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司马迁的《史记》上说，帝尧在位的时候，洪水泛滥，因此四岳向帝尧推荐鲧负责治水工程。鲧因为不善于采纳旁人的意见，花了九年时间仍没能消除水患。摄政的帝舜因此将鲧车裂于羽山，起用鲧的儿子禹继续其父未竟的事业。在这个故事里，鲧是一个可耻的失败者，甚至是个无能者，但在另外一种说法中，他却是一位伟大的悲剧英雄。
传说鲧是黄帝的后裔，或者是颛顼的儿子，黄帝和颛顼都曾担任过中央天帝，因此鲧也是具备了神性的。甚至传说他本人就是居住在上界的神仙，并非凡间帝尧的臣子。看到下界滔滔不绝的洪水，人民都生活在水深火热之中，大神鲧有了恻隐之心。可是，该怎样解决水患问题呢？鲧反复思量，不得良策。
屈原在《天问》中写道：“鸱龟曳衔，鲧何听焉？”鸱就是猫头鹰。这句诗是说，鲧下界治水的行动，是受到一只猫头鹰和一只乌龟的怂恿。一位大神竟然会听鸟兽的话，说明这两个动物并非凡物，大概是上界的异禽神兽吧。总之，它们向鲧建议说，只要得到了“息壤”，就能够解除人类的灾祸。
所谓“息壤”，是一种奇特的泥土，据说它遇到水就会自我生长，水涌得越高，息壤也长得越高。这种宝物，用来填堵泛滥的洪水是再合适不过的了，于是鲧就取了息壤，飞往下界，帮助人类治水。
靠着鲧的神力和辛勤的劳动，靠着息壤的奇特属性，洪水逐渐退去，土地重新显露出来，眼看肆虐的水患就要终结了。正当人们欢欣鼓舞，重见曙光的时候，发觉此时的天帝却勃然震怒，竟然不顾骨肉之情，派火神祝融下凡来逮捕并且杀死了鲧。
天帝为什么会感到愤怒呢？或许那洪水本就是上帝的杰作，他是为了惩罚人类才降下水灾的吧，又或许因为息壤是上界的宝物，鲧是在未得到他允许的情况下将其偷了下凡的吧。神话中并没有说明天帝发怒的原因，而可敬的鲧就像希腊神话中偷取天火的大英雄普罗米修斯一般，惨遭神界的处刑。
火神祝融捉到了鲧，按照上帝的命令，将他杀死在北方的羽山。鲧是为了拯救下界生灵才含冤被杀的，传说他的灵魂始终不灭，因此尸体三年都没有腐烂。天帝听说此事，感到有些后怕，生怕鲧的尸体变成什么精怪想要报仇，于是就派了一名天神，手持名叫“吴刀”的神刀，去剖开鲧的肚子，毁坏他的尸体。
一刀斩下，更为离奇的事情发生了，从鲧被剖开的肚子里竟然蹿出一条龙来，直飞云天。这条龙就是鲧用自己的精血，经过三年孕育而成的新生命，也就是他的儿子禹。禹出世以后，鲧的残骸化作了一头黄熊（一说是黄龙，或者三足的神龟），跳入羽山下面的深渊，从此不见了。
经过这一番变故，或许天帝有所悔悟，或许他更加感到害怕，总之，他没有再难为鲧的儿子禹。不仅如此，天帝还派禹下凡去治理重新泛滥起来的大洪水。禹虽然继承了父亲的遗志，但他手上却没有息壤可用，于是经过实地勘察，他决定改变堵塞的方法，采用疏导之法，把洪水都导到大海里面去。反正大海是永远不会满溢的，把洪水导去海中，陆地上的人们不就能够重得安宁了吗？
这时候，已经是帝舜摄政之时了。水神共工正在那里疯狂地驱使着洪水，淹没农田房屋，玩得正起劲儿，突然听说上帝派禹下界来治水，心中非常不高兴。于是他掀起前所未有的滔天巨浪，让洪水更加肆虐。据说一直淹到山东半岛的空桑，整个中国很难再找到一片干的土地了。
禹知道不打败共工，自己是无法安心治水的，于是就以上帝使者的身份，在会稽山大会四方神灵，准备与共工一战。为了立威，据说他还把迟到的防风氏给杀掉了。这个防风氏，不知道是哪里来的巨人。后来传说吴越交战时，吴军在会稽山下挖到一块巨大的骨头，要用一辆马车才能装下，于是去请教博学的孔子，孔子说：“这是被大禹所杀的防风氏的骨头呀。”
禹会合群神，终于打败了共工，然后他就让黄龙前导挖渠，玄龟背着泥土在后跟随，到各方去平定水患。
禹在治水的过程中，得到过各方神灵的协助。一次，他走到黄河边上，突然水里跳出一个神人来，白色的脸，鱼的身体，送给他一张“河图”，上面详细画明了黄河流域的水流走势。这位神人，就是黄河之神河伯。
还有一次，禹为了泄洪而凿通龙门山，偶尔发现一个山洞，黑漆漆的深不可测。禹点燃火把，一个人走进去，没多远，就看到一头好像野猪一般的神兽，口衔夜明珠，还有一条青色的狗不停地吠叫，引导他来到洞穴的深处。奇怪的是，黑黝黝的洞穴到了这里突然变得明亮起来，野猪和狗也全都摇身一变，化作了身穿黑衣的人。两个黑衣人引导禹会见了一位大神，这位大神蛇身人脸，把一枚长一尺二寸的玉简传给禹，要他用此玉简测量天地，平定水患。这位大神，就是伏羲。
禹在治水过程中也遭遇过阻挠。传说他三次来到桐柏山，山上都刮起狂风，飞沙走石，使治水工程无法顺利开展。禹非常愤怒，就派部下捉来桐柏山的山神询问，山神告诉他说，这是附近的水神无支祈在捣乱。这个无支祈长得像猿猴一般，塌鼻梁、高额头、白色的脑袋、青色的身体、金色的眼睛，力大无穷。禹先后派了好几名部下，最后终于捉到无支祈，用绳索拴着他的脖子，将他的鼻子穿上金铃，押送并囚禁在龟山脚下。从此以后，淮河水流顺畅，再也不闹灾了。
禹治水走到涂山（约在今浙江绍兴附近），看到一条九尾白狐从面前跑过。按照当地的传说，见到九尾白狐乃是婚姻的吉兆，于是禹就在涂山娶了一个名叫女娇的姑娘。
一次，禹治水来到了轘辕山（今河南偃师附近），此处山势陡峭，岩石也都很坚硬，想要在此开凿出一道泄洪的水渠来，实在不是容易的事情。于是禹就对妻子说：“工地上很危险，你平常不要来，我在这里立一面皮鼓，饿了我就敲响它。你听到鼓声，给我送饭来就是了。”
妻子一走，禹就显出了他的神通，化为一只大熊，用锋利的爪子挖扒岩石。一不小心，石头的碎块滚下来，敲中了皮鼓。女娇闻声来到工地上送饭，不见丈夫，只见一头大熊，不禁吓得掉头就跑。妻子在前面跑，禹在后面追，一直追到嵩山脚下。女娇走投无路，竟然化成了一块石头。这个时候，女娇已经有了身孕。禹抚石痛哭，并且高叫说：“把我的儿子还回来吧！”说也奇怪，石头的北面应声而裂，掉出一个小婴儿来。这孩子就是禹的儿子，起名为启，也就是开启的意思。
经过多年的艰苦努力，禹终于治理好了洪水。禹因为对人类做出过巨大的贡献，后世习惯上尊称他为“大禹”。