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欧洲国家的商业和殖民入侵对土著加拿大的历史产生了巨大的影响，促使1万年以来的传统社会发生急剧变化，而这种变化有积极的，也有消极的，但消极的影响居多。土著民族在痛苦的挣扎中，缓慢地走出史前文明。
文明的跨越进步 在加拿大土著社会与欧洲人经常接触之前，欧洲的货物实际上已经通过南方进入加拿大了。考古工作者发掘到的16世纪的墓穴，经常埋有珠子、铜制品或铁制品等欧洲舶来品。到1550年，欧洲物品已大量渗透到东部阿尔冈昆—易洛魁人地区，甚至远至休伦湖、密歇根湖沿岸。
在接触早期，土著人一般对与欧洲人的接触持积极态度，土著人用传统狩猎劳动产品交换铁斧、矛头和金属箭头之类的欧洲工场手工业制品，作为生产工具和武器，也交换铜壶、服装和饰珠之类的生活用品。他们用毛皮交换来的生产工具或生活用具，比原先简单打磨的石器更灵巧，狩猎或采集生产效率大大提高。随之，他们的生活质量得到很多改善，甚至穿衣习惯也受影响而加入了欧洲元素，例如妇女以金属锥子、刀子、针及剪刀制作时尚衣服，将兽皮与欧洲布匹混缝，不仅制衣更加方便，使用商品珠子取代传统羽毛或贝壳来镶嵌长袍等衣物，更显美观。
当然，土著民族的贸易并非欧洲商人教给的，在欧洲人到来以前休伦人与阿尔冈昆人之间早就有玉米与毛皮的交换贸易，西海岸则有鱼油贸易，而草原猎人也用野牛皮来与南方曼丹人（Mandan）的手工制品交换。这样的贸易建立在土著人比较原始的生产方式的基础上，物物交换，简捷方便，只为解决衣食所需。与欧洲人接触之后，贸易已不是原来意义上的简单交易了，性质和方法都发生了本质变化。土著人是用自己原始生产方式的劳动所得，去与早期资本主义手工工场产品交换，受到了先进技术的熏陶，应当说这是生产力与社会关系的巨大进步，意味着加拿大土著民族一两万年以来的传统常规被打断，这是文明的跨越性进步。这样，土著民族通过接触欧洲先进文明，从石器时代直接进入铁器时代乃至机器时代，具有划时代的积极意义。
然而，这样的进步是加拿大土著人付出惨重的代价换来的。商业入侵将土著社会深深地卷入了近代资本主义商业欺诈的漩涡，从各方面腐蚀土著人的社会，他们的宗教信仰和文化价值观很快发生改变。例如，我们已经从早期法国殖民者的记述中看到，休伦人中皈依基督教者已经有人放弃了亡灵节的古老习俗，学习法国人以玫瑰花安葬女人，取代原来用海狸皮和珍贵财物厚葬死者的风俗。这样，他们的轻财物积累的古老习惯就被抛弃了。而且，欧洲商业交换中的一些陋习，诸如商业欺诈也对土著人产生了明显的消极影响，他们学会了欧洲人追求高额利润的交易手段。类似欧洲专门低买贵卖的土著中间商人也很快产生了，他们在分发和运输商品过程中将价格提高，使欧洲商人的利润大幅度缩水。更为严重的是，欧洲商业入侵在促进土著社会文明进步的同时，也从各个方面损害了土著人，让他们付出了十分沉重的代价。
沉重的代价 从早期探险者、毛皮商人以及耶稣会传教士的记述中可以看到，早期殖民主义者极力从经济、社会、宗教、文化乃至人种上铲除土著民族，对土著人所犯罪恶，罄竹难书。一部早期接触史，实际上是土著民族或种族的灭绝史。
