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印尼是一个具有多民族、多宗教、多元文化的国家。印尼政府于1946年设立宗教部，旨在加强对宗教活动的指导和管理，向政府提供处理宗教事务的建议，创造和谐的气氛作为社会团结的基础。印尼政府注重宗教内部、宗教之间、宗教与政府之间的关系，加强本国宗教与外国宗教间的合作。印尼各级学校开设了宗教必修课，学生可自由选课，但必须选择一种。如果学校无力开设某种宗教课，学生可在校外寻找教师，定时上课，期末通过考试即可，成绩记入档案。印尼有公、私立宗教学校，一般宗教学校其普通知识课约占总课时的70%，其余为相关宗教课程。
政府认可的宗教是伊斯兰教、基督教（新教）、天主教、巴厘印度教和佛教。此外，还有为数不多的原始宗教和孔教的信徒，前者多居住在偏远山区的尚未开化的部族，后者为华人。孔教信徒多为同时信奉佛教、道教和孔教的“三教会”信徒。目前，印尼国家领导人口头承认孔教为宗教，并允许其开展宗教活动，但在实际操作中，往往把孔教排斥在国家承认的五大宗教之外。
早在上述宗教传入之前，印尼就有了原始宗教，主要表现为精灵崇拜、图腾崇拜、祖先崇拜和神灵崇拜等。即信奉“万物有灵论”，不论是动物、植物，还是山川、河流、建筑物、自然现象和物品，都被认为具有精灵。从印尼民族现代的风俗习惯中，还可以看到上述原始宗教的影子。
精灵崇拜是万物有灵论的重要内容。原始印尼人的精灵崇拜对现代印尼人的生活仍有颇大影响，人们相信万物有灵，灵魂不灭。
有不少人印尼人相信，如果在古老的榕树下许愿，榕树的精灵就会帮助他实现其愿望。印尼的托拉查族在收获稻谷时，不敢大声说话，生怕吓走了稻谷的精灵，造成歉收。在他们看来，人的精灵就是灵魂，它存在于人的躯体之中，人死后，灵魂便离开躯体。印尼人还相信人的灵魂能附在人的名字、用过的东西或他的头发、指甲等上面。一个人的幸福在于使自己的灵魂快乐，以别人或他物的灵魂来养自己的灵魂。巴达克人原有食人的风俗即与此信仰有关。人们可祈求灵魂，也可诅咒灵魂。上述精灵崇拜的思想存在于信奉不同宗教的印尼人生活中，影响着他们的宗教生活。
从宗教观念上看，“灵魂”与“精灵”都是“超自然体”，但两者有区别。灵魂是居于人的躯体内主宰躯体的超自然体。不少宗教认为人死亡是灵魂离躯体而去的结果。迷信的人把灵魂看作是附在人的躯体上作为主宰的一种非物质的东西，灵魂离开躯体后人即死亡。而精灵被认为存在于神与人之间的超自然体，地位低于神而高于人，一般都不会死，且神通广大；有善良的也有邪恶的，善者可助益人类，恶者则会危害人类。也有人把精灵看作“鬼怪”。
印尼的图腾崇拜也是源于人们对大自然的崇拜，狩猎氏族多以动物为自己氏族的图腾，畜牧业和农业出现后，人们把牲畜和植物作为氏族的图腾，氏族联合为部落时也就出现了部落的图腾。根据印尼民族学者的调查，虎和豹是巴比亚特（Babiyat）氏族的图腾；狗是东普尔（Tompul）氏族的图腾；猿和山羊是锡勒加尔（Siregar）氏族的图腾；鸽子是哈拉哈普（Harahap）氏族的图腾；猫是锡博斯博斯（Sipospos）氏族的图腾；水牛是米南加保（Minangkabau）氏族的图腾等。凡是属于氏族图腾的动物、植物都是本氏族禁止食用的。在印尼的图腾崇拜中，用作图腾的主要是动物、植物。
在印尼，祖先崇拜的风俗起源于新石器时代的氏族社会，然而祖先崇拜的观念存在于整个印尼历史进程。例如在印尼的不少乡村，村口或村中央竖一木雕像，这一雕像即为同一氏族的村民的祖先。在印尼的木雕像中既有男子雕像，也有女子雕像。爪哇人把牛皮制成二百多种人形，用灯光把它们影射在白布幕上，此即演绎祖先灵魂的皮影戏。
