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如果没有战争，查良镛会选择出国留学，可能成为某方面的专家。然而，日军的入侵让他的留学梦破灭了。但是，执著的查良镛很想到外面看看。他从小看了很多英文小说，对英文很感兴趣。在选学校和专业的时候，他选择了难考的西南联大外文系。查良镛的第一志愿是著名的西南联大外文系，他的文理科俱佳，自然榜上有名，无奈因为缺钱，西南联大又在昆明，路途遥远，不得不忍痛放弃。此外，他同时考取了中央大学、四川大学、中央政治学校的外文系。在这几所学校中，中央政治学校是国民党训练干部的地方，不仅不收费，而且衣食住行全包。
中央政治学校在当时的陪都重庆，是国民党培养干部的专科学校，派别斗争很严重。查良镛对无聊的学生党争不感兴趣。在回忆这段往事时，他说：“我是很个人主义化的，我对校政虽有不满，但却没有兴趣加入对抗校方的政治活动。我只抱着现时西方学生的那种心态，希望多点个人发挥的自由。读书归读书，不要有太多的管束。”他全身心扑在学业上，每次考试都是班上的第一名。暑假里，他和那些沦陷区有家不能回的同学住在学校里。重庆的夏天，炎热无比，幸好有《资治通鉴》和威尔斯的《世界史纲》，陪他度过了那些难熬的日子。《资治通鉴》让他体会到古典之乐；《世界史纲》让他欣赏到威尔斯漂亮的文笔，了解到西方的历史脉络。读得倦了，他便蜷曲在窄窄的长凳上睡觉。长凳只有半尺来宽，睡了一个暑假，居然从来没有在梦中掉下来过。后来，金庸在《神雕侠侣》中写小龙女在一条悬空的绳子上睡觉，灵感或许自此而来。
查良镛的国文依然突出，他以泰国华侨的生活为题材，写过一篇短篇小说《白象之恋》，参加重庆市政府的征文比赛，获得了二等奖，署的是真名“查良镛”。他也关心时政。时值抗战后期，国共两党在重庆均公开发行报刊，宣传各自的政治主张。课余时间，查良镛阅读各种公开发行的报刊，也包括共产党在重庆公开出版的《新华日报》。在这些报刊中，他尤其喜欢乔冠华以“于怀”为笔名所写的那些国际述评。
查良镛热爱读书，可在当时的时局中，每个有良心的国人无不挂念民族命运。在日寇肆虐下，人民流离失所、妻离子散，全民抗战是当时爱国人士的共识。然而，当时国民党政府时时有向日本求和之意，又不能公开宣扬，便利用岳飞的历史典故做文章，有些教授甚至在学校演讲中宣传“岳飞不懂政治，秦桧能顾大局”的思想。岳飞在查良镛的家乡备受尊崇，听到这番理论，他自然十分气愤。有一次，陶希圣到学校里演讲，又在宣传这套理论。在陶希圣第二次演讲前，查良镛等人在黑板上写了“青山白骨”四个字，暗示“青山有幸埋忠骨，白铁无辜铸佞臣”这副对联。见此，陶希圣便不再提这个话题了。
查良镛压抑着自己的情绪，度过了相对平静的一年级。教育长程天放在一次全校师生参加的“总理纪念周”上，宣布查良镛这一学年的成绩名列全校第一，并予以嘉奖。
江山易改，本性难移。查良镛看到不平之事，看到欺压良善的恶行，总要站出来说些什么。他性格中好打抱不平的因子，让他再一次被迫退学。当时，学校中不少有国民党背景的学生横行校园，总是欺负其他同学，学校对他们采取了纵容的态度，他们气焰嚣张，众人皆敢怒不敢言。一天，这些学生与其他学生发生冲突，打了人家不算，还说他们是“异党分子”（即共产党）。这时，早对这些家伙不满的查良镛挺身而出，将此事向学校投诉，责问校方何以容忍那些职业学生的劣行。千人之诺诺，不若一士之谔谔。查良镛的质问使校方很恼火，认为他在挑战权威，不知天高地厚。查良镛自认没错，进而与领导党务的训育长激烈争辩，其态度自然为“恶劣”。官僚习气严重的学校，不能容忍学生有如此作为，所以校方给查良镛投诉的回复是，勒令退学。
没有任何错误的查良镛被迫结束大学学业，他似乎没从这件事中吸取任何“教训”，没有因此变得“世故圆滑”，在日后办报的过程中，他的评论依然犀利而自信。