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此本纪以秦始皇和秦二世的活动为中心，以编年记事的形式，记述了秦王朝建立前后四十年间风云变幻的历史场面，史实繁简相交，语言精彩，秦始皇与秦二世及赵高、李斯的形象线条清晰，逼真呈现。太史公用朴素的唯物主义历史观探索秦朝统一与灭亡的根本原因，把考察秦朝“成败兴坏之纪”的思想贯穿于全篇。
嬴政是秦国庄襄王的儿子。庄襄王曾以人质的身份抵押在赵国，在那里看见吕不韦的妾，很是喜欢，就娶了她，生了始皇。出生后，起名叫政，姓赵。嬴政十三岁那年，庄襄王去世，政继承王位做了秦王。这个时候，秦国的疆域已吞并了巴郡、蜀郡和汉中，跨过宛县占据了楚国的郢都，设置了南郡；往北收取了上郡以东的地方，占据了河东、太原和上党郡；往东到荥阳，灭掉西周、东周，设置了三川郡。吕不韦为相国，李斯为舍人。蒙骜、王
、麃公等为将军。因为秦王年纪小，刚刚登上位，所以把国事委托给大臣们。
嫪
被封为长信侯，嬴政赐给他山阳的土地，一切大小事情全由他做主。九年（前238），秦王举行表示已经成年的加冠礼，而此时嫪
作乱的事被发觉，他盗用秦王的大印和太后的印玺，发动京城部队企图攻打蕲年宫，发动叛乱。始皇得知后，命令相国昌平君、昌文君发兵攻击嫪
。嫪
等人战败逃走。秦王在全国悬赏捉拿或杀死嫪
，后来嫪
等人全部被抓获，于是嫪
被处以五马分尸的车裂之刑以示众，其家族全被灭。
十年（前237），相国吕不韦因受嫪
牵连而被罢官。李斯劝说秦王，建议首先攻取韩国，以此来恐吓其他国家，于是秦王派李斯去攻打韩国。大梁人尉缭来到秦国，劝说秦王礼待各国权贵大臣，利用他们打乱诸侯的计划，以防他们联合起来对抗秦国。秦王听从了他的劝说。十四年（前233），桓
将军在平阳攻击赵军，攻占了宜安，又平定了平阳、武城。韩非出使到秦国，秦国采纳了李斯的计谋，扣留了韩非，韩非死在云阳。韩王向秦称臣。十八年（前229），秦大举兴兵攻赵，王翦统率上地的军队，攻占了井陉。二十年（前227），燕太子丹担心秦国军队打到燕国来，十分恐慌，派荆轲去刺杀秦王。事情败露，秦王处荆轲以肢解之刑来示众，然后就派遣王翦、辛胜去攻打燕国。秦军在易水西边击溃了燕军。二十一年（前226），王贲去攻打楚国。打败燕太子的军队，攻占了燕国的蓟城，拿到了燕太子丹的首级。二十二年（前225），王贲去攻打魏国，引汴河的水灌大梁城，大梁城墙塌坏，魏王假请求投降，秦军取得了魏国的全部土地。二十三年（前224），秦王再次诏令王翦去攻打楚国，攻占了陈县往南直到平舆县的土地，俘虏了楚王。二十五年（前222），大规模举兵，派王贲为将领，攻打燕国的辽东郡，俘获燕王姬喜。回来时又进攻代国，俘虏了代王赵嘉。二十六年（前221），齐王田建和他的相国后胜派军队防守齐国西部边境，断绝和秦国的来往。秦王派将军王贲经由燕国往南进攻齐国，俘获了齐王田建。秦王刚统一天下，召集丞相、御史商议帝号。丞相王绾、御史大夫冯劫、廷尉李斯等都说始皇兴正义之师，讨伐四方残贼之人，平定了天下，又在全国设置郡县，统一了法令，这是自上古以来也不曾有的，五帝也比不上，应该称为“泰皇”，发教令称为“制书”，下命令称为“诏书”，天子自称为“朕”。秦王说：“去掉‘泰’字，留下‘皇’字，采用上古‘帝’的位号，称为‘皇帝’。”又下令说：“我听说上古有号而没有谥，中古有号，死后根据生前品行事迹加个谥号。这样，就是儿子议论父亲，臣子议论君主了，我不采取这种做法。从今以后，废除谥法。我就叫做始皇帝，后代就从我这儿开始，称二世、三世直到万世，永远相传。”
