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日本攻占南京的战略很简单，日军利用了南京城西、北两面均被长江封锁的地理特点。古都南京位于长江拐弯处的南侧，长江水道先是向北，然后折向东流。日军只要从东南方向进行合围，就可以利用长江的天然屏障，完全包围南京，并切断中国军队撤退的后路。
1937年11月下旬，日军兵分三路向南京进发。第一支部队在长江南岸沿江西行。他们在上海西北的白峁口登陆后，蜂拥进入长江三角洲，然后沿着沪宁铁路前进，此前日本空军已经炸毁了铁路沿线的大部分桥梁。这支部队由中岛今朝吾率领，他曾经是日本陆军在法国情报处的成员，后来成为昭和天皇的秘密警察首领。提及中岛的著作不多，但只要写到他，都是一边倒的负面评价。《天皇的阴谋》（
Japan’s Imperial Conspiracy
）一书作者戴维·伯格米尼称他为一个“小希姆莱，进行思想控制、实施恐吓和酷刑的专家”
。戴维还引用其他人对中岛的描述，称他是一个虐待狂，在去南京的路上带着用于焚烧尸体的特殊汽油。中岛的传记作者木村久迩典也曾在著作中提到中岛曾被描述为“一头野兽”和“一个暴力的人”。
第二支部队准备穿越位于上海和南京之间的太湖，进行大胆的水陆两栖攻击。该部队由上海向西行进，其行军路线位于中岛部队的南侧。指挥这支部队作战的是松井石根将军，他体质虚弱，身材矮小，留着小胡子，还患有肺结核。与中岛不同，松井是出身于书香门第的虔诚佛教徒，他还是日军在整个沪宁地区的总司令。
第三支部队从松井部队的南面向南京进发，然后转向，从西北方向进攻南京。领导这支部队的是柳川平助中将，他是个秃顶的矮个子，爱好文学。或许由于他涉入南京大屠杀的程度比其他大多数日本人都要深，他在侵略战争中的经历被蒙上了一层神秘的面纱。根据他的传记作者菅原丰的说法，控制日本军队的法西斯小集团将柳川视为异己，因为他曾试图阻止他们在1932年发动政变。柳川遭到军队主流势力排挤并被贬到预备役，后来成为中国战场的一名指挥官，并取得了“巨大的军事成就……其中包括包围南京”，但当时日军却不允许他的名字和照片出现在公开出版物上。因此，在当时的日本，对许多人而言，柳川是“戴着面具的将军”。
在日军前往南京的道路上，极少有中国人能幸免于难。日本老兵忆起当年袭击一个个小村庄的情景，他们使用木棍或刺刀，绝不放过遇到的任何人。但惨遭横祸的绝不仅仅是小村庄，一座座城市也同样被夷为平地。以位于太湖东岸的苏州为例
，作为中国具有悠久历史的城市之一，苏州以精美的丝绸刺绣和雅致的园林庙宇闻名于世，城内的运河古桥为它赢得了“中国威尼斯”的美誉。11月19日清晨，暴雨如注，一支日本先头部队开进苏州城，他们缠着头巾，以防被中国守军认出来。一旦进城之后，日本士兵便连日烧杀抢掠，无恶不作，他们将文物古迹付之一炬，并抓走数千名中国妇女去充当性奴隶。据《密勒氏评论报》报道，日军的这次入侵使苏州人口从35万人骤减到不足500人。
日军铁蹄踏过松江9周后，一位英国记者有机会记录下这个上海郊区小镇的劫后惨状。他写道：“几乎所有残存的建筑都曾遭到焚毁，持续闷烧的断壁残垣冒着青烟，街道上渺无人迹，一派阴森恐怖的景象。唯一可见的活物便是野狗，它们以啃食大量的尸体为生，长得异常肥胖。这里原本人口稠密，曾经生活了大约10万人，但目前在整个松江镇，我只见到5位老人，他们躲在一座法国传教会的院子里，老泪纵横。”
更残酷的暴行还在后面。
1937年12月7日，正当日军向南京逼近时，在苏州战地指挥部的松井将军病情加重，他的慢性肺结核再次复发。松井这次病得正是时候，因为他的指挥权正要移交给一位皇室成员。
就在5天前，昭和天皇提拔了松井，将他调离现职，并派自己的叔父朝香宫鸠彦到前线接替他。根据新的任命，松井石根升任整个华中战场的最高统帅，而在军队中服役长达30年的朝香宫鸠彦中将则成为上海派遣军新司令，负责指挥南京周围的军队。由于是皇室成员，朝香宫手中的权力超过南京前线的所有将领。另外，由于他曾在巴黎的日本陆军情报处与中岛今朝吾和柳川平助做过3年同事，因此他与他们二人的关系比与松井石根的关系要密切得多。
