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顺治元年甲申，张献忠据全蜀，惟遵义未下。兵部右侍郎、总督川陕军务樊一蘅及督师王应熊避其地，因檄诸郡旧将，会师大举。会巡抚马干复重庆、松潘，副将朱化龙、同知詹天颜复龙安，一蘅乃起旧将甘良臣为总统，侯天锡、屠龙副之，合参将杨展、游击马应试、余朝宗所携溃卒，共得三万人。
二年乙酉三月，攻叙州，应试、朝宗先登，展继之。伪都督张化龙走，遂复叙州。贼将冯双礼率兵来争而败，伪安东将军孙可望援之。相持一月，一蘅粮尽，退屯古蔺州，展退屯江津。贼乃截化龙于羊子岭。化龙率番兵冲之，贼惊溃遁去。一蘅命展、应试取嘉定、邛、眉，故总兵贾联登及中军杨维栋取资，简，天锡、高名佐取泸州，李占春、于大海守忠、涪。初，干既复重庆，贼将刘文秀来攻，会副将曾英与参政刘麟长自遵义至，与大海、占春、张天相等奋力夹击，破贼兵数万，英威名振蜀中，亦受一蘅节制。其他据城奉征调者，洪、雅则有曹勋及监军副使范文光，松、茂则有监军佥事天颜，夔、万则有谭弘、谭谊，一蘅乃移驻纳溪，居中调度。
三年丙戌春，展等尽取川南地，献忠大忿恨，尽屠境内民，沈金银江中，焚宫室，急遣可望、文秀、狄三品、王复臣等攻川南州郡，连战不利，英、祥等乘间趋成都。七月，贼弃成都，走顺庆。时川中诸郡惟保宁、顺庆为贼将刘进忠所守，而进忠所部多川兵，献忠恨川人之不附己也，既屠其民，将尽杀川人之为兵者。进忠闻之，大惧，赴王师降，且告献忠所在。十二月，王师杀献忠于盐亭，贼兵悉溃而南。时英驻重庆，称最强。可望猝至重庆，英出不意，败死，贼遂陷綦江。督师应熊退避毕节卫，未几，死。永明王以吕大器代之。
四年丁亥，贼入遵义。而是时大兵入川，所至俱下。大海退入于涪，袁韬去夔，而入于黔之婺川，占春避而东下，诸拥兵者率瓦解，川北尽入版图矣。已而王师追贼至遵义，粮尽引还。于是王祥等复入保、顺二郡，一蘅再驻江上，为收蜀计，上表永明王。王以一蘅为户兵两部尚书，加太子太傅，诸将祥等进爵有差。于是韬复入重庆，大海占云阳，占春据涪州，诣据巫山，谭文据万县，弘据天字城，天锡据永宁，应试据芦卫，祥据遵义，展据嘉定，化龙、勋等各据地自擅。而宗室朱容藩及故偏沅巡抚李干德以总制至，杨乔然、江尔文以巡抚至，各自署置，官多于民。李自成余孽李赤心、郝摇旗、袁宗弟等复扰夔、巫间。一蘅令不行，惟叙州一郡而已。
五年戊子，容藩自称楚世子、天下兵马副元帅，建行台于夔。武冈之败，传永明王已死，大器过占春营，具言王无恙，容藩乘机僭窃，当得罪。占春以为然。李干德亦传檄声容藩罪。容藩益窘，乃北依二谭，以兵攻石砫司，占春援之，容藩兵败，走死云阳。是时川地咸附于永明王。
干德者，少好占验，至蜀，诸将中惟许韬及武大定，遂结二人为腹心。韬故献忠别部，所称姚、黄十三家贼，大定则小红狼别部也。韬与占春素不协，时驻重庆，兵强而饥。干德遣人说展，与合兵。展与占春素厚，富而弱，藉袁、武之强以自固，纳之，约为兄弟。然展能与袁、武合而不欲与占春绝也，时通闻问，馈以银米。袁、武有所求，顾不甚遂，因恨展。既韬徙屯犍为，展以生辰来为寿，干德因说韬杀展而分其资。展死，诸将皆解体，故干德卒至于败。可望闻展死，将图蜀，乃为展讼冤，使王自奇将兵由川南进，而别遣文秀及白文选渡金沙河，出黎州，败王祥于乌江河，取曹勋而袭其后，趋嘉定。时袁、武方拒自奇于川南，撤师还救。自奇尾击之，袁、武大败，悉就擒。干德投水死。兵复东，三谭俱降。乃遣别将卢名臣下涪州，占春败走。大海在忠州，知不支，引兵出夔入楚，与占春来降于王师。文秀遂据蜀。
七年庚寅正月，文秀还云南，令文选守嘉定，刘镇国守雅州。三月，大兵南征，文选、镇国俱败，王师人嘉定，文光、天颜死之。初，展之死，文光入山不视事，至是死焉。九月，一蘅亦死于山中，蜀中将士俱尽。
九年壬辰，文秀、文选率兵来攻保宁，大兵奋击，破其象阵。
十六年己亥，弘、诣俱纳款。时弘、诣已杀文，文安之与刘体仁、李来亨等欲讨之，二人惧，来降。未几，取马湖叙州，降牟胜于武隆，赦而用之。于是献孽之扰蜀者亦尽。自成遗孽郝摇旗、袁宗弟、刘二虎等尚据巴东。
十八年辛丑，奉旨三省会剿。王师驻万县，贼弃夔州。
康熙元年壬寅正月元旦，大军衔枚进夺羊耳关，贼焚天昌县以遁。二年癸卯，复犯巫山，大军与鏖战，而遣兵密斫其营，贼大溃。二虎投缳死，追摇旗、宗弟，获之，蜀地悉平。