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无公害枸杞、绿色枸杞和有机枸杞食品都属于安全枸杞产品的范畴，是枸杞产品质量安全的重要组成部分。无公害枸杞、绿色枸杞和有机枸杞的发展，借鉴国际经验，结合我国国情，建立了独具特色的发展模式，主要区别表现在七个方面：
一、发展机制不同
无公害枸杞保障枸杞基本安全，满足大众消费，是最为基本的市场准入条件，也是当前枸杞质量安全工作的必要条件和迫切任务，实行政府推动的做法，带有一定的强制性。绿色枸杞食品质量安全标准能够满足消费者更高层次需要，既是一项增进消费者身体健康、保护生态环境的事业，又能够有效的提高生产者的经济效益，采取政府推动与市场拉动相结合的发展机制。绿色食品是农业部门推广的认证食品，分为A级和AA级两种。其中A级绿色食品生产中允许限量使用化学合成生产资料，AA级绿色食品则较为严格，要求在生产过程中不使用化学合成的肥料、农药、兽药、饲料添加剂、食品添加剂和其他有害于环境和健康的物质。从本质上讲，AA级绿色枸杞更接近有机产品，但还不能算有机产品，确切地说只是从普通枸杞向有机枸杞发展的一种过渡性产品。有机产品是指以有机方式生产加工的、符合有关标准并通过专门认证机构认证的农副产品及其加工品，包括粮食、蔬菜、奶制品、禽畜产品、蜂蜜、水产品、调料等。有机枸杞作为有机产品的一种，是国际上通行的称谓，国外大多采取市场化的运作方式，根据我国国情，我们也借鉴并采取了这一国际通行做法。
二、生产认证方法不同
无公害、绿色枸杞产品遵循“从土地到餐桌”全程质量控制的技术路线，将优良的传统农业技术与现代常规农业技术结合在生产过程中减少化学品投入。重点监控四个环节：（1）产地环境的监控，由环境检测机构依据环境质量标准对产品和原料的产地环境实施监测和作出评价；（2）生产过程的管理，要求农户和企业按照生产操作规程和技术标准组织生产；（3）产品质量的检测，由委托的定点检测机构依据产品质量标准对产品实施检测；（4）包装标示的规范，要求枸杞产品包装标志符合相关设计规范。有机枸杞食品强调常规农业向有机农业生产方式的转换在生产过程中不使用任何人工合成的化学投入品。以检查员检查为主，检测为辅，注重生产过程控制体系、质量管理体系、产品质量追踪体系的建立和保持。
三、质量安全水平不同
无公害枸杞是农产品质量安全的基本要求和最低要求，其评价标准低于绿色枸杞标准；绿色枸杞在种植、加工过程中限制或者禁止使用化学合成及其他有毒有害生产资料，质量达到发达国家普通水平；有机枸杞质量达到生产国或者销售国农产品最高水平，强调生产过程对自然生态友好，不专以检测指标高低来衡量。
四、认证管理不同
无公害枸杞产品采取产地认证与产品认证相结合的认证管理模式；绿色枸杞产品推行“以技术标准为基础、质量认证为形式、商标管理为手段”的认证管理模式，采取质量认证制度与商标使用许可制度相结合；有机枸杞产品遵循国际惯例，按照国际有机产品标准和通行的认证准则运行。
无公害枸杞由农业部农产品质量安全中心认证，产地由各省级农业行政主管部门认定，由农业部农产品质量安全中心及省级承办机构负责管理；绿色枸杞产品由中国绿色食品发展中心认证，由中国绿色食品发展中心及其委托机构负责管理；有机枸杞产品认证则归各被提交认证申请的相关认证机构负责，凡已被注册的有机认证机构，对所认证的有机产品负有法律责任。国家环境保护总局有机食品发展中心（简称OFDC）获得IFOAM国际认可，成为中国第一个、亚洲第三个获得IFOAM认可的有机认证机构。
5.标志和使用方法不同
无公害枸杞食品、绿色枸杞食品、有机枸杞食品标志如下图。
无公害食品
绿色食品
有机食品
绿色枸杞、有机枸杞产品可以将标志印刷在产品包装物上以编号辨别真伪；无公害枸杞必须加贴防伪标签，没有防伪标签的产品均为假冒产品。
6.认证有效期不同
无公害枸杞和绿色枸杞产品的认证有效期为3年。有机枸杞认证有效期不超过一年。
7.其他方面不同
无公害枸杞、绿色枸杞允许限量使用化学合成的物质，并且不禁止使用基因工程技术。有机枸杞在生产加工过程中绝对禁止使用任何化学合成农药、化肥、激素等物质，并且不允许使用基因工程技术；有机枸杞在土地生产转型方面有严格规定，考虑到某些物质在环境中和生物体内潜在的影响，尤其在常规枸杞生产和有机枸杞生产并存的平行生产条件下，从开始按照有机标准生产到有机证书颁发，需要一定时期的过渡阶段———有机枸杞转换期，也就是说只有完成产品转换期后，经过有关机构认证后，才能称为是有机枸杞产品。而生产无公害枸杞和绿色枸杞则没有转换期的要求。