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五运六气学说是古人探讨自然变化的周期性规律及其对疾病影响的一门学问。疾病的发生往往与气候变化有密切的关系。两千多年前的《黄帝内经》就已经对人与自然环境之间的关系给予了高度的重视，认为人类所处的自然环境，包括所处的气候条件、地理位置等，对疾病，特别是传染病的发生有很大的影响。在这种认知下，逐渐发展形成了中医五运六气学说。
五运，就是木、火、土、金、水五行五方之气的运动。它是用来说明形成气候变化的地理因素，同时也是古代用以解释宇宙变化规律的一个哲学概念。
六气，即风、寒、暑、湿、燥、火六种气候变化因素。《素问·五运行大论》说：“燥以干之，暑以蒸之，风以动之，湿以润之，寒以坚之，火以温之。故风寒在下，燥热在上，湿气在中，火游行其间，寒暑六入，故令虚而生化也。故燥胜则地干，暑胜则地热，风胜则地动，湿胜则地泥，寒胜则地裂，火胜则地固矣。”这六种正常的气候是万物生长的条件，对人体是无害的。如《素问·宝命全形论》说：“人以天地之气生，四时之法成”，可见人依靠自然界的大气、水谷之气而生存，并循着四时气候变化、生长收藏规律而生长发育。当气候变化异常，破坏了正常生理活动发生疾病时叫做“六淫”。同时，人们在生活实践中，一方面认识到六气的变化特点，另一方面通过自身的调节机制产生了一定的适应能力，使人体的生理活动与六气的变化相适应，所以正常的六气一般不易使人生病。
自然界的六气，风、寒、暑、湿、燥、火正常运行变化，有利于万物的生长变化。当气候变化异常，超过了一定限度，如六气的太过或不及，非其时而有其气（如春天应温而反寒，秋天应凉而反热等），以及气候变化过于急遽都会使机体不能与之相适应，导致疾病的发生。这种情况下的六气，便称为“六淫”。由此可见，六淫是超限度的六气，淫，有太过，浸淫之意，泛指反常，这是最基本的。其次，能否确定六淫，与机体是否发病有关。气候的异常变化致人发病固然应该称其为六淫，但是气候变化基本正常，也会有人因适应能力低下而得病。此时，对患病机体来说也只能将正常的六气变化称为六淫了。
六淫病邪都是由外而入，多与季节气候、居住环境有关。如春季多风病，冬季多寒病，秋季多燥病，夏季及高温作业易中暑，居住潮湿易感湿邪等。六淫可单独侵入人体而致病，也可以两种或两种以上的邪气同时侵袭人体致病。如风寒感冒、风热感冒、湿热泄泻，风寒湿痹等，且可互相转化。如风寒不解入里化热，热邪不解耗伤津液可化燥，热极生风等。六淫致病，侵犯途径多从肌表，或者口鼻而入，或者两者同时受邪。
此外，临床上还有某些并非因为六淫之邪外感，而是由于脏腑气血功能失调所产生的内风、内寒、内湿、内燥、内火五种病理反映，这五种病理反映的临床表现虽与风、寒、湿、燥、火之六淫致病相似，但究其原因，不是外来之邪，而是由内而生，故称为“内生五邪”。