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《天学初函》诸书未之见也，所见者，西夷述救世主耶稣《新遗诏书》，用汉文译刊，凡十余卷。曰《马泰传福音书》第一、《马可传福音书》第二、《路加传福音书》第三、《约翰传福音书》第四，皆述耶稣降生，行教灵迹始末也。《圣徒言行传》第五，述耶稣死后，诸大弟子传教事迹也。《圣徒保罗寄人书十篇》、《圣徒约翰寄人书三篇》，又《圣徒耶哥伯书》、《彼得罗犹大士书》，皆其门人阐扬师教，犹中土人论学之书也。又《圣人约翰天启之传》，则言天地劫毁，天主重造人物之事。
计自开辟至今将六千年，自耶稣降生千有八百三十余年，称耶稣为基督。其先世自亚伯喇罕至大辟十四代，自大辟至流巴庇伦十四代，自流巴庇伦至基督，亦十四代，共四十二代。其母曰马里亚，童女有身，征兆奇异，言是上帝之子降生，代天行化。及长，能使病者愈，死者生，聋者聪，喑者语，盲者视，跛者行。能履海涛，能服邪鬼，能荣槁木，能以七饼分给四千人之食，能通各国语言。遣其十二门人行化各郡国，言上帝为神父，耶稣为神子，敬其子曰敬天。年三十有二，为犹太国异教所嫉毁之，国王禽而钉之十字架。死后三日复活，母子重逢，生于天上，坐于上帝之右。其现身酷死，所以代众生之罪，故惟敬耶稣可以免罪获福，免地狱生天上。
万历中，冯马诺著《天问略》曰：“天有十二重，最高之十二重为天主上帝诸神圣处，永静不动，广大无比，即天堂也。其内第十一重，为宗动天。其第十、第九重，为东西岁差天，南北岁差天，其动极微，仅可推算而甚微妙。又其内各重为日月诸星本动之天，皆自西而东，宗动天自东而西，故先论九重，未及十二也。”《福音书》曰：“元始有道，道即上帝。万物以道而造，其造生者，人类之光也。光辉耀于暗，而居暗者不识，有上帝所遣之人名约翰，来为其光所证，令众得信，真光照世，即耶稣也。其身非由私欲而生，乃上帝之子也。”
耶稣之教，始于阿细亚州，而西行于欧罗巴，近则并行于墨利加。其西洋人发挥彼教之书曰：大西各国惟知崇拜一上帝，此外无所祈祷。此教何所始？曰有一《旧遗圣书》，乃上帝指示摩西圣人所录，而摩西子孙传于后世也。其一言上帝之出没，其二言万民之本分，其三言后世之永福永祸。夫上帝先乎天地万物，不可得知其所由来，惟无所不知，无所不能，无所不在，至正至大，至智至诚，则人人可信。故风雷云雨，日月星辰，草木花卉，飞禽走兽，鳞介昆虫，凡天地所覆载，莫非上帝创造，故名之曰天父，曰救世，曰圣神，其实一上帝而已，此当知者一。人生于世，莫不禀受于天，既禀受于天，则此身心皆上帝所生，上帝即人之亲矣。惟子者可不爱敬其大父母乎？次则生我之父母，亦常报罔极之恩，推及同气与天下同类之人，此当知者二。且人莫不有灵魂，常不息不灭，故信上帝而为善，则死后其灵永享天福，违上帝而为恶，则死后其灵永受苦罚，此当知者三。上帝无形无声，恐人不知，故留书以教世。其圣书始于夏终于汉，前者已阅三千年，后者已阅二千年余矣。其书半是亚细亚之西希伯来人所录，半是欧罗巴之东希腊人所录。