秦始皇按照五行相生相克、循环往复的原理进行推算，认为周朝占有火德的属性，秦朝想要取代周朝，就必须取周朝的火德所抵不过的水德。衣服、符节和旗帜的装饰都崇尚黑色。因为水德属阴，而《易》卦中表示阴的符号阴爻叫做“元”，就把数目以十为终极改成以六为终极，符节和御史所戴的法冠都规定为六寸，车宽为六尺，六尺为一步，一辆车驾六匹马。一切事情都依法律决定，刻薄而不讲情义，犯了法的人久久得不到宽赦。丞相王绾等进言说：“诸侯刚刚被平定，燕国、齐国、楚国地处偏远，不给它们设王，就难以镇抚。权宜之计，最好的是请封立各位皇子为王。”廷尉李斯发表意见说各诸侯之间彼此征战，虽是同祖已经疏远。再设置诸侯没有好处。如果各诸侯国都划分成了郡县，对于皇子功臣，用公家的赋税重重赏赐，这样就很容易控制了。始皇听取了他的建议，于是把天下分为三十六郡，每郡都设置守、尉、监，并改称人民为“黔首”；统一法令和度量衡标准；统一车辆两轮间的宽度；书写使用统一的隶书。始皇又派蒙恬北伐匈奴，收复河套以南以北的广大土地，并征发大量民工，将原秦、赵、燕旧时的长城重新连接加固。领土东到大海和朝鲜，西到临洮、羌中，南到门朝北开的地区，往北据守黄河作为要塞，沿着阴山往东一直到达辽东郡。二十八年（前219），始皇到东方去巡视郡县，登上了邹县峄山。在山上立了石碑，又跟鲁地儒生们商议，想刻石以颂扬秦之德业，又商议在泰山祭天、在梁父山祭地和遥祭名山大川的事情。于是登上泰山，树立石碑，举行祭天盛典，接着在梁父山举行祭地典礼，在石碑上镌刻碑文，歌颂秦之功德。始皇在咸阳宫摆酒设宴，七十位博士上前献酒颂祝寿辞。博士齐人淳于越上前指责郡县制，企图说服秦始皇遵复古法，恢复西周以来的分封制，以使国家稳定，天下太平。始皇把他们的意见下交群臣议论。丞相李斯认为历代社会动乱、天子威逊，都是因为国家没有统一的法律和法规可循，以至诸侯并起，四海分裂，其根源在于各种儒家学说和私学的存在，使人心不一，思想混乱。他建议始皇消灭私学，除《秦记》之外的史书一律烧毁，除秦博士官所藏《诗》、《书》、百家语外，都要将书交到所在的郡，然后烧毁，医药、占卜、种植之类的书除外。有敢在一块儿谈议《诗》、《书》的处以死刑示众，借古非今的满门抄斩。官吏如果知道而不举报，以同罪论处。如果有人想要学习法令，就以官吏为师。秦始皇下诏说：“可以。”侯生与卢生认为秦律残暴，于是商议逃跑了。始皇听说二人逃跑十分恼怒，认为此些人的言行诽谤于他，企图以此加重他的无德，妖言惑众，扰乱民心。于是派御史去一一审查，这些人辗转告发，结果一个供出一个，始皇亲自把他们从名籍上除名，一共四百六十多人，全部活埋在咸阳。
三十七年（前210）十月，始皇外出巡游。左丞相李斯跟随，少子胡亥一同巡游。秦始皇到达平原津时害了病，后来愈来愈厉害，就写了一封信给公子扶苏，说：“回咸阳来参加丧事，在咸阳安葬。”然而信存放在中车府令兼掌印玺事务的赵高办公处，没有交给使者。七月丙寅日，始皇在沙丘平台去世。丞相李斯认为皇帝在外地逝世，恐怕皇子们和各地乘机制造变故，发起叛乱，于是就对此事严守秘密，不发布丧事消息。棺材放置在既封闭又能通风的辒凉车中，百官像平常一样向皇上奏事。只有胡亥、赵高和五六个曾受宠幸的宦官知道始皇已经死了的事。赵高过去曾经教胡亥写字和狱律法令等事，与胡亥交情甚好。于是二人与李斯密谋商量拆开那封已封好的信，谎称李斯在沙丘接受了始皇遗诏，立皇子胡亥为太子。接着，又写了一封信给公子扶苏、蒙恬，列举他们的罪状，赐他们自杀。然后继续往前走，从井陉到达九原。因为正赶上是暑天，皇上的尸体在辒凉车中发出了臭味，就下令随从官员们往车里装一石有腥臭气的腌鱼，以掩饰臭味，让人分不出尸臭和鱼臭。
