元军战斗力一日不如一日，越来越难以胜任镇压各种敌对势力的任务，渐渐地露出了外强中干的本质。当官府高压统治手段逐渐失效时，受压迫的老百姓立即会爆发出惊人的反弹力，把高高在上的官老爷们掀翻在地。

火山终于爆发！1351年（至正十一年），黄河南北掀起了一场足以颠覆元朝的大起义。

起义军以受压迫最为严重的汉人、南人为主，其中首先发难的韩山童、刘福通等人都是出自佛教净土宗的白莲教徒。面对世间不平之事，就算不食人间烟火的佛都会发怒，更何况是吃五谷杂粮的人。

白莲教主要信仰“弥陀净土”与“弥勒净土”，认为只需口念“阿弥陀佛”及“弥勒佛”，死后便可以往生佛国。由于该教没有什么高深的教义，而且修法简单，故在老百姓中比较盛行，后来又吸收了明教等民间宗教的教义，使信徒的规模进一步扩大。历尽苦难的老百姓盼望改变现状，他们诵经结社，焚香聚会，在多次遭到元政府查封的情况下仍然屡禁不止。根据一些宗教典籍的说法，“阿弥陀佛”与“弥勒佛”等宗教偶像在亿万年之后会降临人间，超度众生，到了那个时候，人间也会变得像天堂一样幸福无比，妙不可言，因此从南北朝开始，一些农民起义者已经依托“弥勒在现实世界中降生”的口号，反抗官府的暴虐统治。元朝建立之后也曾发生过几次这样的造反事件，但都被统治者镇压。然而白莲教是“野火烧不尽，春风吹又生”，到了元顺帝在位期间，又死灰复燃，有成为燎原之势的迹象。

白莲教徒利用元政府召集十几万军民在黄河黄陵冈、白茅口、阳青村等地修理河道、堵塞决口的机会，暗中将一具刻有“莫道石人一只眼，此物一出天下反”的独眼石人埋藏在黄陵冈的那一段黄河故道中，并事先在民众中有计划地宣传天下即将大乱的消息。当掘河的民夫挖出独眼石人时，无不纷纷议论，群情愤激。很多治河的民夫在白莲教徒的鼓动下，早已狂热地相信弥勒佛等神明必将降生在这个世界上，并带领苍生创造人间天堂。也就是说，改朝换代的时候即将到来。独眼石人的出现，加强了他们揭竿而起、用武力推翻元朝的决心。

白莲教首领韩山童自称为宋徽宗第八世孙，准备于五月初在颍州（今安徽阜阳）首先发难。他手下将领刘福通自称为宋朝大将刘光世的后裔，计划带着三千人马起兵。不料在正式起义之前，竟然走漏了风声，韩山童被元政府差人擒杀。刘福通被迫提前起义，率部攻占了颍州。很多在黄陵冈治河的民夫闻讯赶来会合，一时声势大振。起义军用红布包裹着头，身穿红袄，并以红旗为号，所以叫“红巾军”，简称“红军”。起义者以白莲教教徒为主，但与他们并肩作战的还有其他宗教人士，例如道教、明教教徒等。

红巾军的高级将领都出自民间，没有任何指挥经验，一切只能从零开始，从战争中学习战争。士卒们也缺乏训练，仅仅就武器而言，起义军与装备精良的元军相比有天壤之别，就像历史上很多揭竿而起的造反者一样，他们衣不蔽体的身上没有铠甲的覆盖，手里拿着的武器除了钗、钯、锄头、锤子、镰刀等各种生产工具之外，其余的大多由竹、木制成，好像一支叫化子军队。

红巾军造反的消息传到了元朝的首都大都，朝廷君臣的态度很坚决，反应也颇为迅速，马上以侍卫亲军中的精锐部队——阿速卫军为主力，会合多支汉军前往镇压。阿速人是“绿睛回回”，属于色目人。南下的阿速卫军总共六千人，号称“精悍，善于骑射”，擅长轻装骑兵的打法，这种打法就是利用骑兵机动能力比步兵强的特点时进时退，刻意与对手保持一段距离，尽量使用弓箭等远程兵器反复向对手射击。随着时间的流逝，处于被动挨打状态的一方因伤亡的增加必然会出现信心危机，距离末日也就不远了。

