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一、公司法
公司法兼具组织法与行为法的性质，是人民法院和仲裁机构裁判各类公司纠纷案件的主要依据。我国2005年《公司法》的修订标志着我国公司立法的进一步成熟，也意味着《公司法》的可诉性、可操作性与可预期性进一步增强。伴随着2005年《公司法》的修订，作为配套规则的行政法规（如《公司登记管理条例》）与部门规章（如《公司注册资本登记管理规定》）的修订活动鱼贯而出。以最高人民法院2006年4月28日发布《关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（一）》为标志，一系列司法解释的出台也将指日可待。与特别公司法相比，《公司法》可称之为一般公司法或普通公司法。
二、公司法的特别法
依据特别法优先适用、一般法补充适用的原理，在公司法与其特别法有不同规定时，应优先适用特别法。作为公司法的特别法包括但不限于、外商投资企业法、全民所有制工业企业法、证券法、证券投资基金法、商业银行法、保险法等。例如，《证券法》有关证券公司、《证券投资基金法》有关基金管理公司、《商业银行法》有关商业银行、《保险法》有关保险公司的特别规定也优先于《公司法》而适用。由于这些金融产业攸关国家经济安全，从事此类产业的公司也承受着政府更多的公权力干预。再如，冠以“公司”之名的全民所有制企业在尚未改造成为公司前，其产权结构和治理结构仍应适用《全民所有制工业企业法》，而不适用《公司法》。当前，我国不少大型国有企业虽然下设了不少分公司、子公司，但其自身依然为非公司制的全民所有制企业法人。因此，在同一公司家族中，存在着对不同企业分别适用《公司法》与《全民所有制工业企业法》的一家多制现象。从长远立法改革的趋势看，要积极推动各类全民所有制企业的公司制改革，从而彻底将其从《全民所有制工业企业法》的调整轨道转向《公司法》的调整轨道。
三、证券法
证券法是公司法的特别法，是广义公司法的有机组成部分。股票的发行、交易及其他相关活动均为证券法的调整对象。国务院于1993年颁布了《股票发行与交易管理暂行条例》。全国人大常委会1998年颁布了《证券法》。针对1998《证券法》存在的制度设计缺陷，例如重安全、轻效率；重管制、轻自治；重刑（行）轻民以及前瞻性不够等问题，全国人大常委会于2005年10月27日对1998年《证券法》进行了大幅修改。这次修改体现了科学发展观的精神以及构建和谐社会的理念，强调了规范与发展并举、公平与效率兼顾的指导思想，重视了对投资者权利的保护，完善了证券市场监管体制，健全了上市公司、证券公司和证券服务机构等市场主体的诚信体系建设。例如，鉴于民事责任是法律责任中最能调动投资者维权积极性的救济措施，2005年修订的《证券法》在强化行政责任与刑事责任的同时，扩大了民事赔偿责任的适用范围，殊值嘉许。当然，《证券法》对投资者保护的重点，并不在于消除股票投资本身所蕴含的投资风险与市场风险，更不在于担保股东获得投资盈利，而在于预防和铲除股票发行与交易中的不公正行为，确保投资者能够在公开、公平、公正和诚实的股票发行与交易市场中作出贤明投资决策。
四、民法
鉴于公司法为商法、民法特别法，应根据特别法优先适用 〔10〕 、一般法补充适用的原理，补充适用相关的民法制度与基本原则。民法的基本原则主要有平等原则、意思自治原则、诚实信用原则、权利不得滥用原则。在公司法未作规定时，公司纠纷案件均可补充适用民法中的民事主体尤其是法人制度、法律行为制度、代理制度、民事责任制度、时效制度、物权制度、债权制度（含合同、侵权、不当得利、无因管理）等制度。例如，股权转让合同纠纷除了适用2005年修订的《公司法》有关股权转让的特别规定外，可补充适用《合同法》有关合同的订立、履行、变更与违约责任的相关规定。又如，公司依法取得的物权享受《物权法》保护。再如，公司与公司高管之间的法律关系也可补充适用代理制度的一般规定。
五、相邻法
