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在西方的角度来看，与东方的最大争议是在有关公民和政治权利方面。由于历史的原因，对公民权利的特别关注成为美国立国的基础。儒家对“自由言论、自由信仰”的理念究竟是何态度呢？与法家主张对人民的思想控制相比，先秦儒家在百家争鸣中比较接近自由派，汉代的董仲舒虽有“罢黜百家，独尊儒术”之说，但只是主张朝廷有一指导思想，并不是主张禁止人民的其他思想信仰。从这一点来看，宋代以后三教合一的趋势表明，宋代以后的儒家也没有反对信仰自由和表达自由，惟其限制中以尊重君主之权威及名誉为首要，这是因为在封建时代君主的权威与名誉代表一国之秩序。而这并不意味着儒家反对批评君主。恰恰相反，儒家不仅以批评君主之恶为道德义务，更以生命的代价践履这种道德义务。根据《公民和政治权利国际盟约》的规定和表达，人有思想、信念、宗教的自由、人有表达其宗教或信仰的自由，而此两种自由都需以“保障国家安全、公共秩序、卫生、风化及尊重他人名誉权利为限”。这在儒家的精神立场上是可以接受的，并不存在什么障碍。
不过，由于儒家自己不是一种有组织的宗教，儒家在传统上虽不反对思想自由，却始终主张有统一性的道德宣传与道德教育（“教化”），赞成以国家为主体的教化活动，以“一道德而同风俗”。因此儒家在现代社会不会反对公民及政治权利，不会反对政治思想上的自由，但仍然必定反对道德伦理上的自由和相对主义，仍然会赞同政府在道德伦理方面（而非意识形态方面）的教化与范导行为。