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对于惠特曼来说，美国内战是一场关于身体的战争。惠特曼认为，美国内战时期南部邦联的一宗罪就是对待黑人像对待生肉一样，买卖时与肉店的交易无异。在奥尔良的奴隶拍卖市场上，他第一次感悟到，精神与肉体是不可分割的。鞭笞一个人的肉体就是在鞭笞他的灵魂。
这是惠特曼诗性哲学的核心。我们不是“拥有”一具躯体，而是这一躯体本身就“是”我们。尽管在我们的感受中，自己似乎是非物质的，但是我们的自我意识确实起源于肉体。在惠特曼唯一一本诗集《草叶集》（ Leaves of Grass ）的序中，他把自己的肌肤与精神融合在了一起——“这两腋下的气味是比祈祷更美好的芳香” [1] ：
是有人要求看到灵魂吗？
看吧，看你自己的体态和面貌，人物，实体，兽类，树木，
奔跑着的河流，岩石和泥沙。
一切都紧抱着精神所感受的欢乐，然后又把它们放松，
真正的肉体又怎么会死去，被埋葬掉？
Was somebody asking to see the soul?
See, your own shape and countenance . . .
Behold, the body includes and is the meaning, the main
Concern, and includes and is the soul
惠特曼这一将肉体与灵魂融合在一起的观念无疑是革命性的。这种观念在某种意义上与他的自由体诗一样激进。那时候，科学家们自认为我们的自我意识来自大脑，而身体只不过是一大块麻木不仁的物质。但是惠特曼相信，我们的精神依赖于肉体。他决心为我们精神与肉体的“融合”谱写诗篇。
惠特曼的诗歌如此鲜活醒目是由于，他尝试着“在汗水中淬取美感”，从脂肪与肌肤中提取形而上的灵魂。多少个世纪以来，哲学家们一直是一分为二地看世界，而惠特曼则相反，他把一切都看成是连续的，一切都是相互关联的。对他来说，身体和灵魂这对最为世俗与最为深奥的事物，其实只是同一事物的不同名字而已。就如波士顿的超验主义者爱默生所说的，“惠特曼是《薄伽梵歌》 [2] 和《纽约先驱报》（ New York Herald ）卓越的混合物”。
惠特曼是通过对于自身的探究得出身体感受的理论的。惠特曼在《草叶集》中想做的只是把“一个人，即人类中的一员（也就是19世纪后半叶美国所宣称的‘自我’）自由自在地、完整而真实地记录下来”。因此，诗人让自己成了一位遵从自己切身感受的经验主义者和作词家。正如惠特曼在《草叶集》的前言中所写的，“你将站在我这边，同我一起望向这面镜子”。
也正是如此，惠特曼了解到灵魂与肉体始终形影不离地“交缠”在一起。他是第一位在诗歌中没有将肉体作为“陌生人”对待的诗人。与此相反，在惠特曼不求押韵的诗歌形式中，他把身体这道风景化成了诗歌的灵感之源。他写下的每一行诗句似乎都与某种疼痛关联，而这种痛楚则源自于他身体的强烈欲望——那是由夹杂着智慧的欲望和无数无可名状的怜悯感混合而成的。惠特曼不为任何形而下的俗物感到羞耻，所以也不会遗弃任何东西。他向读者们承诺：“就是你那鲜活的肉体，将会成为一首伟大的诗。”
脑神经科学现在才意识到，惠特曼的诗歌原来早已道出了事实真相：情感源自于身体。我们的感觉看似短暂易逝，但是其实它们植根于我们肌肉的运动和心跳。而且，这些以物质要素为基础的感觉也是思考过程的基本要素。就像神经学家安东尼奥·达马西奥（Antonio Damasio）所记录的那样，“精神是被身体所收容的，而不仅仅是被大脑所囊括的”。
然而，在那个时代，惠特曼的观念对于外界来说显得既充满情色意味又放肆大胆。他的诗歌被称为“色情之言”（Pornographic utterance）。一些忧虑的公民呼吁对其作品进行严格的审查。而惠特曼却把这番争议当作一种享受。没有什么能比瓦解维多利亚时代拘谨的道德、颠覆科学事实更让他高兴的了。