作为公司法与其他相邻法交叉调整对象的法律关系也可补充适用相邻法（信托法、反垄断法、反不正当竞争法等）的规定。例如，股权信托关系除了适用公司法，还应适用《信托法》有关规定。
六、公司章程
公司章程作为充分体现公司自治精神的法律文件，堪称公司生活中的“宪法”。公司章程是公司的自治规章，既非合同，亦非自治法规。我国《公司法》第11条规定，设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。因此，当公司、股东、董事、监事、高级管理人员围绕公司章程产生纠纷时，除非公司章程与公司立法相互抵触，应以公司章程为准。
公司章程有实质意义与形式意义之别。实质意义上的公司章程，指规范公司的组织和活动，特别是公司、股东、董事等经营者相互之间权利义务关系的根本准则；形式意义上的公司章程则指记载此种规则的书面文件。《公司法》鼓励公司章程作量体裁衣的个性化设计。细节管理决定成败。公司章程对公司法律关系当事人的权利义务关系规定越明确，公司章程作为裁判依据的作用越明显。
七、股东协议
为尊重股东自由，应允许股东之间依法通过股东协议就其相互关系作出约定。如，根据我国《公司法》第35条之规定，全体股东可自由约定不按照出资比例分取红利或不按照出资比例优先认缴出资。股东协议只要不违反公司法与公司章程，就应受到尊重。公司与个别股东签订的有效协议也应受到尊重。
当股东协议与公司章程的内容不一、发生冲突时，究以何者为准？鉴于股东协议的缔约方只限于股东，而不包括公司和其他当事人在内，为弘扬契约自由精神，当公司章程确定的权利义务关系与股东协议确定的权利义务关系有所不同时，除非涉及善意第三人的合法权益，应以股东协议为准。
八、自治规章
证券交易所、上市公司协会、董事协会、证券业协会、注册会计师协会、律师协会等非营利组织的自治规章或行为守则，只要不与强行法、公序良俗和公司的本质特征相抵触，亦不失为有关公司纠纷案件的裁判依据。例如，验资机构在对股东的非货币财产出资出具不实验资报告时是否存在过错，就可参酌中国注册会计师协会的相关执业规则。
在公司法以上诸多渊源中，公司章程、股东协议、行业自律规则和商事习惯可称为商人们的内生法律规则，而其他法律规则可称为外生法律规则。内生法律规则更接近商法自治精神，更能体现市场机制的本质要求，但缺点是囿于眼界的局限性和利益的对抗性，内生法律规则的孕育和成长不如外生法律规则更加自觉、快捷。所以，无论是内生法律规则，还是外生法律规则都应予以鼓励，尤其鼓励两类规则之间的良性互动，尤其是二者间的相互激励、相互影响和相互促进。
九、商事习惯
在法律、公司章程和股东协议均无明文规定的情况下，在公司实践中长期反复遵行、并具有合法性和确定性的商事习惯也可作为裁判依据。商事习惯是在实践中被广大商人反复遵循、反复实践的商业做法。倘若公司立法被称为国家为商人们设定的外生法律规则，而商事习惯则是商人们自发制订的内生法律规则，而且生命力极其旺盛。法官应注意发现商事习惯。实际上，沸腾的投资生活纷繁复杂，且每时每刻出于变动之中。投资活动除了遵循成文法之外，尚遵循着成文法之外的商事习惯。
《瑞士民法典》第1条第2项规定，“无法从本法得出相应规定时，法官应依据习惯法裁判”。我国台湾地区《民法典》第1条也规定，“民事，法律所未规定者，依习惯。”依王泽鉴先生解释，该条所称“习惯”系指习惯法而言。 〔11〕
商事习惯要作为裁判依据必须满足三个条件：（1）内容明确具体，不能模棱两可。该商事习惯是否的确客观存在？法官对此可依据职权主动调查，也可责令有关当事人承担举证责任。（2）在实践中被广大商人普遍确信为具有实质意义的法律规范而反复遵循与实践，不是偶尔适用。（3）符合主流的商业文化和价值观，不违反法律和行政法规中的强制性规定，不悖于公序良俗原则和诚实信用原则。只有当法官确信某商事习惯确实存在，广大当事人普遍确信该商事习惯为具有实质意义的法律规范，而且该习惯不与成文法相抵触时，方可援引该商事习惯判案。倘若善良的商事习惯抵触了成文法中的恶法条款，法院也不宜援引商事习惯。法官可通过法定程序，提请立法者废除恶法条款。
