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抗日战争爆发以后，1938年3月，在国民党临时全国代表大会上，决定把三个处分开，其中一处党务处升格为中央党部调查统计局，简称“中统”；二处军警处升格为军事委员会调查统计局，简称“军统”，三处改为隶属于军事委员会办公厅，维持原处级架构不变。
“中统”的事暂且不表。
军统局的局长，例由军委会办公厅主任担任，此时是贺耀祖，戴笠为副局长。但蒋介石明确指出，实际的工作由副局长来负责。之所以这么做，主要是蒋认为特务工作其本质，是一种偏恶性的工作，权力不妨给，但政治地位不宜太高。
终其一生，戴笠都只是军统局副局长，少将、挂中将衔，死后追晋中将。但戴笠的手下，起码有不下十个中将，少将得有二十多个，起码他下面的处长就全是少将。这是因为很多特务都兼任着公开的职务，但在“军统”，他还是戴的手下。
这个格局，一直持续到1946年3月17日，戴笠飞机失事为止。换言之，“戴记军统”，一共维持了整整八年，基本与抗战共始终。
戴笠死后，大约在1946年7月前后（有的文献说是7月1日），“军统”改组为国防部保密局，局长先是郑介民，后为毛人凤。一直到1949年去台。这是后话了，以后再说。
至于“中统”，则于1947年改名为中央党部党员通讯局，简称“党通局”，1949年又更名为内政部调查局。