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周秦以降，东北的大部分地区是被纳入到中原王朝“朝贡册封”体制下的各古族古国的居住区域。燕昭王时期命秦开伐东胡、击朝鲜之后设上谷、渔阳、右北平、辽西、辽东五郡，其中辽西、辽东二郡为东北最早之郡县。至秦始皇即并天下，开36郡，其中东北地区仍有辽西、辽东二郡，但彼时的东北地区并未全部纳入中原郡县体制。
秦汉之交，中原动荡。汉高祖结束了秦的暴政，在满目疮痍中初定天下，重建和恢复对全国的统治。在汲取秦亡教训的过程中，迈上了分封制与郡县制并行的轨道。随着异姓王相继叛乱与平灭，受刘邦分封的燕王国国王卢绾担心有朝一日自己也会成为被剿灭的对象，便叛汉转投匈奴。卫满害怕受到卢绾的牵连也亡命到了箕氏朝鲜。到朝鲜站稳脚跟后的卫满不但没有安于现状，反而集结起当地的反王势力，推翻收留自己于危难之中的箕准的统治而建立政权，仍沿用国号为“朝鲜”（通常将卫满所建的政权称为“卫氏朝鲜”或“卫满朝鲜”。）在我国正史中最早为“朝鲜”立传的当属《史记》卷115《朝鲜列传》，其中较为详细地记载了卫氏朝鲜的建立过程，原文为：“朝鲜王满者，故燕人也。自始全燕时尝略属真番、朝鲜，为置吏，筑鄣塞。秦灭燕，属辽东外徼。汉兴，为其远难守，复修辽东故塞，至唄水为界，属燕。燕王卢绾反，入匈奴，满亡命，聚党千余人，结蛮夷服而东走出塞，渡唄水，居秦故空地上下鄣，稍役属真番、朝鲜蛮夷及故燕、齐亡命者王之，都王险”
。卫氏朝鲜的领土，向北未过今朝鲜的清川江和摩天岭，向南可达今朝鲜的黄海道、江原道辖镜，这比箕氏朝鲜的领土扩大了约四分之三的面积。卫氏朝鲜的东南部边界即后来四郡中乐浪与临屯的东南部边界。“从今朝鲜半岛的汉江入海口以南，再沿江经朝鲜的忠州、乌岭、小白山到大白山为乐浪郡南界，与马韩为邻；从大白山经朝鲜半岛的日福岭至三陟北至海为临屯郡南界，与辰韩为邻。东部边界达秽貊、沃沮、挹娄三族分布的最东部，也就是从今朝鲜三陟北滨海地区起，经日本海，北至鄂霍次克海的海边。北部西自贝加尔湖、东至鄂霍次克海，都是中国境内民族分布的地区。居住在北部的少数民族活动地域达今黑龙江以北、外兴安岭一带。西部是东胡民族联盟，冒顿单于击败东胡以后，东胡余部分别居住在大兴安岭的南、北麓，后来形成乌桓、鲜卑两个新的民族。东北西部的南方成为匈奴人的活动地区”
。
汉武帝在位之时，为了削弱卫氏朝鲜的割据势力，曾派大商贾彭吴以经营贸易的方式活动于卫氏朝鲜本土以及单单大岭以东的东秽（临屯）、沃沮地区，串联像南闾那样的东部土著民族首领到辽东郡表示脱离卫氏朝鲜的统治而归附于汉朝。汉武帝以此为契机，在东秽、沃沮地区设置了苍海郡，从《汉书》卷6《武帝纪》：“东夷君南闾等口二十八万人降，为苍海郡”
的记载来看，苍海郡的居民达28万人。据《三国志》载，东秽地区仅有二万户，加上东沃沮的五千户，充其量才有十几万人，远远达不到苍海郡的总人数。因此，苍海郡的辖区应包括北沃沮在内。当然，由于要维持这一边郡的统治需要大批的人力、物力、财力，所以苍海郡仅仅存在了两年（前128—前126）就罢去了。但是，苍海郡的设置对削弱卫氏朝鲜的势力以及汉朝更好地统治东北亚地区来说，其意义是不可忽视的。