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美国著名哲学家、教育家杜威在北大听了蔡元培演讲后，曾感慨万千：“拿世界各国的大学校长来比较，牛津、剑桥、巴黎、柏林、哈佛、哥伦比亚等大学校长中，在某些学科上有卓越贡献的不乏其人，但是，以一个校长的身份，能领导一所大学对一个民族和一个时代起到转折作用的，除蔡元培以外，找不出第二个人。 ”
当时一大批人持教育救国论，但蔡元培的教育救国论和别人不一样。他在德国莱比锡待了4年，在柏林待了1年，了解德国近代史，了解大学在德国崛起中的作用。所以他的教育救国后来更具体为学术救国。和他从小一块儿玩大的挚友吴稚晖曾说，对蔡元培来说，只要培养一大批学者，国家就有希望。
蔡元培主张文理两科，必须设各种研究所，并主张学与术分校。他将北大的工科并入北洋大学，北大除文理两科外，只保留了法科。蔡元培还帮学生建立社团。学生社团百家争鸣，新潮社和国民社在蔡元培的扶持之下极度活跃。毛泽东也曾在北大参加过新闻研究会。
蔡元培希望培养的学者，不仅具学识，尤当有修为。1918年，蔡元培更明确地指出：“大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之所，亦不可视为贩卖知识之所。学者当有研究学问之兴趣，尤当养成学问家之人格。 ”
1918年6月，蔡元培在北大发起成立“进德会”，规定：甲种会员不嫖、不赌、不纳妾，乙种会员在三戒之上另加不做官、不当议员二戒；丙种会员更在五戒之上加不饮酒、不食肉、不吸烟三戒。
师生纷纷入会。甲种会员有李大钊、陈独秀、许德珩、沈尹默、章士钊、马寅初、罗家伦、胡适、王宠惠、张国焘、辜鸿铭等；乙种会员有蔡元培、范文澜、傅斯年、钱玄同、周作人等；丙种会员则有梁漱溟、李石曾、张崧年、傅汝霖等。
1917年7月1日，早起的市民突然发现北京的大街小巷飘起大清国的龙旗。北大门口也围满了辫子兵，他们呵斥校役，要求在校园中挂上龙旗。
张勋率领六千辫子军开进北京城，以调停黎元洪和段祺瑞的“府院之争”为名义，上演了一出复辟闹剧。张勋勒令黎元洪三天内解散国会。
面对急剧恶化的政局，原本正在潜心研究成立北大评议会的蔡元培，在第二天向总统黎元洪递交辞呈，离开了北大。
蔡元培说：近日北京空气之恶达以极点。
张勋复辟闹剧12天之后即以失败而告终。出走天津的蔡元培也回到了北大。蔡元培执掌北大十年七次请辞，这是第一次。
国际时局此时也传来好消息，1918年11月11日，第一次世界大战以协约国的胜利告捷。作为战胜国的中国，极有可能收回被德国抢占的胶东领土。北京大学师生在天安门前搭台欢庆。在天安门的庆祝大会上，蔡元培激情发表了《黑暗与光明的消长》的演说。
12月1日，由北京政府外交总长陆徵祥率领的代表团踏上前往巴黎和会的旅程。
1919年3月18日，正当蔡元培开始密切关注巴黎和会的动态时，桐城派古文学家林琴南突然在《公言报》上发表致蔡元培的公开信，公开指责他“覆孔孟、铲伦常”，“尽废古书，行用土语为文字”，还发表讽刺小说，影射陈独秀、胡适、钱玄同和蔡元培。锋芒直指以北大为阵地热烈开展的白话文运动。
当天，蔡元培写下《致〈公言报〉并答林琴南君函》，公开发表在《北京大学日刊》、《新潮》杂志及《公言报》上。在这封信中，他首次概括了自己办北大的理想：
（一）对于学说，仿世界各大学通例，循“思想自由”原则，取兼容并包主义，无论有何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展……
