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其实，复校后的北大校园并不平静。1946年底，发生了北大女学生沈崇遭美军侮辱事件。随即，北平发生了抗议美军暴行运动，北大进步师生在北大民主广场张贴罢课斗争的布告和标语，但遭到特务学生的撕毁。当时，史学系教隋唐史的向达先生挺身上前制止，义正辞严，并自报家门。向达先生学识渊博，他平时讲课声音较轻，学生们总怕听不清，常常把凳子往前挪，直到把他围成一个圈儿。因为倾听他讲课是一种享受，学生愿随他进入一个博大辉煌的盛唐时代。事后，刚正的向达先生找校长胡适以辞职抗议，直到特务学生被开除才罢。为此，向达先生后来被国民党列入黑名单。戴秉衡和同学们深受名师人格魅力的感染，不一枚举。此后，许多热血青年学生都逐渐投入到爱国民主运动的潮流，又经过“反饥饿、反内战、反迫害”大游行等一系列事件，北大学生运动蓬勃发展，各种进步社团如雨后春笋般出现。就在这种时代背景之下，孑民图书室开始筹建。
孑民图书室的成立与北大的进步学生运动密不可分。1947年春天，学生运动正在兴起，部分文法学院的大一学生渴望读书，尤其想读到进步书籍和文艺书籍。当时的北大图书馆虽然藏书宏大，但象牙之塔只有圣贤书，却找不到具有进步色彩的新书刊，连一份普通的《文汇报》也没有订阅。对此，学生们非常气愤，多次向校方提议而无果。学生们虽然都很穷，但或多或少有几本心爱的书刊，于是集中起来互相交换阅读。这些书籍加起来大约有100册，归“大一学生会”管理。借阅手续很简单，只要在本子上登记一下就行了。暑假即将来临，戴秉衡和同学们就要升入二年级，“大一学生会”势必要解散。当时学生会的负责人名叫周桂棠（现名沙叶），是戴秉衡的同班好友，他委托戴秉衡暂时保管一下图书。平时，秉衡很钦佩周桂棠的人品和才干，在他的影响下，秉衡还参与过“大一学生会”的具体工作。于是，素爱读书的秉衡欣然答应，在沙滩红楼一个不大的房间里，清点了移交书籍。这里就是后来的孑民图书室的阅览室。暑假期间，秉衡的同学陈宗奇也来参加管理书籍，并说要办个图书馆。秉衡并未意识到这是地下党的决定，但他从心底里赞同这个建议，开始筹划、招兵买马，商议募捐书籍、筹措经费、建立机构的办法，大家分头忙乎起来。
孑民图书室阅览室
此时，内战已全面爆发，国民党的黑暗统治使人民生活在水深火热之中。为使读者能够从书籍中汲取更多的养分，秉衡和同学们想尽各种办法，决定面向社会募捐图书、筹措资金。最初，秉衡负责去北大教授家募书，挨家挨户登门拜访。教授们听明来意后，都非常支持，当即赠予书籍。有的教授还多次捐书，甚至还捐款资助正在筹备中的图书室。在同学们的真诚感召下，许多作家、书店、杂志社及外国驻华机构都纷纷捐书给孑民图书室。不少北大老校友们伸出援助之手，慷慨捐资。许广平先生更是将自己珍爱的、有蔡元培先生题字的《鲁迅全集》赠予孑民图书室。在社会各界的支持下，没多久捐赠书籍达到1000多册，其中还有不少进步书刊，更有解放区出版的书刊和毛泽东的著作，这些书刊让同学们欣喜若狂。
图书室筹备开放前，编目问题必须要解决，同学们认为秉衡是负责此事的不二人选。为此，秉衡借来几本相关的书刊，还参考了北大图书馆的分类编目方案。为了应急，几天之内方案匆匆出炉。根据编目工作程序，同学们采用流水作业法，分门别类，每天开夜车，大家干劲十足。虽然这个编目方案很幼稚，甚至会发生乱点鸳鸯谱的笑话，又手忙脚乱地临时修改，但大家还是把一千多册书编成目录，可以开馆出借了。当然，此后又随着书籍的增加，又重新调整编目。
在北平中共地下党的支持和推动下，孑民图书室即将开馆。图书室用北大已故校长蔡元培先生的名号“孑民”来命名，蕴含深刻。蔡元培先生是我国著名的教育家，又是国民党元老，在社会各界享有很高的威望，用“孑民”命名图书室具有很广泛的号召力。蔡元培先生当年创立北大时，倡导“思想自由，兼容并包”的办学方针，几十年来得到社会各界人士的认可。这样，高举“兼容并包”的旗帜，既可以对外借阅革命进步刊物，又可以搜罗“反动”书籍，以避开特务分子的寻衅滋事，可以有力地保护图书室的生存和发展。
开馆前夕，亟需办理向北大校方注册的手续，唯此孑民图书室才是合法组织，可以公开活动。秉衡和同学为此事多次找过校方，情况并不乐观。后来，秉衡找到郑天挺先生，从求学问业开始，两人就建立了师生情谊，成了忘年交。郑先生听后一口答应，还耐心听取学生要求，详细询问创办图书室的困难。由于房间阴暗，又缺少书架、桌子，还想多装几盏电灯，甚至总务科老是催着搬家等等，这些实际困难都得到了郑先生的暗中帮助。郑天挺先生当时是北大实际负责人，不好公开支持学生运动，但他对学生运动很同情，尽力保护学生不受反动派的迫害，尽可能地利用自己的地位和权力，起着暗中保护的作用。为此，秉衡和同学们深受感动。
是年10月21日，孑民图书室在红楼一层西侧167房间正式开放，接待读者。校长胡适担任孑民图书室名誉顾问，许德珩、冯至及北大图书馆馆长毛准等30多位教授被聘为图书室导师。孑民图书室虽然规模小、藏书量少，但它的影响和作用却很大。在民主爱国运动中，它为北大师生提供了宝贵的精神食粮，被当时的学生称为“北大人的精神粮仓”。