如果阿速人能够正常发挥他们的骑射本领，斩木揭竿而起的红巾军不具备与之抗衡的实力，势必在劫难逃。可是，实践证明阿速卫军作为元军中的精锐部队完全是浪得虚名，他们在枢密院同知赫厮、秃赤等高级将领的带领下向战区前进时出尽了洋相。军中的将领只顾饮酒作乐，放任士兵骚扰百姓，对于“剿敌”的具体措施却漫不经心，军国大事仿佛成了儿戏。两军相遇，胜利的天平立刻倒向红巾军这一边，因为义军之中的教徒有宗教信仰，内心相信打败官兵，颠覆朝廷之后就会过上人间天堂般的好日子，即使战死也会往生西方极乐世界，因而在战斗中前赴后继。人心涣散的元军严重低估了白莲教徒的献身精神，刚交手便一触即溃，指挥无能的统帅赫厮挥鞭骑马带头逃命，还大声叫道：“阿卜！阿卜！”（“阿卜”的意思是快跑）这个逃跑将军不久死于上蔡，阿速卫在败退的过程中损失了一半人马。

起义军凭着宗教热情奇迹般扭转了乾坤，并乘胜攻击了河南上蔡、南阳、汝宁（今河南汝南）、息州（今河南息县）、光州（今河南潢川）等处，所到之处，或者开仓放粮或者劫富济贫。元政府军队无法平定事态，有的地方驻军甚至吓得不战而逃。星星之火就这样演变成为燎原之势，黄河南北、两淮等地方的贫苦农民不断入伙，队伍逐渐扩大到十万余人。刘福通领导的起义军长期活动于元朝的河南江北行省——这个行省在长江以北，范围广及现在的河南、江苏、安徽、湖北，后来，其军事影响力扩展到现在的山东、山西、河北、陕西、东北等地，所以人们习惯上称这支队伍为北方红巾军。

几乎与此同时，反抗官府的浪潮在南方迅速漫延开来：江苏徐州爆发了以芝麻李等人为首的起义，长江以北的濠州豪杰也前呼后应地发难，一支信奉白莲教的队伍及时活跃在长江沿岸，以彭莹玉、徐寿辉等人为首，占据蕲水（今湖北浠水）、黄州（今湖北黄冈）等地，这支队伍大多数人穿着简陋的“短衣草屦”，手里的枪矛是削竹制成的，甚至以木杷等农具为武器，史称南方红巾军。此外，还有起源于湘汉之间的北琐红巾军以及起源于豫北的南琐红巾军。

一些以贩私盐为业的武装集团在南方崛起，他们的势力范围局限于江浙沿海一带，经常在红巾军与元政府之间摇摆不定，左右逢源。

全国各地出现了很多规模大小不等的起义队伍，天下已经大乱。当惊魂未定的元朝上层统治者回过神来的时候，新一轮较量即将开始。朝廷下狠手处分了反攻颍州时临阵而逃的一些将领，并于同年九月再次派遣十万卫军南下，统帅是当朝丞相脱脱的亲弟弟也先帖木儿，助手是卫王宽彻哥。为了壮大声势，统治阶级从蒙古草原的各个千户中抽调了一批人参加对河南的征讨。到了十二月，终于取得了预期的战绩，出征元军在地方部队的配合下按部就班地反攻，很快收复了上蔡，杀死了刘福通的手下韩咬儿，并于次年（至正十二年）三月，相继拿下南阳、汝宁。

红巾军在血的事实面前终于明白仅靠宗教热情难以彻底打垮“武装到牙齿”的敌人，刘福通及时吸取了教训，暂时放弃了与元军打正规战的想法，转而采取偷袭的战术，他在夜间出其不意地袭击了屯于汝宁沙河之旁的一支元军。这支元军并非地方上的乌合之众，而是由从京师出发的侍卫亲军与蒙古军组成，有数万人。领军之将是知行枢密院事巩卜班，这家伙日夜沉溺于酒色，在营中醉卧不醒，糊里糊涂地在睡梦中死于义军的刀下。群龙无首的元军一退数百里，撤至项城。事实证明，“夜战”是起义军致胜的好办法。直到一个月后，元军才重新集结力量返回了沙河，然而前次惨败给很多将士留下了心理阴影，他们旧地重游时个个风声鹤唳，自相惊扰，竟然在某个夜晚不战而乱，争先恐后地往回跑，途中抛弃了大量军械、粮食、车辆等后勤辎重。统帅也先帖木儿一口气跑回了汴梁南边的朱仙镇。元军先后两次大溃退足以令先人蒙丑，昔日蒙古骑兵引以为傲的大迂回战法似乎早已失传。

刘福通缴获了堆积如山的军用物资，顿时给部队换了装，昔日竹、木等临时救急的武器如今变成了坚甲利刃，因而实力大增，声势一时无两。

元朝征讨刘福通一再失利，便痛定思痛，把矛头转向芝麻李与徐寿辉，决定先挑弱的来打，再及其余。丞相脱脱得知亲弟弟也先帖木儿在前线惨败，再也坐不住了，亲自督师从大都出发，沿途会合河南等省的“二十万户”地方部队，杀向江苏。在激烈战事中，脱脱的战马被铁翎箭射中，但他不为所动，继续挥师猛攻，于九月打下了徐州，屠城后班师回朝。义军领袖芝麻李在逃亡途中被捕杀。不久，南方红巾军的根据地蕲水也被元朝从河南、四川调来的地方部队攻陷，徐寿辉率残部撤入黄梅山与沔阳湖之中，彭莹玉转战到江西瑞州（今江西高安）时战死。在此期间，元军还先后歼灭了转战在襄阳、峡州（今湖北宜昌）等地的南、北琐红巾军。

