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孔子创造的儒学是中国古代文化的核心。孔子在中国文化史上享有崇高的地位，在世时就有人尊奉他为“圣人”，死后更是为人所景仰，将其视为万世师表。孔子一生的事迹很多，太史公突出其中的重点事迹，有条不紊地记述。在人物刻画方面，引用孔子的许多言论或与弟子的对话，从而使得孔子的形象更加亲切感人。
孔子出生在鲁国昌平乡的陬邑。他是宋国人孔防叔的后裔。防叔生伯夏，伯夏生了叔梁纥。叔梁纥年老时娶颜姓少女生了孔子。鲁襄公二十二年（前551），孔子诞生。他出生时的头顶是凹下去的，所以取名叫丘，字仲尼，姓孔氏。孔子出生不久叔梁纥就死了，埋葬在防山。等孔子的母亲死后，他腰间还系着孝麻带守丧时，季孙氏举行宴会款待名士，孔子前往。季孙氏的家臣阳虎拦住他说：“季孙氏招待名士，没有请你啊。”孔子退了出来。孔子家境贫穷，长大之后，曾做过管理仓库和牧场的小吏，又升任主管营建工程的司空。不久，他离开了鲁国，在齐国受到排斥，在宋国、卫国遭到驱逐，又在陈国和蔡国之间被围困，最后又返回了鲁国。孔子身高九尺六寸，人们都称他为“长人”，觉得他与一般人不一样。
齐景公向孔子请教如何为政，孔子说：“国君要有国君的样子，臣子要有臣子的样子，父亲要有父亲的样子，儿子要有儿子的样子。”景公听了后说：“对极了！”改日景公又向孔子请教为政的道理，孔子说：“为政最重要的是节俭。”景公听了很高兴，打算把尼谿的田地封赏给孔子。晏婴劝阻说：“儒者这种人，巧言善辩，不能用法律来约束；他们傲慢任性，自以为是，不能任为下臣；他们重视丧葬，不惜倾家荡产，不能让这种做法形成民风；他们四处游说乞求官禄，不能用来治理国家。自从那些圣贤去世以后，周王室衰微，礼崩乐坏已经很久了。现在孔子讲究装饰，制定繁复的礼节，这些就是几代人也学不完，搞不清楚的。您如果想用这些东西来改变齐国的风俗，这恐怕不是引导百姓的好办法。”之后，齐景公虽然很有礼貌地接见孔子，可不再问起有关礼的问题了。齐国的大夫中有人想害孔子，景公又对孔子说：“我已年老了，不能用你了。”于是，孔子就离开齐国，返回了鲁国。
鲁定公十年（前500）的春天，齐国大夫黎
对景公说：“鲁国起用了孔丘，势必危及齐国。”于是齐景公就派使者与鲁国在夹谷约定会晤。孔子以大司寇的身份，兼办会晤典礼事宜。仪式行过之后，齐国的官员请示说：“请演奏四方各族的舞乐。”于是齐国的乐队有的头戴羽冠，身披皮衣，有的手执矛、戟、剑、楯等武器喧闹着一拥而上。孔子赶忙跑过来，一步一阶快步登台，还差一级台阶时便扬起衣袖一挥，说道：“我们两国为和好而来相会，为什么在这里演奏夷狄的舞乐？”主管官员叫乐队退下，他们却不肯动，左右看看晏子与齐景公的眼色。齐景公心里很惭愧，挥手叫乐队退下去。过了一会儿，齐国的管事官员又跑来说：“请演奏宫中的乐曲。”景公说：“好的。”于是一些歌舞杂技艺人和侏儒都来表演了。孔子又急跑过来，最后一阶还没有迈上就说：“普通人敢来胡闹迷惑诸侯，论罪当杀！请命令主事官员去执行！”于是主事官员将他们处以腰斩。齐景公大为恐惧，触动很大，清楚自己不占在理上，回国之后很是恐慌，就对大臣们说：“鲁国是用君子的道理来辅佐他们的国君，而你们却拿夷狄的办法教我，我得罪了鲁国国君，这下怎么办呢？”主管官员上前回答说：“君子有了过错，就要用实际行动来向人家道歉认错。您如果痛心，也那样做吧。”于是，齐景公就退还了从前所侵夺的一些土地，以此向鲁国忏悔。
