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在这篇传记里，主要记述了商鞅变法革新、功过得失以及卒受恶名于秦的史实，倾注了太史公对其刻薄少恩所持的批评态度。商鞅三见孝公，说以强国之术，在列强争雄的战国时代，秦国以一个边陲之地而一跃成为吞并六国的强国，这与商鞅变法的贡献是分不开的。这样一位“治世不一道、便国不法古”的治国能臣，最终却落得车裂族灭的下场。
商君是卫国国君的妾生的儿子，名鞅，姓公孙。公孙鞅年轻时就喜欢刑名法术，作为中庶子跟随魏国国相公叔痤办事。公叔痤生病，魏惠王亲自前去探望，问：“你的病如果好不了，那国家社稷该怎么办呢？”公叔痤回答说：“我的中庶子公孙鞅年纪虽轻却有奇才，希望大王能把国家大事托付给他。”又说：“如果大王不任用他，就一定要杀掉他，不要让他到别的国家去。”魏王答应了他的要求。惠王走后，公叔痤招来公孙鞅，道歉说：“刚才大王问我之后谁能担任国相，我向他推荐了你。但我看大王好像不同意我的建议，我告诉他如果不用你就要杀掉你，现在你赶快离开吧，不然就会马上被擒的。”公孙鞅说：“既然大王不肯听你的话任用我，又怎么会听你的话来杀害我呢？”最终他还是没有离开魏国。惠王最终果然没有重用他。
公叔痤死后不久，公孙鞅听说秦孝公在国内寻访有才能的人，他就西去秦国，利用孝公的宠臣景姓太监求见孝公。孝公召见卫鞅，卫鞅说了很长时间的治国之法，孝公瞌睡连连，根本听不进去。事后孝公迁怒景监说：“你推荐的人只是个说大话的家伙，怎么能任用呢！”景监就去责备卫鞅。卫鞅说：“我用尧、舜等五帝治国的方法劝说大王，他的心志不能领会。”过了几天，景监又请求孝公召见卫鞅。卫鞅再见孝公时，又畅谈治国之道，可还是与孝公的心意合不到一起。事后孝公又责备景监，景监也责备卫鞅。卫鞅说：“我用夏、商、周三代王的治国之法劝谏大王，而他听不进去。请您求他再召见我一次。”卫鞅又一次见到孝公。会见结束后，孝公对景监说：“你的客人不错，我可以与他好好谈谈了。”景监告诉卫鞅，卫鞅说：“我用春秋五霸的治国之法游说大王，他的意思好像是准备采纳了。如果真的要再见我，我就知道该说些什么啦。”于是卫鞅又见到了孝公，这次十分投机，孝公听得很认真，在垫席上的膝盖不知不觉地向前挪动了好几次，谈了好几天都不觉得厌倦。
孝公打算任用卫鞅变更法度，又怕天下人议论自己。卫鞅说：“圣人只要能使国家富强，就不必遵循古法；只要能够利于人民，就不必遵循旧礼。”又说：“治理国家没有固定的方法，只要有利于国家就没有必要仿效旧法度。所以汤武不遵循古法而能称王于天下，夏殷不改变旧的礼制而灭亡。反对旧法的人不能完全否定，而遵循旧礼的人不值得称赞。”孝公于是任命卫鞅为左庶长，制定了变法的命令。孝公下令把十家编为一什，五家编为一伍，各家互相监督检举，若一家犯法则十家一并治罪。明知奸恶而不告发的处以腰斩，告发奸恶的与斩敌首级的封赏一样，藏匿奸恶的与投降敌人的刑罚一样。一家有两个以上的壮丁而不分居的，赋税加倍。有军功的人，按规定标准封爵领赏；因为私利打架斗殴的，视情节轻重处以刑罚。从事农业生产的，粮食与布帛增产免除劳役或赋税。从事工商业因懒惰而贫困的，其妻子全部没收为官婢。在王族中而没有军功的，不得列入家族的名册。明确尊卑爵位等级秩序，各按等级差别占有土地、房产，家臣奴婢的衣裳、服饰，按各家爵位等级决定。有军功的显赫富贵，没有军功的即使很富有也不能显荣。
新法制定好后还未公布，唯恐在百姓中间树立不起威信，于是就在都城市场的南门竖起一根三丈长的木头，招募能把木头搬到北门的百姓，成功的就赏以十金。百姓们都觉得很奇怪，没人敢应募。又宣布：“能把木头搬到北门的人赏五十金。”有一个人抱着试试的态度把它搬到了北门，当下就给他五十金，以表明令出必行，绝不欺骗。事后，新法就颁布了。
