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1931年九一八事变后，东北沦陷，日本侵略势力逐年向华北延伸。北平成了边城。1935年下半年，日本帝国主义发动华北事变，进一步控制察哈尔，并指使汉奸在冀东成立傀儡政权，准备成立冀察政务委员会。
12月9日，任继愈与北平15所大中学校3000多名同学一起，在中国共产党领导下举行示威游行，高呼“停止内战，一致抗日”、“打倒日本帝国主义”等口号。反动军警进行镇压，许多学生被捕或受伤。第二天，北平各校学生宣布总罢课以示抗议，迫使“冀察政务委员会”不得不延期成立。毛泽东认为：“一二九”运动，是伟大抗日战争的准备，这同“五四”运动是第一次大革命的准备一样。
1936年12月12日凌晨，发生了震惊中外的西安事变。东北军和第17路军协同行动，扣留了蒋介石，并囚禁了随蒋同行的诸多国民党军政大员，随即通电全国，昭示扣蒋的唯一目的是促进抗战，并提出改组南京政府、停止一切内战等八项抗日主张。事变发生后，张学良、杨虎城立即邀请中共派出代表赴西安会商解决办法，周恩来作为中共中央全权代表参加了谈判。
在这样严酷的时局和动荡的生活、学习中，任继愈更加理解了古代圣人、哲人、贤人，无不肩负着神圣的使命。孔子说：“文王既没，文不在兹”，说“天生德于予”；孟子说，“如欲平治天下，当今之世舍我其谁”；苏轼说，“匹夫而为百世师，一言而为天下法”。他更理解哲学是“研究真理的学问”。而要研究哲学，就必须和积贫积弱的国家结合起来，和探索贫苦大众的出路结合起来。哲学不是故纸堆里的学问，而是活着的文化。
然而，还未等他学成毕业，日军悍然发动了七七事变，进攻北平。
1936年，日本策划华北5省自治未逞，准备以武力攻占平津，进而侵占华北。驻北平的29军（原为冯玉祥的国民军旧部，素以爱国抗日著称）37师反对屈膝求和，主张以强硬态度对付日方。
从1937年6月开始，驻丰台日军经常在卢沟桥附近进行挑衅性的军事演习，制造战争气氛。37师为防万一，一面在北平构筑城防工事，一面调派军队在日方演习地附近同时进行演习，监视日军行动。同时，37师为鼓舞斗志，激发民心做好抗战准备，提出了集中北平大中学校男同学实行军事训练的建议，得到了各学校的赞同。为避免日方干扰，对外称体育训练。但开学第一天，还是有3个特务自称记者，坚持入内采访，与门卫发生冲突，经军训总队负责人亲自出面处理，方才平息。
任继愈正好是受训对象。军训总队由37师师长冯治安任总队长，何基沣为副总队长。何基沣治军严明，颇得同学们信赖。每天清晨，他都会给学生讲述日方无理行动和平津地区防务情况，要求同学们多学点军事知识，以便应付突发事变。日本军方非常重视北平学生军训这件事，认为29军意在培训青年，准备全民抗战，曾以对日不友好的理由，要求停办，我方未理。原定训练45天，当进行到约30多天时，七七事变爆发了。
7月7日凌晨，何基沣向全总队学生讲话，告诉同学们日军昨晚在宛平寻衅，双方军队正在对峙，可能一触即发。我军已做好准备，同学们安心受训。
当天晚上，日军在卢沟桥进行军事演习。10点40分，诡称一士兵失踪，强行要求进入宛平县城搜查。中国驻军29军37师219团团长吉星文以时值深夜予以拒绝。中日双方经过反复交涉，约定派员前往调查。8日凌晨约4点钟，双方代表到达宛平。正在交涉间，日军开枪射击，并炮轰宛平城，中国军队当即奋起自卫还击。
“七七事变”发生后，军训总队大队长、中队长、班长陆续调回部队参战。任继愈和同学们每于深夜被隆隆炮声惊醒，念及国家存亡，不能安枕。几天之后，各学校当局考虑学生安全问题，建议提前结束军训。经军训总队同意，各校派出汽车将学生接回，后各自返回家乡。
