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1916年11月8日，蔡元培一路风尘从法国抵达上海，但迎接他的并不是革命的号角。他接连收到两个噩耗：昔日的同盟会首领黄兴和西南护国军将领蔡锷相继去世。意外的打击，使得正谋划复兴的革命党人突然堕入一片悲哀之中，这也为蔡元培的北上之行笼上一层阴霾。
在上海，他见到了孙中山并征询他的意见。孙中山非常支持他去北大任校长。孙中山的意见是：如果你去北大做校长，有利于革命思想向北方传播。中山先生的支持和嘱托坚定了蔡元培任职北大、改造北大的决心，后来还用“我不入地狱，谁入地狱”来表明自己毅然决然的态度。
1916年 12月22日，带着中山先生交与的使命，抱着整顿、改革北大的宗旨和决心的蔡元培迎难北上赴任。
临行前，上海的《民国日报》特别发表诗作送别：
居官三月掉头去，
更挈书囊驾海行。
坐惜斯人挟悲悯，
不应长作老书生。
作为戊戌变法维新的第一步，1898年7月3日，光绪帝亲自下令批准成立京师大学堂。在维新派的理想中，它不仅仅意味着中国第一所国立综合性最高学府的确立，还将替代国子监成为国家最高教育行政机关，统辖各省学堂。但两个月后风云突变，慈禧发动政变，光绪被囚，康梁逃亡国外，维新派的改革在这场蹂躏中几乎被一扫而光。政变风暴之后，京师大学堂却意外得以幸存。不过风光难续，从诞生之日起，就飘摇在风雨中的京师大学堂未及喘息，连年战祸纷至沓来。京师大学堂真正得到重新起步，则是新政之后的事情了。
1901年之后，新教育的其他格局从县、府、省都确立起来，这个时候京师大学堂面临很大的压力。
民国政府正式成立后，任命严复为京师大学堂校长。但严复的任职时间也很短，他对京师大学堂进行了体制性的改造，但很快又被别人攻击，也离开了。
1912年，京师大学堂更名为北京大学，又开始进入到一种堕落、喧哗的状态。此校初办时所收学生，都是京官，所以学生被称为“老爷”，而监督及教员则被称为“中堂”或“大人”。京师大学堂是科举考试的替代物，进了就是进士。很多教师都是官员兼职。到了民国，北京大学还被看成京师大学堂，在社会公众眼中仍是官僚机构，一度曾被叫做“官僚养成所”。
在那时的校园里，根本没人去谈论知识，没人为真理、为知识去研究学问。学生身带仆人，完全不务正业，老师也都冬烘保守，整个面貌陈旧得一塌糊涂。当年就有这个说法：八大胡同的主要嫖客是“两院一堂”的“人杰”。“两院一堂”的“两院”即指上议院、下议院，而“堂”指的就是京师大学堂。
没有蔡元培就没有新北大，北大后来的面目就是经过蔡元培点化后而得以根本改变。它显赫的传奇也被人这样描述：京师大学堂大难不死，已属奇迹。还能排除阻力开班授徒，更是奇中之奇。
蔡元培抵达北京，《中华新报》发出北京专电：大风雪中来此学界泰斗，如晦雾之时，忽睹一颗明星也。北京城新政新事，人们对改革之举充满期待。
虽然被围绕在喧嚣的赞美中，但蔡元培深知，要将一所在军阀盘踞下的衙门式旧学堂改造成真正意义上的现代大学，绝非易事。他想过失败，在他的回忆文章中，蔡元培写道：就是失败，也算尽了心。这也是爱人以德的说法。后来他的继任者蒋梦麟做过这样的评价：维新的浪潮已经从这千年的古城，消退成为历史，把叛逆的石子投入死水的，正是 1916年执掌北大的校长蔡元培。
1916年 12月 26日，蔡元培被正式任命为北京大学校长。
1917年1月4日，蔡元培到北大就职视事，由此开始了他一生中最具成就也最为世人所景仰的辉煌历程。
既有革新精神又有民主作风的蔡元培，从踏进北大校门的那一刻起,就与其前任截然不同。他到校的第一天，校役们排队在校门口恭恭敬敬地向他行礼。而他也非常郑重地脱下帽子向校役鞠躬回礼，校役们包括许多师生都对他的这一行为惊讶不已——这么一位校长，真是从来不曾见过。此后，每天他出入校门，校役们向他致敬，他都会郑重还礼。就是这件小事，给存在严重封建积习的北大吹 进了一股强劲的平等、民主之风，也预示着这所学校将会走上改革的新征程。1917年1月9日，北京大学举行开学典礼，蔡元培发表了就任演说。针对当时学校存在的不良风气，他着重提出了三项要求：“拍定宗旨”、“砥砺德行”、“敬爱师友”，并阐明大学的性质是“大学者，研究高深学问者也”。蔡元培曾任京师大学堂译学馆教员，深知学生恶习。为铲除科举制留下的劣根，蔡元培清楚，首要改革的是学生观念。他指出“大学生当以研究学术为天职，不当以大学为升官发财之阶梯”，突出强调学生要把“抱定宗旨，为求学而来”放在首要位置。蔡元培的这个演说在广大的师生中引起了强烈反响。
1月18日，他到校不久即给吴稚晖写了一封信：“觉北京大学虽声名狼藉，然改良之策，亦未尝不可一试，故允为担任……虽一切维持现状，然改良之计划，亦拟次第着手。 ”
具有多年办学经验的蔡元培明白，要把眼前这个乌烟瘴气的北大办好，最重要的首先是要有一批甚至一大批有真才实学而又热心教育的教师。他认为北大的两大弊端是“学课之凌杂”和“风纪之败坏”，而“救第一弊，在延聘纯粹之学问家，一面教授，一面与学生共同研究，以改造大学为纯粹研究学问之机关。救第二弊，在延聘学生之模范人物，以整饬学风”。
蔡元培来到北大之初，就想要吸引一批跟自己想法一样的人才，或者接近真正有学问的人——不在乎你的政治立场，不在乎你的资历，不在乎你的年龄，这一点是革命性的。
于是，他着手先从两方面进行改革：首先，聘请积学与热心的教员，从而引起学生研究学问的兴趣；其次，改革学校的教学内容和方法，以及改革整个学校的领导管理体制，从而将民主与科学的精神注入北大。