元封三年（前108）时，汉武帝派遣军队灭掉了卫氏朝鲜，在其疆域内设置了乐浪、真番、临屯、玄菟等四个边郡，对朝鲜半岛北部进行直辖管理和统治。玄菟郡，治沃沮城，位于今朝鲜咸镜南道，原南沃沮辖境。乐浪郡，原箕氏朝鲜本土，今朝鲜大同江中下游一带，辖有朝鲜、仴邯、唄水、黏蝉、遂成、增地、驷望、屯有、镂方、浑弥、吞列等十一县，治朝鲜县。临屯郡，原东秽居地，今朝鲜江原南北道地区，十五县，治东县。真番郡，真番故地，今朝鲜黄海南北道地区及京畿道一部分，十五县，治霅县。
四郡屡有变迁，有合并，也有内徙、侨置。从《后汉书》卷85《濊传》中，“至元封三年，灭朝鲜，分置乐浪、临屯、玄菟、真番四郡。至昭帝始元五年，罢临屯、真番，以并乐浪、玄菟。玄菟复徙居句骊”
的记载来看，其中虽有混乱不清之处，但还是能够看出西汉昭帝对“汉四郡”的这次调整，既不是弃真番、临屯二郡故地于不顾，也不是简单的合并，而是将原真番、临屯的一部分、原玄菟郡故地与原乐浪郡合并而成为乐浪一郡，将玄菟郡徙于原辽东郡故地。整合四郡时期的直观效应便是改变了朝鲜半岛北部的行政区划，在朝鲜半岛北部仅存有乐浪一郡。
公元前82年（始元五年），汉昭帝罢真番、临屯、玄菟郡后，将真番故县中的含资、带方、海冥、列口、长岑、昭明、提奚七县，临屯故县中的东暆、不而、蚕台、华丽、邪头昧、前莫六县及玄菟郡故县沃沮城（更名夫租县）与原乐浪郡下辖十一县合并为大乐浪郡，共辖有25县。经过汉昭帝的这次调整，真番、临屯二郡不再以郡级行政建制存在，《汉书》卷28下《地理志第八下》载：“玄菟郡，武帝元封四年开。高句骊，莽曰下句骊。属幽州。户四万五千六，口二十二万一千八百四十五。县三：高句骊，辽山，辽水所出，西南至辽队入大辽水。又有南苏水，西北经塞外。上殷台，莽曰下殷。西盖马。马訾水西北入盐难水，西南至西安平入海，过郡二，行二千一百里。莽曰玄菟亭”，其中高句骊、上殷台、西盖马并非汉武帝所置。前文已述，汉武帝元封四年（前107）所设玄菟郡位于今朝鲜咸镜南道一带，仅见沃沮城一县，为南沃沮居地，至汉昭帝始元五年（前82）将四郡合并为乐浪郡以后，玄菟郡内徙，侨置。学界公认，“辽水”为今浑河，“大辽水”为今辽河，“南苏水”为今苏子河，“马訾水”为今鸭绿江，“盐难水”为今浑江，在此基础上，将第二玄菟郡的位置比定为：玄菟郡的治所高句丽县应是今辽宁省新宾县永陵镇西南苏子河南岸汉代古城；上殷台县治为今吉林省通化快大茂
镇西南五十里的赤柏松汉代古城；西盖马县治为今吉林省集安市内汉代土城（高句丽国内城城址）。《汉书》卷28下《地理志第八下》乐浪郡条中记载：“乐浪郡，武帝元封三年开。莽曰乐鲜。属幽州。户六万二千八百一十二，口四十万六千七百四十八。有云鄣。县二十五：朝鲜，仴邯，霅水，水西至增地入海。莽曰乐鲜亭。含资，带水西至带方入海。黏蝉，遂成，增地，莽曰增土。带方，驷望，海冥，莽曰海桓，列口，长岑，屯有，昭明，南部都尉治。镂方，提奚，浑弥，吞列，分黎山，列水所出。西至黏蝉入海，行八百二十里。东暆，不而，东部都尉治。蚕台，华丽，邪头昧，前莫，夫租。”