第一，入侵破坏了土著民族生产和生活的基础。毛皮贸易的主要货源是海狸等林中动物，这些东西自古以来是土著民族的衣食父母，生存的基本保障。接触欧洲文明后，猎人装备欧洲短柄斧和凿冰刀，便于冬季开凿冰冻的海狸窝，从而加快了猎捕海狸的速度。这就使生态平衡很快遭到破坏，海狸迅速消亡。起初，英法等国商人只在圣劳伦斯湾四周获取海狸皮货源，16世纪后期萨格奈河下游河口区域成为毛皮交易中心，而海湾沿岸河流流域并不广阔，那里的海狸不久就绝迹了。此后，毛皮商开始顺圣劳伦斯河向上游追踪和捕猎猎物，到17世纪20年代，海狸皮贸易线推进到渥太华河的上游，30年代迅速到达大湖地区。已有资料证明，1635年“休伦民族的海狸资源几乎殆尽”。17世纪60年代以后，英法商人就不得不到哈德逊湾以西收购海狸皮了。这意味着哈德逊海湾以东的海狸资源业已耗尽。土著人千百万年以来衣食所系的这种主要动物的迅速消失，意味着欧洲商人财富的迅速积累，而土著人则生活越来越贫困。
第二，欧洲人带来的传染病是土著人更大的灾难，造成人口快速减少的严重后果。有充分的证据证明，传染病在土著人中传播，是因为欧洲商人带来的病毒。美洲原住民“因为清洁的生活方式和……经常变更生活地点”，“通常较易受疾病袭击”，结果，经常造成毁坏性浩劫。一般认为，天花首先是由西班牙人在16世纪初带到墨西哥的，1516年尤卡坦的玛雅人因天花传染死去数千人，1520年记载了阿兹特克人的一次大规模天花传染病。这种传染病可能很快由南向北，传遍整个南北美洲。又据记载，1616—1619年天花在大西洋东北海岸即今天美国的东北部及加拿大东海岸发生了一次流行。加拿大土著人死于这些早期传染病的确切人数，从来没人知道，但从几个记录的例子可以看出，情况极其严重。最新材料表明，1500年欧洲探险家带入的疾病毁灭了生活在魁北克和拉普拉塔的多赛特人。1636—1637年，流行性感冒在圣劳伦河谷与五大湖周围传播，导致休伦人大批死亡。1640年夏天，又有天花肆虐，“阿尔冈昆人死亡之多，简直来不及掩埋”。土著人称耶稣会士是“穿黑长袍的”，认为他们带来了灾难。随着欧洲探险家、传教士和商人的足迹远及偏远的内地，西部草原地区也难于幸免，遭到各类疾病的危害，人口大量减少。1693年，一次有记载的传染病，使休伦人损失50%以上。1837—1840年，一次传染病夺走了98%的曼丹人、黑脚人和阿西人的生命。众所周知，西班牙人和葡萄牙人对南部土著人实行种族灭绝政策，法国人和英国人在加拿大何尝不是如此。1636—1637年五大湖的那次流感，休伦人推断是因穿黑袍的人“实施巫术”。还有一次，密执安湖以北渥太华人的村落，十之八九毁于大规模的天花传染，原因是英国商人给了他们一个“神秘锡盒子，盛有褐色粉末”。可见，传播传染病是夺取土著人土地而控制毛皮资源的最便捷手段。
第三，种族战争包括挑拨土著民族之间的战争，或欧洲人发动的种族灭绝战争，被欧洲殖民者视为夺取土地、控制毛皮资源的另一有效手段，而且是欧洲殖民者经常使用的手段。当然，欧洲探险家到达加拿大以前，土著民族之间的部族战争业已存在，因为他们经常迁徙，部族之间难免会时常发生争夺地域或营盘的战争。有很多证据表明，“在美洲，迁徙的自由是常规”，北方森林地理带的游动民族，经常随捕猎地的变更而迁徙；南方的易洛魁人和休伦人那样的定居民族，也是如此。休伦人在一个地方耕种10—15年，资源耗尽后，就更换新的居住地。这样，各部族之间难免会因争夺狩猎和采集领地而发生争战。不过，在欧洲人到来以前，这种“战争对他们不过是一场游戏罢了”，是为了展示勇气，也是“一种庆典而非生死搏斗”，而扎起营盘打仗……则非常罕见，也很少伤亡。“没有一年不发生休伦人被抓捕或杀害的事情，易洛魁人也一样，但是大规模的屠杀，即使在这些混乱的年代中，也不很常见”。法国耶稣会传教士也说过，土著民族“打仗的目标是袭击一下（而不是杀人），然后干脆胜利地逃走”。
