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人体防御外部环境侵犯的能力，是人类得以持续生存和繁衍的基础。人体的防御系统可以分为如下几个方面。
总的来说即趋利避害。这种能力是人在社会生活中，随着年龄和经历的增加逐渐获得的。当被火烫过以后，脑子里形成的痛苦记忆会避免下一次的触摸。味道难受的东西，下一次会不愿意进食。
但人与其他动物不同，有语言文字，并不是每一种有害的东西都必须亲自尝试才能知道。通过间接的了解和学习，我们可以获得许多并不曾体验过的感受。根据这些间接的感受，我们接纳对身体有用的东西，拒绝有害的物质和行为。这种能力的大小和一个人的经验、智力程度有关，受大脑自主支配。
包括两种，即屈肌反射和对侧伸肌反射。
屈肌反射是当一侧的皮肤受到伤害性刺激的时候，受刺激一侧的肢体出现弯曲。比如，火烫一下手，被烫的整个上肢会不由自主地缩回。这种反射使我们尽快脱离伤害刺激。
如果伤害的强度较大，在同侧肢体弯曲的基础之上，对侧的肢体伸直，称为对侧伸肌反射。这种反射起维持我们身体平衡的作用，对侧肢体伸直可以支持更多的体重。
我们在生活中如果仔细观察一下，马上会得到证实。这一类型的能力和人的主观意识无关。实验去除动物的大脑后，反射仍然存在。
人体表皮有阻挡各种病原微生物侵入机体的作用，是人体防御疾病的第一道防线。
皮肤也有避免物理化学损伤的作用。不同部位的皮肤厚薄不一：脚底因为经常承受重力的摩擦较厚，暴露部位、劳动者的双手双肩可以增粗；皮肤对紫外线的阻挡能力根据颜色的深浅不一也不一样，颜色越深，阻挡能力越强，反之，越弱——人被太阳晒黑，是人体通过增加皮肤黑色素，以阻挡过多紫外线伤害人体的调节手段。
头部五官在一定程度上与人体内部相通，它们各自的分泌物对病原微生物有一定的杀伤作用。眼泪、唾液、痰液、耳屎、鼻涕等，均是人体对付外来入侵的手段之一。痰液和鼻涕是人体正常分泌物与异物的混合物，人体用咳嗽和喷嚏反射来排除它们。
当然，所有这些分泌物还有其他功能，比如眼泪润滑眼球、冲刷异物，唾液消化食物等。
免疫系统是人体防御“外敌”入侵最广泛、最强大的力量，它的重要生理功能是对“自己”和“非己”物质进行鉴别，对非己物质产生排斥效应，发挥保护作用。
免疫系统分为免疫器官、免疫细胞和免疫分子。免疫器官是免疫细胞生长或定居的场所，包括骨髓、胸腺、淋巴结、脾脏等；免疫细胞有许多种，各有不同的功能，包括淋巴细胞、吞噬细胞、粒细胞等；免疫分子则是由免疫细胞（或非免疫细胞）制造的具有特殊功能的化学物质，包括抗体、补体、细胞因子等。
在人体内除了血液循环外，还存在着淋巴循环，它可以把从血管中渗出的一些成分回收后送回血管，沿途经过许多免疫器官，过滤掉有害物质，如细菌、毒素、癌细胞等。
免疫细胞可以吞噬或破坏进入体内的异物或老死、受损、异常的细胞。有的免疫细胞把细菌吞掉后牺牲，变成脓液；有的免疫细胞可以联合其他种类的免疫细胞和各种免疫分子，向来自体内外的敌害冲杀；有的免疫细胞在发现外来入侵者时会释放出“抗体”，抗体与入侵者结合，标示出入侵者的存在，引来吞噬细胞将其消灭。
在人的一生中，免疫系统的变化是有一定规律的。12岁之前，儿童的免疫系统还不够完善，容易感染各种疾病。青年是免疫系统最完善的时期。进入中年以后，免疫器官尤其是胸腺逐渐衰退，免疫细胞和免疫分子的数量也逐渐减少，因而，中老年人的免疫力会有很大的衰退，各种疾病接踵而来。
一些生活和饮食上的因素会导致免疫力的下降。比如许多免疫物质都在肝脏合成，许多入侵者也在肝脏被消灭，但是酗酒、服药、劳累、疾病等因素，都会破坏肝细胞，损害肝功能，使免疫力下降。
另外，情绪的大幅度波动，也会引起神经内分泌的变化，从而损害人的免疫系统。如果免疫功能低下，机体就容易被传染上各种流行疾病，也易患癌症。
免疫系统在给我们带来防御的时候，也给我们带来相应的麻烦。这就好比在自己的土地上与敌人作战，可能会伤害我们的基础设施，比如建筑、桥梁等等；这也好比防盗门可以阻挡盗贼，同样可以在丢了钥匙的时候让它的主人进不了门。
器官移植最大的障碍，就在怎样才能克服人体对外来物质的抵制。每一项移植手术，后期在免疫抑制剂上所花费的代价远远超出手术本身。
过敏反应是因为免疫系统的作用过度所致——免疫系统对那些并不会伤害我们的物质进行了错误防御，因此也称“变态反应”。
眼睫毛、鼻毛也对微生物有一定机械阻挡作用，汗液有一定杀菌作用，阴道分泌物抑制有害细菌生长。