元朝“先打弱敌，再打强敌”的战略已经成功了一大半，接下来正准备集中全力解决徐寿辉的时候，形势却突然一变，以贩私盐为业的张士诚于1353年（至正十三年）五月异军突起，举着反旗带领人马占据泰州、高邮等地，迫使元军分兵镇驻淮安，让徐寿辉转危为安。元朝慌忙抽调陕西、四川、湖广、江浙等省的地方部队围攻张士诚，却因准备不充分溃败而回。

元朝的大好局势竟然被斜刺里杀出的张士诚破坏了，脱脱对此感到难以容忍，毅然再次亲征，与之决战。这是开战两年以来最大规模的决战，元政府不惜一切代价动员一切可以动员的力量，于九月倾巢而出，驻京各卫部队、蒙古军、诸王属下各部人马纷纷听令，甚至连西域、西番等边陲地区的酋长也发兵来助。南下大军号称“百万”，旌旗相连，长达千里，金鼓之声，震天动地，史载“出师之盛”，空前未有。

十一月，元军来到了地处水乡地区、背靠大湖的高邮，在城外大败守军。张士诚退入城中坚守不出。元军虽然分兵攻破六合、盐城、兴化等地，但始终未能拿下高邮。围城期间，元军的精锐骑兵因受到地形的限制乏善可陈，他们的表现比不上临时参战的义丁（民团）。《元史·石普传》记载，汉人军官石普带着从民间招募的一万步兵攻打北门，就在快要得手之时却功亏一篑。原来后面压阵的军官为了抢功，派遣一千蒙古骑兵，突然越过石普所部，试图强行冲入城中，不料遭到城中义军的拼命抵抗，一筹莫展，怯战的蒙古士兵纷纷掉转马头往回跑，甚至有一些骑兵在惊惶失措中掉入了城池附近的水里。蒙古骑兵鲁莽冒失的撤退行动对围城的步兵造成不良的影响，城外陷入一片混乱，石普被趁机反击的义军杀死。

如果说元军反攻颍州时显示出阿速卫精锐的轻装骑兵是浪得虚名，那么高邮一战就暴露了蒙古重装骑兵的无能。

围城持续了个把月的时候，脱脱被朝廷的政敌以“战局迁延不决，浪费钱财”为由弹劾。元顺帝相信谗言，让河南行省左丞相太不花、中书省平章政事月阔察儿、知枢密院事雪雪前往前线解除脱脱官职，令其交出兵权，并将其调离部队。这名权臣后来被朝廷枉杀，成了党争的牺牲品。元军阵前易帅而军心动荡，个别忠于脱脱的将领竟然拔刀刎颈而死，以示抗议。月阔察儿、雪雪不得人心，根本指挥不动各路军队，致使“百万”之师因内部倾轧而自乱阵脚，在高邮城下一哄而散。张士诚阴差阳错地化险为夷。

元朝在高邮决战的失利成了整场战争的一个转折点，此后这个日薄西山的政权再也没有办法纠集如此大规模的军队围剿义军，《庚申外史》声称围城“大军百万，一时四散”。很多四处流浪、无所依附的人到后来干脆加入了红巾军。红巾军吸纳了大量朝廷的武装力量为己所用，有利于部队建设的正规化，战斗力必然又会上一个新的台阶。全国各地群雄重新活跃起来，掀起一波接一波的斗争高潮。

从种种迹象来看，当时最有能力颠覆元朝政权的似乎是北方红巾军。北方红巾军为了凝聚人心，趁此良机建立了政权与元朝分庭抗礼。1355年（至正十五年）二月，忠于故主的刘福通在亳州拥立韩山童的儿子韩林儿为帝，号称“小明王”，国号为“宋”，年号“龙凤”，史称 “龙凤政权”。韩林儿只不过是一个精神领袖，军政大权仍然牢牢掌握在刘福通手中。

