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每当蔡元培的改革理想陷于激越的政坛纷争而无法力保高洁时，他都会选择辞职，退出江湖，游学欧洲。这几乎成为蔡元培人生的周期性行为。
1913年9月1日南京失陷，二次革命宣告失败。陷入低谷的国民党人纷纷流亡国外。辞职出走的第一任民国教育部部长蔡元培出现在法国巴黎的街头。出行前他和商务印书馆约定，每天以半日撰译书稿，该馆将致以每月 200元作为稿费。
三年后，新任民国教育部长范源濂的一份急电，惊破了蔡元培在法国的宁静时光。
此时，北京城又在一场乱局中更迭了政权。在一片唾骂声中，做了83天皇帝梦的袁世凯病逝，黎元洪继任大总统。
范源濂盛情邀请蔡元培归国出任北大校长，电文用词极其殷切：“国事渐平，教育宜急。现以首都最高学府，尤赖大贤主宰，师表群伦。海内人士，咸探景仰。用特专电敦请我公担任北京大学校长一席。务祈鉴允。早日回国，以慰瞻望。启行在即，先祈电告。 ”
1916年10月2日，蔡元培同吴玉章一道由马赛乘船回国。实际上这时北京还传来另一个好消息，虽然黎元洪的北京政府基石未深，但在吵吵闹闹的较量中，国会的民主势力却占了上风，明令恢复民国初年的《临时约法》。蔡元培的战友孙中山、黄兴等也正在归国途中。
对于是否接受北大校长的任命，蔡元培内心曾有过犹豫。他与吴稚晖商量此事时，吴说了一句：“中国事，云不可办，则几无一事可办；云可办，则其实亦无不可办。”他又想到，要使中国转危为安，只有从教育入手。他在给汪精卫的一封信里讲到，当年普鲁士受拿破仑蹂躏，哲学家、教育家费希特改良大学教育，对于挽救普鲁士贡献很大。普鲁士之所以战胜法国，人们都归功于小学教师，之所以有那一代小学教师，得力于高等教育。在国外从事文化教育活动，不如在国内切实。他自己就说得很清楚：我的兴趣就在大学。他认为大学能够培养出国家的精英人才，中国如果有一批杰出的尖端、高端人才，中国就有希望，中国才能走向富强。
他虽然早有此心，但还是有朋友劝他不要回去，认为当时的北大以腐败闻名，进去了，若不能整顿，反于他自己的声名有碍，还有的认为那是在为北洋政府服务。但他本身却抱着救国的理念和改革旧教育体制的愿望，下决心要走一条救国之路。
事实上，他以后出任北大校长，走的正是这条教育救国的道路。而他教育救国的信念，也与他之前的经历有关。
1898年维新变法被强行中止，悲愤交加的蔡元培出走翰林院，回乡办教育。在范源濂请他就任国立北京大学校长之前，蔡元培历经乱世，屡经失败，却不曾丧失教育救国的信念。
对于戊戌变法，蔡元培认为，改变中国，光靠皇帝和几个政治家是不行的，需要新的国民，而新的国民要通过办教育来培养。蔡元培后来在《告北大学生暨全国学生书》中也说：“我国输入欧化，六十年矣。始而造兵，继而练军，继而变法，最后乃始知教育之必要。 ”
1898年蔡元培回乡任绍郡中西学堂总理。在绍兴，这是唯一的一所新式学堂。蔡元培提倡新学，增加日语、法语，还开设化学、物理、生物等科。这是他人生中的第一次教育改革。
后接任北大校长、领导北大17年的蒋梦麟，就是学堂当时的小学生。据蒋梦麟回忆：“这是我了解科学的开端。”他第一次在学堂里知道了地圆说，知道了大地不是平的；他也第一次知道闪电是阴电和阳电撞击的结果，而非电神镜子里发出的闪光；他更是第一次知道了雨不是巨龙在云端张口喷水形成的。
蔡元培引进新派知识分子，守旧派到校董徐树兰处告状。徐树兰让蔡元培抄录皇帝要求遵守旧礼教等上谕，挂于办公室。蔡元培说，我来这里办教育，如果还是你这一套，我来干什么，我还是待在翰林院好了。于是辞职而去。这是蔡元培人生中第一次为了坚持原则而辞职。
在绍兴遇阻，蔡元培到了上海，1901年秋，担任南洋公学总教习。此时的他不再是一位满清翰林，而是一个激进的革命者。他兴办爱国学社、爱国女学，断发习兵操，亲自试制炸药，发起拒法、拒俄运动，参与军国民教育会暗杀团。蔡元培是光复会会长，也是同盟会上海掌门人。武装反清和发展教育耗费了他全部精力，当时蔡元培在绍兴老家的儿子阿根病重，同时上海学校若筹不到款就要倒闭，最终他还是走上去青岛的筹款路，亲生儿子则因病重而夭折。
1903年蔡元培去青岛学德语，有种说法是他要去德国学军事，因为他感觉革命活动总没效果。
1903年夏，“苏报案”发生后，蔡元培又因言论激进被清政府通缉。这期间他放弃了去日本公费留学的机会，直到 1907年，四十不惑的蔡元培方才 “半佣半丐”游学德国。
1912年元月，蔡元培以开国元勋的身份出任中华民国临时政府教育总长。当时民国刚成立，什么都没有，甚至没有办公室，蔡元培便带了几个手下，在南京满街找地方办公。就在如此简陋的办公环境下，蔡元培颁布《普通教育暂行办法》，主持制定《大学令》、《中学令》，并奠定了从幼儿园到小学、初中、高中，乃至大学研究院的中国现代教育体制。同年 7月，因不满袁世凯专权，蔡元培提出辞职。
就在这么短时间，他让民国教育有了好的开端，整个规划蓝图非常前沿。他提出了“五育”（军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美感教育）并举的教育方针和“尚自然”、“展个性”的儿童教育主张。“五育”中，实利主义教育很重要，目的是培养实际发挥作用的人才。军国民教育是让羸弱的国家，在武力上强大起来。而比较关键的是世界观教育。康德哲学著作《判断力批判》指出，人只有认识到看不到的本体世界，才能超越现象世界，到达美的世界。蔡元培希望通过世界观教育，让国人对生活有更高层次的追求。