灵魂与身体的分离学说始于勒内·笛卡儿（Rene Descartes）。笛卡儿是19世纪最具影响力的哲学家之一。他把存在（being）划分为两种截然不同的东西：神圣的灵魂和凡人的躯体。一方面，灵魂是理智、科学以及一切美好事物的源泉；而另一方面，我们的肉身却是一台被上了发条的、会流血的机器。在这种一分为二观念的影响下，笛卡儿判给了肉体一生做卑微奴仆的地位，这相当于让肉体成了给大脑这个灯泡供电的发电厂。
在惠特曼生活的那个时代，笛卡儿的信徒们崇拜并敬奉大脑。而颅相学（phrenology）这一新兴科学，就是由忽视身体的习惯性冲动所催生的。自从19世纪初德国解剖学家弗朗兹·加尔（Franz Gall）初创这一学科时起，颅相学者便认为颅骨的轮廓形状以及它的凸起和凹回都能精确地反映圣人的精神状况。这些伪科学论者曾寄希望于通过对头骨隆起部分的测量，来了解大脑的哪些部分因频繁的思维活动而鼓起、哪些部分因思维废退而凹陷等来量化研究对象的性格。这样看来，颅腔的包装外壳似乎就能展示我们的内部精神世界，而这一精神世界与身体的其他部分则毫无关系。
到了19世纪中叶，颅相学所做出的承诺似乎就要被证实了。夹杂着大量技术性插图的无数医学专著被撰写出来，为这一理论烘云托月。无数颅骨被量化剖析。27种具有不同脑力特长的天才被揭晓。关于心智的第一项科学理论似乎注定要在今后的岁月中一统天下。
然而，这类测量却总是捉襟见肘，各种由此而来的解释也很容易被牵强附会地臆造出来。尽管颅相学也是本着严肃诚恳的态度去做研究，但它的论据实际上是来源于一些偶然发现的集合（大脑是如此复杂的器官，以至于它的凹凸能够为任何富于想象力的假说提供论据，直到一种更加完善的假说出现）。举例来说，加尔将理想化的性格倾向归功于额骨的颞嵴区域（temporal ridge），这是因为希腊诗人荷马的半身像在那个位置有一个凸起，而且还因为荷马在写作时总是习惯性地去摸那个地方。这就是加尔用以支撑其论断而采集到的实证依据。
当然，颅相学在我们现代人看来极不科学，就像是大脑占星术一样不切实际。我们很难想象这一假说当时是如何吸引人们并让他们深信不疑的，而它又是如何走过19世纪科学考证的漫漫长路的。 [3] 惠特曼曾就这一话题引用了奥利弗·霍姆斯（Oliver Holmes） [4] 的话，“要想知道一个人的智慧有多少，你只要在他的头部摸摸，看有几块隆起就可以了。这就如同在你想知道保险箱里有多少钱时，看看柜门上的锁有多重一样简单”。然而，真正的知识却从我们所犯错误的残屑中产生。就像炼金术最终把人们引向了化学一样，颅相学的失败同样也诱导了科学去研究大脑本身的普遍规律，而不是仅仅局限于固化的个案研究。
惠特曼是他所处时代的一位虔诚的科学家 [5] ，与颅相学有过一段渊源。他把自己参加的第一节颅相学讲座称为“在我们生命中注定要去听的一节课，虽然它真可谓装模作样与无稽之谈的集大成者……我们并不是非要坚称颅相学没有半点儿真知灼见，但是说句公道话，正如福勒先生（Mr. Fowler）所宣称的那样，颅相学傲慢专断地标榜自己无懈可击，这一点是再荒谬不过的了”。然而，十多年以后，就是这位福勒先生让曼哈顿的福勒韦尔斯出版社（Fowler and Wells）成了《草叶集》第一版的独家经销商。除了这家出版社，惠特曼找不到任何其他地方愿意发表他的诗集。一方面，惠特曼似乎放弃了“颅相学是愚蠢的”这一判定，甚至一反常态地参加了几场颅相学测试 [6] ；但另一方面，他的诗歌却又坚决地否定了颅相学的基础理论。像对待笛卡儿那样，颅相学者只在人类头部寻找灵魂，迫切地想把心智简化为颅部器官导致的物理活动。惠特曼认识到，这些简化法建立在一个十分明显的失误上。这些科学家们忽视了身体的细致微妙，于是也就不可能体味到一个人灵魂的变幻莫测。诚如《草叶集》只能“在整体上，在它纷纭叠合的聚集中”才能够被洞彻一样，惠特曼认为自身的存在“是不能够通过身体的局部而被理解的，相反，身体只有在作为一个整体时才能够被领悟”。这就是惠特曼的诗性哲学经过发展后所昭示的观念：人类是不可拆分的整体，身体和灵魂水乳相容。不仅如此，惠特曼还曾对身体与灵魂分离的观点进行质疑：“为什么非要把身体归为一种外形，那是什么论调？我的身体可不是一具冷冰冰的躯壳。”