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作为中国古代成书最早、影响最深远的一部中医宝典，它总结了古代中国人对于人体科学的认识，也奠定了中医学的理论体系，两千年来医家学者无不从中受益。因此，这部书被后人尊称为“经”。然而令人遗憾的是，时至今日，这部书的成书年代仍然未能确定。
《黄帝内经》这部书名，最早载录在《汉书·艺文志》里。今天我们所看到的《内经》，它分为《素问》和《灵枢》两大部分，内容极其广泛。《汉书·艺文志》载录的书目中，还记载有《黄帝外经》三十七卷，但至今没有发现，似乎早已散佚。
我们从《黄帝内经》的名字及其内容来看，它通篇几乎都是黄帝和岐伯等的对话，有人便据此认为这部书肯定成书于黄帝时代。如晋代的皇甫谧在其《黄帝三部针灸甲乙经》序中曾说：“黄帝咨访岐伯、伯高、少俞之徒，内考五脏六腑，外综经络血气色候，参之天地，验之人物，本性命，究神极变，而针道生焉。”还有《太平御览》卷72引《帝王世纪》语说：“岐伯，黄帝臣也，帝使岐伯尝味草木，典主医病经方，《本草》、《素问》之收咸出焉。”然而关于它的真正出现年代，更多却是质疑之声，自宋至清，程颐、司马光、朱熹、方孝孺、魏荔彤、崔述等人都对其提出了质疑。他们普遍的观点是：黄帝时代，是人类文明启蒙的时期，在那个时代，生产力水平是相当落后的，科学技术更是极不发达，在这样的条件下是不可能产生像《黄帝内经》这样的高水平的理论著作的。并就此推断“黄帝之说”是不可信的。那么到底《黄帝内经》成书何时呢？
（1）成书于先秦、战国之时
持这种观点的代表人有宋代的邵雍、明代桑悦、方以智、清代魏荔彤等。他们通过对《内经》和《周礼》及《史记·扁鹊仓公传》的对比，发现三者在学术思想上是极其相似的，同时还通过对《素问》文学结构的分析，说明了最少《素问》这一部分是出自于先秦，并不迟于扁鹊所处的时代。另外从“文字气象”方面看，春秋战国时期成书亦是可能的，那是因为，当时是中国在政治和思想文化上发生巨大变革的一个重要的历史时期，各种学术思想在这一时期蜂拥而出，出现了历史上空前绝后的“诸子蜂起，百家争鸣”的现象。自由活跃的思想空间、重视学术的良好风气造就了一大批的思想家，他们分别对后世各种文化体系的形成和发展起到了极为重要的作用，在这个历史上的一个特殊的学术氛围中，《黄帝内经》的问世可以说也是顺理成章。
（2）成书于秦汉之间与汉朝
持这种观点的人有宋代的程颢、司马光等。他们认为“黄帝亦治天下，岂可终日坐明堂，但与岐伯论医药针灸邪？此乃周、汉之间”。同时还有人认为是成书于西汉时期。明代郎玻所著的《七修类稿》，朗玻从夏禹时仪狄造酒的传说和“罗”出现于汉代等证据推断《素问》产生于西汉时期。他还从中国学术思想发展的一般情况来看，认为春秋时期成书的著作极少，那时的学者多述而不作，或仅有一些零散的作品刻写下来，编纂成比较完整的书籍，如先秦诸子的著作，大都是战国以至秦汉时代的事。因此，像《黄帝内经》这种有了专名的系统讲述基础理论的医书，不可能在春秋时期形成。
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| 1 《黄帝内经》通篇都是黄帝和岐伯等的对话，后人便据此认为这部书肯定成书于黄帝时代。 | 2 《黄帝内经》这部书名，最早载录在《汉书·艺文志》里。 |
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| 3 从《汉书·艺文志》载录的书目中可知，还记载有《黄帝外经》三十七卷，至今没有发现，似乎早已散佚。 | 4 关于它的出现年代，历代也有众多质疑之声，自宋及清，程颐、司马光、朱熹、方孝孺、魏荔彤、崔述等人都对其提出了质疑。 |
现在的人更多地相信，《黄帝内经》非一人一时所作，而是“后人”所托而成。《黄帝内经》原来有两种版本。一种是古本，一种是今本。古本内容是非常简单的，只有短短的18篇。而我们现在所看到的《黄帝内经》则多达168篇，内容明显要多出许多。显然今本《黄帝内经》是在一个特殊时代，由后人突击出来的，并假借了“黄帝”的说法。从长沙马王堆出土医书中的内容较之今本《黄帝内经》更是少得可怜，马王堆出土医书中的《十问》，其中“尧问于舜”一节才151个字、“帝盘庚问于句老”一节仅有136个字，显然，不能与今本的《黄帝内经》相比了。这也许可以进一步证明，在公元前168年下葬的汉代长沙马王堆墓地中的各种医书中，还不存在今天我们见到的这种长达二十多万字之浩大的《黄帝内经》。由此可见，今天我们所看到并使用的《黄帝内经》一定是汉代以来逐渐完善起来的一种医书。