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明永乐七年（1409），燕王朱棣发动“靖难之变”，攻入南京，夺取了皇位。然而，朱棣却无法风风光光地稳坐在宝座上，因为就在他举兵逼宫的时候，名正言顺的建文帝朱允炆神秘地失踪了，留给他的只有一张空空的宝座和一个篡位的恶名。而建文帝的去向也成了困扰他的谜。
靖难之变的根源，应该从朱元璋对皇位继承人的选择谈起。
明朝开国初年，朱元璋封长子朱标为太子，其余二十几个儿子皆为王。诸王当中，燕王朱棣和宁王朱权等北方边王有很大的权力，朱元璋允许他们扩展各自的军事实力。
明洪武二十五年（1392），太子朱标去世，谁来继承皇位就成了宫廷里的核心话题。按理说，新太子应从二十几位皇子中选立，可是朱元璋却没有这么做，他把朱标的长子朱允炆推上了皇位继承人的位置，称皇太孙。
年少的朱允炆性格斯文儒雅，缺乏谋略与胆气。当时，他曾向皇爷爷求教：“如果边外民族不听统治，诸王可以去抵御。如果诸王不听统治，谁去抵御他们呢？”朱元璋说：“用仁德去感化他们，用礼仪去制约他们。如果这样还不行就削减他们的领地，再不行就贬他们为庶人，或者举兵讨伐他们。”
明洪武三十一年（1398），朱元璋驾崩，遗诏皇太孙朱允炆继皇帝位，年号建文。初登宝座的建文帝感到诸位藩王的军事实力对皇位是一个严重的威胁，于是，在兵部尚书齐泰和太常卿黄子澄的支持下，他决定削藩。可是由于他缺乏政治经验和强硬手段，削藩的政策引起诸王强烈不满，朝廷和边王之间的矛盾迅速加剧。建文帝施政还未满一年，燕王朱棣便以“靖难”之名起兵造反，史称“靖难之变”。燕王大军势如破竹，不到四年，就攻入了南京。
在朱棣的重兵包围下，建文帝自然是众矢之的，难以逃脱。可是，他却神秘地失踪了。
明建文四年（1402），朱棣登基，改次年年号为永乐，他就是明成祖。然而，失踪的建文帝对朱棣来说，始终是个威胁。于是，他派人到全国各地进行搜寻，找了好久都没找到。后来，明成祖派郑和下西洋，据说其中的一个任务，就是寻找建文帝。郑和先后七次下西洋，没有史料提到他找到了建文帝。
范围如此之大的搜寻依然未能找到建文帝，他究竟在哪里呢？
《明史·成祖本纪》和《明史·方孝孺传》这些官方史籍中说，建文帝是自焚而死的。当燕王兵临南京城下的时候，建文帝曾经求和，但燕王没有答应，建文帝只好派兵死守。但是，守卫金川门的主帅李景隆却打开了城门，迎燕王大军入城，满朝文武纷纷投降。建文帝见大势已去，下令点火焚烧皇宫。建文帝携马皇后一起跳入火中自焚，妃嫔和侍从也大都死于这场大火。燕王朱棣入宫后，下令寻找建文帝。宫里的人都说建文帝已经自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明给燕王看。只见那尸体，已烧得惨不忍睹，也分不清是男是女，燕王相信是建文帝。他称帝后，曾罢朝三日以示哀悼，并以天子之礼葬建文皇帝。同年，明成祖在给朝鲜国王的诏书中，提到建文帝时，也说他是“阖宫自焚”的。