但是，在尚普兰等殖民主义者到达美洲之后，这种小打小闹的部族战争的性质和规模都发生了变化。圣劳伦斯河和渥太华河流域的阿尔冈昆人及其同盟伙伴休伦人，隔着圣劳伦斯河与易洛魁人对立。在1615年以前，尚普兰靠阿尔冈昆人提供毛皮，并支持他们对付易洛魁人，将其驱赶到现在美国纽约州地区。到17世纪30年代，毛皮贸易线推进到大湖之后，休伦人就取代阿尔冈昆人而成为法国人在西部和北部获取毛皮的中介。尚普兰从事贸易之所以成功，是因为休伦人愿意与他结盟，一起对付易洛魁人。在30年代以前，休伦人从法国人手中获得了欧洲武器，在部族战争中暂时占有优势。从1630年起，荷兰人开始武装易洛魁人，“煽动他们进行战争的动机，是要确保他们自己能够弄到较多的海狸皮”。为了同样的目的，英国人后来也提供武器装备易洛魁人。1635年易洛魁同盟开始大规模进攻休伦人与阿尔冈昆人同盟，这年8月荷兰商人挑唆易洛魁人袭击阿尔冈昆人的7条独木舟。因此，法国人的毛皮贸易损失很大。
在挑唆种族战争中，法国耶稣会传教士扮演了极为卑鄙的角色。由于在休伦人中布道失败，他们从17世纪40年代初就教唆易洛魁人进攻休伦人，并参加易洛魁部落同盟中比较强悍的摩霍克族1643年在圣皮埃尔湖附近发动的休伦战争。这场战争持续了6年之久，导致整个休伦民族遭受了最残酷的摧残，仅1649年冬就死亡约5 000人。易洛魁人已经不仅仅为了俘获一些俘虏，而是要消灭对方，只此一役，附近原来80—100个休伦长屋只剩下5—6个。通常，休伦部落的一名舰长要率领800勇士，而经此一役，300—400个独木舟的舰队就只剩下20—30人。后果非常严重，剩下的全是女人和女童，几乎找不到男人。休伦战争持续到17世纪50年代初，易洛魁族之外这个最强大的农业—商业民族的五部落联盟，损失了1/4的人口，再也难以恢复昔日的辉煌了。休伦族大败的主要原因是作为盟友的法国商人的背叛。法国人估计荷兰人和英国人提供给易洛魁人500支枪，而休伦人只从他们那里弄到120支枪，双方力量悬殊。而且，战争打起来后，法国人也没有援助。例如，在圣路易斯战役时，驻防附近圣玛丽的法国人没有出击，看着易洛魁人消灭自己的贸易盟友。这里大部分休伦人被杀。据此，有部著作写到休伦人可能在1649年灭亡了。实际情况是，他们作为一个强大的部落联盟灭亡了，而族群没有灭绝，只是被打散了。休伦战争之后，休伦人在休伦湖召开最后一次联盟会议，决定向西投靠奥吉布瓦人，并得到他们的庇护。另有一部分部众被吸收进阿尔冈昆人，或并入苏族（Sioux）。这两部分休伦人很可能被融合了。还有不到7 000人，大概因改信天主教，其后随法国传教士到了魁北克，分别定居在奥尔良岛（Île d’Orléans）和基督徒岛，大部分也因传染病或别的灾难陆续死去，最后剩下大约300人。
