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1919年5月10日，蔡元培辞职南下后，在致北大同学的信中说：“北京大学之教授会，已有成效，教务处亦已组成，校长一人之去留，决无妨于校务。 ”
蔡元培担负北大校长名义10年，实际在校时间合计不过5年半。他离校期间，北大按他确定的办学方针运转正常，固然靠蒋梦麟、胡适这些人，同样重要甚至更重要的是他奠定的教授治校制度。
曾为北大教授的顾孟余回忆：“先生长北大数年，以政治环境关系，在校之时少，而离校之时多。离校之时，校务不但不陷停顿，且能依计划以进行者，则以先生已树立评议会及各种委员会等之制度，决定政策，以分工方法，处理各种兴革事宜。然而非校长之清公雅量，则此制度不克成立；非师生绝对信赖校长，此制度不易推行也。 ”
早在1912年，蔡元培在教育总长任上颁行的《大学令》，即规定大学要建立评议会、教授会，并对其权限作了相应规定。1917年，他主持创立北大评议会，作为全校最高立法机构和权力机构。校长和各科学长为当然评议员，教授代表按文、理、法、工各科的本科和预科分别推举两人。胡适、沈尹默、陶孟和等14人成为第——届评议会中的教授代表。李书华教授回忆：“我曾被选作过评议员，目睹开会时对于各种议案的争辩，有时极为激烈。 ”
按蔡元培的设想，学校的行政、教务和事务三方面需分别设立委员会，由相关教授为委员。他说：“照此办法，学校的内部，组织完备，无论何人来任校长，都不能任意办事。即使照德国办法，一年换一个校长，还成问题吗？”
1919年12月，北大通过内部组织试行章程，规定评议会仍为全校最高立法机关和权力机关，同时建立以下几个机构：（一）行政会议，作为全校最高行政机构和执行机关，负责实施评议会议决的事项，成员以教授为限。（二）教务会议及教务处，由各学系主任组成，负责全校的教学工作。马寅初、顾孟余、胡适等先后担任过教务长。（三）总务处，主管全校的人事和事务工作。
在北大，最高的权力者并非校长蔡元培，最高决策机构是教授组成的评议会，重大事情都在评议会上决定。这就给教授们管理学校创造了条件。北大那么有活力，一个重要因素便是教授参与了决策。
1923年6月24日，蔡元培又一次辞职离开时，写信给北大学生：“北大校务，以诸教授为中心。大学教授由本校聘请，与北京政府无直接关系，但使经费有着，尽可独立进行。 ”
同一天，他给北大教职员的信里说：“五月以来，北大校务，赖评议会维持办理……董事会未成立之前，拟请教务长、总务长与各组主任会设委员会，用合议制执行校长职务，并请委员会公推主席一人代表全权。照此进行，似无窒碍。合诸先生学理、经验之所具，而益以和衷共济之精神，以运用于北京大学积年改进之组织，区区校务，游刃有余。培一人之去就，又何关轻重耶？”
7月5日，北大评议会写信给他，校长还是要他完全负责，他未回校前，或由个人，或委请机关负责，由他决定。12日，他回复北大评议会，前信主张以合议制执行校长职务，征集各方意见，均不赞成，他愿取消前议，主张请个人负责，还是请蒋梦麟代理。
1926年4月25日，北大教授、绍兴老乡周作人给他写信说：“‘教授治校’，此为北大之特长，使校长不妨暂离之原因。”但还是希望他能回到北大，“与北大前途关系至大”。5月15日，蔡元培回信表示，自己对于北大，既不能脱离，而久旷职守，惭愧万分。但是，他再也不想回北大了。