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1600年初，开普勒来到了布拉格，开始了自己伟大的征程。但开普勒的生活，终生没有什么好转，他几乎一直在贫穷中度日。虽然他名义上是德国皇帝宫廷天文学家，但却长年拿不到薪水。开普勒是历史上数理天文学的先驱，但他却没法用天文学的职位养活自己和13个孩子。他只能靠算命来使一家人不致活活饿死。
1630年，开普勒迫于生活无法维持，只好亲自去雷根斯堡向国会要求付给他近20年的欠薪。不幸的是由于饥寒交迫，刚到雷根斯堡他就病倒了。当年11月15日，开普勒穷极潦倒地去世，被埋在城堡外。传说在他的墓碑上写着：
我曾测天高，
今欲量地深，
上天赐我灵魂，
凡俗的肉体安睡地下。
后来由于战争的破坏，他的坟墓已经消失得无影无踪了！
开普勒在布拉格的故居。
开普勒一生颠沛流离，不断失去亲人的巨大痛苦始终没有离开过他，他的母亲曾经由于被控为“巫婆”而险遭烧死，经开普勒冒死抢救总算免于一死。命运给他带来的忧患、打击，没有使他屈服，他顽强坚韧地挺过来了，并且不断从宇宙和谐的信仰中寻找欢乐和慰藉，宁静地沉醉于美丽的和谐之梦中。爱因斯坦在1949年曾经非常感叹的说过：
应当知道开普勒在何等艰难的条件下完成这项巨大的工作的。他没有因为贫困，也没有因为那些有权支配着他的生活和工作条件的同时代人的不了解，而使自己
失却战斗力或者灰心丧气。而且他所研究的课题还给宣扬真理的他以直接的危险。但开普勒还是属于这样的一类少数人，他们要是不能在每一领域里都为自己的信念进行公开辩护，就决不甘心。
位于布拉格的第谷和开普勒的塑像。
18世纪德国诗人诺瓦利斯（Novalis，1772—1801）用诗句表达了他对开普勒的钦佩和仰慕：
向着您，我转过身来，高贵的开普勒，您的智力创造了一个神圣的精神宇宙，在我们的时代里，被视为智慧的东西是什么？是屠杀一切，使高尚的东西变低微，使低微的东西纷纷扬起，甚至使人类精神在机械的法则之下屈服。
10欧元银币上的开普勒像。
捷克作家布诺德（Max Brod）在他的《第谷·布拉赫的赎罪》（The Redemption of Tycho Brahe）中说：
开普勒使第谷对他充满了敬畏之情。开普勒的全心全意致力于实验工作、完全不理会叽叽嚓嚓的谄言的宁静心理，在第谷看来，就几乎是一种超人的品质。这儿有点不可理喻的地方，即似乎缺乏某种情感，有如极地严寒中的气息……