摄纳肺所吸入的清气的功能，使人的呼吸保持一定的深度。即肺吸入的清气，必须下达到肾，这样的呼吸才有“根”。肾的纳气功能正常，则呼吸均匀和调；肾的纳气功能减退，摄纳无权，则肺吸入之清气上逆而不能下行，即可出现呼吸表浅，动则气喘，呼多吸少，或呼吸困难等。从临床实际来看，往往在慢性气管炎、肺气肿、肺心病等疾患中，可见到肾不纳气的征象，治疗常用补肾纳气的方法，多可获得较好的效果。