任继愈的宿舍一夜之间被日本兵占去，书籍全部丢失。北平已失，华北和山东也已危矣。但国民党当局仍然以为日军只是恫吓而已，不致全面作战，因此抗战决心难下，日军应该不会久据平津，最多半年左右。时值暑假期间，北大、清华和南开3所高校，通知学生从平津南下，欲迁徙到湖南省会长沙，设立临时性大学，以使我国主要高等教育事业不致中断。任继愈看到启事后，简单把家里东西收拾一下，带着母亲和两个弟弟，先坐火车赶往武汉，那里有他的父亲任箫亭。
1937年10月，南开大学同仁赴长沙临时大学
长途跋涉中，任继愈除了照顾家人，偶尔与同行的朋友讨论一下时局之外，四弟任继周发现，他一直在看一本书。这本书就是明代抗倭著名将领戚继光所写的《纪效新书》。这部书系统阐述了选兵、号令、战法、行营、武艺、守哨、水战等内容，有许多新思想。戚继光在序言中说：“夫纪效，明非口耳空言；曰新书，所以明其出于法，而不泥于法，合时措之宜也。”戚继光创造了集中优势兵力，进攻敌人防御重点，迅速瓦解歼灭之的兵法，沉重打击了骚扰海疆的倭寇。不仅如此，戚继光还善于做思想政治工作，他以“保国卫民”训导官兵，可谓从世界观的层面提升了戚家军的战斗力。任继愈在当时研读这部兵书，是否有投笔从戎之意，已经无从考证。但他关心时局，以天下为己任的想法，可从中窥见一斑半点。
将家人安顿在湖北沙市后，任继愈未作片刻停留，直接奔湖南长沙新组建的长沙临时大学。在那里，“临大”于1937年11月1日，在非常简陋的情况下，草草筹备就绪，正式开学上课。只是好景不长，日军持续对长沙进行空袭。12月13日，南京失守，武汉震动，这才唤醒了一些人的和平美梦。
日军对长沙的轰炸不断增加，临时大学面临再迁徙的命运。1938年1月，长沙临时大学迁往昆明的方案，得到国民政府批准。
1月20日，临时大学第43次常委会对西迁做出安排，临大师生分三路赴滇：一路是陆海并用的路线，由樊际昌、梅美德和钟书箴带领，成员包括教师及家属、体弱不适步行的男生和全体女生，共计600多人。他们分批经粤汉铁路到广州，取道香港，走海路到安南（今越南）海防，由滇越铁路到蒙自、昆明。第二路是陈岱孙、朱自清、冯友兰、郑昕、钱穆等10余名教授乘车由长沙沿湘桂公路经桂林、柳州、南宁、镇南关（今友谊关）抵河内，再由滇越铁路进入昆明。第三路是近300名师生徒步西迁，由长沙、益阳、常德、桃园、芷江、晃县（今新晃）到贵州玉屏、贵阳、镇宁、丰彝（今云南富源县），最后到达昆明。21岁的任继愈，报名参加了这一路。也正是这一路的徒步旅行，揭开了中国抗战史、世界教育史上著名的一幕——西南联大“湘黔滇旅行团”！
1938年2月22日，西南联大湘黔滇旅行团
临大规定，这次徒步旅行的宗旨：“借以多习民情，考查风土，采集标本，锻炼体魄，务使迁移之举本身即是教育。”而事实上，却是战时迫不得已的应急举措。这次旅行，任继愈领到了学校发给旅行团学生每人20元的旅费。教授每人领取65元。但他看到，许多教职员将自己的旅费捐助给了体弱寒苦的学生。
任继愈参加西南联大
为保证旅程安全，全团实行军事化管理，学生团员统一着装。国民党高级将领张治中委派黄师岳中将领队，临大军训教官毛鸿上校任参谋长。全团分为两个大队，大队长由另两位军训教官邹振华、卓超中分任。每个大队又下设3个中队，每个中队又有3个小队。中队长和小队长都从学生当中遴选。
任继愈和同学们穿着黄色咔叽布制服，背着湖南有名的油纸伞和军队发放的黑色外套，他们总被老百姓误称为“粮子”（老乡把国民党军队叫做“粮子”）；也有人说他们是警察、宪兵、航校学生或从前线退回的队伍。“前线的消息怎样？”或者“你们的枪呢？”任继愈看到，那一张张朴实的面孔上，满是惊异与疑惑。