亳州在成为红巾军临时首都的同时也成了元军重要的扫荡目标。反复的拉锯战致使义军的根据地内满目疮痍、哀鸿遍野。

刘福通为了分散元军地方武装不断施加的压力，决心把战火引向忠于元朝的地区——特别是那些尚未被战火波及的地区。他派出部队进行试探式的攻击，顺利打到了山东与陕西。其后，鉴于部下在山东取得的辉煌战果，他又决定于1357年（至正十七年）秋季举行战略反攻，出动东、中、西三路军发起前所未有的猛烈攻击。攻击的范围遍及鲁、晋、冀以及关中（今渭河平原一带）、秦陇（指今陕、甘之地）等地。其中，东路军由山东北伐大都；中路军绕道山西、河北，形成对大都的夹击；西路军则进入陕西，支援在当地坚持斗争的义军。可见，三路出击以东、中两路为重点，最主要的目的地是大都。众所周知，大都作为元朝的首都，一旦失守，将会对局势造成极为深远的影响。

大反攻开始了。东路军于1358年（至正十八年）二月从山东杀入河北，一路攻城陷地，经沧州、通州（今北京通州区）等地逼近大都。

大都城里的蒙古贵族老爷们人心惶惶，惊骇不已。朝中之臣有的人劝元顺帝离开京城“北巡”，以避敌锋芒，还有的提出“迁都关陕（指陕西地区）”的建议，众说纷纭，元顺帝权衡再三，最后决定调集重兵围截长驱直入的红巾军。尸位素餐的元朝正规军终于在柳林（今北京通州区境内）这个地方好像起死回生一样恢复了神志，奇迹般打退了远道而来、喘息未定的红巾军，逼其退回山东。

东路军退却后，很快便因内讧而一蹶不振。

铁一般的事实证明，大都尚未到沦陷的时候，元顺帝命不该绝，因为元军还有狗急跳墙，反噬一口的能力。

中路军为了配合东路军的行动而绕道山西进入河北，但尚未到达大都时东路军已经败退。元朝得以集中力量对付中路军，迫其重返山西。

至此，红巾军攻击大都的战略完全失败，这个雄心勃勃的计划与全盛时期蒙古军队的大迂回战法非常相似，但分进合击的两路军队在时间上协同不好，这反映出义军将领的指挥水平仍有待提高。

然而，局势接下来的发展却一波三折。返回山西的中路军北上兴和路（今河北张北），杀出塞外，于1358年（至正十八年）十二月冷不防地攻克了兵力空虚的上都（今内蒙古正蓝旗附近），将城中富丽堂皇的宫阙焚毁殆尽。上都是元朝皇帝每年巡幸之地，它的失陷造成了非常大的政治影响。当时正值冬季，元顺帝在大都办公，躲过了这场变乱，但这名末代皇帝从此直到元亡都没有临幸过上都。而起义军拿下上都不久便弃城继续向东进军，一路打到了朝鲜半岛，由于孤军过于深入，不可能得到中原主力的任何援助，经过几年的颠沛流离后最终被官军镇压。

东路军与中路军先后失败了，转战于陕西的西路军，也终因势穷力竭而被元军地方部队击溃，残余势力流窜于四川、湖北等地。只有刘福通本人于1358年（至正十八年）率领留在中原的主力攻陷了河南汴梁（今河南开封），并以此为新的首都，算是为北方红巾军挽回了一点面子。

元朝之所以能够重振雄风，全部击败了三路出击的红巾军，是因为很多新成立的地方部队表现出了惊人的战斗力。其中，察罕帖木儿所部首先在陕西参与镇压了红巾军的西路军，接着移师山西、河北等地阻击中路军，简直成了朝廷的救火队，哪里有险情就往哪里去。

元朝地方部队的崛起与朝廷正规军的没落几乎是同步发生的。正规军在应付各地的起义时暴露出了纸老虎的本质，让昔日不可一世的蒙古贵族脸上无光，他们为了拯救这个垂死的政权，不得不放权，企图“借刀杀人”，默许各地的官绅地主阶层自行组织地方武装，与起义军抗衡。