此下辖三县之玄菟郡与管辖二十五县之乐浪郡当是汉昭帝调整后的结果。至迟在王莽朝时期，乐浪郡下辖二十五县，并于含资、带方、海冥、列口、长岑、昭明、提奚七县处乐浪南部都尉进行管辖，南部都尉的治所在昭明县，而乐浪南部都尉所辖七县正是武帝所置真番郡中的七县，亦可佐证真番郡在初置之乐浪郡以南（古朝鲜之南）。与此同时，在东暆、不而、蚕台、华丽、邪头昧、前莫、夫租七县设乐浪东部都尉进行管辖，其中东暆、不而、蚕台、华丽、邪头昧与前莫六县为武帝所置临屯十五县的一部分，而夫租则为沃沮城的改称，亦即第一玄菟郡郡治。从此真番、临屯二郡不见于史籍。
东汉时，乐浪郡与玄菟郡均进行了第三次调整。东汉以来郡县内缩，朝鲜半岛北部原有的四郡只剩下乐浪一郡。与此同时，西部随着匈奴人的衰落，乌桓、鲜卑两个民族开始南迁，逐渐占据原匈奴人的居住区。自大兴安岭北麓至东北西南部都是乌桓、鲜卑的居住区。
乐浪郡由《汉书》卷28《地理志》中的25县而减为18县，“乐浪郡武帝置。雒阳东北五千里。十八城，户六万一千四百九十二，口二十五万七千五十。朝鲜、仴邯、霅水、含资、占蝉、遂城、增地、带方、驷望、海冥、列口、长岑、屯有、昭明、镂方、提奚、浑弥、乐都”。
此“占蝉”为西汉“黏蝉”；“遂城”即西汉“遂成”；“乐都”为西汉之“吞列”，东汉乐
浪郡之十八县较之前汉二十五县相比，所省各县的县名与数目与岭东七县相符，换言之，东汉乐浪郡是在西汉乐浪郡基础上省岭东七县之建置，亦即东汉时期岭东七县不再归乐浪郡管辖。东汉末，公孙康又分屯有以南荒地置带方郡，其郡治为带方县。带方郡辖境与西汉乐浪南部都尉辖区相同，即西汉武帝初置真番郡中可考的七县。东汉时玄菟郡再次内徙，《后汉书》志第23《郡国五》中关于玄菟郡条与乐浪郡条的记载：“玄菟郡武帝置。雒阳东北四千里。六城，户一千五百九十四，口四万三千一百六十三。高句骊，辽山，辽水出。西盖马、上殷台、高显，故属辽东。候城，故属辽东。辽阳，故属辽东。”
原辽东郡的高显、侯城、辽阳三县改属玄菟郡，高显为今辽宁省铁岭县城；侯城为今辽宁省沈阳市东南30里古城子；辽阳为今辽宁省辽中县茨榆坨公社偏堡子古城。而第三玄菟郡中的高句丽、西盖马、上殷台三县虽与第二玄菟郡所属三县名称相同，却是在第二玄菟郡基础上的西迁。因此，玄菟、乐浪二郡的规模均有所改变。《后汉书》志第23《郡国五》将玄菟、乐浪二郡这一时期的属县、规模、户口数作了直观的描述。《后汉书》志第23《郡国五》的记载明显不同于《汉书》卷28《地理志》中的玄菟、乐浪郡条，这种转变或许是东汉安帝永初元年时完成的，因为唐李贤为《后汉书》志第23《郡国五》玄菟郡条作注曰：“东观书安帝即位之年，分三县来属（玄菟）。”
安帝即位元年即永初元年（107），所谓“分三县”，即指分原辽东郡的“高显”、“候城”、“辽阳”三县改属玄菟郡，即与《后汉书》志第23《郡国五》中所载玄菟郡之六县的情况相符，只是这次调整的结果一直延续到了咸宁二年。
汉四郡的盈缩充分体现了中央王朝边疆的伸缩与波动。直至汉武帝时，在朝鲜半岛才实现了从宗藩体制向郡县制的转型，进入到中央王朝对半岛实施直辖统治阶段，改变了汉初的政治格局。
东汉末，乌桓各部中实力最强的是辽西乌桓大人丘力居、辽东属国乌桓大人苏仆延、右北平乌桓大人乌延、上谷乌桓大人难楼。这些乌桓首领不断寇边，后来辽西、辽东与右北平三郡乌桓结成联盟，即通常所称之“三郡乌桓”。建安十二年（207）五月，曹操率军到达无终（河北蓟县）。八月，曹军与蹋顿和袁尚、袁熙联军相遇，双方展开决战，曹军大获全胜。乌桓各部单于速仆丸、楼班、乌延以及袁尚、袁熙，带数千骑败将残兵，逃奔公孙康。公孙康杀袁尚、袁熙，把首级献给曹操。九月，曹操大军自柳城凯旋。东北西南部的三郡乌桓被曹操所灭。曹操平定乌桓之后，把被三郡乌桓掠去的十余万户汉人，还有归服的乌桓部落，全部迁入塞内，开始汉化过程。留居塞外的乌桓人，久而久之，多融合于鲜卑等族之中。
