李时珍按动物的进化规律，将其从低等动物到高等动物进行划分，分为六部十四类，全书只选取了其中九种常见、常用的动物药。
鳞部·龙类/蛇类/鱼类/无鳞鱼类
乌蛇
白花蛇
鳝鱼
海马
乌贼
介部·龟鳖类/蛤蚌类
鳖甲
珍珠
石决明
牡蛎
兽部·畜类/兽类/鼠类/寓类怪类
牛（牛黄）
驴（阿胶） iibRTBF36aeHTwtvZukn4vIQUyQROzTh3OvDb92b6Iyv3u8teXzEuplqmBY1VDoH
