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孑民图书室开馆前夕，秉衡突然得了急性阑尾炎，因误诊化脓，病情非常严重。郑天挺先生得知此事，便派人急送北大医院免费治疗，住院一个多月，才得以化险为夷。出院后，秉衡又回到图书室工作，看到孑民图书室蒸蒸日上，发挥着图书育人的作用，深感欣慰。不久，他被选为全校的学生自治会理事，和同学主管学艺股，学生工作重点转移，但仍兼任图书室常务干事，只是具体工作就不大参与了。
当时北大校园有很多进步社团，大都拥有一间房子或地下室作为活动场所。此外，有一些非北大学生也住在校园里，他们大多是来自外省的思想进步青年，有的平时旁听北大的课程。进步学生经常在校园内集会，发表慷慨激昂的演说，影响力越来越大，引起了特务分子的注意。为了驱赶进步青年，打击革命力量，有一次国民党党部一箭双雕地要求北大校方清理房产和闲杂人等，既收回学生社团使用的房子，也驱逐非北大进步学生，手段非常毒辣。消息一传出，秉衡和同学们就分头进行活动，希望阻止这一活动。秉衡焦急地去孑民堂找郑天挺先生，探问校方的想法。对此，郑先生非常坦率地告诉秉衡说：学校受到外界的压力，这一行动是迫不得已的，但决不会和同学们为难，请同学们谅解。此事是学校的内部事务，由校方调查、处理，决不让校外任何机关干预。凡是同学们正当活动的用房，包括学习、社交、歌咏、座谈、办福利的用房，只要登记一下，仍可使用，不必收回。听到郑先生这般诚恳的一番话，秉衡不免松了一口气。只听得郑先生继续说道：在某天，学校要派人检查和登记房屋时，希望同学们把违禁物品转移，以免引起麻烦；并且在登记、检查房屋时，如来人有粗鲁行为，可以向学校报告，千万别和来人发生冲突。听到这里，一股暖流流过秉衡心间，忐忑不安的心情这才渐渐平复。果然，有天学校派人来看了一些房子，也是走一下形式，没有发生什么事情，也没有收回一间房子。一场风波就此消灭在萌芽状态，想必郑天挺先生和其他教授花费了不少心力和口舌。
1948年，随着国民党军在战场上节节败退，全国民主学生运动如火如荼，北大师生越来越多地投身进步活动。作为北大学生自治会理事，秉衡发挥着个人的才干，积极组织各种进步活动，在校园内张贴揭露国民党黑暗腐败的大字报、标语等。对此，国民党反动派掌握了详尽情况，准备发动武力镇压。4月的一个夜晚，宁静的北大校园四周突然吵吵嚷嚷，一帮杀气腾腾的特务分子闯进校园，到处乱撕壁报，乱砸师生宿舍，捣乱校园。同时，北平警备司令部下令取缔华北学联，指名逮捕进步学生，声称如不交出必将武装冲进北大进行搜捕。
面对此情此景，北大师生紧急动员，连日集会抗议国民党的暴行。面对磨刀霍霍的敌人，为了人身安全，师生们先把桌椅叠起来，抵住宿舍和教室门窗，并分组进行警戒巡逻。同时，他们想方设法联络校外力量，进行坚决斗争。面对剑拔弩张的严峻形势，自治会同仁统一策略，既要团结全校师生，也要争取学校当局。作为自治会理事，秉衡焦急去找学校当局及许多教授进行交谈。那时胡适校长不在北京，秉衡在郑天挺先生那里得到了极大的支持。为了保护学生的安全，郑先生不顾个人安危，与北平警备司令部周旋、交涉。那几天，郑先生的眉宇之间都拧成了一个“川”字，但他的态度非常明确，决不交出一个学生，并用一切手段阻止军警入校。同时，郑先生紧急召集北大全体教授会议，共同发表宣言，决定罢课几天以示抗议，声援进步学生。北大全体教授的信念是一致的，那就是保护学生的人身安全，保卫学术自由的传统，是大家不可推诿的职责。由于北平各院校师生员工团结一致，坚决斗争，又由于社会各界的有力声援，国民党政府惮于事态扩大的后果，只得暂时退让，没有武装入校，避免了一场流血冲突。秉衡和同学们从这次斗争的成功中，深深感受到北大一代知识分子的高尚人格和对祖国后辈的爱护。后来，北大学生自治会赠给郑天挺教授一面“北大舵手”的锦旗。
但是时隔几个月，国民党反动派伺机反扑，进行更大规模的镇压，制造了“八·一九”大逮捕事件，这也是反动派行将覆灭前夕的一次垂死挣扎。这一天，北平各报刊登了一则重大新闻：北平特别刑事法庭“奉命清除潜伏匪谍”，拘捕11所大学“职业学生”的公告，同时公布了准备拘捕的250名学生名单。随即，国民党军警、特务开始大肆进行抓捕，封锁、包围了各大校园。北大的大批学生被列上黑名单，以“共匪嫌疑”刊登在全国报刊上，指名通缉。
1948年，北京大学南北社三人当选学生自治会理事志庆（左起施政、华惠珍、戴逸）
这时，秉衡正在家乡常熟度暑假，对北平和学校里发生的这些事情一无所知。有一天，秉衡正翻看报纸，忽然一则新闻映入眼帘，定睛看下来，原来自己已上了被通缉的名单。隔了几天，父亲忽然收到北平来信，展开一看原来是郑天挺先生写来的，告知秉衡被通缉的消息，并说他是好学生，相信他是没有问题的，要秉衡在家乡暂时避避风头。从信中可以看出，郑先生非常关心秉衡的安危，这是秉衡在被通缉以后从北平得到的第一个信息。
面对如此形势，秉衡拧紧眉头开始思索自己的前途命运。在北大两年里，尤其是参与了孑民图书室的筹备工作，他接触了很多进步社团，读到了很多进步书刊，在担任学生自治会理事，并经历一系列的学生运动事件后，更从思想上对党的组织有了一定的认识。作为被通缉的学生，北大定然是无法存身了。当“离开北大”四个字现于脑际时，秉衡心里已经做好了取舍，他的眼睛被琴川河夏日的流水慢慢灼热，轻声喃喃着：离开北大，离开北大……