昭和天皇为什么在这一关键时刻选择朝香宫接任这一要职，外人所知甚少。但伯格米尼相信，这样做是为了考验朝香宫。在1936年2月的兵变中，朝香宫曾经在某个政治议题上站在天皇的弟弟秩父宫雍仁一边，反对昭和天皇。在皇族成员名单中，昭和天皇单独挑出态度“不太好”的朝香宫，并委任他为南京地区的日军统帅，显然是要给自己的叔叔一个将功赎罪的机会。
当时，这似乎是一个微不足道的人事异动，但后来的事实证明，这对成千上万中国人的性命产生了决定性影响。
当时日本军队内部究竟发生了什么，外人很难知悉，因为许多细节是多年后松井石根和他的同僚在战犯审判时交代的，或是由不可靠的消息来源提供的，因此在引用时须格外谨慎。但如果他们的证词可信的话，当时的情况大致如下。松井石根对这个新来的皇室成员存有戒心，也担心部队滥用权力，于是对进攻南京的部队发布了一系列道德命令。他命令自己的部队在距离南京城外几公里处停下重新整队，只有少数纪律严明的队伍可进入南京，完成占领。这样，日本军队“在中国人面前表现出色，从而赢得他们对日本的信任”。
他还召集参谋人员到他病榻前开会，并宣布：
皇军进入外国首都是我国历史上的一件大事……必将吸引全世界的关注。因此，进城部队必须严守纪律……要让他们事先知道需牢记的事项，以及南京城内外国人的权益所在地，绝对不能抢劫他们。必要时，安排岗哨。抢劫和纵火，即使是无心之失，也将严惩不贷。要派宪兵队和辅助宪兵队同部队一起进城，以防发生不法行为。
然而，正在其他地方酝酿的不法事端却超出了松井的控制。12月5日，朝香宫乘飞机离开东京，3天后到达前线。在南京东南方向约10英里的一座废弃的乡间别墅里，即距离战地指挥部不远的地方，朝香宫会见了他在巴黎时的同事中岛将军，中岛左臀部受了皮肉伤，正在康复中。中岛告诉朝香宫，日军将包围南京附近约30万中国军人，而且初步谈判表明他们打算投降。
据说在朝香宫听取报告之后，他的指挥部就发出了一系列盖有他私人印章的命令，并标有“机密，阅毕销毁”的字样。
现在我们知道，这些命令明白无误地指示“杀掉所有俘虏”，但我们并不清楚这些命令是不是由朝香宫本人发出的。
日军进入南京后，消灭所有中国战俘的命令已不仅仅停留在文件上，而是已经传达到下层军官。1937年12月13日，日军第66师团接到如下命令：
师团战斗通讯员2点接到师团司令官命令：奉本旅指挥部命令，所有战俘必须全部处死。处决方法：将战俘分为12人一组，分别枪决。
下午3点半，各连队指挥官召开会议，就如何处理战俘问题交换意见。经讨论决定，把战俘平均分配给各个连队（第一、二、四连），以50人为一组，从关押地带出去处决。第一连在驻地以南的庄稼地执行，第二连在驻地西南的低洼地执行，第四连在驻地东南的庄稼地执行。
要在战俘关押地周围严加守卫。绝对不能让战俘发现我们的意图。
各连队必须在5点之前准备完毕。5点开始执行任务，7点半之前执行完毕。
该命令包含着一种残忍的逻辑。日军无法向战俘提供食物，所以必须将他们消灭。杀掉战俘不仅可以解决粮食问题，而且消除了报复的可能性。毕竟，死去的敌人无法组织游击队。
然而，执行命令却是另一回事。12月13日拂晓，当日军突破南京城墙之后，他们进入的是一座人数远远超过自身军队人数的城市。历史学家们后来估计，当时大约有50多万平民和9万中国军人受困于南京，相比之下，进攻南京的日本士兵只有5万人。中岛将军明白，屠杀成千上万名中国战俘绝非易事：“处置1千、5千或是1万名俘虏，即便只是解除他们的武装都极为困难……如果他们想闹事的话，后果将不堪设想。”
由于人力有限，日军很大程度上依靠欺骗策略处置战俘。这种大规模屠杀战略包括以下几步：先是向中国人假意许诺，只要停止抵抗就可以获得公正待遇，哄骗他们向日本占领军投降，然后将他们分成100～200人的小组，最后将他们诱拐到南京近郊的不同地方杀害。中岛希望，大部分战俘会由于进一步抵抗无望而失去信心，从而服从日本人的任何指令。
所有这一切比日本人的预想更容易实现。中国人只进行了零星的抵抗，事实上，这些抵抗几乎可以忽略不计。当日军围攻南京时，许多中国士兵丢下武器，试图弃城而逃，后来乖乖投降以求得较好的待遇。一旦中国士兵缴械投降并束手就擒，剩下的事情就如日本人所愿了。
日本老兵东史郎在日记中记载了南京陷落不久，数千名中国士兵向日军投降的情景，他详细描述了中国战俘任人宰割的消极状态。东史郎所在的部队原本在市区广场分派营地，部署岗哨，后来突然接到命令，要他们去围捕大约2万名战俘。