各地的官僚、地主中的精英出手了，他们为了保护本阶层的权势与利益，遂开始组织“义军”“义丁”“乡军”“民兵”等名目繁多的地方武装集团。在林林总总的地方武装之中，比较著名的是元将答失八都鲁一手组建的部队。答失八都鲁本是一员普通的将领，他在率领出自四川蒙古军都万户府的三千探马赤军于1352年（至正十二年）在荆襄镇压南方红巾军时感到兵力不足，便于当地招募两万“义丁”，结果，这支由正规军与地方武装合并而成的部队经过重新集训之后，多次在湖北、河南、山东、山西等地征战获胜，具备比较强的战斗能力。另外一支威名显赫的“乡军”与前文提及的察罕帖木儿有关。察罕帖木儿祖籍西域，出生于颍州沈丘（今安徽临泉），是原驻颍州的探马赤军后代，他与罗山吏员李思齐于1352年（至正十二年）联手组织地方武装，在黄河下游及关陕地区围剿各路北方红巾军，逐渐控制了河南、陕西、山西的部分地区，取得了不俗的战绩，因而日益受到元廷的重视，所部被划入官军系统之中。察罕帖木儿的部队虽然由地方武装集团起家，但新人事新作风，军中将领升迁时不怎么“论资排辈”，而是比较注重个人能力，因而指挥能力普遍强于元朝正规军之中那些仅仅凭着高贵的血统就能够步步高升的纨绔子弟。由于察罕帖木儿本人出身于探马赤军户，而他手下也有不少人在正规军中服过役，故此，他的军队顺理成章地继承与发展了蒙古军队的传统战术。元代的探马赤军户由于长期驻扎在固定的镇戍区域，军中大批牧民早已适应了农耕地区的生活，这些人从“以射猎为俗”演变到逐渐知晓耕垦田地，慢慢融入农耕社会之中，他们的子孙后代对游牧民族传统的骑射习俗更是日益生疏，故此，察罕帖木儿所部最抢眼的不是以弓箭为主要武器的轻装骑兵，而是仗恃刀枪剑戟打硬仗、贴身肉搏的重装骑兵。那时全国各地的起义军大部分都是步兵，而重装骑兵——“铁骑”在突破步兵防御阵地的能力上比轻装骑兵更胜一筹，所以常常被当作“以骑制步”的拳头部队来使用，战绩最为彪炳。比较显著的例子是1357年（至正十七年）在陕西镇压红巾军西路军的凤翔之战，当时一股红巾军围困了这座城市，排列的战阵“厚达数十重”，察罕帖木儿亲自带领铁骑，昼夜不停地奔驰二百里赶赴救援，到达城外时，他把军队分为左右翼进行突击。守军亦开门鼓噪而出，对围城之敌形成内外夹击之势。红巾军全线溃退，很多人自相践蹂而死，沿途伏尸百余里。元军斩首数万，一举平定关中。耀眼的战绩使这股新生力量好比在腐烂的元朝军事机构之中长出的新肌，尽管要恢复原有的各项功能还需要很长的时间，但其综合作战能力还是远胜于元朝正规军的。

在元军获得新生力量补充的同时，北方红巾军的好日子就快要到头了。刘福通是草莽英雄，他只靠掠夺敌人的物资来维持部队的生存，这种不重视建设根据地、不重视发展生产的“流寇思想”使之在迅速崛起的同时也包藏着迅速失败的危险。部分红巾军将士虽然具有狂热的宗教情绪，但毕竟并非不食人间烟火的神仙，难免受到缺衣少食的影响，他们为了填饱肚子而四处扰民，情况极端严重时军队内部竟然发生人吃人的事情。

1359年（至正十九年）的汴梁之战是元朝与北方红巾军生死较量的关键一役，它是元朝自高邮之战后又一次主动策划的决战，不过这一次地方部队成了主力。当时，在粉碎红巾军三路北征中立下累累战功的察罕帖木儿被朝廷委以重任，指挥各路元军反扑。他本人亲率大军于五月抵达虎牢关（今河南荥阳西北部），遣兵攻占汴梁南面的归德（今河南商丘）、亳州、陈州（今河南淮阳）、上蔡等地，而主力在战船的配合下沿着黄河水陆并进，直取红巾军的首都汴梁。为了增加胜算，他一再补充兵力，先调陕西军经潼关入豫，后调山西军越过太行山南下。各路大军俱会师于汴梁城下，迅速夺取了外城。踌躇满志的察罕帖木儿亲自带领铁骑屯于城外的杏花营，手下诸将环绕着城墙而筑垒，把汴梁围了个水泄不通。刘福通擅长的利用夜间偷袭的战术在元军坚固的营垒之前已不能奏效，只能困守危城。

在围城期间，元军不止一次采取“引蛇出洞”之策，故意用老弱残兵为饵，把对手引出城外，然后出动铁骑等伏兵进行猛攻，一再重创了试图突围的红巾军。围城的战事一直持续到八月份，察罕帖木儿通过谍报得知婴城而守的刘福通粮食匮乏，已经到了山穷水尽的地步，便果断发起总攻，各个城门成了元军重点打击的对象，当激战到夜间时，汴梁终于易手。红巾军首领韩林儿、刘福通仅率数百骑从东门杀出条血路南逃，从此一蹶不振。察罕帖木儿捉获了数万俘虏，同时下令对城内幸存的二十万居民采取安抚之策，以收买人心。

