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1636年，江户幕府在九州长崎港入口处人工填出一个小岛——出岛，设为荷兰人聚集区。荷兰人不信奉天主教，只顾经商赚钱，当时荷兰的流行语是：一个人最大的恶行不是冒渎上帝，而是欠债不还。因此幕府认为与其接触危险性较小。出岛是江户时代日本与欧洲人交流的唯一合法窗口（对朝鲜交流通过对马藩口岸及草梁倭馆，而1609年被征服的琉球王国则由萨摩藩管理，并隐瞒明清皇帝派遣的使者）。
出岛设置有长崎奉行的管理机关和荷兰人的住宅、仓库，用石墙和土墙围绕起来，只有一座桥和市区相连。由荷属东印度派遣而来的商船通常一年两艘，每次能登上岛的也只有十人左右。即使是日籍工匠、搬运工要出入时，亦须持有出岛官员发行的“门鉴”。在出岛以外，如果有遭遇海难，偶尔漂流至日本海岸线的外国人，首先要识别其是否是天主教徒——不肯踩踏耶稣像的外国人往往被当场杀死——若非天主教徒才加以救助，送往长崎，搭便船离开。对漂流民的处置，与各沿海藩的警备体制相互配合，达到相当完美的程度，杜绝了外国人擅自深入日本腹地的一切希望。
在出岛瞭望台上张望商船入港的荷兰人，可见其身后有背着“洋囡囡”的日本妇女。由于需要长期生活在出岛，不少荷兰人娶了日本女人，但生下的孩子被禁止追随父亲前往海外，只能作为“怪模怪样的日本人”度过一生
德川幕府的统治在日本越加稳固的同时，亚洲大陆上却发生了惊天动地的变化：满清突然崛起，入主中原，明朝于公元1644年崩溃了！镇压了国内天主教徒（并附带处死了一批西洋传教士）的幕府，与其说担心欧洲殖民者报复的炮舰，不如说更担心满清和元朝一样，跨海东侵日本。江户时代前期的思想家熊泽藩山（1619—1691年）声称：“北狄取中国，则时时可来日本也。”因此幕府对中国大陆发生的情况格外关注，凡是来到长崎的中国商人、船民，均受到仔细询问，以此收集大量情报。经过一段时间的疑虑，日本见清朝当权者并无东进之意，便又飘飘然起来，认为是日本武士吓阻了八旗兵。兵学家山鹿素行竟声称：“本朝之武勇令异国恐惧，不但终无外国进攻本朝，亦无寸土为彼所夺之事。故武器、马具、剑戟之制，兵法、军法、战略种种，非彼国所及，岂非武勇优于四海耶？”
位于茨城县水户市千波公园的德川光圀雕像
经历丰臣侵朝战争惨败的日本人何以保持如此满溢的自信？只因战国时代以来，陆续乘船来此的西洋人确实让日本人开了眼界。1579年，日本天主教耶稣会负责者葡萄牙人范礼安（A.Valignano）与九州基督教大名大友宗麟合作，派遣天正遣使团（团员都是十三四岁的少年）访问欧洲，拜见罗马教皇。1613年，仙台藩大名伊达政宗派遣的庆长使节团，更是乘坐500吨级的西班牙式大帆船桑帆号（由西班牙人指导建造），向西跨越太平洋至美洲墨西哥，再渡大西洋至欧洲游历。这两,支使团回国时，都恰逢日本掀起排斥基督教运动，使得这些见识非凡的团员无法施展抱负。但毕竟日本对整个世界已经持有基本认识，而西洋人诸如“这个国家的人是我迄今发现的国家中最高级的，比日本人更优秀的民族在异教徒中恐怕找不到”（首位来到日本的传教士沙勿略语）之类的评语，使日本人第一次觉得自己被拿来与中国、朝鲜一起评价，而且还胜出了！其洋洋自得自是理所当然。在日文版的“亚细亚洲”地图上，日本人首次将本国国名标为——大日本。水户德川家的一代明君德川光圀，设立彰考馆编撰鸿篇巨制《大日本史》，经250年岁月才在1906年正式完成402卷的恢弘伟业。其书遵循朱子学史观，尊“万世一系”天皇皇统，由此形成的所谓“水户学”，将对幕末尊皇论思想，以至于“大日本帝国”的最终建立，产生了深远影响。
经历数次大规模迫害天主教浪潮（以“岛原天草之乱”于1638年遭幕府军血腥镇压为标志）的日本，在出岛口岸成功设置、沿海警备体制确立之后，正式进入锁国状态。在当时东亚范围内，清朝与朝鲜等同样锁国，这显然不是偶然的。西方殖民者的步伐越来越快，已将远至东南亚的广大区域占为殖民地，为资本主义早期发展所需的财富与原料，进行残忍的殖民掠夺。他们所带来的完全异样的技术、经济与文化的冲击，以及更加令人骇异的“吉利支丹”教（日本对葡萄牙语基督教徒“Cristão”的音译，但至江户中期便被蔑称为“鬼理死丹”之类），在一个战火纷飞、须借助一切先进战争技术的时代犹可容忍，但在已实现统一与和平的东亚农业社会中，则是万万不可忍的。东亚各国均有此共识，无甚区别。
正如清朝锁国并没有影响宫廷获得制造精巧的西洋钟表、聘请西洋画师，并在南方设立口岸、授权商行贸易一样，日本锁国同样没有影响大名、武士及庶民对外国的学习热情。而且与清朝和西洋的接触基本只局限宫廷与贸易口岸，平民百姓和文人士大夫基本无交集这种情况不同，日本出现了在社会上进行广泛活动的“兰学者”（由于江户时代日本对欧洲人只能接触到出岛的荷兰人，因此由荷兰人介绍的各国知识一律被称为“兰学”）。兰学的主体是西方医学，其标志性成果是1774年兰学者杉田玄白、前野良泽等根据荷兰医书译编而成《解体新书》，此前山胁东洋和小衫玄适已进行了日本首例医学人体解剖（1754年）。
兰学扩展必然涉及军事学领域，其标志性成果是林子平著于1792年的《海国兵谈》。在此之前，日本林林总总的所谓兵法书，只论及日本国内战争，而以兰学为基础的《海国兵谈》则以日本作为世界海洋中一个岛国的视角，提倡日本须拥有一支较为现代化的海军，须在全国建设沿岸炮台，而强大海军的出现则需要强化幕府中央权力并提高经济实力，否则不能击退外部势力的攻击。《海国兵谈》问世后不久便遭遇幕府打压西方学术的逆流，因此对当时日本的对外防御政策无甚影响，但幕末时期其影响力将会慢慢显现而出。