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秦汉大帝国在公元220年后已无可改组修正，只能重起炉灶的再造。问题不仅在朝廷的高层机构，而且在民间的低层机构。
——黄仁宇《长期分裂时的悲剧》
前面已经说过，统一是中国社会的常态，分裂是其变态。但发生在魏晋南北朝时期的这一次长达369年的分裂，却对中国历史的发展，起了至关重要的作用。汉亡之后的369年，中国无法统一，这是中国历史上为期最长的分裂。
最先开始的是三国时代。由于浪漫的《三国演义》的生花妙笔，三国显得格外绚烂多彩、引人注目。的确，实际情况也是这样，就算是翻开《三国志》这样的正史，其间的悲欢离合，也不会让人感到有丝毫的逊色。黄仁宇先生对于三国的历史评价就是，“整个三国时代，是英雄豪杰、风流人物浮沉起伏的期间。因为战事连绵不断，皇帝威信又名存实亡，很多舞台上的角色，已不受道德上的约束，于是赴炎附势。他们自述胸襟怀抱，慷慨真切，全无腐儒气味，做起事来，也是畅快淋漓。”
说到三国，必然离不开曹操。曹操能够出类拔萃，取得在三国鼎立中最重要的角色，乃是由于他不拘小节、眼光远大。为了安抚流亡农民，他开始推行“屯田
制”，既安定社会，也解决了军粮问题。为了打击东汉时期为害最烈的豪强势力，他大力加以整顿，并推行了在中国历史上非常有名的“唯才是举”的命令。他说，“负污辱之名，见笑之行，或不仁不孝而有治国用兵之术，其各举所知，勿有所遗”，也就是说，不管这个人的名声好不好，孝顺不孝顺，只要懂得治国用兵之术，就要将他拉拢过来，加以使用。与传统的儒家经典理论相对比，这无疑是“离经叛道”的行为。
然而，回过头来看这一段历史，我们又可以知道，在这分裂的369年中，酝酿着一个大问题，牵涉整个国家从头到尾的重新组织。不仅曹操不可能预测，即作史者如陈寿及裴松之也仍没有看到演变之全豹。也正因为此故，黄仁宇先生对于曹操等人的评价并不算高。
曹丕篡夺汉位，开启了东吴和蜀汉称帝的序幕。至此，三国鼎立才最终确立。不过，曹氏家族的篡位，原以为可“永享国祚”，不料没几年就失去皇帝宝座。
这也难怪，这些篡位者没有看到，他们自己是世代权臣，手执兵符，当然声震朝宇。可是一旦做了皇帝，传之子孙，皇帝又会变成宫中的傀儡。
篡位的司马炎在位25年，重新造就了中国的统一。但由于西晋没有进行必要的改革，从而无法满足整个社会体制的需要，所以很快就引发“八王之乱”，西晋中央权威一败涂地，最终导致了少数民族入主中原，这就是后来汉族知识分子所无法释怀的“五胡乱中华”
。
为什么会这样呢？如果按黄仁宇先生的“大历史观”来看，这是因为秦汉大帝国在公元220年后已无可改组修正，只能重起炉灶的再造。问题不仅在朝廷的高层机构，而且在民间的低层机构。
由于社会上的大动乱，当时人口由北向南、由西向东的迁徙，汉人是多数民族，却无法对抗这种潮流，随之而动，结果是为我国南部经济的开发，注入了强大的活力，并使得到了第二帝国时期，我国的南方经济全面超过北方。北方的少数民族虽擅长骑兵战术，也无法越过淮水和汉江等处地区，况且游牧民族的生活方式也无法在全国推广，不能成为中华民族的主导生活方式。
双方在淮河流域一带，产生了“拉锯战”。
第一帝国是以数量较少的官僚机构统治大量的自耕农，但分裂时期，汉族的巨家大室和少数民族首领都自起炉灶，各干一套，结果妨碍了中央政府向全民征兵抽税；加上各民族语言不通，更造成了统一的障碍。
当然，此间也有统一的尝试，这就是著名的“淝水之战”。由于前秦的苻坚内部问题实在太多，而南方的东晋政权又拼死一搏，所以结果是苻坚大败，统一进程延迟。这也可以说是北方的少数民族擅长的是骑兵战术，至此已无法做有效的发挥；南方的汉人擅长水战，不仅可以用船运兵，争取主动，而且将士也无行军之劳，兵粮有速达之效，不过，这种长处也不能向北延伸。所以黄仁宇先生才会说，“淝水之战时，双方受地形限制的情形，已见其端倪。”
最终打破这种僵局的，是北魏的拓跋氏。他们之所以能如此，不是文化程度高，而是由于人文条件简单，可以从最基本的事业着手，并能以原始作风来解决问题，所以不期然的做了中国再统一的工具。
他们所做的最重要工作，在黄仁宇先生看来，就是推行“太和诏令”。这是由孝文帝的祖母冯太后进行的。冯太后信任大臣李冲，由李冲对拓跋氏政权的民政进行改革，因而对中国以后几百年的政治体制有深远的影响。这一套变法，由于是在太和年间进行的，所以又叫“太和诏令”。
变法中最重要的两条，是均田制与三长制。485年，诏令天下均田，原则上土地国有，订立了每一家按人口应有田地的标准；486年则确立三长制，也就是选有权有势的人当基层干部。在黄仁宇先生看来，这样就实际实行了“租庸调”制。
由于这一措施是对当时整个社会的根本改造，所以具有相当大的冒险性。具体的推行情况，现有的史料还无从判断。以后北魏仍为权臣所把持，并分为东西两部分，东魏为北齐高洋所取代，西魏为北周宇文觉所取代。
但黄仁宇先生认为：“然则历史的演进，并不为这分裂运动而停滞。中国之统一，需要一个以小自耕农社会作统御经理的趋向，也愈为明显。”
最后承担起统一任务的，是北周的外戚杨坚，也就是后来的隋文帝。杨坚是个胡汉混血儿，他利用自己外戚的身份，先以北周的力量吞并北齐，然后回头解决北周问题，并利用统一后的江北力量，席卷南朝。黄仁宇先生说，他的这个统一模式，发展方向是自西向东，由北至南，“以经济人文简单的地区去征服繁荣富有的地区，这也是承继北魏拓跋氏在历史上活动的逻辑”。黄仁宇先生没有进一步指出，其实这也很符合中国历史上长期统一的模式，即由北而南，由西向东。经北伐而获胜的统一，除明朝是个例外，其余的实在是乏善可陈。
至于在此段时间内，中国社会能够重新走向统一，思想方面的原因起了多大的分量，前面已经说过，有些历史学家每提到中国的重新统一时，总要强调中国传统思想的伟大，但是传统思想能够发生功效则是因为社会组织已经和它接近。比如说，宇文泰在文治方面最闻名的措施，乃是任命苏绰为度支部尚书，让他规划新政府的各种设计，而苏绰的设计，也总是以《周礼》为依托，也就是预先创造一个模式，然后依葫芦画瓢，进行实际的操作。而北魏的三长制和均田制，在黄仁宇先生看来，则正有这种“间架性设计”的趋向。至于为什么会如此，则是可能对朝廷和社会底层作梗的巨家大室（社会中层），或被淘汰或受约束，中央政府因此可以掌握大量的农民。
总之，归纳这一段历史时，黄仁宇先生说了一段非常精彩的话：汉代虽亡，过去多年来中国已经产生了一个独一无二文教式的体系，足以支持一个以小自耕农作基础的大帝国，一到客观的环境许可，这样一个大帝国可以重新摆布登场的时候，这文教上的体系用不着重新创设，也可以随着弹冠而起了。