打散休伦人后，易洛魁联盟接下来又先后打败纽拉特人、伊利人等弱小族群，“东海岸所有土著民族都要向易洛魁人进贡”。此后，他们又在英国人的支持下，进行奥吉布瓦战争（1653—1658年），向西和向北攻打奥吉布瓦族，而这次易略魁人遇到了强大对手。“奥吉布瓦族是一个很强大的民族，他们再一次派兵惩罚那些违犯和平条约敢于来犯之敌”。在1653年苏圣玛丽战役中，奥吉布瓦人以弓箭和斧头抗击易洛魁联盟的火枪，居然打败了他们。在马尼图岛，120人的易洛魁人来犯队伍，无一人逃脱。在1656年战争的最后阶段，在今天安大略半岛北端以彼得伯勒为中心，从赖斯湖到锡姆科湖的广大范围内，进行了3次大战。第一次战役，易洛魁人战败，全队投降，被放回休伦湖；第二次战役，易洛魁人很少幸免；第三次战役，大批易洛魁人被杀，只有一个易洛魁勇士单枪匹马逃脱特伦特河口的战场。尽管这时法国人转而支持易洛魁人，但易洛魁人被这次大战完全打垮了。1658年，他们曾组织了1 200人的队伍，图谋报复，也被粉碎，此后再无力量重整旗鼓对抗奥吉布瓦人了。结果，其遭遇几乎同休伦人一样。
也像西班牙人和荷兰人一样，除挑唆加拿大最强大的土著民族之间互相厮杀、自我消耗外，英法殖民者还直接屠杀土著人。贝奥萨克人就是这样被灭绝的几个族群中的一个典型例子。据考古发掘和土著人传说，贝奥萨克人漂流于海上，沿格陵兰与美洲东海岸来回迁徙。大约从公元前5 000年到公元500年，居住在今天加拿大的纽芬兰岛以及拉布拉多地区。按这一说法，他们是来自欧洲的人种，有学者推测他们也曾回到过欧洲，是匹克特人（被罗马人称为“脸涂色的民族”）的祖先。这种说法有一个有力的根据，就是他们长有一副欧洲人的脸型。也有学者认为他们就是美洲土著人，属于阿尔冈昆族。不论起源哪里，到欧洲人侵入时，他们已是加拿大地道的原住民。同北方其他土著人一样，他们也使用独木舟，穿雪鞋，住在使用树皮与毛皮搭成的长屋（50英尺）里。由于他们十分强悍，欧洲殖民者残酷地对待他们。据记载，从1501年，西葡两国的奴隶贩子往美洲运送奴隶，贝奥萨克人很可能是最先遭受这样的命运。这一年，有57名贝奥萨克人运到里斯本展示，只是由于他们全部死于拘禁中，展示才被迫作罢。
在欧洲人侵入的早期，土著人与欧洲殖民者还相安无事，甚至欢迎与欧洲人接触，因为可以用毛皮交换新奇的生活用品。但是，在东海岸，从英国渔民上岸开始就与纽芬兰的贝奥萨克人发生了冲突。英国渔民霸占海岸建立锚地或鱼站晒鱼，贝奥萨克人传统的森林营地被烧毁。他们被迫迁往荒凉的内陆。遭《资本论》怒斥的剥土人头皮的罪恶，原是俄罗斯公元前5世纪的一种残忍刑罚，1613年被法国人首先搬到北美洲，用来对付贝奥萨克人。这类种族屠杀导致加拿大贝奥萨克人迅速减少，到20世纪初，仅剩下的一人，也于1929年死于肺结核。这样，贝奥萨克人就灭绝了。
第四，宗教同化则是欧洲人灭绝加拿大土著人的残忍手段。在商业侵入的同时，宗教也同样是入侵工具。尽管早期欧洲人的活动具有强烈的商业性质，传教士作用较小，但他们的目标明确，为了配合殖民扩张及种族灭绝战争，特别重视从文化和宗教上来同化土著人。虽然早期不乏意图尚好的传教士，怀有防止欧洲文化的坏因素侵害印第安人和因纽特人的善意，但他们大多将土著人视为野蛮人，将他们信仰的自然神宗教看作异端，企图以基督教取而代之，要用“高尚”的欧洲文化乃至生活方式改造土著人已经持续千万年的传统文化和习俗。