一战定乾坤！汴梁既克，元军立即席卷河南，分兵镇驻关陕、荆襄（指位于长江中游与汉江中下游的江汉平原及其周围附属地区）、河洛（指河南的黄河、洛河流域）、江淮（指长江、淮河一带）等地，并集结重兵屯于太行山周围，各个营垒的旌旗连绵不绝，长达数千里。完全剿灭北方红巾军似乎已经指日可待。高高树起主帅旗帜的察罕帖木儿以铁骑为先锋，带动部队以排山倒海之势由豫入鲁，一路屡战屡捷，连克冠州（今山东冠县）、东昌（今山东聊城）、东平、济宁、济南等地，到了第二年，已经基本平定了山东，仅剩益都一座孤城未下而已。这时，察罕帖木儿已官拜中书省平章政事、知河南山东行枢密院事、陕西行台中丞，真是威震朝野。

北方红巾军的主力即将瓦解，但黄河南北的战火不仅未能平息，反而有越演越烈之势，这是因为各地的军阀在煽风点火，史称“兵祸缠绵不解”，真是“一波未平，一波又起”。桀骜不驯的军阀由实力越来越壮大的元朝地方部队演变而来，他们割据一方，对坐镇大都遥控指挥的蒙古贵族统治阶级变得阳奉阴违起来。所有的一切都显示蒙古贵族“借刀杀人”的计划弄巧成拙，铁一样的事实就摆在眼前，军阀武装都是不太听使唤的“双刃剑”，在杀敌的同时也存在刺伤自身的可能性。他们不但与起义军作战，军阀内部也互相混战，甚至还与元朝正规军大动干戈。

元朝的内讧始自那些声名显赫的军阀头子。一度与察罕帖木儿齐名的答失八都鲁在红巾军三路北伐期间，曾移师山西，镇守大同，切断了红巾军中路军与汴梁主力的联系，他在北方与刘福通作战互有成败，因连年积功而官至河南行省左丞相、知行枢密院事与四川行省左丞相等职。答失八都鲁死后，改由儿子孛罗帖木儿统率旧部。这时，已经攻占汴梁的察罕帖木儿的地盘越来越大，引起了孛罗帖木儿的嫉妒，他暗中准备趁察罕帖木儿进犯山东之机夺取晋、冀之地。元顺帝察觉了两大势力之间存在的矛盾，为了避免内战，便开始插手准备调停，这位末代皇帝于1360年（至正二十年）八月下旨要以山西石岭关（今山西忻县南）为界，让孛罗帖木儿驻于关北，察罕帖木儿守于关南，敦促双方井水不犯河水，但桀骜不驯的孛罗帖木儿于九月突然越过石岭关，首先挑起争端。调解不成的元顺帝采取了偏袒孛罗帖木儿的态度，原因可能是对势力如日中天的察罕帖木儿不太放心。他于十月重新下旨将处于察罕帖木儿实际控制之下的山西太原地区（冀宁路）付与孛罗帖木儿，这种“拉偏架”的行为让察罕帖木儿很不满意，因而拒绝移防是自然的事。

利欲熏心的孛罗帖木儿在朝廷的暗中支持下有恃无恐，挥师抢占察罕帖木儿在晋冀的地盘，公然挑起了内战。身处豫鲁前线与红巾军鏖战的察罕帖木儿不得不分兵对付威胁其侧后方的孛罗帖木儿。就这样，两支与元朝探马赤军有着千丝万缕关系的地方武装在北方展开混战，它们装备的兵器与使用的战术都差不多，一时之间谁也吞并不了谁，打得难解难分。元顺帝眼见事情越闹越大，屡次派人进行调停，但效果有限。内战这个潘多拉的盒子一旦打开，各种牛鬼蛇神就纷纷跳出来，即使是智者亦难以善其后。在此期间，与察罕帖木儿同时起家的李思齐已升至四川行省右丞，成为了地方军政大员，他在陕西为争地盘也断断续续打了几年内战，对手是靠镇压红巾军西路军发迹的张良弼（时任陕西行省参知政事）。驻军于蓝田的张良弼本来受察罕帖木儿的节制，他于1362年（至正二十二年）三月倒向孛罗帖木儿，因而被驻军于凤翔的李思齐猛攻。北方老百姓原本就在群雄并起的日子里过着朝不保夕的生活，现在再遭遇军阀混战，真是吃二遍苦、受二茬罪。

兵强马壮的察罕帖木儿从不惧怕两线作战，他一面参与军阀混战，一面继续讨伐北方红巾军残部，就在山东即将平定、大功即将告成之际，万万想不到一件偶发事件使形势急转直下，他因一时疏忽，于1362年（至正二十二年）六月在益都城外被叛将刺杀，虽然继承其位的养子王保保（胡名“扩廊帖木儿”）是一名百折不挠、具有钢铁般意志、后来甚至以“奇男子”之名而享誉天下的人，但却因号召力比不上养父，难以号令各路元军，致使元朝的中兴事业峰回路转、功败垂成。

