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一个企业无论处于任何发展阶段，都会遇到各种各样的问题，联邦快递这个物流巨人当然也不例外，下面让我们看看联邦快递的所要面临的挑战与隐忧。
首先是成本问题。联邦快递的优势在于空运，但是空运渠道的成本本身就是比较高的，随着燃油涨价，以及联邦快递使命必达、准时准点的保证，成本必然增高。
2009年最后一个季度全球航空客货运量出现大幅度上涨，而航空运价也水涨船高。截至2009年12月10日，亚洲机场出发至世界各地的空运航线每公斤货运价达到5美元。一架波音747货机从亚洲至北美和欧洲航线租金已经从2009年9月的35万美元上涨到同年12月初的50万～55万美元。与此同时，航空汽油市场价格一直在高位震荡或飙升，全球航空公司仅仅汽油费用每年必须额外增加670亿美元，空运物流成本居高不下，不仅航空承运人，连托运人也十分关心占空运总费用最大份额的航空汽油成本。
由于空运价格增高，越来越多的托运人不得不重新思考其原本的供应链模式，想方设法将其货运从空运转移到速度较慢、但是货物运价相对低廉得多的海运、铁路和公路等运输模式。而联邦快递虽然有陆运，但是没有海运，可以说其运输网络并没有全方位立体地发展，业务多元性的程度相对于竞争对手略弱。而运输渠道越多元，成本就会摊薄，分担风险的可能性就会越大，所以如何全方位发展网络来降低成本，也是联邦快递所面临的问题。
其次是新兴市场的挑战问题。2011年1月，全球物流公司智傲物流（Agility）在达沃斯发布2011新兴市场物流分析报告，称金砖国家仍被物流公司认定为最具潜力新兴市场，而中国则成为排名首位的最具潜力市场，其次是印度、巴西和印度尼西亚，而俄罗斯则排名第五。
联邦快递的特色就在于其“使命必达”，准时准点的保证，可是这样的特色在一些发展中国家的新兴市场（比如中国）很难体现出来，因为很多发展中国家对于快递的要求本身并没有那么高，送到即可，所谓准时准点，好像并不需要，而且本土快递公司的价格显然要低于联邦快递很多，这样使得联邦快递很难和本土快递进行竞争。
最后，美国的航空支线系统很发达，为联邦快递的发展提供了平台。而在很多发展中国家空中网络并不发达，这也在很大程度上限制了联邦快递的发展。