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行为主义在拒绝意识、心理等心灵主义时出现过两种观点：方法论的行为主义和形而上学的行为主义。方法论的行为主义承认心理事件或过程是真实的，但坚持认为这些事件或过程无法得到科学的研究。在他们看来，意识这个东西不管多么真实和迷人，也无法成为科学心理学的主题，因为科学资料必须是所有研究人员能够观察到的公开事件。意识经验是私下的，虽然内省描述了它，但无法使人观察到它。因此，心理学应该研究外显行为，拒绝内省。形而上学的行为主义提出更为彻底的主张，认为正如物理科学已经拒绝灵魂、上帝、精灵等神话一样，心理科学也必须拒绝心理事件或过程等神话。在他们看来，虽然人们能够运用“观念”等概念来指证自己具有心理，但我们仍然认为“观念”等概念并不涉及存在的任何东西。除了存在的是行为外，没有一种心理是可以研究的。
华生本人在这一问题上的立场是含糊的。他曾典型地捍卫以方法论为基础的行为主义，但在其晚期的著述中，却提出形而上学的观点。然而，有一点十分清楚，在华生看来，心理学必须是行为主义的心理学。
华生在芝加哥大学时，曾暂时接受保留意识的机能主义心理学。但是，在华生看来，机能主义并没有整个地推翻意识、内省等心理学，而只是修改它，做了一些从内部进行瓦解的工作。《行为主义者眼中的心理学》一书，发动了对机能主义的一场革命，同时也标志着行为主义的诞生。在这篇行为主义宣言中，华生清晰地阐释了行为主义者的基本信念：“就行为主义者的观点来说，心理学是自然科学的一个纯客观的实验分支。它的理论目标在于预见和控制行为。内省既不是它的方法的主要部分，它的资料的科学价值也不依赖于这些资料是否运用意识的术语来解释。”华生揭示了行为主义与心灵主义的根本区别：心理学的主题是行为，而不是意识；行为主义的方法是客观的，它拒绝内省；行为不是通过意识过程来解释和说明的。
在研究的性质上，华生否定传统的心理学，拒绝承认把心理学定义为“意识现象的科学”，拒绝接受神秘的内省方法。在他看来，以意识为基础的心理学势必“丧失其作为一门无可争辩的自然科学在世界中的地位”。作为一名动物心理学家，华生对传统心理学的评价是：由于动物无法被内省，因此动物研究的地盘将会越来越小，结果迫使心理学家去建构意识内容，并将这些建构出来的意识内容与心理学家自身的心理进行类比。华生的目的是把传统的理论和方法颠倒过来。为此，华生从经验的、哲学的和实用的三个方面批判了内省。
从经验上看，内省无法界定它试图回答的问题，甚至未能回答意识心理学中最基本的问题，例如，究竟有多少感觉？它们的属性有哪些？华生指出：“我坚信，除非抛弃内省的方法，否则心理学仍将在听觉是否具有‘广延性’——以及诸如性格那样几百个其他问题上有分歧。”
从哲学上看，内省不喜欢自然科学的方法。因此，不管怎么说，它不是一种科学的方法。在自然科学里，良好的技术能够提供“可以复制的结果”。如果做不到这一点，“实验的条件就会遭到抨击”。然而，在心灵主义的心理学中，研究的是观察者的“意识”这一私下世界。这意味着，当结果不清楚时，心理学家抨击的是内省的观察者，而不是实验条件。华生的观点是：内省心理学的结果将是自然发现不了的私人要素。这一争论构成方法论行为主义的基础。
从实用角度看，内省无法满足实用的检验。在实验室里，内省要求动物心理学家找出意识的行为标准。事实上，“人们可以假定，在种系发生的等级上，不论意识出现还是不出现，丝毫也不会影响行为问题。人们设计实验，是为了发现一个动物在某种特定的环境里将做什么，然后观察它的行为。除非研究人员试图荒唐一番，否则不会像重建动物行为那样去重建动物的心理。在社会领域，内省心理学无助于解决人们在现实生活中面临的问题，没有应用的领域”。所以，华生推崇的心理学领域是应用心理学，包括教育心理学、心理药理学、心理测验、心理病理学，以及法律心理学和广告心理学。这些领域是他“最感兴趣的”，因为它们“很少依靠内省”。
在研究的对象上，行为主义研究的行为是有机体用以适应环境变化的各种身体反应的组合，其细目可以分为肌肉运动或腺体分泌，因为它们证明有机体具有以不同的方式来反应其周围环境的能力。例如，“思维”是习得的内隐的言语反应或称“喉头习惯”，“情绪”是内脏和腺体的变化，“记忆”是某些习惯经过无练习的一段时间以后，给予刺激或情境仍可以引起以往的反应，或使反应增加或减少。在华生看来，肌肉运动或腺体分泌可以归结为物理或化学变化。这样一来，有机体的全部行为，包括通常所说的心理活动，都可以用物理或化学的概念来说明。