就像俗语所言，“打虎亲兄弟，上阵父子兵”，王保保为了替亡于军中的养父复仇，于同年十一月攻下益都，清除了所有的敌对势力，控制了山东。王保保在前方血战，孛罗帖木儿却在后方捣乱，他趁机联合张良弼占据了真定路，威胁王保保所部的侧后。王保保不得不回师与李思齐一起联手对付孛罗帖木儿，两军连连在陕西等地交锋，打了个不亦乐乎。1363年（至正二十三年）六月，随着孛罗帖木儿部将竹贞的降附，王保保慢慢占了上风。四个月后，两军在太原再次交锋，孛罗帖木儿失利而还，始终夺取不了太原这个朝思暮想的好地方。

军阀混战的范围越来越大，涉及的地方越来越多，战火先后漫延到山西、河北、陕西、河南等省，到最后连京城也未能幸免。当时，地方上的军阀完全不把元朝中央政府放在眼内，而元中央政府本身也并非铁板一块，其内部的不同既得利益集团与军阀勾勾搭搭，实际上已经分裂为两派：元顺帝与部分权贵在背后给孛罗帖木儿撑腰，而皇太子爱猷识理达腊及皇后奇氏则支持王保保。

皇太子在丞相搠思监的暗中扶持之下谋划废掉元顺帝而自立，便找借口指责元顺帝的支持者孛罗帖木儿图谋不轨，他挟持元顺帝下旨解除孛罗帖木儿的兵权。孛罗帖木儿不服气，于1364年（至正二十四年）四月派出大队兵马来到京城讨要说法。这支地方军阀队伍决心与驻京的元朝正规军主力部队决一雌雄。元朝正规军曾在六年之前让企图攻打京城的北方红巾军付出了尸山血海的代价，可惜现在已经不复当年之勇，驻京部队根本无力阻止来势汹汹的孛罗帖木儿，只能靠边站。皇太子见势不妙，在侍卫亲军的保护下出城东走。这意味着元朝正规军的最后一块遮羞布已被地方军阀扯了下来。必须指出的是，孛罗帖木儿虽然轻而易举地拿下了京城，但不代表他已成为实力最强的军阀，除非他能够打败生平最大的对手王保保。而王保保正在隔岸观火，耐心等待着出手的时机。

为了防止王保保乘虚而入威胁自己在山西的地盘，孛罗帖木儿入京敦促元顺帝捕杀丞相搠思监等人，达到目的之后，立即回师大同，以防万一。

孛罗帖木儿前脚刚走，皇太子后脚便回到京城，双方依旧互相敌视。皇太子明白，要想取胜只能依靠地方军阀，不能依靠正规部队，故此采取“军阀打军阀”的办法，公开征调王保保的军队攻打孛罗帖木儿。王保保看见时机已到，便积极响应，于1364年（至正二十四年）五月率领主力进驻太原，并分兵三路，让部将白锁住带着三万东路军协防京城，部将关保带着五万西路军出击大同，而部将貊高、竹贞则带着四万中路军配合西路军行动。

谁知孛罗帖木儿不按章出牌，采取孤注一掷的打法，仅以少数部队留守大同牵制九万围城敌军，自己亲自督领大部分人马于七月取道居庸关第二次进犯京城。出城迎战的皇太子兵败受挫，不得不在白锁住的保护下逃往王保保的根据地太原。

孛罗帖木儿再次控制京城，而且打算长期住下去。已经对局势失去控制能力的元顺帝不得不忍气吞声地任命这名飞扬跋扈的悍将为中书省右丞相，总制天下兵马，付与其军政大权。

号称总制天下兵马的孛罗帖木儿不过是个空头司令，王保保根本不买他的账，不但命令手下继续围攻大同，而且还打算抽兵反攻京城。1365年（至正二十五年）三月，身在太原的皇太子急调岭北（岭北行省原先叫和林行省，辖境为蒙古本土及其以北地域）、辽阳（管辖范围包括今东北三省、内蒙古东部以及俄罗斯东部地区的部分领域）、陕西、甘肃四省军队配合王保保的反攻计划。形势开始扭转过来。四月，关保夺取了长期围攻的大同。而分兵三路向京城出发的王保保也初战告捷，在离城不远的通州击败了孛罗帖木儿派出的驻军。孛罗帖木儿亲自带兵前往通州解围，他在征途中碰见了一位心仪的女子，为了抓紧时间享受“二人世界”，竟然不战而还，由此可知，这是个“英雄难过美人关”的主儿。孛罗帖木儿在大军压境之时仍然酗酒行乐、四处渔猎女色，甚至伸手向元顺帝索取其所爱的女宠。“我竟然被人欺负到了这种地步！”愤愤不平的元顺帝至此已经完全清楚自己倚重的是一条养不熟的“白眼狼”，遂秘密指使刺客刺杀了前来宫中朝见的孛罗帖木儿。