新法施行整一年，秦国老百姓到国都说新法不方便的人数以千计。正当这时，太子触犯了新法。卫鞅说：“新法之所以不能顺利推行，是因为上层人的触犯。”于是将按新法治太子的罪。太子是国家的继承人不能施以刑罚，于是就处罚了督导他行为的老师公子虔，以墨刑处罚了授予他知识的老师公孙贾。第二天，秦国人就都遵守新法令了。新法推行了十年，秦国百姓都非常高兴，路不拾遗，山中无盗，生活富裕。百姓纷纷为国家打仗献力，不敢为私利争斗，无论乡村或城镇，秩序都很安定。
卫鞅被任命为大良造，带领军队围攻魏国安邑，降服了他们。秦国都城从雍地迁到咸阳，并下令禁止百姓父子兄弟同居一室；把散落的乡镇、村庄合并成县，设置了县令、县丞，总共分为三十一个县；废除井田制，重新划分田塍的界线，鼓励开垦荒地；平衡赋税；统一全国的度量衡制度。秦国富强，周天子把祭肉赐给秦孝公，各国诸侯都来祝贺。
第二年，齐国军队在马陵打败魏军。卫鞅劝孝公说：“魏国以往被齐国打得大败，诸侯大多背叛了他，趁此良机刚好攻打魏国。魏国敌不过秦国，一定会向东退。这样，秦国就占据了黄河和崤山的险固，向东就可以制约各诸侯国，这是统一天下的帝王大业啊！”孝公就派卫鞅率领军队攻打魏国。魏惠王的军队数次被齐、秦击溃，就割让了河西土地作为求和的条件献给秦国。卫鞅打败魏军归来，孝公把於、商十五个邑封给了他，封号叫商君。
商君任秦相十年，很多皇亲贵族都怨恨他。赵良去见商君。商君说：“由于孟兰皋的介绍你我才相识，我们交个朋友好吗？”赵良回答说：“鄙人不敢奢望。”商鞅说：“您认为我对秦国的治理不好吗？当初，秦国的习俗如戎狄一般，如今我改变了秦国的教化，从而使男女有别，分居而住，大造宫殿城府，把秦国营建的像鲁国、魏国一样。您看我治理国家与五羖大夫比，谁更有贤德？”赵良说：“那五羖大夫只是楚国偏僻的乡下人，他想去拜见贤明的秦穆公，却没有路费。他就把自己卖给秦国人，穿着粗布短衣给人家喂牛。他出任秦相六七年，出征讨国，功德无量，四方少数民族都前来朝见。五羖大夫出任秦相，累了不坐车，热了不打伞，无论走到哪里都不带随从的车队，更不带武装防卫，这就是他的德行啊！身为秦相不为百姓牟利却大造宫阙，这就称不上为国家建功立业了。刑罚太子的师傅，用严刑酷法残害百姓，这是在积累怨恨和祸患啊。教化百姓比命令百姓更得人心，百姓模仿政府的行为比政府的命令更为迅速。如今您违背情理地建立权威，变更法制，这不是对百姓的教化啊。您又在封地南面称君，每日用新法来约束秦国的贵族子弟，又用酷刑惩罚公子的老师，公子虔已经有八年闭门不出了。这几件事都不得人心。假如您出门不带着装着披甲戴盔的卫士的数十辆车、身强力壮的贴身卫护和手持矛戟的近身随从，您必定不敢出门。您的处境如此危险。秦王一旦弃用宾客而不能当朝，难道秦国想要您首级的人能少吗？为什么您不把商、於十五邑封地交还给秦国，到偏乡僻壤的地方种菜耕地，这样才是平安之策啊。”但商君没有听从赵良的劝告。
五个月后，秦孝公去世，太子即位。公子虔等人告发商君要造反，派人去逮捕他。商君逃跑到边境关口，进入一家旅店。旅店的主人不知道他的身份，说：“商君有令，没有证件的人住店，店主要判连带罪。”商君长叹一口气说：“唉！制定新法的贻害竟然报应到了这里！”于是他离开秦国逃到魏国。魏国人怨恨他欺骗公子印而打败魏军，拒绝收留他，并说：“秦国很强大，它的逃犯跑到魏国来不送还是不行的。”于是把商君送回秦国。商君回到秦国后就逃到他的封地商邑，和他的部属一起出动邑中的士兵向北攻打郑国寻求生路。秦国出兵攻打商君，把他杀死在郑国黾池。秦惠王对商君施以五马分尸示众的刑罚，告诫说：“不要像商鞅那样谋反！”于是就诛灭了商君全家。