华生的行为主义心理学的出发点是“可以观察的事实，也即人类和动物都同样使自身适应其环境的事实”。心理学应该研究适应的行为，而非意识的内容。行为主义研究的行为可以分解成单元，那就是刺激—反应（S—R）。心理学作为一门行为的科学，必须研究那些能够用刺激和反应的术语客观地加以描述的动作、习惯的形成、习惯的集合等。所有的人类行为和动物行为都能用这些术语而不是心灵主义的术语来描述。通过行为的客观研究，行为主义者既能预测已知刺激引起的反应，也能预测引起这种反应的先前刺激。因此，随着把行为降低到刺激—反应水平，人类与动物的行为就能得到有效地理解、预测和控制。“在心理学体系中，完全可以证实这一点：知道了反应就可以预测刺激，知道了刺激就可以预测反应。”有鉴于此，心理学必须抛弃一切关于意识的考虑，并被界定为行为的科学，不再使用意识、心理陈述、心灵、内省证实、表象等术语，它可以根据刺激和反应，根据习惯形成和习惯整合等来进行表述。
行为主义是从整个有机体的全部行为这一整体观点上来研究刺激—反应的行为单元的。一个刺激可能是比较简单的东西，如作用于视网膜的光波，也可能是环境中的一个物体或整个情境。作为单元的各种特殊刺激可以组合成一个整体，即“刺激情境”（stimulus situation）;同理，一种反应可能是简单的和低级的，也可能是相当复杂的。在这种场合，就用“动作”（manual）一词来表示。作为单元的各种个别反应可以组合成一个动作的反应群。例如，反应动作包括摄取食物、写作、打棒球、盖房子这样一些事情。如果把这些动作再分解的话，则它们最后还是归结为肌肉反应或腺体反应。反应分为两类：习得的或非习得的，外显的或内隐的。对行为主义来说，重要的是区别先天的反应和习得的反应，并发现适用于后者的学习规律。
在研究的方法上，行为主义的研究方法是摒弃内省，采用客观观察法、测验法、条件反射法和言语报告法。
华生反对内省，不相信内省的精确性。他曾问道，如果连经过最严格训练的内省主义者对他们所观察的东西也不能取得一致的意见，那么心理学又如何前进呢？行为主义者不能容忍在其实验室中有任何不能客观观察的东西，希望研究有形的东西，反对内省主义者主张报告有机体内所发生的事情，因为这些事情是不能通过客观的观察予以证实的。在华生看来，客观的观察和测验是行为研究的必要基础。观察和测验的结果应作为行为的样本，而不是对心理品质的度量。观察和测验并非度量智力或人格，而是度量被试对测验的刺激情境所作的反应，此外什么也不是。
条件反射法是行为主义正式创始后两年才被采纳的。华生在其后来的著述中，曾因为条件作用的方法而感激巴甫洛夫。华生使用“刺激替代”（stimulus substitution）的术语来描述条件作用。他说，当一种反应同一个并非原来引起它的刺激联系或联结时，那么这个反应就成为有条件的。华生掌握了这一方法，获得了一种完全客观的分析行为的方法，从而把行为分解为最基本的单元：刺激—反应的联结。他主张可以把所有的行为分解为这些元素，这就为在实验室内研究人的复杂行为提供了一种方法。
在华生的行为主义研究方法中，言语报告法是最引起争议的一种方法。华生一方面反对内省，另一方面又不能不利用只有内省才能提供的一些素材。于是，他把内省从前门赶出去，又以“言语报告”的名义把它从后门请了进来。虽然华生认为他不能排除也使用内省的心理物理学的所有工作，从而主张言语反应终究是能够客观地加以观察的，但他毕竟把言语的两种作用混淆了。言语固然和动作一样是对客观刺激的反应，但言语也可用来陈述自己的心理，这种陈述其实就是内省。事实上，华生也看到了这种矛盾，曾声称言语报告是一种“不精确的方法”，它不能令人满意地替代更为客观的观察法。因此，他希望把言语报告的使用限制在这样一些情境，即完全准确和能够加以证实的情境，例如观察音调的差异。至于不能证实的言语报告，例如无意象的思维（unimage thinking）或有关情感状态的描述是要排除的。
这种把注意力全部集中于客观方法的使用，意味着改变了心理学实验室中人类被试的性质和作用。在传统的意识心理学方法中，被试既是观察者，又是被观察者；他观察他自己的意识经验。而在华生的行为主义方法中，被试不再进行观察，而是实验者观察的对象；真正的观察者（实验者）设置实验的条件，并观察被试如何对这些条件作出反应。这样，人类被试的地位下降了，他不再观察，而仅仅去行动，因而变成了观察的对象。