四面树敌的孛罗帖木儿死后，所部“树倒猢狲散”，很多人被王保保收编。王保保一跃成为各路军阀之中实力最强者，他的部队是元军之中当之无愧的主力。不过，他作为一个后起之辈，有时会指挥不动军中的老将，这使部队隐藏着分裂的危险。

东山再起的皇太子却未能如愿以偿地登基，因为王保保进京之后没有赶元顺帝下台，反而接受了元顺帝高官厚禄的拉拢，欣然受命出任为左丞相。他的所作所为难免让人产生“挟天子以令诸侯”的猜想，而他亲近元顺帝的行为也使觊觎帝位的皇太子心存怨恨，两人关系出现了裂缝，这就为新一轮尔虞我诈、错综复杂的政治斗争埋下了伏笔。

位高权重的王保保在首都的政坛上不只是新人，还是一位“从天而降”的外来者。在元朝，一个人是否能够飞黄腾达与他的出身（蒙古语叫做“根脚”）有很大关系，而王保保“非‘根脚’官人”，故被重视家庭背景的蒙古贵族轻视与排斥。这个不懂政治的武将在朝中常常“怏怏不乐”，经过深思熟虑，他决定辞掉左丞相之位，离开京城这个是非之地而准备“肃清江淮”，企图在外地发展与壮大自身的势力。

1365年（至正二十五年）十月，王保保以河南王、总制全国兵马的显赫身份奉旨出京代皇太子亲征，南下讨伐群雄，但原先依附孛罗帖木儿的张良弼不甘心受王保保节制，遂抗命不从。次年三月，返回河南的王保保决定暂停南下，改派关保、虎林赤西攻张良弼，同时下令盘据关陕的李思齐予以配合。李思齐与王保保的养父察罕帖木儿同时起兵，在军中的资格比较老，他本来就对升迁过快的王保保有点心理不平衡，现在接到王保保的调兵令，终于按捺不住发了火，公开扬言：“这个黄发未退的乳臭小儿竟然反过来命令我么？我与其父同乡里，过去大家一起饮酒时，其父犹三拜而后饮，那时这个乳臭小儿在我面前尚无立足之地，现在竟敢公然以‘总兵’之名命令我？”他不但拒绝接受军令，反而与张良弼勾结对付关保。面对变生肘腋的形势，《明史·扩廊帖木儿传》记载了王保保无奈的话：“我奉诏统领天下军队，然而地方将领却不听号令，这样怎么可以讨贼呢！”对王保保来说，孛罗帖木儿虽死，但取而代之构成新威胁的是张良弼与李思齐两人，他在没有清除隐患、确保后方的安全之前不可能放心南下，因而只让其弟脱因帖木儿率领部分军队留守山东济南，以防范南方群雄，而自己引兵西向进攻关陕，与李思齐等人打得如火如荼。

面对新一轮的军阀混战，模棱两可的元顺帝没有坚决站在王保保一边，他只是应李思齐的请求下诏调解，而皇太子心中怨恨王保保不支持自己登基，也乐于作壁上观。战局一直僵持到1367年（至正二十七年）八月，王保保辖下得力将领貊高决定阵前倒戈，另谋出路，他暗中投靠皇太子，转而与王保保为敌。貊高所部收编了很多孛罗帖木儿的旧部，这些人对貊高背叛王保保起了煽阴风、点鬼火的唆使作用，具有讽剌意味的是，貊高后来被朝廷视为“首倡大义”之人，所部将士皆赐号为“忠义功臣”。

元顺帝本来就不太信任王保保，现在干脆以不听朝廷号令、拒绝停战为借口诏夺其统兵之权，而改任皇太子总制全国兵马，太子虽与他貌合神离，但归根到底还是自己的亲儿子，总胜于把兵权交予外人。另外，此举还可以进一步挑拨皇太子与王保保的关系，使这两人的距离越拉越大。

王保保兵权被削之后，驻军于山西泽州（今山西晋城）伺机而动，仍旧与李思齐以及背叛自己的一些旧部属混战不休。

至此，军阀们你方唱罢我登台，已经持续厮杀六七年，后果是导致元军之中最出名、最能打的两支地方武装在内战里陷于绝境。其中，答失八都鲁所部首先在军阀混战里土崩瓦解，残部被对手收编；而察罕帖木儿所部亦四分五裂，与察罕帖木儿同时起兵的李思齐现已独树一帜，余部主要分为王保保、貊高等势力，互相吞并。局势益加糜烂，不可收拾。在这些林林总总、大大小小的军阀之中，实力最强的仍然是王保保，他能否重整旗鼓，东山再起，如今还是个未知数。 N5N0z3IPJFs5T7TGuSAjW3AcNp9oN9YfkG2mUwQd5kuvJx+sunjzdkxrqGqFjvb2