东史郎和他的同伴走了大约9英里或10英里搜寻这些战俘。夜幕降临时，他们终于听到了蛙鸣般的吵嚷声，他们还看到数不清的烟头在黑暗中闪烁。东史郎写道：“场面太壮观了，7000名战俘聚集在同一个地方，围拢在两面白旗周围，白旗挂在一根枯树枝上，在夜空中随风招展。”
战俘们衣衫褴褛，穿着蓝色棉布军服和外套，戴着帽子。他们有的用毯子盖住头，有的带着草席，还有的背着棉褥子。日军让战俘排成四队，队前竖着白旗。几千名中国士兵耐心地等待着日军将他们带走，并指引他们投降后下一步该怎么做。
中国军队不愿还击，这让东史郎深感惊讶。在日本的军队文化中，飞行员佩带匕首而非降落伞，他们宁可自杀也不愿被俘。对来自这种文化背景的人来说，中国人不与敌人死战到底的行为实在令人费解。当发现战俘人数远远超过征服者的人数时，他对中国人就更加鄙视了。
“当我想到他们是如何将所有能找到的白布收集在一起，挂在枯枝上，然后前来投降时，感觉真是既可笑又可悲。”东史郎写道。
我想，他们是怎么变成战俘的呢？他们有这么多人——超过两个师团的兵力，竟然没有尝试任何抵抗。这么多军队中一定有为数不少的军官，但没有一个留下来，我想他们都逃跑了。尽管我们有两个连的兵力，而且那7000名战俘也已被解除了武装，但如果他们奋起反抗，我们的部队一定会被彻底消灭。
东史郎心中五味杂陈，他为中国士兵感到难过，这些人又饥又渴，饱受惊吓，不断地要水喝，并再三要求日本人保证不会杀掉他们。与此同时，他又对这些人的懦弱感到厌恶。当想到自己在先前的战斗中曾偷偷害怕过中国人时，东史郎突然感到很羞愧。他有一种自然的冲动，不由自主地贬抑这些囚犯作为人的属性，将他们比作昆虫和动物。
他们成群结队地往前走，如同在地上爬行的蚂蚁。他们看上去就像一伙无家可归的游民，脸上带着愚昧无知的神情。
他们就像一群愚昧的绵羊，在黑暗中交头接耳，毫无秩序地向前走。
他们一点儿都不像昨天还朝我们射击、给我们制造麻烦的敌人。实在难以置信，他们曾经是敌军的士兵。
想到我们一直在拼死与这群愚昧的奴隶战斗，感觉太傻了。他们中有些人还只是十二三岁的小男孩。
日军把囚犯带到一个邻近的村庄。东史郎回忆说，当日军要将一些中国人赶进一座大房子时，他们似乎觉得这地方像“一个大屠宰场”，因而犹豫着不肯进去。但最后他们还是屈服了，并排队进入大门。只有当日军试图拿走他们的毯子和被褥时，有些囚犯才开始与日军争夺。第二天早上，东史郎及其同伴接到去另一地区巡逻的命令。后来他们才知道，就在他们巡逻时，这些中国战俘被两三百人一组分给几个连队，然后遭到集体屠杀。
南京大屠杀期间，最大规模的一次集体屠杀战俘事件或许就发生在幕府山附近。幕府山位于南京正北方向，处在南京城和长江南岸之间；据估计，大约57000名平民和缴械的士兵在此惨遭杀害。
屠杀是在暗中分阶段进行的。1937年12月16日，《朝日新闻》的记者横田报道说，日军在乌龙山和幕府山附近的炮兵要塞俘虏了14777名中国士兵，仅仅是囚犯人数就让日军感到棘手。横田写道：“日军第一次抓获这么多俘虏，这给日军带来重大挑战，因为没有足够人手处理这些战俘。”
根据日军前下士栗原吏一对该事件的记载，日军当时解除了数千名囚犯的武装，抢光他们身上除衣服和毯子之外的所有物品，然后将他们赶到一排临时搭建的草棚中。12月17日，当接到处决这群囚犯的命令后，日军极为谨慎地执行这一任务。当天早晨，日军宣布他们要把这些中国战俘转移到长江中心一个叫八卦洲的小岛上。他们对这些战俘解释说，他们的这次行动需格外谨慎，于是将俘虏的双手反绑到背后——仅这一项工作就花费了整整一上午和大半个下午的时间。
在下午4～6点之间，日军将这些战俘分成四个纵队，带他们向西行进，绕过几座小山后在江边停下来。“在经过了三四个小时的等待之后，战俘们都不知道发生了什么事，也没看到任何准备过江的迹象。”栗原吏一写道，“天色渐渐暗了下来。他们并不知道……日本士兵已经沿江对他们形成新月形包围圈，许多机关枪已经对准了他们。”
当处决行动开始后，中国人想逃已经来不及了。栗原吏一写道：“突然之间各种枪支同时开火，枪声和绝望的呼喊声交织在一起。”中国人在绝望中痛苦地挣扎，1小时后，人群终于变得悄无声息。之后日本士兵开始用刺刀逐个砍刺尸体，从夜晚一直持续到天亮。