又有《神理论》曰：“天地内有神，为极大全能，造化万物，管理万物，人不能自生，物不能自造，日星何以循环？山川何以凝载？草木何以荣落？飞走潜介何以视听鸣动？曰灵，曰魂，曰心，曰性，皆神之所为也。是神独一无二，最始无前，倘有对待，有后起，即非神天之神也。莫大于天地，然天地有形可见，神天无形。天地有终始，神天无终始。天地乃受造之物，所造之者，神也。天地乃运动之机器，所以运之者，神也。天地尚不可称神，而世人常敬数神、千百神，如日月云雷，山海社稷，则以其尊大显赫而神之；古人有文武出众，功德在人者则神之。不知天上地下，止有一神所管，更无二神可抗，故专言神，恐邻于祗鬼，专言天，恐泥于形气，惟合言神天，乃足该至大至灵之宗，即儒书所谓造化，所谓上帝，非世俗玉皇大帝之谓者也。谓神曰灵，亦可，但有人灵，有仙灵，有天灵，人灵与身体相结，不脱于物，亦神所造，非神也。仙灵乃神之使者，无粗重之身，而有细妙之身，亦神所造，非神也。惟天灵，即神天，全无身体，无方所，无在无不在，故《易》曰：“阴阳不测之谓神，妙万物之谓神，不疾而速，不行而至之谓神。”
天主垂世为十大诫。十大诫者，当中国商朝时，神天降于如德国之西奈山，文留石碑，又以大声音宣其命令，惟召圣人摩西上山，受上帝之命。藏在金匮千年，至耶稣兴，始以其法示人，凡戴天履地，皆宜祗遵。其一，神天曰：除我外，不可有别神也。（凡人手所作之木偶、土石，及山川、祖宗等神，皆不可奉。盖拜祭之礼，止可施于神天，不可施于他人，以分此心，宜全心一意，以敬神天也。）其二，神天曰：不可为我而造雕画之像，不可立庙设位，陈牲酒，施鼓乐，赞诵而事神也。（礼拜之日，虽耶稣及圣母之像、十字之架，皆不可设。盖无形之圣神，有形则非神矣。）其三，神天曰：尔不可轻用神名。（古时以色耳国民受神遣诏，述神名曰耶何瓦，汉译言自然而然之神也。凡发愿、发誓、祈祷、闲语时，不可泛称神名，必至诚用之。）其四，神天曰：撒巴日宜守礼，其前六日可兼营尔业，惟第七日不可务别业，并尔子女婢仆牲口，门内之客皆然，盖六日内，神主造天地海，第七日乃神主安息日，故宜守之。（撒巴即礼拜日也。第七日不惟罢外事，乃亦息内念，已往、未来、一切闲事勿念，一心专念神天，或拜神，或读圣书，或省察已心，或劝化他人，皆所以保灵魂、体造化。）以上四诫，皆属敬天，以下六条，乃及五常。其五，神天曰：敬尔父母。六曰：不可杀人。（不但害人灵魂不可，即自戕者，其灵魂陷入地狱，故临难可死，不可自戕，最为大罪。）七曰：不可奸人妻。（不推禁外淫，并不许养妾。凡富贵之人，可用婢仆无数，惟不可置妾，无子亦听于命，不可违戒。）八曰：不可盗人物。九曰：不可妄证及尔邻者。十曰：不可贪人之所有。（上数戒皆外事，此则并心内贪念戒之。）
耶稣曰：尔以全心，全灵魂，全明悟，而爱尔主尔神，此乃第一大诫。其第二，则必爱尔邻如已焉。此耶稣述十诫大意。归此敬天爱人二者，然敬天则无不爱人，故二者中，又以敬天为要。圣徒保罗曰：恶报有三，一者今世诸难，二者死亡大痛，三者死后永苦。凡有罪者，不能脱免，惟信耶稣可得救之。何者？耶稣在世，成全律法，有大功劳，信之则其功归我。又耶稣曾受艰苦，代我当罪，信之则我罪归他。大哉！盛哉！施舍生命，以免我苦。以其痛苦，我得平安。以其死亡，我得生活。以其祸害，我得永福。天上神仙，其力有限，其位非高，不如耶稣，力大尊极，贵为神子，位为参天，自弃天光，降此红尘，代人受苦，以救万世。不信之者，虽善人亦堕落。能信之者，即恶人立升天堂，至万万年，还有余祥焉。