鲁定公十四年（前496），孔子五十六岁，他由大司寇担任理相，面有喜色。孔子参与国政三个月，贩卖猪、羊的商人就不敢漫天要价了；男女行人都分开走路；掉在路上的东西也没人捡；四方的客人来到鲁国，用不着向官员们求情送礼，也能得到满意的照顾，宾至如归。齐国听说后很害怕，害怕鲁国一旦称霸，那么最先吞并的便是齐国。于是就从齐国挑选了八十个美貌女子，身上有花纹的马一百二十匹，一起送给鲁君。季桓子接受了齐国送来的礼物，三天不问政务。孔子只得离开鲁国，前往卫国。过了不久，有人向卫灵公说了孔子的坏话，卫灵公就派公孙余假用兵仗监视孔子的出入。孔子害怕在这里获罪，就离开了卫国。
孔子从曹国到宋国，与弟子们在大树下演习礼仪。宋国的司马桓魋想杀死孔子，就把树砍掉了。孔子只得离开这个地方。弟子们催促他说：“我们快走吧！”孔子说：“既然上天把传道德的使命赋予我，桓魋他又能把我怎么样？”孔子到了郑国，与弟子们失散了，一个人站在外城的东门。郑国人有人看见了就对子贡说：“东门有个人，他的额头像唐尧，脖子像皋陶，肩膀像郑子产，可是腰以下比禹短三寸，一副狼狈不堪的样子，像一条丧家狗。”子贡见面把原话告诉了孔子。孔子高兴地说：“他形容我的相貌不一定对，但说我像条丧家狗，真是对极了！”孔子又回到了卫国。卫灵公听说孔子来了，高兴地亲自到郊外迎接。但卫灵公年纪大了，懒得处理政务，也不起用孔子。孔子长叹了一声说：“如果有人起用我，一年时间就差不多了，三年就会大见成效。”孔子又从陈国移居蔡国。后二年，孔子从蔡国前往叶地。叶公问孔子为政的道理，孔子说：“为政的道理在于招纳远方的贤士，使近处的人归服。”有一天，叶公向子路问孔子的情况，子路不回答。孔子听说后就对子路说：“仲由，你为什么不对他说：‘他这个人呀，学习起道理来不知疲倦，教导起人来不知厌烦，发愤学习时忘了吃饭，快乐时忘了忧愁，就连衰老将到来也不知道。’”
孔子离开鲁国十四年后又回到鲁国。
孔子的时代，周王室衰微，礼崩乐坏，《诗》、《书》也残缺不全了。孔子探究夏、商、西周三代的礼仪制度，编定了《书传》的篇次，上起唐尧、虞舜，下至秦穆公，依次整理编排。他又订正了诗乐，使《雅》、《颂》都恢复了原来的曲调。
古代流传下来的《诗》有三千多篇，到孔子时，他把重复的删掉了，选取其中合于义的用于礼义教化。三百零五篇诗孔子都能演奏歌唱，以求合于《韶》、《武》、《雅》《颂》这些乐曲的音调。孔子也完成了被称为“六艺”的《诗》、《书》、《乐》、《易》、《春秋》的编修。
孔子晚年喜欢钻研《周易》，他详细解释了《彖辞》、《系辞》、《说卦》、《文言》等。孔子读《周易》十分刻苦，以致把编穿书简的牛皮绳子也弄断了多次。
孔子用《诗》、《书》、《礼》、《乐》作教材教育弟子，就学的弟子大约三千人，至于像颜浊邹那样的，多方面受到孔子的教诲却没有正式入籍的弟子就更多了。
孔子教育弟子有四个方面：学问、言行、忠恕、信义；为弟子订四条禁律：不揣测、不武断、不固执、不自以为是。他认为需要特别谨慎处理的是：斋戒、战争、疾病。他教育弟子，不到人家真正遇到困难，烦闷发急的时候，不去启发、开导他。孔子说：“三个人同行，其中必定有可以做我老师的人。”又说：“不修明道德，不探求学业，听到正直之理不去学习，对缺点错误不能改正，这些是我忧虑的问题。”
孔子逝世时七十三岁，葬在鲁城北面的泗水岸边，弟子们都在心里为他服丧三年。他的弟子和一些鲁国人，相继前往墓旁居住的有一百多家，因此那里被命名为“孔里”。鲁国世世代代相传，每年都定时到孔子墓前祭拜，而儒生们也来这里讲习礼仪，举行仪式。孔子故居的堂屋以及弟子们所居住的内室，后来被改成庙，收藏孔子生前穿过的衣服，戴过的帽子，使用过的琴、车子和书籍等，直到汉代，二百多年间没有废弃。高祖刘邦经过鲁地，用牛、羊、猪三牲俱全来祭祀孔子。诸侯、卿大夫、宰相一到任，常常是先去拜祭孔子墓，然后才去就职处理政务。