如何处理尸体对日军来说是个难题。在幕府山大屠杀中，死亡人数只占日军在南京城内外屠杀人数的一小部分，但清理尸体的工作也持续了好几天。
将尸体掩埋是一种办法，但中岛将军在日记中抱怨很难找到可供掩埋七八千具尸体的巨大壕沟。将尸体火化也是一种办法，但日军通常缺乏足够的燃料。例如，幕府山大屠杀之后，日军在尸堆上浇了几大桶汽油想将其焚化，但还没等到尸体化为灰烬，汽油就用完了。“结果是剩下一大堆被烧焦的尸体。”一位日本下士写道。
于是，许多尸体被直接抛入长江。
当中国士兵全部投降之后，实际上已经没有人保护这座城市的平民。日本人很了解这一点，于是12月13日，日军蜂拥入城，迅速占领政府大楼、银行和仓库，并在大街上肆无忌惮地开枪杀人。许多人在逃跑时从背后遭到射杀。日军使用机关枪、左轮手枪和步枪，向聚集在中山北路和中路以及附近巷弄的伤兵、老妇和儿童开火。日军还在城市的各个角落屠杀中国平民：无论在大街小巷、在防空洞和政府大楼，还是在城市广场上，他们到处杀人。一个个受害者尖叫着倒在日军铁蹄下，痛苦地呻吟着，这座沦陷之都的大街小巷处处血流成河，其中许多鲜血来自那些奄奄一息、无力逃跑的人。
当日军在南京挨家挨户地搜寻中国士兵时，他们也有组织地屠杀了这座城市的居民。除此之外，他们还屠杀南京市郊和附近农村的中国人。无论在城墙外、在长江边（江水已被鲜血染红），还是在池塘或湖边、在山丘上，到处尸体成堆。
在南京附近的村庄，日军会因怀疑路人曾经当过兵，而向任何年轻男子开枪。日军还杀害那些不可能是中国士兵的人，如老人和妇女，只要他们对日军用日语发出的“这边走”或“那边走”的命令表示犹豫或不解，就会惨遭杀害。
在12月的最后10天里，日军的摩托部队开始在南京巡逻，与此同时，荷枪实弹的日本士兵把守着所有街道、大路和小巷的入口。日军挨家挨户地要求市民打开大门欢迎胜利之师。然而店主刚一顺从，日军立即向他们开火。日军用这种方式屠杀了数以千计的市民，然后有计划地洗劫了他们的商店，并将那些对自己没用的东西付之一炬。
这些暴行也使许多随军到南京的日本记者震惊不已。
《每日新闻》的一名记者亲眼看到，日军让中国囚犯在中山门附近的城墙顶上站成一排，然后用步枪上的刺刀向他们猛刺过去，这一情景让他惊恐万分。这位记者写道：“囚犯们一个接一个地摔落到城墙外，鲜血四溅。这种阴森的气氛不禁让人毛骨悚然、四肢发抖。我茫然地站在那里，不知所措。”
不止他一个人有这种反应，许多记者（甚至是经验丰富的战地记者）也对这种毫无节制的暴力行为感到恐惧，于是他们将自己强烈的感受付诸笔墨，公开出版。一位日本随军记者今井正冈写道：
在下关码头，尸体堆成了黑乎乎的小山。50～100人在那里干苦力，将尸体拖下来抛入长江。尸体还滴着血，甚至有人还活着，四肢抽搐，并发出微弱的呻吟。苦力们一声不吭地忙碌着，仿佛在演一出哑剧。黑暗中，人们几乎看不到长江对岸。但在幽暗的月光下，码头上竟然有一大片闪着微光的泥迹。天啊！那里全是血！
过了一会儿，苦力们已经将所有尸体都投入长江，于是日本士兵让他们沿江站成一排。然后我听到了机关枪“砰砰砰”的响声。苦力们向后倒去，跌入长江，被汹涌的怒涛吞没。哑剧到此结束。
据现场的一位日本军官估计，这次大约有2万人被杀。
日本随军记者小俣行男曾经目睹中国战俘被带到下关后排着队沿江站立的情景。他写道：
第一排先被砍头，第二排的人被迫将这些无头尸体投入江中，然后他们自己也人头落地。屠杀一直从早上持续到夜晚，但日军用这种方式只杀了2000人。第二天，他们就厌倦了这种杀人方式，于是便架起机关枪。其中两挺机关枪以交叉火力向排成队的战俘扫射。“砰！砰！砰！砰！”扳机扣动了。战俘们纷纷跳入长江逃命，但没有一个人能成功游到对岸。
日本摄影记者河野公辉写道：
在举行“入城式”庆典之前，我看到长江上有50～100具浮尸顺江而下。他们是在战斗中阵亡，还是投降后被杀？抑或他们是惨遭屠戮的平民？
我记得南京城外曾有一个小池塘，它看上去就像一片血海——色彩绚丽、凄艳绝伦。如果我有彩色胶卷就好了……那将是一张多么震慑人心的照片啊！
另一位在南京的日本随军记者佐佐木元政评论道：“我曾在东京大地震时见过成堆的尸体，但那根本无法与南京的惨状相比。”
接下来，日军开始将注意力转向妇女。