鲜卑族分东部鲜卑与拓跋鲜卑两支。汉桓帝年间，檀石槐在上郡高柳县（今山西高阳）北150余公里处的弹汗山立帐，很快发展成庞大的军事部落联盟。檀石槐部落联盟的基层组织形式为邑落制，全部领地分成三部，从右北平以东至辽东，与夫余、秽貊相接，20余邑为东部；从右北平以西至上谷，10余邑为中部；从上谷以西至敦煌、乌孙，20余邑为西部。东部鲜卑在檀石槐部落大联盟解体以后，至西晋末，东北西南部的东部鲜卑已形成慕容部、宇文部、段部三部在辽西地区争强，宇文部被慕容部击败后，北迁余部与北方民族融合后形成契丹、奚。西部又形成室韦、乌洛侯、地豆于等民族。契丹、奚的居住地最南，室韦的居住地最北。慕容部吞并三部，建立了前燕政权。前燕灭亡后，慕容氏及鲜卑化的汉人又先后建立起后燕、北燕、西燕与南燕等中国地方政权，因南燕在今河南、山东等地，西燕在今山西一带，东北地区的前燕、后燕、北燕三个政权通常又被称为“三燕政权”。
从大鲜卑山南下的拓跋鲜卑建立北魏以后，势力渐向东北地区渗透。东部鲜卑慕容部建立的诸燕政权灭亡以后，东北西半部地区，北自外兴安岭、南至西喇木伦河与老哈河流域，分布着东胡语族的各部族。
东部秽貊系的高句丽势力也向北方扩展。自公元前37年朱蒙在今辽宁桓仁五女山城立国后，高句丽虽在西汉一朝未见有与中原王朝确立臣属关系的直接记载，但《汉书·王莽传》中记有王莽派使臣“东出者，至玄菟、乐浪、高句骊、夫余”印证了西汉时期，高句丽政权已为西汉属国。王莽实行的民族政策使高句丽与中央王朝的关系紧张。32年，东汉光武帝正式恢复高句丽王号，仅高句丽太祖大王一朝就曾于109、111、124年先后三次入东汉朝贡。东汉时，高句丽或属辽东，或属玄菟，曾多次侵犯过边塞。辽东太守公孙康于汉献帝建安中，曾败其军，破其国，但并没有挫伤高句丽的实力。此后，高句丽虽曾协同司马懿、丘俭助讨过公孙渊，但犯边多于协作，结怨多于友善，成为曹魏统一东北的障碍，因而曹魏决定东征高句丽。魏齐王正始三年（242），高句丽王宫进犯了西安平，于是曹魏决定派丘俭东征高句丽。正始五年（244），丘俭率步骑万人，由玄菟郡出发，向东出击高句丽。高句丽王位宫率步骑二万人布防于沸流水（今浑江）一线，并与魏军大战于梁口（今吉林省通化市江口村附近）。结果魏军大胜，位宫败走，丘俭又率军乘胜追击至赥岘（今吉林省集安西小板岔）。此地山高林密，沟谷纵横，车骑辎重难以通行，丘俭只好收起车马，徒步登上丸都山（今吉林省集安县山城子），焚烧了高句丽都城丸都城，斩俘了数千人。高句丽王位宫仅携妻子落荒而逃，丘俭遂班师而还。在这次征战中，对于主张与汉朝和好，受到位宫迫害绝食致死的高句丽官员得来，丘俭命令诸军不准毁坏其坟墓和伐其树，如果得其妻子，要即刻放回。高句丽王位宫失陷城池后不久，重新纠集军队，恢复了对高句丽的统治。