（二）对于教员，以学诣为主。在校讲授，以无背于第一种之主张为界限，其在校外之言动，悉听自由。本校从不过问，亦不能代负责任。例如复辟主义，民国所排斥也，本校教员中，有拖长辫而持复辟论者，以其所授为英国文学，与政治无涉，则听之；筹安会之发起人，清议所指为罪人者也，本校教员中有其人，以其所授为古代文学，与政治无涉，则听之……
林琴南曾经在京师大学堂担任经文教员，他对蔡元培上台以后做的种种改革举动颇有意见，他觉得蔡元培所做的工作是在颠覆传统的孔教伦理，而新文化运动推行的白话文简直就不是文字。对此，蔡元培却认为任何东西都可以作为学术探讨的对象，哪怕它只是民间的歌谣，民间的传说。蔡元培曾说：“我素信学术上的派别，是相对的，不是绝对。所以每一种学科的教员，即使主张不同，若都是‘言之成理、持之有故’的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地。 ”
他也不反对孔孟，当然一些激进的青年反对。作为大学校长，他认为既可以用尊孔者辜鸿铭，也可以用反孔者陈独秀。拖着长辫的辜鸿铭不买胡适的账，坚持旧文学的黄侃在课堂上大骂倡导新文学的师弟钱玄同有辱师门，但蔡元培绝无门户之见。这么大的国家，学问必须是多元的，不这样做是不行的，这个改革永远完成不了。蔡元培在这点上为了贯彻自己办学的方针，为了给北大创造一个自由的、宽松的知识的环境，他是不惜一切的。
于是北大才会拥有了中国大学史上最辉煌的一支名师团。既有主张新文化运动的领袖人物胡适、陈独秀、鲁迅，也有主张恢复帝制的辜鸿铭、刘师培；而提倡“情人制”、“外婚制”的“性博士”张竞生，也没被封建卫道士的唾沫淹死。陈独秀称赞：“这样容纳异己的雅量，尊重学术自由思想的卓见，在习于专制、好同恶异的东方人中实所罕有。 ”
数学系学生毛子水说：先生的“兼容并包”，普通人多误解为“勉强混合”；实在，蔡先生是有是非择别的。譬如，他请刘申叔讲六朝文学，绝不会允许他在讲堂上提倡“帝制”；他请辜汤生教英诗，决不会允许他在校中提倡“复辟”。
蔡元培本人说得很清楚，大学就是要“囊括大典、网罗众家”，“此大学之所以为大也”。
1919年7月23日，五四震荡未息，受蔡元培之托，初到北大的蒋梦麟对留校学生演说，将蔡先生的精神概括为：
（一）温良恭俭让，具中国最好的精神。
（二）重美感，具希腊最好的精神。
（三）平民生活，及在他的眼中，个个都是好人，具希伯来最好的精神。然蔡先生恐怕不肯承认我的话，因为蔡先生自己不知不觉的……蔡先生这精神那里来的呢？是从学问来的。
几天后，蔡元培在杭州收到蒋梦麟自北大寄来的快信，他将这番话抄录在1919年7月27日当天的日记里。
在北大学生罗家伦的眼里，知天命之年的蔡元培是一位潜修静养、有求必应的阿弥陀佛。钱玄同曾当面问他：“蔡先生：前清考翰林，都要字写得很好的才能考中；先生的字写得这样蹩脚，怎样能够考得翰林？”他却笑着回答：“我也不知道；大概因为那时正风行黄山谷字体的缘故吧！”但他这样的心平气和、包容大度，并不是天生的性格，而是经过长期的岁月历练出来的。罗家伦听说蔡先生早年也曾自负才华，目空一切。戊戌变法之后回到绍兴办学，常常大碗喝酒，醉了以后，大骂时事，骂过以后，把大碗往窗外一扔。这样的书生意气，才可以理解他一面从事教育时，一面参加光复会、同盟会，以翰林而造炸弹，并世无第二人。