而祖传的宝物被认为寄托着祖宗的灵魂，能赐福禳灾。如人们把祖传的格利斯剑奉为神物。达雅克人认为月亮是自己的祖先，每当月食之时，父母便为女儿虔诚地祭拜月亮，祈望自己的女儿在祖先的保佑下找到如意郎君。阴间的祖宗既可以庇护，也可能降祸于活着的子孙后代。因此生者应善于利用祖宗的力量，增进部族的繁荣、兴旺，打击损害家族的仇敌。巴厘印度教教徒居民除设置祖先灵魂回归的“住所”外，还跳祭祖舞蹈。祭祀之日，男人建造祭坛、布置祭场，女人则头顶高高的几层供品，排着整齐的行列缓步入场。然后翩翩起舞，祈求神的庇护，也抚慰祖先的亡灵。祖先崇拜在信奉不同宗教的印尼人头脑中根深蒂固。
印尼人信鬼神，他们认为神灵鬼魂是肉眼看不见的，但能给人带来祸福。巴达克人有萨满（Shamanism）信仰，即神巫的信仰。萨满或神巫请求神鬼附身于自己，向当事人转达神鬼的意思。
苏门答腊岛西侧的明达威群岛，当地人为避鬼而在村口竖立拜柱（kera）。拜柱有神灵的法力，能拒鬼于村外。人们还相信，疾病是因灵魂暂时脱壳，死亡是永久的失魂。人死后，离体的灵魂变成鬼，鬼带疾病到人间。当鬼带病回村时，遇见拜柱会离去。
爪哇人受爪哇的神秘主义影响很深，巫师的言谈能吸引不少信众。此种神秘主义与爪哇的原始宗教有密切联系。
文化具有历史的延续性。印尼人的原始神灵崇拜，易于接受不同宗教信奉的神灵内涵。因此在现代印尼艺术、宗教生活和风俗习惯都存在着原始宗教的残余，并形成不同地区、不同部族和不同宗教的特点。
印尼88%以上的居民信奉伊斯兰教，是世界上伊斯兰教徒最多的国家。教徒属于逊尼派。其中绝大多数属于“红派”（abangan），即温和派。他们实际上对伊斯兰教不甚了解，或不认真履行其教规。其虔诚仅仅表现为忠于伊斯兰教的誓约——清真言（Syahadat）：“万物非主，唯有真主，穆罕默德是主的使者。”他们的信仰多与当地原始宗教结合，或受佛教等影响，戒律不很严格。与红派相对的是白派（Santri），指实实在在履行伊斯兰教义的伊斯兰教徒。当然在不同地区和不同时期，红派和白派的情况也不尽相同。同是红派或同是白派，也有程度上的区别。
红派在政治上主张建立世俗国家。白派教徒严格地遵从伊斯兰教教义，部分教徒主张建立伊斯兰教国家，或至少建立伊斯兰教占重要地位的国家。印尼的历届政府都反对以宗教立国，反对把印尼建成伊斯兰教国家。实行政教分离制度是宪法承认的既定国策。
关于伊斯兰教何时传入印尼，印尼史学界一说是伊斯兰教历1世纪（公元7～8世纪）。另一说是由印度西部的胡茶辣（今古吉拉特）和波斯的伊斯兰教商人在13世纪下半叶传人。胡茶辣和波斯的伊斯兰教商人由海路去马来半岛经商，途中把伊斯兰教传至苏门答腊北部，再传至马六甲和爪哇等地。其主要证明是：13世纪末，苏门答腊岛上的须文达那—巴赛建立了印尼第一个伊斯兰教王国，成了这一地区伊斯兰教的中心。后人发现在1292年驾崩的须文达那—巴赛第一个国王的墓碑上，刻有伊斯兰教历635年和伊斯兰教名“苏丹·马立克沙”等字样。墓碑来自印度胡茶辣的坎贝，这一文物表明，至迟在1292～1297年，伊斯兰教就已传入须文达那—巴赛。1292年，意大利旅行家马可波罗从中国返回意大利途中，曾在苏门答腊北部停留，他在八儿刺看到许多居民皈依伊斯兰教。第二种观点被史学界大多数人所接受。
从历史上看，7～8世纪期间，阿拉伯、波斯和印度的伊斯兰教商人很可能已抵达马六甲海峡一侧的苏门答腊，但规模有限。9世纪，中国东南沿海的部分伊斯兰教徒因黄巢起义而逃至三佛齐的巨港。在东爪哇锦石附近的来兰村，人们发现了死于1102年的女伊斯兰教徒法第玛的墓碑。这些事实表明，在13世纪以前，印尼就有伊斯兰教徒，至于在此之前，印尼是否有伊斯兰教社区和伊斯兰教王国，则未见确凿的历史记载。而印尼第一个伊斯兰教王国（即须文达那—巴赛王国）和第一个伊斯兰教徒居民点（今北亚齐地区的洛克什乌玛威附近），都出现在13世纪下半叶，这是有历史根据的。