正始六年（245）曹魏派遣丘俭再次征讨高句丽。高句丽王位宫得知曹魏又遣军东征后，便逃离到买沟（今朝鲜咸镜北道会宁）。丘俭于是兵分两路，跟踪追击。北路，派遣玄菟太守王颀率军追歼。当王颀军队路经夫余时，夫余王简位居派大加远迎于城郊，并供给军粮。魏军备足军粮之后，继续进师追击不舍，位宫又奔往沃沮城，魏军遂破沃沮城池，斩杀三千余人。位宫又逃至北沃沮，王颀率军追过沃沮千里有余，最后军队到达了挹娄南部边界。南路，派遣乐浪太守刘茂、带方太守弓遵率军从南部迂回包围，东秽不耐（今朝鲜江原道安边郡）侯举邑投降了魏军。韩秽曾侵扰过带方郡，刘茂、弓遵亦乘机兴兵攻讨，韩秽遂为魏军所败。南北两路凯旋之日，丘俭刻石纪功，树碑立传，北路“刊丸都之山”，南路“铭不耐之城”。
慕容廆建立前燕后，对慕容部威胁较大的是东部的高句丽，两部之间经常发生战争。341年慕容亲率大军东征，于木底城（今辽宁省苏子河北木奇）重创高句丽军队，又乘胜东进，毁掉了高句丽的卫城丸都城（今吉林省集安山城子）胜利还师。晋咸康八年（342），慕容率大军四万从南道进军丸都。另遣长史王寓率兵一万五千经北道征伐高句丽。高句丽王钊以为南道险峻，易守难攻，重点防御北道。结果因南道兵力不足大败，慕容军破丸都。北道高句丽军则大胜。永和三年（347），慕容再次出兵高句丽，命慕容、慕容恪率精骑一万七千征夫余。夫余败后，高句丽王钊大为恐慌，主动乞降。第二年，高句丽王钊派王子朝见慕容，承认了高句丽为慕容鲜卑的属部。
肃慎族在汉代称为挹娄，魏晋时期称为勿吉。勿吉是在肃慎、挹娄的基础上不断发展和扩大而形成的。《北史·勿吉传》记载勿吉已经形成七部。粟末部，因居于粟末水而得名，粟末水即今松花江，其居地当在今吉林省吉林市一带。伯咄部在粟末部之北，约在今黑龙江省五常县一带。安车骨部，在伯咄部东北，安车骨亦为水名，即今乌苏里江，其部当在今乌苏里江上游一带，东至海。拂涅部在伯咄部东，大约在今依兰县东南，兴凯湖西北。号室部在拂涅部东，当在今乌苏里江中、下游及其以东滨海地区。黑水部在安车骨部西北，黑水即今天的黑龙江，其部当在今黑龙江下游。白山部在粟末部东南，即今长白山一带。七部的出现，标志着勿吉人已经初步形成不同的部落集团，各部部长已经实行世袭制。挹娄、勿吉与肃慎一样，一直与中原保持着密切的政治、经济往来，臣属于中原王朝。仅从475年至575年的一百年时间里，勿吉人遣使入中原朝贡达30余次。
夫余人的余部形成豆莫娄，北迁至黑龙江之南北。《晋书》卷14《地理志》中记载的：“咸宁二年十月，分昌黎、辽东、玄菟、带方、乐浪等郡国五置平州。统县二十六，户一万八千一百。乐浪郡汉置。统县六，户三千七百。朝鲜，周封箕子地。屯有、浑弥、遂城，秦筑长城之所起。镂方、驷望。玄菟郡汉置。统县三，户三千二百。高句丽、望平、高显”
，晋之乐浪郡与玄菟郡的辖区再次缩小。
东北东部地区最北居住着靺鞨人，之南是高句丽国。北魏世祖时，高句丽王连遣使朝贡，请国讳，并接受北魏的封号：都督辽海诸军事、征东将军、领东夷中郎将、辽东郡开国公、高句丽王，正式成为北魏的属国。北魏分裂后，高句丽先后臣属于西魏、北齐、北周。在此期间的几代高句丽王都受过中原王朝的册封，与中原王朝保持臣属关系。据《魏书》本纪的记载，高句丽向北魏朝贡达57次，最多的时候一年3次。北朝时“辽河以东皆为高句丽政权的辖区。向北达今第二松花江，东北至今珲春滨海地区；东南边的东半部至今龙兴江，西半部至今汉江”
。