在新法兰西和拉布拉多海岸，商人与传教士几乎同时到达。1603年，尚普兰为开展毛皮贸易航行到达芬迪湾和罗亚尔港（在新斯科舍西海岸）时，随行的有天主教传教士的身影，甚至有加尔文派传教士到米克马克人（Mi’kmaq）中传教。尚普兰是个虔诚的天主教徒，将土著人看作是“行为像动物一样”的野蛮人，“受魔鬼欺骗”，“对上帝一无所知”，因而热心传播基督教以改变土著人的信仰。1604年，尚普兰到达圣劳伦河谷时，有更多的耶稣会传教士随行。1615年，休伦人第一次邀请尚普兰访问休伦居住区，也有传教士跟随。由于休伦人怀疑他们是为侦察贸易秘密而来，拒绝他们进入。不过，1625年前后，耶稣会传教士开始在土著人中传教，访问过纽拉特人、易洛魁人和奥吉布瓦人部落，宣传信仰基督教会给他们带来繁荣和长寿。但是，这些土著人根本就不信任他们，称他们是撒谎者。1633年，有耶稣会传教士再次尝试到休伦地区传教，也遭失败。直至17世纪30年代末，休伦地区成为法国毛皮贸易收购点后，才成为主要传教点。
加拿大土著人的文化丰富多彩，各自的宗教表达方式也不尽相同，但都与他们原始部落的社会生活相一致，相信“天神”，主张人与自然、大地与宇宙、人与生物界（包括动植物）要保持和谐关系。当时，欧洲天主教盛行的一套宗教教条，尤其是宗教裁判及各类迫害异端的刑罚和拷问制度，与土著人的信仰格格不入。然而，法国天主教传教团体从一开始就把这些腐朽的东西搬到新大陆，用人死后或进天堂或下地狱来吓唬土著人，用迫害异端的办法强制土著人接受他们的信仰。一个在塔杜塞克人中传教的神父说道，“好的神父善于使用皮鞭”，“忏悔应当以神鬼和鞭笞作为指导，要让土著人受到摧残才行”。“儿童需要脱光衣服痛打，才能改信上帝”。传教团建立寄宿学校，强行把儿童从其母亲身边带走，并且拷打儿童。他们还体罚在怀中的幼儿，修女甚至劝说土著妇女按欧洲的宗教习惯给婴儿断奶（土著人幼儿4岁才断奶）。他们强行推行欧洲的宗教仪式，如为行将死亡的大人或儿童施行洗礼等。
实际上，强制宗教同化作用并不大，受到了土著人强烈抵制。他们借助毛皮贸易推进传教事业，许下以传教促进贸易的诺言，后来又威胁说“除非温达人（休伦人）变成基督教徒”，不然4年后就中断贸易，甚至给接受洗礼者较高一些的毛皮价格。这些伎俩确实起到了作用，但效果也不大，只有少数从事毛皮中间贸易的土著人加入天主教。据说，17世纪30年代末有60名土著商人加入基督教，他们大多是为了巩固与法国人较为有利的贸易关系才入教的。直到40年代，土著人仍强烈抵制天主教。一份耶稣会传教士报告说，“几乎所有野蛮人、阿尔冈昆人或易洛魁人都如此充满情绪地盼着耶稣会传教士死掉”。耶稣会传教士被称为“穿黑袍”或“穿黑睡衣”的“恶魔”、“恶棍”，无论走到哪里都会带来死亡和不幸的灾星。这一时期在休伦湖传教的神父布莱包夫也报告说，不仅休伦人继续抵制，纽特拉人也拒绝他们的礼物，所有人家门户“都对穿黑袍的人紧闭”，不断有休伦人出来证实传教士的罪恶。他们最终只待5个月就撤走了。易洛魁人认为他们是“魔鬼”，更是“门户紧闭”，或“堵上耳朵”，“把脸蒙起来”，不听他们说教。布莱包夫说有1 000名休伦人入教，实际上只有大约30个从事毛皮贸易的商人被迫入教。