“妇女遭受的苦难最为深重。”日军驻南京第114师团的一名士兵田所耕三回忆说，“妇女不论老幼，都逃脱不了被强暴的命运。我们从下关派出运煤车，到南京的大街小巷和附近村庄中抓回许多妇女。然后我们将每个妇女分配给15～20名日本士兵，任由他们奸淫凌辱。”
仍然健在的日本老兵称，日军曾正式宣布强暴敌国妇女为非法行为。
然而，强奸在日本的军事文化和迷信中有着根深蒂固的影响，因而没有人认真执行这项规定。许多人相信强奸处女能够让他们在战斗中表现更神勇，有些士兵甚至随身佩戴着用受害者的阴毛制成的护身符，他们相信这些护身符具有使他们免于受伤的魔力。
军队禁止强奸的政策只是起到了鼓励士兵在强奸妇女后将她们杀死的作用。在为拍摄纪录片《以天皇的名义》所进行的一次采访中，日本老兵东史郎直言不讳地谈到日军在南京实施强奸并将受害者杀害的过程：
我们先是对她们说一些淫秽的话，像是“屁看看”，意思是“让妇女张开大腿看她们的私处”。那时，中国妇女不穿内裤，只穿外裤，然后用一根细绳系住，她们不用腰带。所以我们只要扯掉细绳，她们的臀部便暴露无遗，于是我们就“屁看看”。我们先将她们调戏一番，然后就会有人说“今天该我泡澡”之类的话，轮奸开始了。如果只是强奸她们的话，倒也没什么。当然我不该这样说。我们通常都会将她们刺死，因为死人不会告发我们。
当谈到这个问题时，田所耕三同东史郎一样坦率。“强奸后，我们还要杀死她们。”他回忆说，“强奸后只要一放开她们，有些妇女就会拔腿而逃。于是我们就‘砰’的一枪从背后射击，将她们解决掉。”
仍然健在的老兵回忆说，许多日本士兵对此没有丝毫负罪感。“或许在强奸时，我们把她看作一个女人。”东史郎写道，“当杀掉她时，我们只是把她当作猪一般的动物而已。”
不仅士兵如此，各级军官也都荒淫不羁。（甚至连日军第6师团团长谷寿夫这样的高级将领，后来也被发现在南京对大约20名妇女犯有强奸罪。
）一些军官不仅怂恿士兵在南京城里轮奸妇女，还告诫他们事后要将这些妇女处理掉，从而销毁罪证。“完事后要么给她们钱，要么在偏僻处将她们杀掉。”一位军官曾这样提醒下属。
1937年12月17日上午，松井石根来参加庆祝占领南京的阅兵式，日军在这座城市的杀戮和强奸才略有收敛。松井石根大病初愈，肺结核的折磨使他仍显得很虚弱。他先是乘坐海军的汽艇溯江而上，然后换乘轿车来到南京城东中山门的三孔拱门处。他在那里骑上一匹栗色骏马，调转马头朝向东京天皇宫殿的方向，对着日本国家广播公司领呼三声天皇万岁：“天堂之阶最伟大的元帅——万岁——万万岁！”
之后他策马驰向一条大道，路上的死尸已经被仔细清理干净，成千上万的士兵夹道欢迎他。松井最后到达城北的大都会饭店，当晚日军在那里为他举行了欢迎宴会。
据记载，松井在宴会期间已经开始怀疑在南京发生了极端可怕的事情，他当晚就召开参谋会议，并命令所有非军事所需的部队全部撤出南京。第二天，西方新闻媒体报道说，日军内部正在实施一个守口如瓶的大阴谋，以防松井石根知道南京暴行的全部真相。
当松井石根了解到日军在南京实施强奸、屠杀和劫掠的严重程度后，看得出来他极为沮丧。1937年12月18日，他对自己的一位文职助手说：“现在我了解到，我们已经不自知地给这座城市带来最深刻的痛苦与创伤。每当想到我的许多中国友人逃离南京时的悲愤和感伤之情，以及两国关系的未来，我不禁感到灰心丧气。我觉得自己很孤独，而且永远都不可能对这次胜利感到欢欣鼓舞。”
那天上午，松井甚至在对媒体发表的声明中流露出一种遗憾的情绪：“我本人对民众所遭受的苦难深感遗憾，但如果中国不改变政策，皇军仍然必须继续留驻。现在是冬天，这个季节给了中国领导人反思的时间。我本人对100万无辜民众不胜同情。”
当天晚些时候，这位日军指挥官在为此次侵华战争中死去的士兵主持慰灵祭时，松井就日军在南京实施的疯狂暴行斥责了在场的300名军官、师团指挥官和其他相关人员。一位日本记者松本写道：“以前从未有过一位上级军官对下属进行过如此严厉的训诫。日军对松井的行为表示难以置信，因为在场的军官中有一位皇室的亲王。”
12月19日是周日，松井搬到南京城外朝香宫的司令部，第二天便登上一艘驱逐舰返回上海。然而，或许是受绝望情绪驱使，松井一回上海就做出了更惊人的举动：他对《纽约时报》吐露了自己的担忧，甚至对一位美国记者说“日本军队或许是当今世界上最无法纪的军队”。