从伊斯兰教传入苏门答腊，至印尼主要岛屿伊斯兰化，经历了数世纪漫长的历史过程。伊斯兰教向外扩张势力主要通过两种途径：一是战争途径，以“圣战”来征服异教徒国家，然后把它们伊斯兰化；一是和平途径，通过开展商业贸易和文化活动向外传教，在为当地的统治者所接受之后便对该地区实行全面伊斯兰化。无疑阿拉伯、印度和中国的伊斯兰教徒对伊斯兰教在印尼的传播都起了重要的作用，伊斯兰商人用伊斯兰教影响地方领主势力，同时借助地方领主的势力从事商业活动。伴随商业繁荣，伊斯兰教成为势力日渐强大的商港领主们与中央政府相抗衡的武器。他们之皈依伊斯兰教及地方统治者随之改奉伊斯兰教，顿使地区伊斯兰化成为必然。
15世纪初，麻若巴歇王朝开始走向衰落，那些皈依伊斯兰教的地方统治者便逐一挣脱中央王朝的控制而独立，伊斯兰教得到更大的发展。1518爪哇岛上的第一个伊斯兰王朝——淡目王朝出现。数世纪以来印度宗教文化影响占统治地位的历史从此完结，由伊斯兰文化的影响取而代之。最初传入印尼的伊斯兰教教派是苏菲派，它的神秘色彩与印尼当时的原始宗教、佛教、印度教中的神秘色彩相融合。伊斯兰教传入印尼，经印度文化的过滤及与本土文化价值相融合，发生伊斯兰在印尼本土的异化，而本土化色彩更为突出，此乃印尼伊斯兰化之一大特色。印尼伊斯兰教文化逐步同印尼传统文化和现代文化融为一体，对印尼政治、经济、教育、道德规范和习俗产生重要影响。
荷兰殖民当局在印尼推行民族等级政策，把印尼的居民分为三等：西方人（含日本人）为第一等，东方人（主要是华人）为第二等，土著则为第三等。同时宣扬宗教等级观念，把伊斯兰教贬为“下等宗教”，加以歧视和打击。早在19世纪初，荷兰殖民当局排斥伊斯兰教育，在荷兰殖民政府兴办的学校中，不开设伊斯兰教课程。土著伊斯兰教徒不得不自办伊斯兰教学堂和学习诵经的古兰经学馆。在镇压印尼人民的历次起义中，荷兰殖民当局血腥屠杀土著伊斯兰教徒及其领袖。殖民当局在打击伊斯兰教同时，又于1900年起推行所谓“道义政策”（Politik Etis），放宽对土著伊斯兰教徒去麦加朝圣的限制，以笼络伊斯兰教徒。
荷兰殖民主义者在印尼实行了一整套殖民政策，禁止伊斯兰教宗教活动和举行相关仪式，破坏清真寺。在荷兰实行歧视和高压政策下，不仅印尼民族成了被压迫的民族，而且连伊斯兰教也成了被压迫的宗教。17世纪中期至20世纪初，三百余年印尼民族高举伊斯兰“圣教”的旗帜，持续开展反对荷兰殖民主义统治的斗争。1674～1679年杜鲁诺佐约（Trunodjojo）领导的东爪哇反荷起义、1872～1887年苏门答腊西部由伊斯兰宗教改革运动转为反对荷兰殖民者插手的巴特里战争、1825～1830年蒂博尼哥罗领导的以捍卫伊斯兰教、驱逐荷兰殖民者为口号的爪哇人民大起义，均是著名的抗荷战争范例。历史说明，伊斯兰教在反对殖民主义统治的斗争中起着积极、进步的作用。
1941年底，日本情报组织利用亚齐伊斯兰教徒强烈的反荷情绪，与当地的“全亚齐伊斯兰教士协会”（Persatuan Ulama Seluruh Aceh）建立联系。1942年日本侵略军占领爪哇，占领军当局宣布禁止包括伊斯兰教政党在内的一切政党活动，于次年建立御用组织马斯友美组织（Majelis Syuro Muslimin Indonesia-Msayumi，意译为“印尼伊斯兰教徒顾问委员会”），为日军效劳。当局极力“扶植”印尼伊斯兰教，利用伊斯兰教动员印尼人民与当局“合作”，并利用伊斯兰教势力与民族主义者的分歧，压制民族主义力量，为其“大东亚圣战”服务。
印尼独立后，历届政府都重视伊斯兰教团体和广大伊斯兰教徒在政治，经济、文化和社会等领域的作用，同时限制伊斯兰教极端分子的活动，维护国家的统一和民族团结。
（1）苏加诺执政时期（1945～1965）。早在荷兰殖民时期，苏加诺在被关押的集中营中就专心研究过伊斯兰教问题，得出伊斯兰教是进步和可以利用的结论。
印尼独立后，伊斯兰政治势力成为国家政治生活中的极其活跃的因素。在制定宪法草案过程中，民族主义集团与伊斯兰教集团在伊斯兰教地位这一问题上发生激烈的争论。伊斯兰教集团主张在宪法中列入伊斯兰教是国教的条款，即独立后的印尼应是“伊斯兰国家”，但代表民族资产阶级和受过西方教育的知识分子坚决反对。后经双方协商，于1945年6月22目达成妥协，制定了“雅加达宪章”，它以序言的形式载入宪法草案。