《天学初涵》诸书，《四库全书》列诸存目，今略录其提要曰：《三十五言》一卷，明利玛窦撰。西洋人之入中国，自利玛窦始。西洋教法传中国，亦自此三十五条始。大旨多剽窃释氏，而文词尤拙。盖西方之教，惟有佛书，欧罗巴人取其意而变幻之，犹未能甚离其本。厥后既入中国，习见儒书，则因缘假借以文其说，乃渐至蔓衍支离，不可究诘，自以为超出三教上矣。附存其目，庶可知彼教之初所见不适如是也。
又《天主实义》二卷，明利玛窦撰。是书成于万历癸卯，凡八篇。首篇论天主始制天地万物，而主宰安养之。二篇解释世人错认天主。三篇论人魂不灭，大异禽兽。四篇辨释鬼神及人魂异论，天下万物，不可谓之一体。五篇排辩轮回六道，戒杀生之谬，而明斋素之意，在于正志。六篇解释意不可灭；并论死后必有天堂地狱之赏罚。七篇论人性本善，并述天主门士之学。八篇总举泰西俗尚，而论其传道之士所以不娶之意，并释天主降生西土来由。大旨主于使人尊信天主，以行其教。知儒教之不可攻，则附会六经中上帝之说以合于天主。而特攻释氏以求胜，然天堂地狱之说，与轮回之说，相去无几，特小变释氏之说，而本原则一耳。
又《畸人十篇》二卷，附《西琴曲意》一卷，明利玛窦撰。是书成于万历戊申，凡十篇，皆设为问答，以申彼教之说。一谓人寿既过，误犹为有。二谓人于今世，惟侨寓耳。三谓常念死候，利行为祥。四谓常念死后，备死后审。五谓君子希言，而欲无言。六谓斋素正旨，非由戒杀。七谓自省自责，无为为尤。八谓善恶之报，在身之后。九谓妄询未来，自速身凶。十谓富而贪吝，苦于贫窭。其言宏肆博辩，颇足动听，大抵摄释氏生死无常、罪福不爽之说，而不取其轮回、戒杀、不娶之说，以附会于儒理，使人猝不可攻，较所作《天主实义》，纯涉支离荒诞者立说较巧。以佛书比之，《天主实义》犹其礼忏，此则犹其谈禅也。末附《西琴曲意》八章，乃万历庚子利玛窦觐京师所献，皆译以华言，非基本旨，惟曲意仅存，以其旨与《十论》相发，故附录书末焉。
又《七克》七卷，明西洋人庞迪我撰。书成于万历甲辰。其说以天主所禁罪宗凡七：一谓骄傲，二谓嫉妒，三谓悭吝，四谓忿怒，五谓迷饮食，六谓迷色，七谓懈惰于善。迪我因作此书，发明其义：一曰伏傲，二曰平妒，三曰解贪，四曰熄忿，五曰塞饕，六曰防淫，七曰策怠。其言出于儒墨之间。就所论之一事言之，不为无理，而皆归本敬事天主以求福，则其谬在宗旨，不在词说也。其论保守童身一条，载：“或人难，以人俱守贞不婚，人类将灭”，乃答以“傥世人俱守贞，人类将灭，天主必有以处之，何烦过虑”。其词已遁。又谓：“生人之类，有生必有灭，亦始终成毁之常。若得以此终，以此毁，幸甚大愿。”则又词穷理屈，不觉遁于释氏矣。尚何辟佛之云乎？
又《辩学遗牍》一卷，明利玛窦撰。是编乃其与虞淳熙论释氏书，及辩莲池和尚《竹窗三笔》攻击天主之说。齐固失矣，楚亦未为得也。