许多史学家认为建文帝在宫中自焚而死，但这已经受到越来越多学者的怀疑。中国社会科学院中外关系专家徐作生经过考察，得出了“建文帝避难江苏”的论断。建文帝在“靖难之变”中由几个忠臣陪同，趁宫廷大火从燕雀湖后宰门的涵洞口逃离了京城。此时已有天傅寺住持僧人溥洽在一只小舟上接应。他们把小舟划过太湖，将建文帝藏匿在霉山的普济寺中。然而，不幸的是，五年以后，溥洽由于被同寺僧人告发，被锦衣卫逮捕。溥洽在严刑拷打下守口如瓶，而锦衣卫到天傅寺的搜寻也是无功而返。令人没有想到的是，将建文帝藏起来的竟然是明成祖朱棣的第一大谋士道衍和尚。是他将建文帝转移到了与世隔绝的吴县（今属江苏苏州）穹隆山。道衍和尚之所以要这么做，是因为明成祖曾经答应过他“不杀无辜”、“取代建文帝却不可伤其性命”，可是后来明成祖却食言了。这个秘密，道衍和尚直到圆寂之前才说出来。明成祖派人去穹隆山查访，看见建文帝精神颓废，无心复国，决定不再为难他。明永乐二十一年（1423），46岁的建文帝在穹隆山去世，后被安葬在皇驾庵后面的小山坡上。
另外，还有大量的材料证明，建文帝曾避难于泉州的开元寺。当年，开元寺住持是明太祖朱元璋御笔亲点的。洪武年间，开元寺与朝廷的关系之好是不言而喻的。建文帝很可能逃到了开元寺避难，而那里的住持为了掩人耳目，改了名字，并离开开元寺，去了福州的雷峰寺。台湾学者陈水源在自己的著作《杰出的航海家郑和》中记述了建文帝以僧人的身份到了泉州开元寺，又从泉州出海，逃亡印尼的故事。
关于建文帝的行踪，今天的更多史料和考古发现似乎在暗示着种种假说。浙江省研究人员最近在浙江兰溪市灵洞乡白坑村东山发现了一座古寺。这里的壁画、楹联和古碑、古塔都在表明，建文帝曾削发为僧逃至此地。并且，寺里的和尚和附近的村民都知道建文帝隐居于此的传说。
四川省文物考古所和四川大学的专家又提出，四川省青川的华严庵才是建文帝的避难之所。《明史纪事本末》卷十七“建文逊国”记载：“宣德六年，建文帝由延安到西安入蜀。”可与此印证的是：在华严庵中的“广佛碑”和“华严庵重建碑”上，都刻有“建文帝于宣德六年到此”的文字。这正与《明史纪事本末》的记载吻合。
而兰州大学历史系公维章博士在民国时期出版的《创新渭源县志》中发现，青海的瞿昙寺当年建立初期就与明朝皇室有密切关系。从永乐帝开始，明朝历代皇帝都为瞿昙寺赐匾额、修佛堂、封国师以及赐印。他认为，当年建文帝君臣出逃之后，由于北方道路被燕王封住，只能向南方逃窜。他沿着从南京到巴蜀、河湟的“丝绸南道”到达了青海的瞿昙寺。而民间也有“滇、黔、巴蜀间相传有帝为僧时往来迹”的说法。
另有建文帝避难云南之说。建文帝逃出南京之后，辗转到了云南地界。当年镇守云南的是镇国公沐英，而他的三儿子沐晟是建文帝小时候的好朋友，情同手足。沐晟把建文帝送到离昆明100千米的武定府，命知府萨周妥善安置。萨周把建文帝藏在了狮子山。后来，朱棣驾崩，建文帝去了北京。当时的皇帝是建文帝的晚辈，当断定建文帝的身份之后，就把他迎到西宫奉养。建文帝在宫中仅住了一年，就去世了，享年64岁。
皇帝常服
明代皇帝的常服，以黄色的绫罗制成，上绣龙纹、翟纹及十二章纹。
关于建文帝的不同传说，差别很大。甚至最近有报道声称在印度尼西亚发现了建文帝的后代。那是一个偏僻的小村落，里面居住着一群姓“洪”的华人。厦门大学历史系教授、博士生导师施伟青认为，“洪”和“皇”谐音，这是古人用暗喻的方式来隐瞒自己真实身份的一种手段，所以这种说法也是很有可能的。但是，有的学者则提出反对意见，他们认为，明朝初年政府实行严格的禁海政策，建文帝并不容易逃向海外。当时，印尼是信奉印度教和伊斯兰教的，扮成和尚的建文帝是很难让当地人接纳的。而且，根据史料记载，自宋代起就有很多华人迁徙海外，存在“洪”姓部族，不足以证明这就是建文帝的后代。
“靖难之变”已经过去了600多年，建文帝的下落之谜，不仅困扰了明成祖一生，也将在他的后代中争论下去。