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黄帝和蚩尤之间的战争或许真实地存在过，因为神话传说中对此战前后过程的描写实在是太详细了，并且从中可以发掘出相当多的真实要素。
不管蚩尤是否为炎帝的后人，不管他是否窃据了炎帝的宝座，也不管阪泉大战是否发生过，总之最后蚩尤率领着很多南方民族，对统治北方的黄帝的权威发起了挑战，双方在涿鹿地区展开了旷日持久的惨烈战争。
在神话传说中，蚩尤有八十一个或者七十二个兄弟，个个铜头铁额、兽身人语，这或许暗含着这一族的战士都头戴金属头盔、穿着兽皮铠甲的真实要素。还传说蚩尤是人身牛蹄、四目六手，或者是八手、八腿，总之相貌怪异，力大无穷。
不仅长相怪异，蚩尤还拿泥沙、石头甚至金属当粮食，并且擅长制造各种兵器。车战时代的主要兵器称为五兵，即戈、殳、戟、酋矛、夷矛，传说都是蚩尤所发明的。有这样大的本领的蚩尤又联合了南方很多民族，甚至招来魑魅魍魉等许多鬼怪做帮手，气势汹汹，向黄帝部族杀来。
∷涿鹿之战示意图
传说黄帝一开始还想感化蚩尤，用和平的手段化解争端，但蚩尤只想凭借武力取得霸权，不肯罢休。黄帝没有办法，就组织起庞大的军队，前往讨伐这个凶恶的敌人，双方这才在涿鹿展开大战。
在这场涿鹿大战中，一开始黄帝是处于下风的，他虽然兵多将广，却没有蚩尤兄弟勇猛；他虽然驱使着猛兽，却没有那些魑魅魍魉等鬼怪来得狡诈。蚩尤尤其神通广大，还造出漫天的浓雾来，把黄帝和他的军队团团围困住，让他们找不到突围的方向。
正当黄帝愁眉不展的时候，一个名叫“风后”的臣子——是个非常聪明的人——制造出一辆指南车来，帮助黄帝摆脱了困境。这种指南车，后世有很多能工巧匠都尝试仿造，并且多次成功。它没有使用任何磁石，而是靠各种类似齿轮的机构连动，只要初始设定好了方向，轮子不离地，不管怎样旋转，所指的方向都不会改变。靠着指南车的引领，黄帝终于带着他的军队杀出了浓雾。
浓雾问题解决了，下一个要解决的问题就是蚩尤军中的那些鬼怪。鬼怪中最著名的就是魑魅魍魉——所谓魑魅，据说是人脸兽身，长着四只脚；所谓魍魉，据说长得像三岁的儿童，长耳朵、尖眼睛，最大的本领就是迷惑人。因为他们的存在，黄帝的命令下达不畅，士兵被勾引走无数。幸亏黄帝广见多闻，他想起魑魅魍魉最害怕的就是龙吼叫的声音，于是就派一些士兵用牛羊角做成的号角模仿龙吟。魑魅魍魉听到这种号声，个个骨软筋麻，黄帝趁机挥军掩杀，这才把战局扭转过来。
在战争最紧要的关头，黄帝派出了手下一员大将，名叫“应龙”。这个应龙，据说是背上生有一对翅膀的神龙，能驱风唤雨。应龙是真正的龙，他的吼叫声当然比号角更具威力，因而魑魅魍魉就彻底放弃了抵抗，逃散到深山大泽中去。据说它们此后本性难移，仍时常迷惑和残害过路的行人。
应龙虽然吓跑了鬼怪，但想驱使大风雨逼退蚩尤军的努力却遗憾地失败了。原因是曾经在西泰山之会上为黄帝的车辆洒扫道路的风伯和雨师，被蚩尤请动出山，也加入了叛军的行列。据说风伯名叫“飞廉”，脑袋好像雀鸟，却长着一对角；身体好像麋鹿，却有豹子的花纹；还长着蛇的尾巴。雨师名叫“屏翳”，长得好像巨大的蚕茧。风伯、雨师是掌管风雨的神灵，应龙的法术与他们相比，真是小巫见大巫，一点都施展不开来。不仅如此，风伯、雨师反倒把狂风暴雨统统倾泻到黄帝的阵地上来。黄帝眼看着又要吃败仗了，心急如焚，万般无奈之下，只好派自己的女儿“魃”上阵去抵挡。