又《交友论》一卷，明利玛窦撰。万历己亥，利玛窦游南昌，与建安王论友道，因著是编以献，其言不甚荒悖，然多为利害而言，醇驳参半。如云：“友者过誉之害大于仇者过訾之言”，此中理者也。又云：“多有密友，便无密友。”此洞悉物情者也。至云：“视其人之友如林，则知其德之盛，视其人之友落落如晨星，则知其德之薄。”是导天下以滥交矣。又云：“二人为友，不应一富一贫。”是止知有通财之义，而不知古礼，惟小功同财不概，请朋友一相友，而即同财，是使富者爱无差等，而贫者且以利合，又岂中庸之道乎？王肯堂《懋冈斋笔尘》曰：“利君遗余《交友论》一编，有味哉，其言之也。使其素熟于中土语言文字，当不止是。乃稍删润著于编。”则此书为肯堂所黠窜矣。
又《西学凡》一卷，明西洋人艾儒略撰。儒略有《职方外纪》，已著录。是书成于天启癸亥，《天学初函》之第一种也。所述皆其国建学育才之法，凡分六科，所谓勒铎理加者，文科也；斐录所费亚者，理科也；默第济纳者，医科也；勒义斯者，法科也；加诺搦斯者，教科也；陡禄日亚者，道科者。其教授各有次第，大抵从文入理，而理为之纲。文科如中国之小学，理科则如中国之大学，医科、法科、教科者，皆其事业。道科则在彼法中，所谓尽性致命之极也。其致力亦以格物穷理为本，以明体达用为功，与儒学次序略似。特所格之物，皆器数之未，而所穷之理，又支离神怪，而不可诘，是所以为异学耳。
又《灵言蠡勺》二卷，明西洋人毕方济撰，而徐光启编录之。书成于天启甲子，皆论亚尼玛之学。亚尼玛者，华言灵性也，凡四篇。一论亚尼玛之体，二论亚尼玛之能，三论亚尼玛之尊，四论亚尼玛所同美好之情，而总归于敬事天主以求福。其实即释氏觉性之说，而巧为敷衍耳。明之季年，心学盛行，西士慧黠，因摭佛经而变幻之，以投时好。其说骤行，盖由于此。所谓物必先腐，而后虫生，非尽持论之巧也。
又《空际格致》二卷，明西洋人高一志撰。西法以火、气、水、土为四大元行，而以中国五行兼用金、木为非，一志因作此书，以畅其说。然其窥测天文，不能废五星也。天地自然之气，而欲以强词夺之，乌可得乎？适成其妄而已矣。
《寰有诠》六卷，明西洋人溥泛际撰。书亦成于天启中。其论皆宗天主，又有《圆满》、《纯体》、《不坏》等十五篇，总以阐明彼法。案欧罗巴人天文推算之密，工匠制作之巧，实逾前古。其议论夸诈迂怪，亦为异端之尤。国朝节取其技能，而禁传其学术，具存深意。其书本不足登册府之编，然如《寰有诠》之类，《明史·艺文志》中已列其名，削而不论，转虑惑诬，故著于录而辟斥之。又《明史》载其书于道家，今考所言，兼剽三教之理，而又举三教全排之，变幻支离，真杂学也，故存其目于杂家。
魏源曰：西域三大教，天主、天方，皆辟佛，皆事天，即佛经所谓婆罗门天祠。其教皆起自上古，稍衰于佛世，而复盛于佛以后。然吾读福音诸书，无一言及于明心之方，修道之事也。又非有治历明时，制器利用之功也。惟以疗病为神奇，称天父神子为创制，尚不及天方教之条理，何以风行云布，横被西海，莫不尊亲？岂其教入中土者皆浅入拙译，而精英或不传欤？神天既无形气，无方体，乃降声如德之国，勒石西奈之山，殆甚于赵宋祥符之天书。而摩西一人上山受命，遂传十诫，则西域之王钦若也。