当月，他还给朝香宫亲王的参谋长发过一条不客气的信息，他写道：“有传言说不法行为仍在持续，正因为朝香宫亲王是我们的指挥官，日军才应该更严格地遵守军纪和道义。对任何违法乱纪者都应严惩不贷。”
1938年1月1日，松井仍因日本士兵在南京的恶劣行径而郁郁寡欢。在一次祝酒时，他向一位日本外交官吐露了自己的苦闷：“我的部下犯了严重的错误，这令人极度懊恼。”
然而强暴和屠杀仍在继续，对此松井石根似乎无力阻止。如果数年之后松井在法庭上的供述可信的话，他对南京的这次短暂访问甚至使他在其同僚面前伤心落泪。“慰灵祭仪式结束之后，我立即召集高级军官训话，甚至在他们面前流下了愤怒的泪水。”1948年被处以绞刑之前，松井对他的佛教忏悔法师说，“当时朝香宫亲王和柳川中将都在。我斥责他们说，由于日本士兵的暴行，我们的一切战斗成果都化为泡影。可是你能想象吗？这件事之后，那些实施暴行的士兵竟然嘲笑我。”
发生在南京的大规模强暴案件导致了一个极为荒诞的后果，那就是日本政府面对西方国家铺天盖地的抗议和反对所采取的应对方式。日本最高统帅部并不阻止或惩罚施暴的士兵，而是谋划建立一个庞大的地下军妓系统，将魔爪伸向亚洲千千万万的妇女。日本中央大学著名历史教授吉见义明说：“由于在上海和南京的战争中发生了大规模强暴案件，日本害怕来自中国、美国和欧洲国家的批评，于是日本华中方面军发布命令，要求在战争期间修建慰安所。”
该计划的实施方式简单直接，日军通过诱拐、购买或绑架的方式将8万～20万名妇女（她们大部分来自日本的殖民地朝鲜，但也有许多妇女来自中国大陆、中国台湾、菲律宾和印度尼西亚）纳入地下军妓系统，希望借此减少日本士兵随意强奸当地妇女的案件（从而减少国际社会对日本的批评），并犒赏在前线长期作战的士兵，还可以通过使用避孕套控制性病的传播。当然，后来全世界了解了这一计划后，日本政府却拒绝承担责任。在战后几十年的时间里，日本政府坚称经营这些战时军队妓院的是私营企业而非政府。但1991年，吉见义明从日本防卫厅的档案中发现了一份题为“关于为军队妓院招募妇女”的文件。这份文件盖有日本最高统帅部领导人的私人印章，并命令立即修建“性慰安设施”，以阻止军队在中国占领区内强暴妇女。
1938年，第一家官方慰安所在南京附近开张。用“慰安”二字修饰这些妇女或是她们居住的“房屋”都显得滑稽可笑。“慰安”二字唤起的是人们脑海中对温柔乡的幻想，美丽的艺妓悠闲地弹着琵琶，或一边为男人洗澡一边为他们做着指压按摩。而在现实中，这些慰安所的肮脏程度超出了大多数文明人的想象。不计其数的慰安妇（日本人称她们为“公共厕所”）在得知自己的命运后自杀身亡，还有些人要么死于疾病，要么被日军杀死。那些侥幸活下来的妇女则终生蒙受耻辱，无颜见人，承受着不孕或疾病缠身的痛苦。由于大多数受害者来自崇尚妇女贞节的文化背景，因此战后鲜有幸存者提及自己的经历，担心会面对更多的羞辱和嘲弄，这种情况直到最近才略有改观。亚洲的儒家文化把妇女的贞洁看得比生命还重要，并且根深蒂固地认为，任何有如此耻辱经历的妇女如果不自杀，她的存在本身就是对社会的侮辱。因此，半个世纪以来，只有极少数妇女勇敢地打破沉默，并要求日本政府对她们所遭受的苦难进行经济赔偿。
现在我们终于要回答最令人困惑的问题了——南京大屠杀过程中日军的心理状态。在那些手持步枪和刺刀的年轻士兵心中，究竟是什么因素促使他们实施如此残酷的暴行？
许多学者为此绞尽脑汁，仍然难得其解。西奥多·库克在与妻子治子·塔亚·库克合著的《战争中的日本：口述历史》（
Japan at War: An Oral History
）一书中坦承，日军在南京大屠杀过程中的残暴程度令他困惑不已。他发现日本内战史中没有过如此邪恶的事件；相反，对城市人口进行有计划的毁灭和屠杀似乎是蒙古历史而非日本历史的组成部分。他说，试图检视日军在南京大屠杀期间的心理状态的难度堪比探索“黑洞”。
许多人发现，很难将日本人在南京的野蛮行径与其广受赞誉的精致礼仪和优雅举止联系在一起。但有些军事专家认为，这两种行为看似毫不相关，其实是密切相联的。他们指出，日本古代武士阶层具有令人生畏的社会地位，几个世纪以来，如果佃农没能恭谨有礼地回答他们提出的问题，武士就有权砍掉他的人头。一位美国海军情报官员在写到第二次世界大战期间的日本文化时说：“直到今天，在日本人的观念中，所谓礼貌的回答是指给出一个令提问者感到满意的答案。彬彬有礼竟然是日本人的民族特性，是不是有点儿令人吃惊呢？”
