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微生物是指用肉眼不能观察到的一群微小生物的总称，它是一大群种类各异、独立生活的生物体。这些微小的生物包括：无细胞结构不能独立生活的病毒、亚病毒（类病毒、拟病毒、朊病毒），原核细胞结构的真细菌、古细菌和有真核细胞结构的真菌（酵母、霉菌、蕈菌等）。有的也把藻类、原生动物包括在其中。在以上这些微小生物群中，大多数是肉眼不可见的，像病毒等生物体，即使在普通光学显微镜下也不能看到，必须在电镜下才能观察得到。“微生物”是一个微观世界里生物体的总称，它们的数量之多，不啻天文数字；种类繁杂，仅真菌就达7万种。