印度上古有婆罗门事天之教，天方、天主皆衍其宗支，益之谲诞，既莫尊于神天，戒偶像，戒祀先，而耶稣圣母之像，十字之架，家悬户供，何又歧神天而二之耶？斥佛氏之戒杀，而力言禽兽异于人之灵魂，万物不可为一体，以济其口腹庖宰之欲，是上帝果不好生而好杀乎？人之灵魂最贵，故人不可杀，亦不可自杀，即殉难自杀，亦必陷地狱，则申生、扶稣、召忽、屈原，皆地狱中人，反不如临难苟免之人乎？谓上帝初造人类时，止造一男一女，故人各一妻，妻即无道不可议出，即无子不可娶妾，则何以处淫悍不孝？且何又许富贵人婢仆无数？岂阴许其实而阳禁其名乎？谓人一命终，善恶皆定，受报苦乐，永无改易，更无复生轮回之事，则今生皆初世为人，人皆天主所造，何不但造善信毋造邪恶乎？耶稣自身受罪，可代众生之罪，则佛言历劫难行苦行，舍头目脑髓若恒河沙，功德当更不可量，耶稣又曷斥之乎？谓孔子、佛、老皆周时人，仅阅二千余岁，有名字朝代，但为人中之一人，不能宰制万有，则耶稣讵非西汉末人，又安能代神天以主造化？且圣人之生，孰非天之所子，耶稣自称神天之子，正犹穆罕默德之号天使，何独此之代天则是，彼之代天则非乎？历览西夷书，惟《神理论》颇近吾儒上帝造化之旨，余皆委巷所谈，君子勿道。
又其书皆英夷所刊布，而英吉利旧传不奉天主教，（见《海国闻见录》及俘夷安突得口供）及考《每月统纪传》，则又言英吉利民迁墨利加洲新地，不服水土，疫气流行，皆赴神天之堂，赖救得息，于是国人奉事天主，七日礼拜，又以耳得兰岛，距国数里，结党抗教，国王勒之归顺，且禁买黑奴，亦以耶稣之道，岂昔辟之而近日奉之欤？抑遵波罗特士之天主教，而不遵加特力之天主教，门户不同，旨归小异欤？董子曰：“道之大，原出于天”，故吾儒本天，与释氏之本心，若冰炭，乃天方、天主，亦皆本天，而教之冰炭益甚，岂辩生于末学，而本师宗旨，或不尽然欤？周孔语言文字，西不逾流沙，北不暨北海，南不尽南海，广谷大川，风气异宜，天不能不生一人以教治之。群愚服智群，嚣讼服正直。文中子曰：“西方之圣人也，中国则泥。”庄子曰：“八荒以外，圣人论而不议，九州以外，圣人议而不辨。”或复谓，东海西海，圣各出而心理同。则又何说焉？（道光二十五年，广东总督奏：佛兰西国夷呈请天主教劝人为善，非邪教，请弛汉人习天主教之禁。奏交部议，准海口立天主堂，华人入教者听之，惟不许奸诱妇女，诓骗病人眼睛，违者仍治罪。查西洋之天主教不可知，若中国之天主教，则方其入教也，有吞受药丸领银三次之事，有扫除祖先神主之事，其同教有男女共宿一堂之事，其病终有本师来取目睛之事。其银每次给百三十两，为贸易资本，亏折则复领，凡领三次，则不复给，赡之终身。曩京师有医某者，岁终贫困，思惟入天主教可救贫，而邪教又不可人。乃先煎泄药升许，与妻子议，言：“俟我归，如昏迷者，急取药灌我。”于是至天主堂，西洋人授以丸，如小酥饼，使吞之，予百余金归。至家，则手掷神主，口中喃喃。妻子急如前言，灌药。良久，暴下而醒。见厕中有物蠕动，洗而视之，则女形寸许，眉目如生，乃盖之药瓶中。黎明而教师至，手持利刀，索还原物。医言：“必告我此物，乃以相予。”教师曰：“此乃天主圣世也，入教稍久，则手抱人心，终身信向不改教矣。”乃予之而去。又凡入教人病将死，必报其师。师至，则妻子皆跪室外，不许入，良久气绝，乃许入。则教师以白布裹死人之首，不许解视，盖睛已去矣。有伪入教者，欲试其术，乃佯病数日不食，报其师至，果持小刀近前，将取睛。其人奋起，夺击之，乃踉跄遁。闻夷市中国铅百斤，可煎文银八两，其余九十二斤，仍可卖还原价。惟其银必以华人睛点之，乃可用，而西洋人睛不济事。故西洋病终无取睛之事。独华人入教，则有之也。亦鸦片不行于夷，而行于华之类也。）