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肝穿刺既是一种检查方法，也是一种治疗手段。当临床碰到一些难以诊断的肝脏疾患时，要考虑做肝穿刺。比如疑为肝炎而很难确诊者；需进行病理检查协助分型者；长期低热病人，经全面检查已排除其他疾患，而确定为肝病所致者；肝肿大和脾肿大原因不明者；欲与肝结核、脂肪肝等病患相鉴别者；病毒性与药物性导致肝损害情况不明者等。此外，肝脓肿病人可用肝穿刺抽出脓液，同时还可通过穿刺针注入药物进行治疗，从而使一些患者免于手术之苦。
肝穿刺对身体有害吗？
有些病人经皮肝穿刺术后会出现短暂的肝区痛或肝穿刺部位疼痛，但一般反应轻微，可不必处理，经过24小时后大多可自行缓解。目前有些医院已采用B超引导下的细针穿刺，其优点是损伤小、定位准，对确定肝内占位性病变的性质非常适宜。有些病人认为肝穿刺会损伤“元气”，需要做肝穿刺时，多数精神会十分紧张、顾虑重重，术后也常感到诸多不适。而当医生向病人做详细的解释之后，很多病人的不适感会很快消失，这说明精神因素占据很大的比例。但是当病人有出血倾向或其他禁忌症时，则应缓做或不做肝穿刺。
肝穿刺的注意事项有：目前多采用1秒钟快速肝穿刺法，这种方法安全、无痛、无后遗症，经多次临床试验，未发现较为严重的不良反应。但应注意以下事项：
第一，肝穿刺前医生要对病人进行详细的问诊与体格检查，熟悉病人的状况，除进行常规的肝功能检查外，还要进行血常规、血型、血小板计数、凝血时间、凝血酶原活动度等检查。
第二，注意适应症及禁忌症。肝外阻塞性黄疸不宜进行肝穿刺检查，以防发生胆汁性腹膜炎。对有全身感染者特别是并发肺炎、胸膜炎者属禁忌症，以防感染扩散。此外，肝包虫病、肝血管瘤也属禁忌症。
第三，肝硬化患者肝脏明显缩小且质地坚硬，有时穿刺针刺入深度不够或组织易断裂，失败率高，因而进行肝穿刺时要慎重；中量以上腹腔积液者肝脏易浮动，尤其是使用负压穿刺针不能形成负压而致穿刺失败；对重型肝炎凝血功能差且有肝功能衰竭者，更要谨慎应用。临床对疑诊为肝癌者，通常不进行肝穿刺，因为肝活检成功率不高且易出血，肝癌细胞又可能会沿穿刺针道扩散。