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那么，假定锁上驾驶舱门、改变预定航线的，不是副驾驶，而是机长本人，又该如何处理呢？
在这3个反劫机的国际公约中，对于航空器合法机长（或主飞行员）都赋予了一定的特权，即当机上某个乘客或其他机组成员意图不轨时，机长可以授权其他乘客、机组成员将其制服，并在降落后移交机场所在国的司法机关处理。
然而，这并不意味着机长在客机上就可以无法无天，更不意味着机长就不能成为劫机犯罪的主体。
这是因为，即便是机长本人，也必须遵守驾驶舱内的操作规范，不能随意剥夺其他飞行员的操纵权，更不能以危险操作来逼迫其他机组成员按照其意愿变更航线；否则，同样是"危害航空器上的正常秩序和纪律的行为"，依然是劫机犯罪。
实际上，这种事情虽然很罕见，但却真的发生过。比如，1998年10月28日，国内某航空公司的机长、正驾驶员袁斌，和其妻子徐某，在执飞从北京飞往仰光的CA905次航班时，突然告诉副驾驶文某，自己要把飞机开到境外去。见文某不愿配合，袁斌就猛踩方向舵，致使飞机发生剧烈抖动，并说如果正副驾驶的操作不同就可能机毁人亡，以飞机和乘客的生命安全来要挟副驾驶。最终，该客机成功降落我国台湾省的某机场，而袁斌和徐某，则在2001年被遣返回大陆，受到了法律的严惩。