“信仰神道”在苏加诺的演讲中原属第五项原则，写入宪法时则提前为第一项原则，但不把信奉真主作为必须奉行的义务，而是把宗教信仰自由作为神圣不可侵犯的原则。宪法明确规定印尼实行政教分离的制度，而印尼共和国总统须是伊斯兰教徒成为不成文的规定。
印尼独立后，伊斯兰教政党林立，多数伊斯兰教政党主张以和平的方式建立以伊斯兰教义为基础的世俗国家，唯有马斯友美党（以下简称马党）的一些领导人积极参与旨在推翻共和国中央政府的“伊斯兰教国运动”（DI），遭到苏加诺政府的坚决镇压。马党被取缔。
自1955年印尼首次普选以来的历次大选中，伊斯兰政治势力以其强大的阵容，鲜明的政治观，活跃于印尼政治舞台，与民族主义、共产主义政治势力一道，成为左右政治格局的三大政治力量之一，是多届政府可资利用的政治基础、团结反帝的旗帜，政党斗争中的平衡力量，苏加诺执政时期尤为如此。
（2）苏哈托执政时期（1966～1998）。苏哈托上台以来，政府实行弘扬伊斯兰教政策，伊斯兰教获得比较平稳发展的良好环境。苏哈托政府大兴土木，建造新的清真寺，如1978年建成东南亚最大的清真寺——“伊斯蒂赫拉尔”清真寺。修缮、兴建伊斯兰教学校和学院；扶持伊斯兰教的朝觐活动；加强对伊斯兰教的研究；鼓励华人皈依伊斯兰教；鼓励参加国际性的伊斯兰教活动。
政府将伊斯兰政治活动纳入正常的政治生活轨道，对伊斯兰教政党和团体进行严格控制，削弱其政治作用。1973年政府将伊斯兰教各政党合并为一个政党，即印尼建设团结党。1984年8月印尼国会通过政党法和组织法，其中严格规定，所有政党均须以建国五基为其宗旨，伊斯兰教的政治影响明显下降。
80年代以来，印尼伊斯兰教极端分子在国际恐怖主义分子的策动下，多次进行反政府的骚乱和恐怖活动，均遭政府严厉打击。伊斯兰教极端势力是印尼国内政治不稳定，危及国家安全的隐患。
（3）国内政治转型时期（1998～2004）。1998年5月苏哈托下台，国内政局发生急剧而持续动荡变化。印尼副总统哈比比继苏哈托之后担任第三任总统（1998～1999）。他是印尼穆斯林知识分子协会（“伊启弥”-ICMI）的创始人，该组织在印尼伊斯兰知识分子中颇具影响。在其短暂的任职期间，地方伊斯兰教与基督教冲突此起彼伏，严重影响国家政治稳定。作为前任苏哈托总统的继任人和苏哈托的政治影子，哈比比继续实行苏哈托的既定伊斯兰政策。
1999年举行全国大选，伊斯兰教师联合会总主席瓦希德继哈比比之后担任第四任总统（1999～2001）。作为伊斯兰教长老担任总统的第一人，他之当选，在一个伊斯兰教徒占印尼人口近90%的印尼社会里，对社会稳定来说具有重要意义。瓦希德主张反对暴力，谴责某些人以宗教扼杀人性。鼓吹伊斯兰宽容、中庸精神，宗教徒必须维护民族生活的多元性，维护民族团结。
2001年7月23日印尼人民协商会议罢免了总统瓦希德，选举副总统梅加瓦蒂为第五任总统（2001～2004）。梅加瓦蒂任职期间，印尼经济不景气，社会矛盾尖锐化，马鲁古等地区接连发生伊斯兰教徒与基督教徒冲突的事件。“9·11”恐怖袭击事件后，印尼国内以“伊斯兰祈祷团”为首的的恐怖主义活动十分猖獗，伊斯兰极端分子制造多起爆炸事件，严重危及人民的生命财产安全，印尼社会治安、经济生活受到严重影响。梅加瓦蒂政府对恐怖主义活动采取坚决铲除态度，对违反宪法的某些伊斯兰政治主张，如要求实行政教合一，建立所谓伊斯兰教国的政治企图，坚决表示反对。鉴于国内伊斯兰政治背景的复杂性，加之国内伊斯兰教徒中有强烈的反美情绪，梅加瓦蒂对反恐怖主义、宗教冲突、宗教情绪等重大原则问题，采取严格区分，谨慎处理的政策。
印尼印度教教徒约占人口的2.5%，主要分布在巴厘岛等周边岛屿。公元1世纪前后，婆罗门教由印度的科罗曼德耳海岸，通过马六甲，传入印尼群岛。公元4世纪，印度教传入爪哇，自沿海逐步深入内地，受到宫廷王室的欢迎和保护。爪哇人将印度文化、印度教与当地的原有文化融合在一起，形成自己的宗教特点。
