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《坛经》在长期的流传过程中经过人们不断地修订补充，形成了许多不同的版本。
日本学者柳田圣山主编的《六祖坛经诸本集成》一书，收集了流传于中日韩三国的十一种不同的《坛经》版本。石井修道的《六祖坛经异本系统图》列出了《坛经》的十四种版本。宇井伯寿在他的《禅宗史研究》一书中则列出了《坛经》近二十种。中国学者杨曾文先生在《中日的敦煌禅籍研究和敦博本<坛经>、<南宗定是非论>等文献的学术价值》一文后表列的《坛经》不同版本更是多达近三十种。
郭朋指出：“真正独立的《坛经》本子，仍不外乎敦煌本（法海本）、惠昕本、契嵩本和宗宝本这四种本子；其余的，都不过是这四种本子中的一些不同的翻刻本或传抄本而已。事实上德异本和宗宝本实际上都是属于契嵩本系统的。”
敦煌本，其全称为《南宗顿教最上大乘摩诃般若波罗蜜经六祖惠能大师于韶州大梵寺施法坛经》，共32字。下署“兼受无相戒弘法弟子法海集记”。卷末题为“南宗顿教最上大乘坛经法一卷”。此本不分品节，文字比较质朴。因此，有人认为它很可能是当时法海记录慧能说法的实录，也称作“法海本”。公认是目前所发现最原始的坛经原本。
1916年日本学者矢吹庆辉在英国发现敦煌本《六祖坛经》或敦斯本《六祖坛经》，不分品目，经尾题为“《南宗顿教最上大乘坛经法》一卷”。原编号“斯377”，现编号为“斯5475”（S5475）。是举世公认的第一个敦煌写本的《坛经》，编到出版的《大正藏》第48卷内。原本现存于大英博物馆。1935年郭煌人任子宜发现敦博本《坛经》写本。敦博版被列入敦煌五种写本之一，其他还有北图有本、北图冈本、旅图本。
惠昕本，是由晚唐僧人惠昕改编，本题为《六祖坛经》，分上、下两卷，共十一门，约14000字。前有惠昕序，称“古本文繁，披览之徒，初忻后厌”。可见他做过一些增删工作。惠听本的内容虽然与敦煌本有一些出入，但基本一致。增加了慧能得法归来避难、传五分法身香、朝廷征召等事迹。
最早是在日本京都崛川兴圣寺发现的，因此又称“兴圣寺本”。惠昕本《坛经》传至日本后，又有它的异抄本，如金山天宁寺本、大乘寺本、真福寺本等。
胡适称惠昕本为“是人间第二最古的《坛经》”。
契嵩本，为北宋僧人契嵩改编，全称《六祖大师法宝坛经曹溪原本》，简称《曹溪原本》，一卷，十品，约20000余字。郎简序称契嵩抛弃了原来“文字鄙俚繁杂”的旧本，改用“曹溪古本，校之，勒成三卷”，可见契嵩本根据的“曹溪古本”不同于旧本。胡适先生以现存《坛经》的各种版本与敦煌本相比较，发现最早在内容上发生重大变化的就是契嵩本。
经过胡适先生的详细考证，可以确认契嵩所谓的“曹溪古本”，其实就是《曹溪大师别传》，因为契嵩本中所增加的主要内容，都可在《曹溪大师别传》中找到。甚至可以说契嵩本就是敦煌本（或惠昕本）与《曹溪大师别传》的合编本。
元至元二十七年（1290），僧人德异在“吴中休休禅庵”刊行《坛经》，世称“德异本”。据有的学者研究，德异本很可能就是契嵩本，不过经文已不是三卷，而是一卷十门。
《宗宝本》，成书于至元至元二十八年（1291年），光孝寺僧人宗宝改编，题名《六祖大师法宝坛经》，一卷，十品，20000余字。宗宝在《六祖大师法宝坛经跋》中说：“明教嵩公常赞云：‘天机利者得其深，天机钝者得其浅’。诚哉言也。余初人道，有感于斯，续见三本不同，互有得失，其板亦已漫灭，因取其本校雠，讹者正之，略者详之，复增人弟子请益机缘，庶几学者得尽曹溪之旨。”
由于宗宝本的错误少，分为十品，品名的概括性强，文字经过润色，比其他本子流畅优美，可读性强，便成为明代以来的流行本，历代的重刊本有数十种。