法官发现商事习惯的方式很多，并不拘泥于咨询政府部门一种方式。法官可在行业协会或同产业、同地区商人的协助下发现商事习惯。当公司纠纷源于契约关系时，法官援引商事习惯还应确信，争议双方当事人在缔结契约时明示或默示地愿意以该商事习惯规范双方的法律关系。
十、法理与学说
（一）法理
《瑞士民法典》第1条第2项规定：“无法从本法得出相应规定时，法官应依据习惯法裁判；如无习惯法时，依据自己如作为立法者应制定之法规裁判。”《奥地利民法典》第7条规定：“无类推的法规时，应深思熟虑，依自然法则判断之。”我国台湾地区《民法典》第1条规定：“民事，法律所未规定者，依习惯；无习惯者，依法理。”此种立法例颇值我国大陆借鉴。
所谓法理，又称条理、自然法、通常的法律原理，指从法律精神中演绎出来的一般法律原则，是谋求社会生活事物不可不然之理。 〔12〕 从公司法律体系和整体精神中抽象出来的法理也是公司纠纷案件的裁判依据。法官援引法理（包括外国立法例）判案时，以竭尽成文法或习惯法之寻找为前提；倘若公司法或证券法乃至习惯法中存在判案依据，法官便不得舍近求远，援引法理判案。
（二）学说
学说可否作为私法的法源，聚讼纷纭。否定说认为，“学说并非法源之一，学说无拘束力，但为法律继续形成之出发点。法律科学仅在于寻求法律知识，准备其适用基础，将法律素材加以整理、审查，找出解释上的困难，寻求其答案。也从事于判例的研究，找出其矛盾处，指示新的途径”。 〔13〕 肯定说认为，学说常常是帮助法院或实务认识社会之规范需要（存在），及其应该之规范内容（当为）的主要媒介或依据。当学说确实反映了“存在”之真相及“当为”之要求，其内容构成“实质意义之法律”，从而具有法源意义。 〔14〕
笔者持肯定说。倘若将法理界定为直接法源，学说则可界定为间接法源。当然，学说的作用在于发现法律，而非创设法律。学说既包括国内外学者间的通说或多数说，也包括国内外学者间的新说和少数说。学说主张者并非立法机构，且学说争鸣在所难免，法院和仲裁机构无论援引旧说、新说，抑或通说、少数说，均无不可。但应在判决书中详细阐明采纳该说的具体理由，避免司法专横。法官选择学说时，应见贤思齐，择善而从，并确信所引学说与本案中的法律关系相互契合。判决书必须自圆其说，详述裁判理由。只有辨法析理，严谨论证，才能取得胜败皆服的法律效果与社会效果，才能从根本上息讼宁人。
十一、判例和司法解释
我国民商法大致上属于大陆法系，具有浓厚的成文法色彩，过去和现在都不承认判例为一种法律渊源。我国法院和法官不具有造法职权，法院判决也非法律创制，不是法律的渊源。即便最高人民法院的判决也不能作为有效法律拘束该院和下级法院嗣后审理同类案件的活动，最高人民法院判决以及在《最高人民法院公报》刊登的典型判例仅对各级法院审理案件具有指导作用而已。当然，这种指导作用愈来愈明显。
借鉴英美法系的传统，承认判例法也是我国法律体系中的渊源，有利于保持我国法律的生命力和灵活性，弥补成文法之不足。有学者认为，将法院的裁判径论为法源，赋予规范性拘束力，并非妥当做法。因为，这不仅混淆了立法与司法的分际，而且使法院裁判或见解趋于固定或僵化，难以适应变动不羁社会经济活动的需要。 〔15〕 此说言之有理，但难以解释美国法院的判例法为何总体上仍具活力。实际上，将成文法与判例法的优点兼收并蓄也许是最佳选择。
最高人民法院应充分运用其司法解释权，通过及时制定司法解释的途径，及时发现与创新统一的裁判规则。
十二、国际条约
我国《民法通则》第142条规定：“涉外民事关系的法律适用，依照本章的规定确定。中华人民共和国缔结或者参加的国际条约同中华人民共和国的民事法律有不同规定的，适用国际条约的规定，但中华人民共和国声明保留的条款除外。中华人民共和国法律和中华人民共和国缔结或者参加的国际条约没有规定的，可以适用国际惯例。”因此，中国与外国缔结的国际条约尤其是保护投资者的双边协定也是公司法的主要渊源。