爪哇的印度教是以密宗（Mantrayana）的形式传播的，印尼人主要信奉湿婆和毗湿奴。公元5世纪在加里曼丹东部出现古戴王国，发现的石碑记载着国王举行命名祭典时，曾赐众婆罗门许多黄金。后来新的君主牟罗跋摩征服了许多部落和村社，又将村社的土地赠予婆罗门。在上述石碑上刻有不同形状的印度教神像，如湿婆、神牛南吉、象头神等。
上述崇奉印度教的君主征服村社和赠地予婆罗门的事例，也反映了印度教在爪哇的传播往往与僧侣、王族兼并土地联系在一起。在公元5世纪西爪哇形成的多罗磨（Taruma）王国遗址上发现的有关碑铭中，可以看出国王信奉的是毗湿奴教派。公元9世纪时，中爪哇出现马打篮王国，其四位君主都为湿婆教教徒。其中达赫沙王朝（Dahsa，900～919）在普兰巴南建立了带有湿婆教派特征的陵庙。10世纪在东爪哇出现辛多克王朝（Sindok，929～947），这一时期所建的一些碑铭，主要是关于湿婆教的。继辛多克的是达尔玛旺夏王朝（Dharmawangsya，990～1007），国王根据印度教的法规编纂了一部爪哇历史上著名的法典。达尔玛旺夏的继承者爱尔朗卡（Airlangga）在反击室利佛逝的进攻时，曾得到婆罗门僧侣的援助。爱尔朗卡同时提倡湿婆派、毗湿努派和大乘佛教。1222年爱尔朗卡世系的最后一个国王与婆罗门僧侣的矛盾加剧，后被起义军推翻，在爪哇出现了新柯沙里（Singosari）王国（1222～1292）。在这个王国中，左道密教很流行，湿婆和佛陀成为一个崇拜的对象。印尼湿婆教的一个重要特点是，它混杂了大乘佛教和毗湿奴教的一些因素。例如在832年帕塔潘的甘达苏利的碑铭上一开始就有“敬奉湿婆，献身于大乘佛教”的字句。
随着16世纪爪哇岛的全面伊斯兰教化，印度教逐步衰亡，目前主要存在于巴厘岛和龙目岛，其中三分之二的教徒集中在巴厘岛，人数约300万。印度教与巴厘的原有文化和宗教相结合，形成具有自己特色的“巴厘印度教”。该教拥有独立历法，崇尚祖先祭拜，祭祀节日繁多，故巴厘岛被人们戏称为神仙岛。
巴厘人划分为四个等级，又称四大种姓：婆罗门（Brahmana-kasta pendeta，僧侣）、刹帝利（Ksatriya-kasta raja dan kaum bangsawan，武士阶层）、吠舍（Waisya-kasta pedagang dan kaum buruh menengah，商贾中产阶层）、首陀罗（Sudra-kasta petani dan buruh kecil，budak，农民和仆役阶层）。其中以婆罗门僧侣地位最高，农民和仆役阶层地位最低贱。印度教的四大种姓现仍存在，但没有过去那么严格。婆罗门种姓的巴厘人多在外岛经济发达地区发展自己的事业，少部分首陀罗种姓的巴厘人以皈依其他宗教和改名的方式摆脱自己的种姓。
在巴厘岛的不同地区，印度教的习俗也有所不同。随着社会现代化进程的深入，以及印尼宗教部印度教、佛教司和印度教组织的努力，巴厘印度教的部分活动有了新的内涵，巴厘各地印度教习俗的区别逐步减少，整个习俗也将臻于简化和统一。
鉴于巴厘岛古代曾有过印度教审判法，但已不能适应当前社会需要，为此印度教协会拟订了新的印度教审判法。印度教组织在巴厘首府登巴萨建立了“印度教大学”，在教授印度教教义的同时还教授科学知识，该大学目前成为印尼国立大学。印度教协会除了开办宗教大学外，还开办经济、法学等学院。
在巴厘岛，印度教庙宇到处可见，多达三万余座，故巴厘又有“庙宇之岛”的称号。在神庙中，最雄伟壮观的是钵萨给。这里是巴厘印度教的中心发源地，巴厘岛各地居民不论贫富，都不惜一切代价，每年到这里朝拜一次。
