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在清朝，父母逝世后，儿子是需要守孝三年的，这三年内，不能当官，不能应考，不能娶嫁，称为守制。当官的父母逝世后，都要回到祖籍守制三年，称为丁忧。曾国藩去江西的途中，接到母亲去世的讣告，于是丁母忧，回到湖南湘乡老家守制。
曾国藩在家里守制的时候，太平军已经开始向北方进军了。洪秀全在金田起义后，率领太平军北上，一路连克清朝多个城镇。而清朝的常备军绿营兵早已衰弱腐败不堪，见了太平军只敢远远地用大炮、火铳轰击，一旦和太平军遭遇，立马丢弃器械而逃，根本不敢和太平军短兵相接。
太平军攻到长沙的时候攻不下了，因为有曾国藩的好朋友江忠源在这里守着。这时候曾国藩还守制在家，而江忠源已经和太平军交锋多次，恶战了好几场了。太平军准备攻湖南长沙时，江忠源就急忙率兵驰援。湖南巡抚张亮基在长沙城里，而江忠源的援军在长沙城外。太平军到了长沙后，看到长沙城外东南角有个天心阁，天心阁地势较高，如果拿下天心阁，居高临下攻长沙就比较容易了。
◆天心阁
太平军顺着天心阁往上爬，江忠源见大事不好，率领手下的士兵和太平军抢夺天心阁，经过一场血战，终于没让太平军的计划得逞。后来江忠源的弟弟江忠济也率领士兵过来夹击太平军，结果反被太平军击败，江忠源兄弟退回长沙城。太平军开始猛攻长沙城，江忠源兄弟协助湖南巡抚张亮基守城，多次击败了太平军的进攻。太平军攻了三个月也没攻下长沙，太平军的西王萧朝贵反而在战斗中中炮阵亡，太平军只得绕过长沙，改攻湖北。咸丰三年（1853）初，太平军攻下了湖北重镇武昌，清朝的湖北巡抚常大淳全家自杀殉国。
正规军用不上，无奈之下的咸丰帝只好下令在广西、湖南、江西等地兴办团练，其中就有要求曾国藩在湖南办团练。
曾国藩接到圣旨后，犹豫不决，当时太平军已经攻下湖北的武昌，对湖南威胁非常大，曾国藩是希望兴办团练，保卫桑梓的，但是他是个出名的大孝子，守制不够三年，又不能出去。关键时候曾国藩的好朋友郭嵩焘来了，郭嵩焘来的目的就是为了劝说曾国藩出来兴办团练。曾国藩向郭嵩焘说明了自己的忧虑。郭嵩焘劝说曾国藩，说你向来都有肃清乱贼的抱负，现在正是大好机会，你不趁机而动，怎么对得起皇帝？曾国藩说没办法啊，守制期未满，不能去兴办团练。郭嵩焘说这就是你的不对了，虽然丁忧是古制，但是墨绖从戎也是古制。墨绖从戎意思是穿着丧服打仗，晋文公重耳死后，秦国去打郑国，晋襄公还在守制期内，但是他又不能坐视不理，于是穿着丧服带兵和秦国作战，这也是古制，而且所谓“金革之事不避”，战争期间，不用再计较丁忧之事。最终曾国藩听从了郭嵩焘的劝告，赶往长沙，就任团练大臣，协助湖南巡抚张亮基兴办团练。不得不说郭嵩焘是这个时期很关键的一个人物，他不但劝说了曾国藩出山，同时还劝说了另一个人出山，这个人和曾国藩一样出名，后来也成为晚清中兴四大名臣之一，这个人叫左宗棠。
其实在曾国藩去长沙的前一年，他的好朋友罗泽南就已经和王珍开始兴办团练了。罗泽南本来一直在湘乡教书，听说太平军在南方兴起，立刻就开始组织团练，准备保卫地方。罗泽南的学生们知道罗泽南办团练，纷纷都投入到老师的队伍里，其中就有李续宾、李续宜兄弟，都是湘军后来最为骁勇的将领。
罗泽南身为一介书生，兴办团练，颇为不容易，当时团练的兵员来源基本上都是乡里的农民，不像他的学生们那么好管教。如果团练里边只有他的学生们，那他说什么，学生们肯定都是言听计从，不敢说半个不字。但是乡民们不一样，他们没上过什么学，不但不听文书约束，而且常常喧哗不休，很难管理。为了管理这群人，罗泽南付出了艰辛的努力，不过经过罗泽南一段时间的操练，这些人指东向东，指西向西，渐渐有模有样了。
曾国藩到长沙后，罗泽南就把这些团练都交给曾国藩了。为了提高团练的战斗力，曾国藩接管团练后的第一件事就是按照明代戚继光的方法，开始对罗泽南的团练进行编制，将之整合成湘军，规定军队以营为单位，一个营五百人，其中十个人为队，设什长；八队为哨，设哨长；四哨为营，其余的是营的亲兵。营中的士兵只服从营官，并且全军都只服从曾国藩一个人。
