《周易参同契》于《旧唐书·经籍志》之《五行类》有著录,其谓:“《周易参同契》二卷,魏伯阳撰;《周易五相类》一卷,魏伯阳撰。”《旧唐书》为五代后晋官所修之唐史,原称《唐书》,为与宋欧阳修、宋祁等所修之《新唐书》相区别,而被称为《旧唐书》。《旧唐书》之《经籍志》只叙述至唐玄宗时代。
《新唐书·艺文志》亦著录《周易参同契》,有“魏伯阳《周易参同契》二卷,又《周易五相类》一卷”,入《艺文志》“五行类”。另外,其还著录有“希迁《参同契》一卷”,其与《周易参同契》不属一书。
至南宋郑樵《通志·艺文略》,始别立《参同契》一门,载注本一十九部,三十一卷。另外,南宋曾慥编《道枢》,其中所收《参同契》分上、中、下三篇,其卷三十三之《参同契中篇》,题草衣子所述,慥注“草衣子”曰:“世传汉娄敬著《参同契》,自号草衣子云。”卷三十四《参同契下篇》述云牙子“著书十有八章”,慥注“云牙子”曰:“魏翔字伯阳,汉人,自号云牙子云。”然与《周易参同契》实为不同的两书。
《宋史·艺文志》关于《参同契》注本的著录情况,主要分布在“道家类”与“神仙类”,如“朱熹《周易参同契》一卷”,收录于“道家类”,而“彭晓《周易参同契分章通真义》三卷、《参同契明鉴诀》一卷”等则收入“神仙类”。
马端临《文献通考》亦同于《宋志》,其著录时将与《周易参同契》相关书籍亦分道术家书目和神仙家书目。在道术家书目中,其著录有“《京氏参同契律历志》一卷,陈氏曰虞翻注”。其神仙家书目有“《周易参同契》三卷……按唐陆德明解易字云虞翻注《参同契》言字从日下月,为易之文,其为古书明矣”;又提及有“张随注《参同契》三卷。晁氏曰皇朝张随皇祐(宋仁宗赵祯的年号之一,1049—1054年)中居青城山,注魏伯阳之书,列十数图于其后”;“《参同契大易图》一卷……按《崇文总目》云:张处撰”;“《参同契解》一卷。陈氏曰题紫阳先生,不知何人”,等等。
《明史·艺文志》道家类著录有:“商廷试《订注参同契经传》三卷;徐渭《分释古注参同契》三卷,陆长庚《周易参同契测疏》一卷。”《汉魏丛书》(明括苍何镗纂本)道家书目,有魏伯阳《参同契》一卷,等等。
关于本书的篇章结构,葛洪《神仙传》提出魏伯阳“作《参同契》、《五相类》凡二卷”,故从东汉末至两晋时期,《参同契》与《五相类》各一卷,并各自为篇。
南北朝至隋唐时期,《周易参同契》则演变为二卷,加上《周易五相类》一卷,则成三卷。如《旧唐书·经籍志》之《五行类》谓:“《周易参同契》二卷,魏伯阳撰;《周易五相类》一卷,魏伯阳撰。”此时《周易参同契》较《神仙传》所说多出一卷。
《道藏》托名长生阴真人注《周易参同契》实为唐注本,共三卷,全书不分章,《鼎器歌》存于卷下文末。而同为唐注本的《道藏》太玄部容字号《周易参同契注》则只有二卷,其云:“诗是《古歌》,书是《参同契》,故《同契》详《古歌》而造,俱流在《契》……犹如孔子删《诗》定《礼》。”认为《参同契》乃为详解《古歌》而作;《古歌》为诗歌体,《参同契》则为书体;从篇章结构来看,容字号无名氏《周易参同契注》二卷只相当于通行本《周易参同契》的卷上,通行本卷中、卷下则未注,亦没有收入。
五代时期,彭晓提出魏伯阳“约《周易》撰《参同契》三篇”,因“未尽纤微,复作《补塞遗脱》一篇”,则成四篇;彭晓以四篇统分三卷为九十章,以应阳九之数,其中,上卷分四十章,中卷分三十八章,下卷分十二章,内有《鼎器歌》一篇,因其词理钩连,字句零碎,分章不得,故独存于书后,以应水一之数。并以红色笔书正文,墨色笔书旁义,使经、注显明可观。但《道藏》所收彭晓注已非其旧,它经过南宋鲍仲祺的整理;鲍仲祺整理时,于经之正文多从朱熹《考异》本,而彭晓之注则大略遵从临安郑焕所校本,故文中出现有经文与注解不同的情况,如《契》云:“兼并为六十。”而注解则云:“兼并为六十四卦也。”等等,这是因为鲍仲祺在整理时采取了朱注与郑校“两存”而互见的方式。
南宋陈显微撰《周易参同契解》,其书中次第悉依彭晓本,惟分上、中、下三篇而不分章,“象彼仲冬节”以下七十字,彭晓本在“枝茎华叶”之下,而陈显微本则移在“太阳流珠”一节之下,四库馆臣认为其据经中“别序四象”之语而更其旧次;朱熹《周易参同契考异》凡三卷,不分章,校正诸本文字并随文诠解;南宋储华谷《周易参同契注》三卷,分章但不标章名;宋末元初学者俞琰作《周易参同契发挥》亦不分章,其《周易参同契释疑》“合蜀本、越本、吉本及钱塘诸家之本,互相雠校以为定本”;元陈致虚有《周易参同契分章注》,全书分上、中、下三篇,上篇十五章,中篇十五章,下篇五章,与彭晓注本分九十章者不同;其以彭晓将《鼎器歌》一篇移置于后为非,故仍依原本置之“法象成功章”之后。
明代杨慎等在俞琰之说的基础上,开始将《周易参同契》进行内容的重新分类,以四言为魏伯阳之经,五言为徐从事之注,《赋》、《乱辞》及《歌》为《三相类》,乃淳于叔通之补遗,谓之为《古本参同契》。杨慎称南方掘地得石函,中有《古文参同契》上、中、下三篇,叙一篇;徐景休《笺注》亦三篇,后序一篇;淳于叔通《补遗》、《三相类》上下二篇,后序一篇,合为十一篇;并指《赞序》为景休后序,《补塞遗脱》一章为叔通后序。在中国古代,《诗经》为四言句,后又有“古诗十九首”等五言韵文;《周易参同契》既有四言句,亦有五言句,还有“歌”、“赋”、“乱辞”、“散文”、“赞序”等,其不同文体之间的关系及其撰写时间之先后尚有待进一步考证。有观点认为,今本《周易参同契》在内容和结构上存在重复甚至自相矛盾的地方,可能因为徐从事、淳于叔通等对之进行过笺注,一些笺注的文字渗入到《周易参同契》本文,从而造成经文出现一些结构上的混乱。另一种解释则提出,《周易参同契》文体不同、错简严重,实因作者恐泄漏天机,从而故意神秘其文;但又恐人不能知晓其意,故经中文字重复而说。等等这些皆可备一说。