印尼最大的印度教陵庙则是中爪哇日惹附近的普兰巴南（Prambanan）陵庙。该陵庙位于日惹特区和中爪哇省的交界处，距日惹18公里，距梭罗53公里，建于856年，由珊查亚王朝的国王拉卡伊比卡丹下令修建，用于埋藏当时国王和王后的骨灰和供奉湿婆神。普兰巴南陵庙是由250座建筑物组成的陵庙群。建筑雄伟瑰丽，石壁上的雕刻大都取材于印度史诗《罗摩衍那》。9世纪前后柯陵王国建于中爪哇迪延（Dieng）山区的印度教陵庙群中，有比玛（Bima）、斯里甘蒂（Srigandi）、加托卡查（Gatutkaca）、阿佐那（Arjuna）、什玛尔（Semar）、本达迪哇（Puntadewa）、苏巴特拉（Subadra）等陵庙，这些陵庙的命名都取材于印度史诗《摩诃婆罗多》。这里也可看出，印度教在印尼的传播，借助于脍炙人口的《罗摩衍那》和《摩诃婆罗多》这两大印度史诗的宣传。
在普兰巴南这一庞大的陵庙群中，最大的陵庙是湿婆陵庙，位于陵庙群的中央。由此可见，对印尼的印度教教徒来说，湿婆是处于首位的。爪哇的印度教会通常在普兰巴南陵庙庆祝每年静居日等的庆祝活动。该塔群游览范围为80公顷，有演出场地，每年8～10月，于月圆之夜演出文艺节目。该陵庙已被联合国教科文组织列入世界文化遗产名录，受到国家和人民的保护。
印尼佛教徒约占人口的0.9%，主要分布在华人集中居住的地区。早在公元3世纪，佛教就已传入印尼，在苏门答腊巨港、爪哇和苏拉威西发现的阿摩罗跋胝式的石佛像和铜佛像就是证明。佛教自苏门答腊向爪哇大规模传入则始于公元5世纪。据中国唐代高僧义净《大唐西域求法高僧传》载，罽宾国（今克什米尔）王子求那跋摩（Gunawarman）以世乱出家修道，于420年前后在印尼的阇婆劝说该国国王改奉佛教。阇婆成了中爪哇第一个佛教王国，崇奉小乘佛教。更确切地说，求那跋摩把小乘佛教中的部派之一——“说一切有部”（Sarwastiwadin）传入印尼。从那时起，佛教取代了当地的婆罗门教，成为印尼等周围岛国的主要宗教。
公元7世纪，在苏门答腊巨港建立起来的室利佛逝王国不仅是东南亚国际贸易的中心，也是东南亚重要的佛教中心。当时印度著名高僧夏基阿基尔特（Syatyakirti）和印度那烂陀高僧达摩婆罗（Dharmapala）等曾到室利佛逝登坛讲学，传播大乘佛教。
唐代高僧会宁在公元664～665年间抵爪哇的诃陵，羁旅三年，与印尼僧人若那跋陀罗（Jnanabhadra）共同翻译佛经《阿笈摩经》。公元671～695年共25年中，义净赴印度取经往返于中、印之间，曾三次在室利佛逝羁留，学习梵文，翻译佛经，共十余年。他撰写的《南海寄归内法传》四卷和《大唐西域求法高僧传》两卷，成为研究佛教史和中外交通史的重要史料。在这期间，赴室利佛逝、末罗游和诃陵的中国僧人有十余名。
8世纪初以前，印尼主要流传有部佛教，即小乘佛教占优势。在印度化的苏门答腊时期留下的文物大部分是属于大乘佛教的。公元718年前后，印度大乘密教“五祖”金刚智（Varabodhi，音译：跋日罗菩提）将大乘密教传入印尼，被中爪哇的夏连特拉王朝奉为国教。
夏连特拉王朝于8世纪下半叶，在中爪哇日惹附近兴建了著名的婆罗浮屠佛塔，它是迄今世界上最大的佛塔。该佛塔建在日惹西北39公里处的丘陵上。这座宏伟壮观的宗教建筑与中国的万里长城、埃及的金字塔和柬埔寨的吴哥古迹齐名，被世人誉为古代东方的四大奇迹。佛塔位于日惹以北42公里处，建于公元760年左右，是夏连特拉国王为收藏释迦牟尼一部分骨灰而建造的。它是世界上现存最大的佛塔，联合国教科文组织将它列为世界文化遗产名录。
婆罗浮屠佛塔附近还有满都特和帕万两个小佛塔。它是一座大乘教陵庙，在形式上体现了密宗教义。除婆罗浮屠外，爪哇著名的佛教陵庙还有：中爪哇的卡拉珊陵庙（Candi Kalasan）、萨里陵庙（Candi Sari）、湿雾陵庙（Candi Sewu）、巴旺陵庙（Candi Pawon）以及东爪哇的加高陵庙（Candi Jago）、宋勃拉宛陵庙（Candi Sumberawan）等。苏门答腊的著名佛教遗址是位于该岛北部的巴东拉瓦斯（Padang Lawas）陵庙群，它建于11～14世纪期间。印尼的佛教陵庙主要集中于中爪哇。
