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《山海经》到底是一部怎样的书，历来就争论无定，但它和古代的巫术有关是公认的，特别是它的《山经》部分。在巫术之中，主要有两项内容，一是占卜，二是祭祀，这两项在《山经》中都有。
《山经》中的占卜之文，是根据一些奇鸟怪兽和神灵来占卜，如：
太华之山……有蛇焉，名曰肥遗，六足四翼，见则天下大旱。（《西山经》）
小次之山……有兽焉，其状如猿而白首赤足，名曰朱厌，见则大兵。（《西次二经》）
凡东次三经之首……其神状皆人身而羊角……是神也，见则风雨水为败。（《东次三经》）
这种根据动物、神灵占卜吉凶休咎的内容，在《山经》里比比皆是，而在《海经》中则几乎没有，我们能找到的只有两条：
有轩辕之国，江山之南栖为吉。（《大荒西经》）
大荒之中，有山名曰去痓。“南极果，北不成，去痓果。”（《大荒南经》）
第一条带有占卜的性质，后一条的最后三句应该是在巫术中使用的咒语，意义不明。
《山经》在每一经之后都带有各山系神灵的祭祀方法，记载得十分详细，祭名、用牲之法都一一列出，如：
凡鹊山之首，自招摇之山以至箕尾之山，凡十山，二千九百五十里。其神状皆鸟身而龙首，其祠之礼：毛用一璋玉瘗，糈用稌米，一璧，稻米，白菅为席。（《南山经》）
巫术寄托了原始人对自然的祈求。自然环境的艰难，对生存的渴望，促使巫术的发展。居住在黄河流域的先民，对水灾、旱灾格外敏感，于是女丑着青衣假装魃求雨：
女丑之尸，生而十日炙杀之。在丈夫北，以右手障其面，十日居上，女丑居山之下。《山海经·海外西经》
除占卜和祭祀之外，《山海经》作为一本记录地理生物的古书，在对动植物描写的过程中也顺带提及其各自的医用价值，虽然这些“治病良方”在今天看来匪夷所思，却恰恰表现了上古巫术作为原始宗教在自然界中的探索的求知。在物资条件缺乏，医学极端落后的条件下，原始人将希望寄托在灵草、神奇的动物上，希望吃了可以不饥、祛病、长寿。如：
有草焉，其装如韭而青华，其名曰祝馀，食之不饥。（《山海经·南山经》）
其中多赤鱬，其装如鱼而人面，其音如鸳鸯，食之不疥。（《山海经·南山经》）
鲁迅先生在《中国小说史略》中说《山海经》是“古之巫书”，从内容上讲也确实如此；从著作者来讲，其书都是楚国的巫史所作，则又可言其为“巫书”也。那么，《易》也是古之巫书，二者可算是同一类著作，因此，刘歆从《山海经》中取法为古《易》命名，是不足怪的。
