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2014年初，清华大学的研究者对2013年历史雾霾峰值期间收集的PM10和PM2.5样本进行了宏基因组研究，发现了雾霾中的1300种微生物，结果发现空气中的微生物大部分来自土壤，最丰富的门类是放线菌、变形杆菌、绿弯菌、厚壁菌、拟杆菌和广古菌。其中有3种可以引起疾病的微生物：肺炎链球菌、烟曲霉菌和人腺病毒C。肺炎链球菌最常见于社会获得性肺炎（CAP），在将近50%的的社会获得性肺炎中可分离出肺炎链球菌。而烟曲霉菌，以孢子的形式存在，被认为是一种主要的引起过敏的真菌，是免疫缺陷的人群气道或肺的条件致病菌。这两种病原微生物在重度污染天都有增加。