鉴于苏哈托政府加紧对华人采取同化政策，孔教和道教被认为源于中国，不利于华人的同化，因此受到种种限制。现有的三教联合会，主要是开展佛教活动。随着苏哈托的倒台和现政府的民主政策的实施，印尼孔教活动增多。
由于三教合流、华人习俗和地方神灵等因素的影响，华人佛教徒敬奉多元神祇。近年来，印尼传入一佛教新密宗（Tantrayana）。据报道，这种密宗要求僧人坚持穿黄色袈裟，但允许留长发，不必剃度，并且可以结婚，目前，佛教密宗已传至印尼的棉兰、巨港、雅加达、三宝垄和泗水等城市。这一密宗，已为宗教部佛教事务司司长认可，被认为符合释迦牟尼的佛教学说。
佛教徒不仅上佛寺敬佛，有的还在家里设庙堂和观音堂。由于对佛教教义有不同解释以及其他种种原因，印尼出现了一些不同的佛教组织，如；印尼佛教联合会（Perwalian Umat Buddha Indonesia），印尼弥勒佛教徒理事会（Majelis Pandeta Maitreya Indonesia），全印尼佛教徒联合会（Gabungan Umat Buddha Seluruh Indonesia）等。由于印尼政府同化政策的驱使，部分华人（多为青年）皈依伊斯兰教、天主教和基督教。目前，印尼佛教徒多为年长者，以在家居士为多。随着印尼政府华人政策的改变，佛教活动出现增多趋势。
印尼天主教和基督教教徒约占人口的7.9%（其中基督教徒占5.3%），主要分布在佛洛勒斯、帝汶、东努沙登加拉、马鲁古、巴布亚和中爪哇等地区。
天主教由葡萄牙、西班牙和德国人于16世纪传入印尼。荷兰殖民印尼时期，天主教受到排斥和限制，基督教得到发展。17～19世纪，荷兰殖民当局把印尼的天主教活动视作葡萄牙殖民者残余势力的一种体现，因而加以排斥，严禁天主教在印尼传播。这一措施曾得到信奉伊斯兰教的北马鲁古群岛、北苏拉威西和加里曼丹马辰王族和苏丹的支持。1743年荷兰殖民当局曾掀起一次排斥天主教势力的运动。1847年，荷兰殖民当局与印尼的天主教会达成协议，使天主教会获得更大的传教自由。在这以后，以佛罗勒斯岛为天主教的传教中心逐渐转移至爪哇。天主教的神父深入内地、山区进行传教。如荷兰神父凡·里斯（Van Lith）在1897～1926年间深入中爪哇的蒙迪兰（Muntilan）传教，并在墨诺莱（Menoreh）山区给几十名爪哇人洗礼。这次洗礼仪式被后人称为“天主教在爪哇传教之始”。
印尼最初的天主教徒政治组织是1923年在日惹成立的“爪哇天主教政治协会”（Perkumpulan Politik Katolik Jawi）。它以天主教教义为基础，主张实现爪哇民族主义，继而实现印尼民族主义。它对荷兰殖民政府采取合作的态度。印尼语是协会的正式交际语，同时协会更名为“印尼天主教政治联合会”（Persatuan Politik Katolik lndonesia），它的几十个支部分布在爪哇、苏门答腊和苏拉威西诸岛，其会刊《天主教之声》十分关注印尼的一般社会问题，但该组织不要求推翻殖民政府。1941年它与其他天主教组织联合成立“天主教联合机构”（Badan Pertalian Katolik）。
基督教由荷兰人于17世纪传入印尼，属于新教，它与荷兰殖民主义统治在印尼的建立密不可分。印尼基督教主要分布于米纳哈沙、安汶、南马鲁古、万鸦老和巴布亚等地区。1602年荷属东印度公司成立后，为了抵制葡萄牙人在印尼的天主教势力，1640年荷兰殖民者在雅加达建立了基督教堂，于1731和1733年，先后将基督教圣经的《新约》和《旧约》译成马来语，这是因为当时马来语已在印尼各岛屿间广泛传播。自19世纪，荷兰为加强对海外领地的控制，在印尼加紧基督教的传教活动。1802年在荷兰海牙成立了“荷属东印度新教会事务委员会”，以统一管理荷兰统治下的印尼的基督教活动，具体事项则由殖民大臣负责。上述委员会由荷王任命，去印尼的牧师由委员会介绍。在雅加达的基督教“中央教会董事会”的董事并非由各教会选任，而是由荷兰总督任命。殖民政府负责支付印尼基督教教会人员的薪水和教堂管理费用。荷属东印度公司刚成立时，来印尼的基督教牧师主要是德国人，后来在荷兰政府的鼓励下，许多荷兰牧师来印尼传教。其中有些传教士还是学者，他们深入印尼社会进行传教和科学考察。