一路行进，从直道回到咸阳，发布治丧的公告。皇太子继承皇位，这就是二世皇帝。九月，把始皇安葬在骊山墓中。
二世皇帝元年（前209），二世二十一岁，赵高担任郎中令，执掌朝廷大权。秦二世按照赵高的建议，借机会查办郡县守尉中的有罪者，并把他们杀掉，这样，在上可以使皇上的威严震天下，在下可以除掉皇上一向所不满意的人，不给大臣谋算的机会。于是，六个皇子被杀死在杜县。大臣们进谏的被认为是诽谤，一些大官们为保住禄位而屈从讨好，百姓震惊恐惧。秦的施法更加严酷。
七月，戍卒陈胜等造反，陈胜自立为楚王。函谷关以东的山东各郡县，年轻人因为受尽秦朝官吏之苦，都杀掉了地方官吏，以响应陈胜，联合起来讨伐秦朝。赵高劝说二世道：“先帝登位治理天下时间很久，因此群臣不敢做非分之事，也不敢进言邪说。现在陛下正年轻，刚登皇位，怎么能跟公卿在朝廷上议决大事呢？如果议政时有错误，就会让群臣看到自己的弱点。天子之所以称自己为“朕”，朕的意思本来就是不让别人听到他的声音。”于是二世常居深宫之内，只跟赵高一个人商议各种事情。从此，公卿很少有机会朝见皇上，各地起义的人更多了。二世对右丞相冯去疾、左丞相李斯、将军冯劫进谏非但不听，还认为他们不能平定起义，不配身处高位。于是把冯去疾、李斯、冯劫下交给狱吏，审讯追究三人的其他罪过。冯去疾、冯劫认为将相不能受侮辱，就在狱中自杀了。李斯结果被囚受刑。二世三年（前207），各地起义愈演愈烈，而秦军节节战败。八月，赵高想要谋反，恐怕群臣不顺从他，就先设下试验，带来一只鹿献给二世，说：“这是一匹马。”二世笑着说：“丞相错了，把鹿说成是马。”赵高询问左右大臣，左右大臣有的沉默，有的故意说成是马迎合赵高，有的说是鹿，赵高就在暗中陷害那些说是鹿的人。从此以后，大臣们都畏惧赵高。
后来，项羽在钜鹿城下俘虏了王离等人并继续前进，章邯等人的军队多次败退，燕国、赵国、齐国、楚国、韩国、魏国都自立为王，全部背叛了秦朝官吏而响应诸侯，诸侯都率兵西进。沛公率领几万人屠灭了武关，派人来跟赵高秘密接触。赵高害怕二世发怒，降罪自身，就谎称有病不去朝见皇上，同时暗中跟女婿咸阳县令阎乐、弟弟赵成商量另立天子，改立公子婴。赵高就让郎中令做内应，谎称有大盗，命令阎乐召集官吏发兵追捕，又劫持了阎乐的母亲，安置到赵高府中当人质。派阎乐带领官兵一千多人在望夷宫殿门前，斩了卫令，带领官兵径直冲进去，一边走一边射箭，郎官、宦官被杀死的有几十人。阎乐走上前去历数二世的罪状说：“你骄横放纵、肆意诛杀，不讲道理，天下的人都背叛了你，怎么办你自己考虑吧！”二世说：“我可以见丞相吗？”阎乐说：“不行。”二世说：“我希望得到一个郡做个王。”阎乐不答应。又说：“我希望做个万户侯。”还是不答应。二世又说：“我愿意和妻子儿女去做普通百姓，跟诸公子一样。”阎乐说：“我是奉丞相之命，为天下人来诛杀你，你即使说了再多的话，我也不敢替你回报。”于是指挥士兵上前。二世自杀。
赵高召集所有的大臣和公子，把杀死二世的情况告诉了他们，并立二世兄长的儿子婴为秦王。子婴怕赵高杀死二世又加害于自己，于是后来在斋宫杀了赵高。子婴做秦王四十六天，楚将沛公打败秦军进入武关，接着就到了霸上，派人去招降子婴。子婴用丝带系上脖子，驾着白车白马，捧着天子的印玺符节，在轵道亭旁投降。项羽灭掉秦王朝之后，把原来秦国的地盘划成三份各自为王，就是雍王、塞王、翟王，号称“三秦”。秦朝终于灭亡了。