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现代意义上的研究生教育发轫于19世纪初德国的柏林大学。时任教育厅长的洪堡倡导“学术自由”和“教学与科研相结合”，并将其付诸实践，创办了柏林大学。著名的哲学家费希特当选为柏林大学第一任校长。柏林大学追求学术自由，将专门的科学研究作为主要目标，采用讲座制和学术讨论（Seminar）的教学方式，并通过研究所和实验室为新理念的贯彻提供组织上的保证。从此柏林大学获得了长足的发展，而其创办的研究所和实验室作为现代意义上的研究生教育的最初组织形式也在德国乃至世界范围内产生了广泛而又深远的影响。因此柏林大学的研究所和实验室所遵循的洪堡教育理念也就成为世界现代意义上的研究生教育理念的最初形式。在这一理念的指引下，世界各国竭力开拓研究生教育发展道路，研究生教育理念也在这种开拓过程中内涵日益丰富，色彩日益多元。
柏林大学倡导的学术自由和教学与科研相结合的原则，从研究生教育的最初表现形式看，构成了研究生教育理念的内核。这也成为研究生教育指称的合法性依据。但是，伴随着世界高等教育的发展，尤其是美国高等教育的变革，价值自由和工具价值产生了激烈的冲突，研究生教育核心理念产生了根本的分歧。“在20世纪，大学确立它的地位主要途径有两种，一种哲学主要是以认识论为基础，另一种哲学则以政治论为基础。” (1) 可以说从20世纪以来，整个西方高等教育的发展史，就是一部认识论哲学和政治论哲学的斗争史。研究生教育存在的合法性摆脱不了这种哲学的影响，传统的以崇尚学术自由排斥工具价值著称的研究生教育在社会各种力量的作用下，不得不作出一定的让步，研究生教育的学术自由甚至在一定的程度上为工具价值所压倒，历史上研究生教育服从于工业的发展或军事的需要，已经不是作为个例而出现。事实上，传统大学的自由和寂寞已经不能完全适应现代社会的需求，知识生产、科学研究在今天也变得越来越强调与社会需求的结合。“现代科研越来越分化和综合，学科门类也越分越细，同时一些新兴的交叉学科不断涌现。这反映在研究生教育领域，一是研究生的研究领域被扩充，不光是传统的纯理论领域，在当今时代，一些应用领域和开发领域也出现了研究生的身影，并且研究生进行应用和开发研究还有不断发展之势。二是对学生的知识广度要求更高。” (2) 研究生教育的学术自由受到的冲击，在很大程度上或许已经使得人们对研究生教育的合法性基础产生了质疑，那就是今天的研究生教育与源初的研究生教育究竟在多大程度上保持一致？
传统的以研究所和实验室为单位的洪堡模式，在今天的研究生教育中依然还打有鲜明的烙印。但是这种烙印在很多国家或很多院校又变得是那样的模糊，让人分辨不清。即使以美国的约翰斯·霍普金斯大学创办的研究生院为标准，研究生教育的组织形式在各个国家的表现依然存在差异。至少，正如伯顿·克拉克指出的，德国、英国、法国、美国的高等教育制度“在20世纪已经是被确认的国际科研和科研训练的模式” (3) ，这就说明了研究生教育组织形式已经变得是如此的多样化。而与之相随的教育模式也从单一的学徒式发展到多样化，诸如专业式、协作式、教学式乃至网络式的相继出现。今天世界各国的研究生教育在指称上能够达成统一，更多的还是基于研究生教育源初的标准，即把科学研究作为基本目标。价值自由在指称中已经变得不是那么重要，而最初赋予研究生教育得以存在的研究所和实验室这两种形式，在今天各种组织形式中也只能是作为一个组成而起作用。“学部已经成为组织的而非学术的范畴，科系也被视为行政单位而非知识中心。真正的学术单位变成了课程或研究团队。” (4) 可是没有人因此会怀疑研究生教育的存在，相反研究生教育在这种多样化形式的实践中，日益丰富了自身的内涵，人们对研究生教育的关注，把目光更多地放在了在更广阔的空间中寻找研究生教育的存在形式这个问题上，而传统的关于研究生教育的内在逻辑也即对价值自由的追求问题却搁置一旁，留给了学究们思考。
研究生教育长期以来作为精英教育的存在是毋庸置疑的，即使高等教育毛入学率达到并超过15％时，研究生教育依然停留在精英教育层次。整个世界的高等教育的发展史特别是研究型大学在当今世界中突出的地位都为把研究生教育定位在精英教育层次提供了充分的论据，这无论在今天的西欧各国还是在亚洲的日本、中国等，都无一例外。但是，世界各国的高等教育日益走向大众化，必将把专科、本科乃至更高层次的高等教育卷入到大众化过程中。在此逻辑下，研究生教育进入大众化就有其合理性。自其最初的产生就一如既往地处在精英教育阶段的研究生教育，在今天的美国便出现了一个根本性的变化，“美国已经明显地进入了大众化研究生教育阶段。在美国，研究生教育阶段几乎不再是精英式的”。 (5) 根据马丁·特罗的理解，高等教育从精英型向大众化的转变，是一个根本性的转变，它带来的不仅仅是纯粹量上的扩张，更重要的是理念的变化、模式的创新。 (6) 那么研究生教育的大众化，必然要求相应的大众化研究生教育理念的产生。尽管研究生教育在美国出现的这种变化在当今世界中还不具有普遍性，但是，美国研究生教育在研究生教育史上以及在当今世界中的突出性地位都不得不让人深思一个问题：研究生教育这种历史性的转变对于其自身发展的未来意义。
19世纪纽曼在其著作《大学的理念》中倡导自由教育理念，自由教育理念对当时以及其后的大学的发展产生了重大影响。但是把科学研究和专业教育联系在一起的研究生教育在19世纪根本就没有吸纳纽曼的大学理念。事实上纽曼的《大学的理念》冠之以“大学”二字，本身也没有考虑到日益发展的注重科研的研究生教育，因此研究生教育也一直被排斥在专业教育和自由教育的纷争之外。而到了第二次世界大战时期，研究生教育坚持科研和专业教育的统一开始受到了质疑，西班牙教育哲学家奥尔特加·Y．加塞特“哀叹研究生院过分重视研究，提出要重新强调普通教育的价值” (7) ，同时，奥尔特加还认为，“‘探索性’研究在大学里占据主导、支配地位的发展趋势所带来的后果，一直是灾难性的。它忽视了一项最最重要的内容：文化”。“必须把科学从专业中区分开来，只保留绝对需要的那部分科学，目的是为了指导专业本身，因为当今的专业教育显得非常混乱。” (8) 时至今日，在今天的美国，奥尔特加的观点受到了更多人的支持，“许多高等教育界的有识之士认为，在研究生院也应该推行通识教育；研究生教育要培养的研究生，应该是具有宽广基础理论和掌握学科知识的创新人才”。 (9) 显然通识教育与专业教育的纷争，这个一度是普通高等教育的纷争，如今已在研究生教育中拉开了序幕。
这种从广阔的时空中对研究生教育理念变迁的审视，提供了一个语境：德国洪堡理念是研究生教育理念的源初形式，这种源初形式在世界各国的各个历史阶段中又不断地生成并试图获得各自新形式。而在这种形式的最终走向依然不是很明了的情况下，多样化是对其最适合的概括。