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哲学史这门学科的研究方法与这门课程的教学方法的基本要求是一致的，这些基本点可以用下列几个关系来表示。
第一，广博与精深的关系。哲学史教材要有全面性，要尽量多地介绍流派与哲学家，还要介绍原著，让读者获得广泛的知识、信息、动态。但是，哲学史课程的任务不仅仅是传授知识，更重要的是要让读者通过这些知识受到哲学思维的训练。我们要按照这一目标，合理地选择和编排哲学史料，把那些最有独创性、启发性和代表性的思想观点挑选出来，按照哲学史发展的内在线索，按哲学思维的逻辑，或某一哲学家提出问题和解决问题的特殊思路，把精选出来的材料建构成有思辨性的哲学论证（argument）。哲学史的编写应该是哲学论证的重建，在重建过程中，我们要有这样的意识：哲学史中的问题比答案更重要，论证的过程比结果更重要，资料的释义比资料的数量更重要。处理广博与精深关系的关键在资料的选择和解释。现代西方哲学比古典哲学的流派多，人数多，著作多，不可能全部介绍，必须有所选择，有所偏重，有所为，有所不为。我们将选择那些在西方世界有影响、对哲学做出了新贡献的流派，选择公认的代表人物做重点介绍，其余则在概论中做一般性介绍，在对哲学家做重点介绍时，注意讲解原著，选择有中译本的代表作。
第二，述与评、介绍与批判的关系。在过去相当长的时间里，我们在尚未充分理解西方哲学的情况下就对它痛加鞭笞，在很多场合下把学术批判当作政治斗争的工具。最近一段时间，这种不良的学风理所当然地受到学术界的抵制，但是，哲学的批判精神却受到不应有的阻碍。我们的哲学史研究往往是介绍复述有余，而评论批判不足；即使有一点批判，也往往是“穿靴带帽”式的点缀或“画蛇添足”式的累赘。我们要知道，没有批判精神的哲学是没有生气的，哲学史著作既要有忠实的介绍、同情的理解，也需要批判的超越。批判评论要切忌个人好恶，应该尽量引用国内外权威性的意见和最新的研究成果作为凭据。
第三，外部批判与内部批判的关系。所谓外部批判，就是站在一个理论的外部，按照另外的理论对其进行批判。外部批判可以加固批判者自身达到信念，但却不大可能说服被批判者。因为外部批判者和被批判的对象没有共同的前提和共同的语言，不能开展相互理解、相互同情、相互学习的对话。批判要成为真正的对话，就要以内部批判为主。所谓内部对话，就是在一个理论的内部，从它可以接受的原则出发，使用与它相同的语言与之对话，最后引申出与这一理论相违背的结论，或它所不能解释的事实，以此揭露该理论内部的矛盾、困难或缺陷。按照内部批判的方法，我们可以把现代西方哲学的各种理论排列成这样一个系列，其中的一些理论是对另外一些理论的批判的否定，但所有的理论又相互补充；它们的全体包含着真理的因素，但每一单独的理论又暴露出各自的不足。黑格尔说得好：哲学史料经过“哲学工程的建筑师”的构造，便获得了批判的生命，成为“活生生的精神”，哲学史不再是堆满了被推翻的理论的“死人的王国”，这里展现的将是高尚心灵的更迭，思想英雄的较量。我们是按照这种哲学史观来看待西方哲学的全部历史的。
第四，哲学的社会条件和理论条件的关系。哲学不是凭空想象的产物，而是时代精神、民族精神的反映，只有联系西方哲学的社会条件，才能理解它的意义。理论条件指学说的承袭性，每一个哲学家都是在一定的文化和教育背景中，自觉或不自觉地在一定的哲学理论基础上开展新的探索。哲学史家既要写好“外史”，更要写好“内史”。所谓外史，指影响一位作者思想的人生经历和社会事件的总和；“内史”则是一位作者思想发展的逻辑线索。内史是纯粹的思想发展史，其之所以是纯粹的，乃是因为思想有自身的逻辑性与合理性，不受外在事件和偶然因素的影响。与“外史”不同，“内史”不是经验对象，需要哲学史家根据自己的理解和解释进行理论重构。
最后，吸收国外成果与国内成果的关系。西方哲学是西方人的学问，西方学者对西方哲学的研究，当然拥有不可比拟的优势。我们中国人学习和研究西方哲学，要依靠西方的研究成果，其重要性自不待言。但如果以为只有西方人才拥有西方哲学的解释权和裁决权，中国人在西方哲学研究领域只能复述西方人的成果，只能步洋人后尘而不能做出创造性的业绩，那就是妄自菲薄了。中国人研究西方哲学，自有独特的优势。用中国人的眼光解读西方哲学，可以看到西方人看不到之处。“不识庐山真面目，只缘身在此山中”，这句诗说的不仅是自然现象，而且也是思想上的“盲点”现象。对于西方哲学研究领域的一些盲点和误区，局外人也许看得更真切。正如中国文化和哲学需要外国汉学家来研究一样，西方哲学也需要中国学者的研究。这是中西哲学对话的需要，文化交流的需要，也是未来的世界哲学的需要。