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如前所述，目前鲜有人从学理上探讨什么是研究生培养机制，而更多的是关注怎样改革研究生培养机制，且相关文本不胜枚举，观点也是异中有同。综合这些文献，可以发现目前学界对这一问题的回答主要从三个维度展开，即改革的定位、改革的导向和改革的措施。
改革定位研究就是确定研究生培养机制改革是宏观改革还是微观改革，是学位与研究生教育宏观体制改革还是培养单位内部微观机制改革。对于这一问题的回答，学位与研究生教育界是能够达成共识的，即研究生培养机制改革是研究生培养单位内部的机制改革。国务院学位办杨玉良院士对此作出明确的界定：“培养机制改革为改善国家宏观调控提供重要的微观基础。” (11) 陈花玲也指出：“研究生培养机制改革是高校改革向深层次推进的一个重要步骤”。 (12) 既然研究生培养机制改革是培养单位内部改革，那改革的主体就应该是培养单位自身。事实上，目前很多高校正在实施的改革，其改革方案也都是各培养单位自主制定的。但同时研究生培养机制改革是在教育部推动和支持下进行的，教育部虽然不是改革的唯一主体，但也是改革的重要主体。这就面临一个问题，在改革定位语境下，如何处理好改革主体的关系问题。梁传杰对此也提出了疑问，并认为，“政府对于研究生培养单位的改革只能是进行宏观层面的引导，而不能将此项改革演变为指令性和强制性工作”。 (13) 但如何在目前政府推动和支持的改革环境下，在确保改革成效的前提下，将改革主体真正移位到培养单位自身？遗憾的是，目前改革定位研究还远没有对此问题作出深刻回答。
改革导向是指改革的价值取向。研究生培养机制从目前研究文本呈现的结果来看，具有鲜明的价值取向，即改革是为了提高研究生教育质量，培养创新型人才。譬如目前诸多研究生培养机制改革研究的基本思路是：首先指出研究生培养质量的下滑，强调创新型人才培养无论在质量还是在数量上都不能满足社会经济发展需求，因此，作为研究生培养单位必须加强培养机制改革；继而在此基础上指出研究生培养机制改革的目的就在于培养高质量创新型人才。中国科技大学校长侯建国院士也强调，“‘质量’为先是整个研究生培养机制改革的核心目标。通过改革，建立以科学研究为主导的导师负责制，构建科学的研究生奖助体系，形成研究生教育质量长效保障机制和激励机制，以提高研究生培养质量，产生更多创新成果” (14) 。培养质量是整个研究生培养机制改革的核心目标，这一点是毋庸置疑的，但也必须指出，如果仅仅将改革导向局限于人才质量的提高是有失偏颇的。因为教育部支持和推动研究生培养机制改革，不仅仅着眼于质量，也着眼于规模、结构和效益，而是为规模、质量、结构、效益的宏观调控提供重要的微观基础。因此，在当前研究生培养机制改革深化背景下，有必要对我们曾经似乎根深蒂固、不言自明的培养机制改革导向作出更深入的思考。因为这一思考也必将引导着我们改革的深度和广度。
改革措施研究是目前研究生培养机制改革研究的重点。就研究方法来看，主要表现为案例研究，以经验介绍和推广为主。值得一提的是，作为目前研究生教育领域影响最大的专业性学术刊物，《学位与研究生教育》为此开辟了一个广阔的平台。就研究主题来看，诸多案例研究表明 (15) ，目前改革措施研究主要集中在导师制（包括导师责任制和导师资助制）、研究生教育奖助体系、研究生培养基金制度、研究生招生制度上。有学者在《光明日报》直接撰文指出，研究生培养机制改革的关键是落实导师资助责任制，改革的主要内容是教育成本分担 (16) 。也有研究者指出，研究生培养机制改革“重要做法可概括为三类：一是取消公费自费区别，二是提高助学金标准，三是强化导师责任” (17) 。学位与研究生教育界对改革措施的理解不尽一致，但总的来看，上述的一些观点在一定程度上也代表了目前培养机制改革措施的共性。就研究取向来看，目前改革措施研究主要注重静态结构研究，强调培养单位内部学位与研究生教育体制、学位与研究生教育正式制度的研究。这些研究为研究生培养机制改革提供了重要的理论支撑。但是“有效的研究生教育系统由成千个实验室和讨论班的小世界组成，对于这些小世界，像行会和学徒制这种描述性的术语仍然是适合的。最好的系统、官员和专业的宏观框架所能做到的，是形成和支持最好的微观环境。这些微观世界的增加和扩散是问题的核心” (18) 。不仅如此，对于目前我国研究生培养单位而言，我们不仅要保证微观世界的增加和扩散，更要保证既有的和正在增加和扩散的微观世界能够有效地运作。这就要求我们不仅要关注静态结构，还要关注静态结构的动态运行；不仅要关注正式制度，还要关注非正式制度；不仅要关注微观世界的增加和扩散，还要关注微观世界的内部运作。而我国研究生培养机制改革措施研究，前者注重有余，后者注重不足。研究生教育是一个系统，这个系统实际上就是静态结构的动态运行。脱离了动态运行的静态结构研究，忽视了制度结构中非正式制度研究，撇开了微观世界的内部运作研究，是很难回答在同样一套体制构架下为什么研究生培养质量存在差异的问题，其研究结论的信度和效度也必然有所限制，而这也恰恰是目前我国研究生培养机制改革措施研究的缺陷所在。