虽然耶稣会传教团的收获不大，但也腐蚀了土著人的信仰和习惯，乃至分化了他们。改信天主教的土著人一般在部落内要受到警告或惩罚，妇女被迫放弃过去与丈夫平等的地位。有著作认为，休伦人被易洛魁人打败，也与耶稣会传教士有关，他们在改信天主教者与抵制信仰天主教者之间制造分歧，因而削弱了休伦人的力量，客观上帮助了易洛魁人。此外，强迫土著人改信天主教，不仅是宗教同化，也是文化和语言同化。传教士为使用法语传教而建立儿童（寄宿）学校，把儿童从部落带走，更是加速了宗教和文化同化。
强迫宗教和文化同化，也是促使土著人口减少的原因之一。法国耶稣会传教团17世纪30年代在休伦地区建立传教基地后，休伦人口减少开始加快。耶稣会也曾做过调查，土著人说“自从法国人来了之后，他们的民族就在走向死亡”，原因是“那些独自接受了我们（指法国传教士）教义的人，变得沉默寡言，死气沉沉”，因信仰改变而生了病。传教士还改变土著人用草药治病的习惯而替病人放血，“让他们的生命力量耗尽”。秘密为即将死亡的人实施洗礼，也促进死亡，在一个休伦人村庄中发现70个7岁以下儿童在接受洗礼之后死去。
第五，混血同化是英法殖民主义者对加拿大土著人实行种族灭绝的另一步骤，甚至是最为残暴的手段。在这方面，西班牙和葡萄牙殖民主义者15世纪末对中南美洲印第安人的行为最为丑恶。他们一到美洲大陆就大肆侵犯土著妇女，产生许多混血人。虽有土著人酋长娶西班牙女子的例子，但那里的混血人，绝对是白人男子与土著人妇女的后代。1510年一则关于葡萄牙船员与马萨诸塞土著人通婚的记载，有关于西班牙人与当地酋长女儿结婚的叙述，有通婚的产儿，但绝大多数是强奸或强迫性关系的后果。这方面的记载很多，1492年的一则记载说道，“哥伦布与他的军队喜欢青年妇女，包括8—10岁的女童，如果她们不服从，就要被他们强行奸污”。1541年，西班牙人抢劫并消灭了阿拉巴马河边的逖古埃村落，“奸辱他们的妇女”。
由于欧洲人到加拿大比到南美晚，没有像西葡殖民者那样放肆强逼妇女，有那么多的混血人后代，但他们对加拿大土著人妇女犯下的罪行，同样不光彩。在1600年大规模侵入以前，加拿大已有混血人的零星记载，最早一则是关于1200年北欧人移居拉布拉多开始与因纽特人通婚的记载。1576年的一份记载提到英国海盗兼奴隶贩子马丁·弗罗比舍带到巴芬岛的水手，“与土著人结为亲眷”，几乎“乐不思蜀”了。17世纪初英国人到达北美南部，也出现类似情况，一般是诱骗土著人妇女同他们发生性关系，或通婚，生出许多混血后代。1607年英国人建立詹姆斯城，在这个殖民点里，有40—50名殖民者与土著妇女结婚，结果，詹姆斯城的大多数后代都是梅蒂斯人。
一般认为，混血现象是伴随最初的商业入侵出现的。1600—1636年是加拿大梅蒂斯文化即种族混血开始产生的时期，而随着鳕鱼和毛皮贸易的日益兴隆，混血现象也越来越多。欧洲渔民去加拿大是季节性的，毛皮商人最初也不过是一两年的投机性活动，一般都不带妻子，或是未结婚的男子，便强迫土著妇女发生性关系，或随意同居。自从欧洲人来到东海岸和圣劳伦斯河谷，即不断出现混血人种。1603年，塔杜塞克的蒙塔格奈人将收养的一个易洛魁女子献给法国商人杜邦，以求建立贸易同盟关系。1605年，法国人在罗亚尔港建立第一个毛皮贸易站，贸易站内就有法国人与米克马克人混血的梅蒂斯人。1608—1630年，随着尚普兰与百人合股公司在圣劳伦斯河谷和大湖地区迅速推进毛皮生意，梅蒂斯人口迅速增加。17世纪70年代，哈德逊湾公司与西北公司（North West Company）将毛皮贸易推进到哈德逊湾以西时，便大量出现了法英毛皮商人与土著妇女同居或结婚所生的梅蒂斯人，我们将在后面两章叙述这一情况。
