由于地质构造的特点,印尼内地多山,主要有两条山脉贯穿印尼:
环绕太平洋山脉。该山脉沿南美洲的安第斯山和阿拉斯加山途经日本、菲律宾至西伊里安,并延伸至哈马黑拉海。
地中海山脉。该山脉沿北非、南欧、喜马拉雅山途经缅甸至印尼苏门答腊、爪哇、努沙登加拉和班达岛。该山脉锋芒毕露,山势高峻,其高度大都在海拔4000米左右。山脉外临深海,海岸陡峭。由于地壳运动,时常发生大小不一的地震,平均每日一次。造山运动促使地下灼热的岩浆顺地缝外冒,形成火山。该山脉因此被称作巽他火山带或缅甸爪哇弧,素有“灯火走廊”之称。该火山带是世界上地震和火山爆发最频繁的地区之一,也是东南亚地质上出名的“不安定区域”,仅爪哇岛每年约有大小地震55次,平均每周都有地震。
印尼全境有大小火山400余座,其中100余座是活火山。据记录,1972~1991年期间全印尼火山爆发20次,平均每年有一座火山爆发。1983年巽他海峡上的略拉咯托火山爆发,引起的海啸夺去36000人的生命,两岸村庄几乎全部毁灭,并形成300米的海沟。在沉寂一个世纪之后,又于1970年爆发两次。印尼火山多为圆锥状,底部宽,山口直径大小不一,火山口常年有烟雾冒出。有的火山,底部岩浆翻滚,响声如雷,冒出的热气可将下抛的石块托起,甚至喷到空中。火山周围的熔岩壳散发着热量,软似胶皮。火山爆发后形成大小不一的火山湖。
印尼有着极其丰富的自然资源,其中矿产资源更为丰富,蕴藏重要的矿产如非金属矿石油、天然气、煤炭、金刚石、沥青、磷酸盐等。金属矿如锡、镍砂铝土、铁砂、铜、镍、黄金、白银、锰砂,铬,铀等。
矿产蕴藏横跨印尼群岛东西部地区。苏门答腊、加里曼丹、爪哇的石油、天然气。伊里安加雅的铜、镍、黄金;苏拉威西的镍、黄金、铜;苏门答腊的锡、煤炭、铜;勿里洞、邦加岛的锡;加里曼丹的煤炭、黄金、铝土、铜;爪哇、西松巴哇的黄金、铜;宾丹岛的铝土,苏拉威西的铜。此外还有加里曼丹、苏拉威西、西爪哇、南苏门答腊的铁矿,南加里曼丹的金刚石,西爪哇的硫磺、锰,廖内的花岗石和巴布亚的铀等。可见矿产广为分布,品种多有叠加。印尼是锡、铜、镍、黄金生产大国。产量分别名列世界第2、3、5、7位。传统的矿产开采只有铝土矿、白银、锡等几个单一的矿。后扩大到开发铜、镍、黄金、煤炭等矿。
印尼是东南亚石油、天然气蕴藏和生产大国。石油总蕴藏量为500亿桶。1817年在西爪哇打出第一口油井,1883年在亚齐地区开始大规模开采。20世纪70年代前,印尼石油开采权在外国人手里,荷兰皇家石油公司、英国贝壳石油公司、美国德士古石油公司和日本石油公司等先后在印尼安营扎寨,展开竞争。1957年12月10日,印尼成立了国家石油公司,参与外国石油公司的开采,利用“工作合同”和“产品分成合同”从中提成。前者是政府向外国石油公司出租石油开采权从中提取60%的利润,用以代替外国石油公司所要交纳的投资税;后者是将部分油田交由外国石油公司开采、经营,印尼从中提取40%的纯利润。
印尼是世界石油输出国组织的重要成员,产量受到一定限制,目前日产石油130余万桶。印尼于20世纪80年代兴建了部分炼油厂,从出口原油转向出口成品油,以便获得更多的外汇。印尼在出口高价优质油的同时,从国外进口部分廉价劣质油供国内消费。
印尼可开采天然气蕴藏量约73万亿立方英尺,生产的天然气主要用于国内消费,少量利用管道出口到周边国家。
由于土质、气候、雨水分布的不同,印尼各地植物的种类和生长情况亦有所不同。如雨水充足的苏门答腊、加里曼丹和巴布亚等地区长有茂密的森林和热带雨林。爪哇东北部则生长着季节林,每逢旱季来临,其热带雨林会转变成季风型森林,其中柚木最为典型,其树叶凋谢。
根据地势高度,印尼植物可分为四大类:海拔700米左右的地方有原始热带雨林;海拔1500米左右的地方有茂密的森林;海拔2500米左右的地方有灌木丛;海拔2500米以上的地方仅有稀疏的杂草和矮木丛。
印尼森林面积约1.43亿公顷,主要树种有椰树、榕树、棕榈树、橡胶树、木棉树、金鸡纳树、菩提树。珍贵的木材有柚木、檀木、铁木、龙脑香木等。印尼还盛产咖啡、甘蔗、棉花、茶叶、烟草、丁香、奎宁等经济作物。印尼早在古代就以香料群岛闻名于世,当地纯正的胡椒、桂皮、豆蔻等香料远销世界各地。主要农产品是稻米、玉米、木薯、花生等。在花卉中,尤以兰花最为普遍。
印尼动物种类主要分为亚洲和澳洲两类,而巴厘和龙目海峡是亚、澳两洲动物种类分界线,西部的是亚洲种类,东部是澳洲种类。在印尼,动物种类的分布不能简单地以地区划分,有的动物隔岛就没有,如加里曼丹虎和苏拉威西的鹿猪,其他岛屿就没有。
印尼哺乳动物约650种,禽类约2000余种,昆虫类不计其数。
印尼最常见的哺乳动物是猿猴类,如:加里曼丹的天狗猴、苏拉威西的黑狐猴、苏门答腊的银叶猴和巴厘的长尾猴等;猩猩常见于苏门答腊和加里曼丹岛。大象常见于苏门答腊和加里曼丹岛,单角犀见于巽他岛,目前仅剩下几十头的犀牛见于西爪哇,野牛、卷尾袋鼠见于苏拉威西和马鲁古群岛。印尼的老虎有3种:加里曼丹虎、爪哇虎和苏门答腊虎。
印尼爬行动物以鳄鱼、巨蜥和蟒蛇为主,其最珍贵的动物是生活在东努沙登加拉岛的科莫多(Komodo),科莫多是600万年前的史前动物,身长2~3米,形状类似大蜥蜴。世界上唯有印尼有这种动物,它与中国的大熊猫齐名。印尼珍贵的动物还有帝汶岛的飞蜥和巴布亚的皇冠鸽等。
印尼禽类主要有:爪哇的绿孔雀,苏拉威西、加里曼丹和巴布亚的极乐鸟,东努沙登加拉的长尾鹦鹉,巴厘的班椋鸟,马鲁古的黑头鹦鹉,爪哇和苏门答腊的犀鸟等。
由于森林大火、其他自然灾害和人为因素,印尼生态平衡遭到破坏,珍贵动物种类和数量逐渐减少。如目前世界上仅存大约500只野生苏门答腊虎,近年偷猎苏门答腊虎的活动猖獗,每年约有几十只苏门答腊虎死于偷猎者的枪口下,如不采取有效措施,苏门答腊虎有可能在12年内灭绝。为保护珍贵动物,印尼政府在全国建立了300余个动物自然保护区,占地1300余万公顷。