顺治二年乙酉八月,福王起原任户科给事中瞿式耜为应天府丞,旋擢右佥都御史,代方震孺巡抚广西。时靖江王亨嘉据桂林,式耜与焦琏定计,令思恩参将陈邦傅以兵攻桂林,破之,王被擒杀于福州。
九月,唐王死于汀州,式耜与魁楚奉永明王由榔监国肇庆,王拜式耜吏部右侍郎、东阁大学士,兼掌兵部事。
十月,王闻赣州破,将趋梧州,式耜争之不能得。
十一月,唐王弟聿□(此处原文为方框字)据广州。总督林佳鼎败殁,式耜视师峡口。
四年丁亥,王师破广州入肇庆,遂逼梧州,巡抚曹晔降,遂袭平乐。王将奔全州,式耜疏言:“王留粤则粤在,去粤则粤危。我进一步,人亦能进一步;我去速一日,人来亦速一日;去而不守,则拱手送矣。”言甚切至。王不听,遂奔全州,而进式耜文渊阁大学士兼吏兵两部尚书,守桂林。
三月,大兵薄桂,突入文昌门,登城楼以瞰式耜署。援将焦琏拒战甚力,式耜亦身立矢石中,与士卒同甘苦。援兵索饷而哗,式耜括库不足,妻邵捐簪珥助之,故人无叛志。既而主客兵不和,琏兵噪而去,城几破矣。会陈邦彦攻广州,大兵引而东,桂林获全。于是焦琏复阳朔、平乐,陈邦傅复浔,合兵复梧州。王闻捷,封式耜临桂伯,琏新兴伯,余进秩有差。
十一月,大兵自湖南逼桂林,式耜与何腾蛟拒却之。
五年戊子二月,郝永忠驻桂林,与团练兵相恶,尽破水东十八村。既与大兵战灵川而败,复大掠,杀太常卿黄太元,诸将赵印选诸营自灵州至,亦大掠,城内如洗。大兵闻桂林有变,急来袭,腾蛟拒战获全。
闰三月,李成栋据广东来归,请王赴广州。式耜虑为所制,急争之,乃驻肇庆。成栋具疏言:“式耜拥戴之臣,不宜久在外。”王召式耜,式耜以国事让成栋,愿留桂。
十一月,永州、衡州、宝庆相继恢复。式耜以机会可乘,请王还桂林,以图出楚,不听。
六年己丑正月,何腾蛟被执于湘潭。二月,成栋败殁于信丰。王命式耜留守督师,兼江、楚各省军马。我朝亦遗书招式耜,式耜不从。
七年庚寅正月,南雄报不守,罗成耀遁,韶州亦失。九月,全州破,赵印选在桂林,胡一青、王永祚在榕江,皆惶惧不敢出,大兵遂入严关。十月,榕江不守。十一月,诸将皆逃,城中无一兵,式耜端坐府中。俄总督张同敞自灵川回,入见式耜,誓同死,因俱就执,幽之民舍,两人赋诗唱和。闰十一月,杀之风洞山下。故给事中金堡时已为僧,名澹归,上书定南王,请收瘗式耜、同敞,不报。吴江杨□(此处原文为方框字)收而瘗之北门之园。