白人与土著人女子同居关系造成土著人人口减少，主要有两个原因：首先，强迫同居或通婚会使土著儿童出生率降低。按殖民地政府的法律，或土著人部落的习惯，白人与土著妇女正式或非正式结合，她本人及所生子女就丧失了土著人身份。其次，土著人一向认为，迫害他们的妇女（包括强迫、为奴、强奸、同居）是他们人口减少的最重要的原因。“尤其是他们带走了土著人的妇女，土著人就会大量死亡”。土著人的儿童一向依赖父母精心呵护，“印第安人从不举手打孩子一下，不管人们提出什么理由，都不能处罚孩子……”土著妇女很少在幼儿三四岁之前断奶，妇女被带走，儿童没有母亲呵护，死亡较多。耶稣会传教士为土著儿童开办学校，母亲拒绝将孩子送进学校，因为担心受到体罚或折磨。而且，儿童对生活环境的突然改变不适应，也会死亡。接受洗礼的儿童死亡很多，很可能就是对生活环境改变的不适应所致。土著儿童的大量死亡是土著人人口迅速减少的另一个重要原因。
总之，商业和殖民入侵给加拿大土著人带来了灾难，尤其是种族战争、传染病等，造成加拿大土著人大量死亡，人口剧减。生活在最富裕的大湖地区的休伦人五大部落，按殖民者粗略统计，在法国和荷兰殖民主义者入侵之初，大约有2.5万—3万人死亡；到17世纪三四十年代毛皮贸易推进到休伦尼亚，尤其是1635年前后，土著人赖以生活的海狸灭绝，休伦人人口已减少到约9 000人（1640年的统计）。
反抗斗争 法国人踏上加拿大这块土地不久就开始了对土著人的征服。1534年，卡蒂埃在加斯佩半岛登陆后，遇到易洛魁300人的捕鱼队伍，如入无人之境，宣布这块土地属于法国，竖立带有法国王室盾形徽章、刻有“法兰西国王万岁”黑体大字征服标志的十字架。此后，尚普兰通过毛皮贸易积极拓展殖民地，也是如此。这些法国殖民者认为掠夺土著人的土地天经地义，因为依照罗马教皇1454年的教谕，任何基督教国家都有权占有野蛮人或异教徒的土地而无须顾及他们的利益。
无论是易洛魁人，抑或是阿尔冈昆人，还是后来与法国人建立贸易关系的休伦人，都反对法国人占领他们的家园。当卡蒂埃占领加斯佩半岛土地时，当地易洛魁部落的头领多纳科纳当即率领族人进行强烈抗议，喝令法国人赶快走开！多纳科纳宣布：“所有这个地区都属于他，没有他的允许，不准竖立这个十字架。”在1535年第二次航行中，卡蒂埃在圣劳伦斯河将霍什拉加村庄命名为皇家山，再次激怒了易洛魁人。当1541年卡蒂埃第三次到来时，易洛魁人便开始攻击法国人，杀死了35人。第二年罗伯瓦尔带200个移民到达时，也遭到了与卡蒂埃同样的命运。易洛魁人对法国人关闭了圣劳伦斯河，致使法国最初的殖民活动归于失败。