为了避免刺激当地伊斯兰教徒的宗教感情，1855年荷兰殖民政府法规第123条明文规定，基督教、天主教等传教士，未经总督特许，不准擅自在印尼传教。尤其在伊斯兰教势力强大的地区，如苏门答腊北部的亚齐、西爪哇的万丹等处，“须与基督教隔绝”，以防宗教间的冲突，引起社会动乱。当局还划分了天主教、基督教及其支派的传教区域。另外，鉴于巴厘岛居民绝大多数信奉印度教，殖民当局认为基督教、天主教不宜传入。
为了更好地协调政府与教会之间的关系，在印尼分别成立了“天主教教会领事馆”和“基督教教会领事馆”。这种教会领事馆的任务是在政府与教会之间起协调和桥梁作用，同时为总督提供有关宗教的咨询。
在1602～1942年期间，天主教和基督教在印尼都有不同程度的发展。开始时，基督教传教重点在内地和山区，那儿的伊斯兰教和佛教势力较沿海和平原地区弱，经济相对落后。1799年荷属东印度公司垮台，从1800年起荷兰奴役印尼的机构改为荷属东印度政府，其殖民制度不变。但荷兰政府改变了对印尼的基督教的政策，自19世纪初开始，印尼的基督教会逐步脱离荷兰本土基督教会的控制，较自由地开展活动。
1942年日本占领印尼，外国传教士遭迫害，其中不少人被关进集中营。基督教教会同样遭到日本占领当局的排斥和破坏。
1945年印尼独立后，两教会在印尼大力传教，通过成立政党，开办学校、医院、慈善机构扩大教会影响。这一时期，两教教会都获得西方国家有关基金会的大量资助，天主教和基督教有了较大发展，在教徒中青年知识分子的比例不断增加。
1965年“9·30运动”事件后，当局要求每个居民在身份证上的“宗教信仰”一栏里填写所信奉的宗教，无神论者很可能被怀疑为共产党人。在历史上和生活习惯上，华人中许多人与伊斯兰教有隔阂，而以华人为主的佛教又被原住民看作封闭式的“外国宗教”，部分华人信奉的“孔教”后来又不被当局承认。于是一些华人，特别是受西方教育的华人学生和知识分子，便加入天主教或基督教。
在印尼政治生活中，天主教和基督教曾先后成立过自己的政党：印尼天主教党成立于1945年12月，原名为印尼共和国天主教党（Partai Katolik Republik lndonesia），其前身为印尼天主教政治联合会。“全国基督教党”（Partai Kristen Nasional）于1945年11月在雅加达成立。印尼天主教党和基督教党都拥护“潘查希拉”（建国五项原则）为印尼立国之本，两党也都是历届政府承认的合法政党。
如果说佛教和伊斯兰教主要是通过文化交流和商业往来和平地传入印尼的话，那么基督教和天主教则是伴随着西方殖民者的侵入而传至这个万岛之国。由于葡萄牙和荷兰分别利用天主教与基督教作为其扩张的工具，因此17世纪前后印尼天主教与基督教争夺势力的斗争，在一定程度上反映了葡、荷两个殖民主义者之间的争夺。
印尼独立后，上述两教教会获得西方国家有关基金会的大量资助，积极开办学校、医院和慈善事业，吸收了包括华人在内的不少新的教徒，两教在印尼社会生活中有一定影响。但由于政党合并和在野党力量的削弱，两教在印尼政治舞台上的作用受到限制，政治影响越来越小。获准参加印尼2004年大选的24个政党中，仅有繁荣和平党带有天主教和基督教性质。但是，由于得到西方教会的支持、传教方式的多样化和教徒文化层次的提高，其社会影响不容忽视，尤其是在天主教徒和基督教徒集中的地区。
基督教徒和天主教徒与其他宗教徒一样，具有宽容的特点。至于苏哈托政权垮台后连续发生的某些地区伊斯兰教徒与基督教、天主教教徒的流血冲突，有其复杂的社会和政治背景，不可一语定论。