还有些专家将日本在战争期间的暴行归咎于日本文化本身。美国人类学家鲁思·本尼迪克特在其名著《菊与刀》中写道，由于日本社会中的道德规范不具有普世性，而只限于某些特定的地域和人群，一旦到了国外，这些规范很容易就被置于脑后了。
还有些专家指责日本宗教的非基督教性质，声称基督教提倡四海之内皆兄弟的观念，认为世间万物其实都是依照上帝的想象创造出来的，而日本的神道教则认为，只有天皇及其后裔才是依照神的想象创造的。通过援引诸如此类的差异，这些专家得出结论：某些文化不论发展到多么精细复杂的阶段，其核心要义仍旧停留在部落时代，个人对部落内部成员承担着各种道德义务，而在处理与部落外部成员的关系时则奉行截然不同的行为规范。
这种假设具有某种潜在危险，因为它暗示了两种观点：第一，从宗教本质上讲，日本天生就比西方文化缺乏人道精神，因此必须用不同的标准评判日本人（我发现这种观点既不负责任，又带有西方人的优越感）；第二，从某种程度上说，具有基督教—犹太教文化背景的人犯下南京大屠杀这类暴行的可能性要小得多。然而，尽管德国是个虔诚的基督教国家，20世纪三四十年代，纳粹却使德国人变得丧心病狂，甚至将那些被他们视为敌人的民族妖魔化，从而犯下了诸多有史以来最严重的反人类罪行。
回顾数千年的人类历史，在战争期间实施残忍的暴行显然并非某个民族或某种文化独有的现象。文明的外衣似乎过于脆弱，人类很容易将它弃之不顾，在战争的压力下尤其如此。
那么我们该如何解释南京大屠杀期间日军日复一日的野蛮兽行呢？日本战犯与其纳粹同党的命运截然不同：大多数纳粹分子都已死在监狱或刑场，即使侥幸存活者也是作为逃犯，惴惴不安地了却残生；许多日本战犯不但依然健在，并且在日本政府的庇护下过着舒适安逸的生活。因此，他们是目前世界上为数不多的可以不必担心国际法庭的制裁，向作家或记者透露自己在“二战”期间施暴时的所思所感的人。
以下就是我们了解到的情况。中日战争本身并非使日本士兵变得冷酷无情的唯一原因，残杀中国士兵及非战斗人员的任务同样使他们成为残暴的恶魔。事实上，日本军方组织了各种游戏和练习泯灭日本士兵的人性，促使他们杀害那些并未攻击自己的人。
例如，在进攻南京的途中，日军要求士兵参加杀人比赛，而日本媒体则像对待体育赛事一样热切报道此类事件。最臭名昭著的一次比赛刊登于1937年12月7日的《日本广知报》，这篇名为“两少尉百人斩难分高下”的报道写道：
向井敏明少尉和野田毅少尉同属驻扎在句容县的片桐部队，两人进行了一场友谊赛，看谁能在日军完全占领南京之前最先以单刀杀死100个中国人。目前，比赛已顺利达到最后阶段，两人几乎势均力敌。截至周日（12月5日），据《朝日新闻》报道，两人“得分”为：向井少尉杀死89人，野田少尉杀死78人。
一周以后，该报报道说，由于两人都不知道是谁最先杀死100个中国人，于是他们把目标提高到杀死150人。《日本广知报》报道：“向井的刀刃在比赛过程中略有损伤，他解释说这是在将一个中国士兵连头盔带身躯劈成两半时造成的。他称这个比赛很‘有趣’。”
此类暴行并非仅仅发生在南京地区。事实上，这只是整个侵华战争中日军在中国训练其士兵胆量的一个典型案例，下面是一位名叫田岛的日本士兵提供的证词，他叙述的事件绝非罕见。
一天，尾野少尉对我们说：“你们还没杀过人呢，所以今天我们做一些杀人练习。你们一定不要把中国人当人看，而是要把他们当成猪狗不如的东西。勇敢点儿！现在，自愿参加杀人练习的站到前面来。”
没有人动。少尉发怒了。
“你们这群胆小鬼！”他吼道，“你们没人配得上日本士兵的称呼。真的没人自愿吗？那我可要点名了。”接着他开始喊我们的名字，“大谷——吉川——上野——田岛！”（天啊！也叫到我了！）
我用颤抖的双手举起上了刺刀的枪，然后在少尉近乎歇斯底里的咒骂和指挥下，慢慢走向坑边那个被吓坏了的中国人——那个坑是此前他自己挖的。我在心里乞求他的原谅，然后，我在少尉的咒骂声中闭上眼睛，挥刀砍向那个已经被吓呆的中国人。当我再次睁开眼睛时，他已经跌进坑里去了。“凶手！罪犯！”我在心里骂自己。