法国在加拿大的征服、定居和传教活动，违背了土著人的根本利益，自然会遭到坚决抵制，即使是建立贸易同盟的休伦人或阿尔冈昆人，对法国殖民主义者也一直存有反抗情绪。1615年，尚普兰访问休伦尼亚，休伦人认为随行的传教士不怀好意，拒绝他们进入。此后法国耶稣会传教士的传教活动，普遍遭到了休伦人和中立部落土著人的抵制乃至反抗。他们称耶稣会传教士是穿黑袍的恶棍，无论走到哪里都会带来死亡或不幸。据在休伦人地区传教的神父让·德·布雷伯夫的一篇报告，不仅休伦人，纽拉特人也拒绝接受他们的礼物，所有土著人的门户“都对穿黑袍的人紧闭”。休论人也采取暴力攻击传教士，传教小屋被夷为平地。1640年，休伦部落联盟议事会多次讨论处死或驱逐“穿黑长袍者”。休伦人村庄愤怒的村民以石块和棍棒攻击传教士，打得传教士鲜血直流，十字架被推到砸碎。1643年，部分法国传教士伙同莫霍克部落进攻一个休伦人温达特部落的村庄，两个法国人被俘，一个被拷打处死，一个收入部落为奴。据这两个耶稣会传教士记载，他们访问纽特拉人，“几乎整个民族燃起了反抗穿黑长袍者的怒火”，“所有的野蛮人，无论易洛魁人或阿尔冈昆人，都强烈盼望耶稣会传教士们死掉”。加拿大土著人并不相信法国殖民主义者的“友谊”。
不仅圣劳伦斯河谷土著人抵抗法国殖民者侵入，大西洋与纽芬兰地区法英渔民最初到来时，便遭遇到贝奥萨克人抗击。贝奥萨克人是反抗性很强的民族，经常洗劫英法渔民。例如，1613年他们一次反抗就杀死了37个法国人。因此，欧洲殖民者称他们“极端残忍”，是“一群邪恶的”野蛮人，对他们进行残忍的报复。
从尚普兰和百人合股公司移民计划的挫折，可以看出加拿大土著人抗击法国殖民者而阻挠侵略的作用。法国人早期在加拿大进行殖民侵略时，挑拨和利用土著部落，与休伦人及其传统贸易盟友阿尔冈昆人结盟，将与其对立的部落易洛魁人赶到尚普兰湖以南，新法兰西即圣劳伦斯河这块殖民地才得到30年的和平。这只是武装和平。尚普兰虽然取得在圣劳伦斯河立足的成功，为新法兰西殖民地打下基础。然而，他的结盟政策注定要失败，因为这一结盟政策使加拿大土著人中最先进、最强悍的易洛魁五大部落成为法国殖民者的死敌。
实际上，法国人一踏上加拿大的土地，易洛魁人就表现出强烈的抵抗意识，一直是抵抗法国侵略的主导力量。在得到荷兰的武器后，易洛魁人发动了1645—1655年的易洛魁战争。这次大规模战争彻底摧毁了法国—土著人联盟中主要盟友休伦人以及其他中立部落（佩坦人、伊利人）的力量，沉重打击了法国耶稣会传教士的传教活动，许多传教士死于这次战争。例如，安东尼·丹尼尔（Saint Antoine Daniel，1601—1648年）神父、让·德·布雷伯夫、加布里埃尔等追求为传教而殉难的传教士，“传教事业不再存在了”。同时，新法兰西殖民地的经济基础毛皮贸易也被摧毁了，新法兰西生存本身也成了问题。这是魁北克殖民地发展缓慢、遭受挫折乃至最后覆灭的远因。自17世纪50年代以后，易洛魁五大部落联盟把攻击矛头直接转向圣劳伦斯河谷的法国移民。1660年，法国人亚当·多拉德·奥莫带领一队人马企图直接从易洛魁人手中夺取毛皮，遭到全军覆没。这一年及下一年，易洛魁人的武装奇袭队接连攻击新法兰西各地，包围蒙特利尔、魁北克城的奥尔良岛，直至圣劳伦斯河口历史悠久的毛皮贸易基地塔杜塞克，不仅使魁北克殖民地处于风雨飘摇之中，而且打垮了百人合股公司。这个殖民公司自1629年落入科克之手以来，一直财政困难，在易洛魁战争期间公司更是雪上加霜，无力自卫。因此，路易十四在亲政后解散了百人合股公司，新法兰西殖民地改由法国王室直接统治。于是，加拿大进入了一个新的历史时期。