康熙即位之时,清朝处于百废待兴的局面。康熙虽然当了皇帝,但因为年幼,国家大事的决断基本掌握在四位辅政大臣手中。这四位辅政大臣,索尼居首位,总掌启奏批红等大权,但年老力衰。排在第二位的苏克萨哈富有才干,但与鳌拜不和。其后的遏必隆则为人圆滑,不与人争锋。对权力最有野心的是鳌拜。为了在索尼退下之后掌控朝政,鳌拜一方面拉拢遏必隆,一方面借圈地事件打击苏克萨哈。在处理朝政时,鳌拜十分专横,根本不将康熙帝放在眼里。
康熙以退为进,在祖母的支持和帮助下,一方面避免与鳌拜发生正面冲突,一方面韬光养晦,专心学习治世本领,并寻找适当时机铲除鳌拜。
康熙六年(1667年)六月,索尼去世。苏克萨哈为了使康熙能够及早亲政,并迫使遏必隆和鳌拜也交出权力,他在康熙亲政第六天上书请求退隐。在康熙尚未做出反应之际,鳌拜罗织了二十四条罪状陷害苏克萨哈,并强迫康熙将其处死。清除了苏克萨哈后,鳌拜更加肆无忌惮,结党营私,疯狂地扩张自己的权力和财富;并以维护祖宗之法为借口,把顺治时期的某些进步改革一个一个地推翻;朝廷所有政事,均由他一人决断;鳌拜还欺负康熙帝年幼,经常在康熙面前呵斥大臣,甚至吼叫着同康熙争吵不休,直到康熙让步为止。对于康熙帝的有些诏令,他也敢公开抗旨。面对这样一个咄咄逼人的家伙,康熙帝必然要采取相应的对策。
康熙六年(1667年)七月,康熙帝已经14岁了,依照规定,他可以亲政了。于是康熙决定废除四大臣辅政体制,实行亲政。但原有辅政体制却未能发生变化。此时的康熙帝虽然还是个少年,但是他天资聪慧、机智过人,加上平时努力学习历代的统治经验,已经开始成熟起来。于是,康熙帝不动声色,悄悄地为铲除鳌拜做准备。古人说:“欲擒故纵。”玄烨对鳌拜也是采用的这种麻痹战术。他曾给鳌拜父子分别加过“一等公”“二等公”的封号,以后又分别加了“太师”“少师”的封号。至此,鳌拜父子也真到了位极人臣的地步。然而,加封不过是一种表面现象。玄烨亲政后不愿做傀儡皇帝,他同鳌拜的矛盾日益激化。到康熙八年(1669年),鳌拜自恃位高权重,经常借口有病不上朝。有一次玄烨去探望鳌拜,御前侍卫和托发现鳌拜神色反常,便迅速走到鳌拜床前,揭开席子发现一把匕首。鳌拜见此情景十分紧张。玄烨却出人意料地笑了,说:“刀不离身是满人的故俗,不足为怪!”当场稳住了鳌拜。这些事情使康熙帝意识到该是铲除鳌拜的时候了。康熙考虑到鳌拜亲信党羽遍布朝野,所以决定设计将其铲除。
康熙帝回宫后,立即召大学士索额图入宫,谋划铲除鳌拜之事。在此之前康熙帝以演习摔跤为名,选择训练一群身强力壮的少年,为擒拿鳌拜做了准备。现在,终于到了实施他的计划的时刻了。
康熙八年(1669年)五月,康熙决定采取行动。他首先将鳌拜的党羽以各种名义派出,削弱鳌拜的势力,然后派人将鳌拜召入宫中,鳌拜进宫后,便神不知鬼不觉地被一群演习摔跤的少年擒获,并立即被投入监狱。玄烨监禁了鳌拜后,公布了鳌拜的三十条罪状。他下诏说:“鳌拜愚悖无知,诚合夷族。特念效力年久,迭立战功,贷其死,籍贯没拘禁。”也就是说,鳌拜因立过许多战功,所以免于一死而终身监禁。此后,康熙帝逮捕、惩办了鳌拜集团的首恶分子,鳌拜的党羽在此之后也被一一擒拿。后来鳌拜死于狱中。
康熙铲除鳌拜后,还为以前受到鳌拜打击迫害的人平反昭雪,下令永远禁止圈占民地,限制奴仆制度,放宽逃人法,改革政府机构,恢复被鳌拜取消的内阁和翰林院。由于康熙帝的这些决定深得人心,因而进一步巩固了清朝的中央集权。
铲除权臣鳌拜,使得少年的康熙帝在政治上从此摆脱了充当傀儡的烦恼,为他日后施展自己的雄才伟略创造了条件。