对新兵来说，恐惧是一种自然的反应。在一部日本士兵的战时回忆录中，描述了一群日本新兵在目睹老兵将一群中国人折磨致死时，无论如何都无法掩饰自己的震惊。他们的指挥官预料到了这种反应，并在其日记中写道：“所有的新兵都是这样，但很快他们自己也会做同样的事情。”
当然，新任军官也要经历一个变得冷酷麻木的过程。一个叫富永少壮的退役军官清楚地记得自己从天真无邪的青年变成杀人机器的过程。当富永从广岛被派到第39师团第232联队时，他还是一名刚从军校毕业的少尉。当他被介绍给自己的部下时，富永惊呆了，他回忆道：“他们目光邪恶，那不是人的眼睛，而是虎豹的眼睛。”
在前线，富永和其他新的候补军官都接受了密集的训练，以增强他们对战争的忍耐力。在这一训练中，一名教官曾经指着拘留地那些瘦弱憔悴的中国人，对这些军官说：“他们就是磨炼你们勇气的活靶子。”教官日复一日地教他们如何砍头、如何将活生生的俘虏刺死。
最后一天，我们被带到了训练场。24名俘虏被蒙着眼睛，反绑双手蹲在那里。旁边已经挖好一个大坑——10米长、3米宽、3米多深。联队长、大队长和中队长们都坐在事先为他们安排好的座位上。田中少尉向联队长鞠躬并报告说：“我们现在开始。”他命令一名杂役兵将一名俘虏拖到坑边；当俘虏反抗时，遭到拳打脚踢。日本士兵最终将俘虏拖到坑边，并强迫他跪在那里。田中转向我们，并依次审视着每个人的表情。“应当这样砍头。”他边说边拔出军刀，从木桶中舀了一勺水，泼洒在刀刃的两面。接着，他“嗖嗖”几声将水甩掉，举起军刀，刀刃在空中显现出一道长长的弧形。田中站到那个俘虏背后，双腿分开，稳住身形，随着他“呦”的一声高喊，俘虏的脑袋便飞出1米多远。两股血泉从俘虏的身体中喷射而出，飞溅入坑。
这情景太可怕了，简直令人窒息。
但是，富永少壮也渐渐学会了杀人，而且随着他的杀人技术日益老练，他也不再觉得自己部下的目光邪恶了。对他来说，各种邪恶的暴行已是平淡无奇的“家常便饭”。回首自己的经历，他写道：“是我们把他们变成这样的。他们原本是无数家庭中的好儿子、好父亲、好兄长，如今却被带到前线，相互残杀。我们把人类变成了杀人的魔鬼。3个月之内，每个人都变成了魔鬼。”
许多日本士兵承认，杀人对他们来说是件很容易的事，因为他们所受的教育是，除了天皇，其他人的生命（甚至他们自己的生命）都是微不足道的。日本老兵东史郎曾经亲眼目睹一系列南京暴行，他在给我的信中对其战友的行为做出了真实的评价。在东京府福知山第20步兵联队接受军事训练的两年中，他接受的教育强调“对天皇的忠诚重于泰山，而我们个人的生命轻于鸿毛”。他回忆说，一个士兵在战争中所能获得的最高荣誉是裹尸还乡：为天皇而死是至高无上的荣耀，被敌人活捉则是最大的耻辱。东史郎在给我的信中写道：“既然我们自己的生命都无足轻重，那么敌人的生命必然更无价值……这种人生哲学使我们鄙视敌人，并最终导致了大规模屠杀和虐待俘虏。”
在一次次采访中，曾经参加过南京大屠杀的日本老兵们诚实地讲述了他们完全丧失同情心和犯罪感的经历，甚至在凌虐无助的平民时也是如此。永富角户坦率地讲述了他在南京陷落时的感受：
我记得当时坐着卡车，沿着一条被清理过的道路行驶，路两侧是成千上万被屠杀者的尸堆。当我们将车停下，从车后将一群中国俘虏拖下车时，许多野狗正在啃食那些尚未腐烂的尸体。这时一位日本军官建议测试一下我的勇气。他拔刀出鞘，在上面吐了口唾沫，然后猛然挥刀，向一个蜷缩在我们面前的中国男孩的脖子砍去。眨眼间，男孩的头被砍掉，滚落到人群中，他身体向前倾倒，从脖子中喷射出两道血泉。该军官建议我将这颗人头带回家当纪念品。我记得当我从他手中接过军刀开始杀人时，我自豪地笑着。
经过近60年的反省，永富完全变成了另一个人。他在日本成为一名医生，并在自己的候诊室里修建了一个忏悔神龛。病人可以看到他在南京受审及供认自己所犯全部罪行的录像带。这位态度和蔼、举止绅士的医生与过去那个残暴的日本士兵判若两人，人们很难想象，他曾经是一个残忍的杀人狂。
“几乎没有人知道，日本士兵曾经将婴儿挑在刺刀尖上，然后将他们活生生地扔到滚烫的开水锅里。”永富说。“从12岁的少女到80岁的老妇都是日本士兵轮奸的对象，当她们无法满足士兵的性要求时，就会被残忍地杀害。我曾经砍过人头，将人饿死、烧死甚至活埋，死在我手里的中国人至少200人。真是太恐怖了，我竟然变成畜生，做出这些丧尽天良的事。我实在找不出理由解释自己的所作所为。我当时真是个魔鬼。”