魃，也叫作“旱魃”，因为她一出现，就会造成天下大旱，赤地千里。至于魃的相貌，似乎同普通女子没有什么不同，只是头顶无毛，是个秃子——这似乎就是“赤地”的真意。据说她还经常身穿一件青色的长袍。魃一到战场上，立刻云收雨散，艳阳高照，风伯、雨师惊惶地败下阵去。黄帝趁机挥军掩杀，蚩尤吃了个不小的败仗。
魃的下场据说比较凄惨。自从参加了这场战斗，她再也不能回到天上去，而她所住之地，更是连年不下雨。人间怎能容得下这个干旱之神，于是人们憎恨她，驱赶她。黄帝只好把她安顿在赤水以北，不许她到处乱跑。
和魃正好相反，应龙在战后去往南方定居，所以后来南方多雨，北方多旱。应龙受到人民欢迎，《山海经》中记载说，很多地方的百姓都有装扮成应龙形状以祈雨的风俗。总之，应龙与旱魃的命运相比，实有天壤之别。
黄帝虽然暂时打退了蚩尤的进攻，却没能取得最终的胜利。据说蚩尤背生双翅，不但能在空中飞，还能在陡峭的悬崖上行走，来往速度极快，很难抓获。首恶未除，自然无法期望战争就此结束。
于是黄帝想要造一面巨大的战鼓来鼓舞军心，好将蚩尤一举擒获。他想来想去，决定在夔和雷兽的身上找材料。所谓“夔”，据说是居住在东海流波山的一只异兽，形状好像没角的牛，但只有一只脚，毛色青灰。夔所到之处，必定伴随着大风大雨，它一张嘴嗥叫，声音好似雷鸣，震耳欲聋。黄帝派人去捉住了夔，剥下它的皮来做成一面大鼓。
所谓“雷兽”，是一个人头龙身的怪物，居住在雷泽中，喜欢拍打着自己的肚子玩耍，每拍一下肚子，就会发出震耳的雷鸣。于是黄帝也派人去杀死雷兽，抽出它的骨头来做了鼓槌。
雷泽里人头龙身的异兽很容易使人联想到使伏羲之母怀孕的雷神。此外夔也有并非怪兽而是黄帝手下掌管音乐的臣子的说法。即便是为了打败敌人，也不应该把无罪的雷神和臣子夔虐杀掉，那实在太匪夷所思了。这就是古代纷繁复杂的神话传说经常会产生的矛盾和不合理性。
黄帝把夔的皮做成战鼓，把雷兽的骨头做成鼓槌，敲打起来，山鸣谷应，雄壮得好像真的雷声一样。黄帝的军队听到自己阵中传来的鼓声，莫不士气大振，而蚩尤的军队则吓得个个浑身颤抖。于是蚩尤大败，终于被黄帝捉住。蚩尤最后死于何处的传说有很多版本。
有一则起源较晚的神话，是说黄帝与蚩尤大战了九场，都无法取得胜利，正感烦恼之际，天上突然降下一个人头鸟身的妇人，自称“玄女”，是来帮助他的。玄女传授黄帝兵法，从此黄帝行军打仗，变化多端，使蚩尤首尾难顾，终于取得了胜利。这个玄女，就是后来民间祭祀的“九天玄女娘娘”。
总之，经过长时间的战争，黄帝终于取得了胜利，从此天下太平，不仅炎黄两族逐渐融合为一，与蚩尤旧部也捐弃前嫌，加强了经济文化的交流和融合。
∷河南新郑黄帝故里的牌坊
据大量的历史记载和文献佐证，位于河南新郑市区北关的轩辕丘就是黄帝的故里。它始建于汉魏，历代都有修复。大殿内供奉着黄帝的坐像，四壁有描绘黄帝功德的壁画。