在曾国藩创立湘军之前，为了避免武将威胁太大，清朝绿营兵的将领是经常会调换的，这样调来调去，将领和下边的士兵不熟，不容易形成自己的嫡系，不会影响到朝廷。但是这样的弊端就是因为不熟悉，指挥起来很不顺，战斗力很差。曾国藩这样编制，所有的人都效忠于曾国藩，而且每个作战单位下边的湘军士兵都完全听命于自己的将领，对自己的上级负责，兵随将转，兵为将有，大大提高了战斗力。
湘军的士兵主要来源于湖南，而且很多都来源于曾国藩的家乡湘乡，招的时候通常都是一个地方招很多，很多士兵之间都有亲戚关系，或者有的就是兄弟父子，这样招过来的兵，在作战的时候，彼此之间更会互相照顾，更会互相救援不会因为溃败而各自逃走。
湘军的薪俸也是非常高的，普通士兵一个月是三四两银子，比绿营兵要高三倍左右。不过起初这些薪俸不是由户部发的，而是由曾国藩自己筹集的，所以后来湘军攻破太平军的城池后，经常发生烧杀掳掠的事情，这些都是曾国藩默许的，为的就是让士兵可以获得更多的好处，可以为自己的私利而战。直到后来才设置了专门的机构，征收厘金，将征收的钱给湘军当军饷。
湘军的首领如曾国藩、胡林翼、罗泽南等人都是学问渊博的大儒，所以一直以来都是用儒家的忠孝仁爱思想来训导湘军，非常强调儒家的君臣之礼、纲常思想。曾国藩后来还编《得胜歌《爱民歌》让湘军士兵背诵传唱，这些有点类似后世的军队，都是清军绿营兵里根本没有的。
为了避免日后湘军像绿营兵一样松弛懒散不知纪律，曾国藩对打仗、守夜、扎营、行路等都做了详细的规定，譬如打仗的时候一定要分小队侦查周围，以防埋伏；夜里一定要派哨官巡更，营门关闭后不管是谁来都不准开营门；每到一处扎营，不管刮风下雨，必须先修好墙挖好壕，未修挖好，不准休息；行军时，前队必须有人探明情况后才走，后队必须有人押尾查看是否有伤病者落后。
经过曾国藩的整合，湘军成为了一支战斗力强大的队伍，不再是普通的团练武装。整合完湘军，曾国藩和郭嵩焘、江忠源讨论了一下当前的形势。江忠源是湖南新宁人，曾国藩未建湘军前，他就在新宁的团练中挑了五百人赶赴广西作战，号称楚勇，这是湖南乡勇首次出省作战，堪称湘军的先驱。江忠源的楚勇在广西永安一战成名，从此广为人知。第二年，江忠源再次招募楚勇一千人，在湘江蓑衣渡设伏阻击太平军，重创太平军，太平军的南王冯云山战死，这是太平军起义以来未曾有过的挫折，楚勇的战斗力可见一斑。
郭嵩焘根据自己的观察，发现太平军之所以作战常常获胜，除了英勇善战外，还有另一个原因就是太平军的军中有水师，船只数量众多，太平军的将士们时而登岸厮杀，时而上船躲避，非常方便，于是郭嵩焘建议湘军也得有自己的水师，这样才能遏制太平军。江忠源觉得很有道理，南方水多，想要剿灭太平军单单靠陆军是不行的，必须有自己的水军，这样才能在水上击败太平军。
于是曾国藩让郭嵩焘代拟奏折，上报朝廷建议让川、鄂、湘三省仿造广东的船只建战船百余只，并且购买洋炮千余尊，装备在战船上。奏折递上去不久，咸丰帝批准，曾国藩开始在衡阳建造战船，但是只有船只而没有将领不行，曾国藩邀请衡阳人彭玉麟出来一起创建水师。恰好彭玉麟也因为母丧在家守制，彭玉麟就向曾国藩说需要守制不能出马，曾国藩这时候扮演起郭嵩焘的角色，写了封书信给彭玉麟，说你不出马，以后太平军占了湖南，只怕乡里大乱，父子都难以保命，还能守得了坟墓吗？彭玉麟这才慨然应允，出山和曾国藩一起经营湘军水师。
曾国藩创建水师是件意义非凡的事，在此之前，陆军就是陆军，水军就是水军，彼此互不相干。太平军已经知道水军和陆军协同作战了，并且让清军无比烦恼，但是太平军没有把这种作战方法系统化。曾国藩是个有心人，他在以后和太平军作战的过程中渐渐认识到了这一点，并且深入学习运用，终于渐渐在对抗中占了优势。或许说太平军最后的失败和湘军的水师有关系也没错。
咸丰四年（1854），曾国藩的湘军已经颇有规模了，其中陆军一共有13个营共6500人，水师有10个营共5000人，加上杂役以及杂七杂八的后勤人员，一共将近17000人，其中陆军以罗泽南、塔齐布等人为营官，水军以彭玉麟、杨载福、褚汝航等人为营官。